甘肃河西走廊地区锦鸡儿的SSR分析

论文摘要

锦鸡儿是豆科锦鸡儿属多年生灌木植物,具有很高的饲用和药用等价值,是防风固沙的先锋植物。本研究结合具体的研究条件,采用SSR分子标记技术对来自甘肃河西走廊地区的14种锦鸡儿进行遗传多样性分析和聚类比较,旨在锦鸡儿的遗传育种研究提供必要的依据。研究结果如下:1.在利用SSR技术研究锦鸡儿遗传多样性过程中,从引物筛选、扩增条件、检测方法等几个方面进行优化,建立锦鸡儿SSR最适合的反应体系为:10μL的PCR反应体系:模板DNA20ng/μL,引物浓度为1.5μmol/L ,dNTP浓度为0.20mmol/L ,Mg2+浓度为2.0mmol/L,TaqDNA聚合酶为1U。SSR的PCR扩增条件为:95℃预变性3 min,94℃变性30 s,53℃退火1 min ,72℃延伸1min,共30个循环, 72℃延伸10min。cpSSR的PCR扩增条件为:94℃预变性3 min,94℃变性30 s, 54℃退火110s ,72℃延伸1min ,共30个循环,72℃延伸8min。在此优化体系下,可以得到重复性好、稳定且多态性高的SSR条带。2.从66对SSR大豆引物中筛选出9对多态性SSR引物,引物多态率为13.64%。从40对叶绿体SSR（cpSSR）大豆引物筛选出10对cpSSR多态性引物,引物多态率为25%。9对SSR引物共检测到109个等位变异,平均每个引物检测到11个等位变异。引物等位位点多态性信息量PIC变幅在0.320～0.921之间,平均为0.738。Shannon指数变幅在0.246～0.486之间,平均为0.342。10对叶绿体SSR共检测到92个等位变异,平均每个引物检测到9个等位变异。引物等位位点多态性信息量PIC变幅在0.512～0.865之间,平均为0.671。Shannon指数变幅在0.308～0.500之间,平均为0.444。3.14种锦鸡儿间的Nel’s遗传相似系数（GS）在0.60～0.92之间,平均GS为0.76。14种锦鸡儿的遗传相似性变幅大,种间的遗传相似性依物种的变化而各异,存在着不同程度的遗传差异。4.利用NTSYSpc 2.1对SSR和cpSSR数据聚类分析,构建了锦鸡儿的UPGMA系统树,以遗传相似系数为GS 0.73为阈值将14种锦鸡儿划分为5大类群6个亚类。SSR和cpSSR所分析的种间遗传关系与传统的分类结果基本一致。

论文目录

• 缩略词（Abbreviation）
• 摘要
• Summary
• 第一章 文献综述
• 1. 锦鸡儿种质资源的分类
• 2. 我国锦鸡儿种质资源分布现状
• 3. 锦鸡儿种质资源研究现状
• 3.1 地理分布的研究
• 3.2 解剖学研究
• 3.3 花粉学研究
• 3.4 细胞学研究
• 3.5 生态学研究
• 3.6 药物化学研究
• 3.7 油料学研究
• 3.8 分子生物学研究
• 4. 遗传多样性研究的方法及其应用
• 4.1 遗传多样性的概念
• 4.2 遗传多样性的研究方法
• 4.3 遗传多样性的研究意义
• 5. 遗传标记
• 5.1 形态学标记
• 5.2 细胞学标记
• 5.3 生化标记
• 5.4 分子标记
• 5.4.1 RFLP 标记
• 5.4.2 SSR 和cpSSR 标记
• 5.4.3 AFLP 标记
• 5.4.4 RAPD 标记
• 5.4.5 ISSR 标记
• 5.4.6 SNP 标记
• 5.4.7 SRAP 标记
• 6. 分子标记技术的应用
• 6.1 基因连锁图
• 6.2 基因定位
• 6.3 品种鉴定及其指纹图谱绘制
• 6.4 分子标记辅助育种
• 7. 研究意义与展望
• 第二章 材料与方法
• 1. 采样地自然概况
• 2. 供试材料
• 3. 仪器及试剂
• 3.1 主要仪器
• 3.2 主要试剂
• 4.实验方法
• 4.1 DNA 提取方法
• 4.2 DNA 的检测
• 4.3 SSR 体系优化
• 4.4 PCR 扩增产物的电泳检测
• 4.5 数据统计与分析
• 第三章 结果与分析
• 1.14 种锦鸡儿 DNA 的 SSR 和 cpSSR 的多态性
• 2.遗传差异
• 3.14 种锦鸡儿的聚类分析与亲缘关系
• 第四章 结果与讨论
• 1.讨论
• 2.结论
• 致谢
• 参考文献
• 附录
• 个人简介
• 导师简介