论文摘要
目的:自上世纪80年代以来,短串联重复序列(short tandem repeats, STR)遗传标记系统,由于在人类基因组中分布广泛,高度的遗传多态性以及简单快捷的检测方法而成为法庭科学鉴定中最常用、发展最成熟的技术,被广泛应用于法医学等领域,STR数据成为各国法庭科学数据库的主要构成。目前法医学主要运用常染色体STR基因座和线粒体DNA遗传标记,能够解决大部分个体识别和亲权鉴定案例。然而,在许多法医案例中,DNA样本由于各种原因而被高度降解或被混入环境污染物,在使用商品化STR复合扩增试剂盒进行检测时,片段较长的STR基因座往往无法进行有效的扩增,片段检测不到信号,而这个问题随着PCR反应产生大量的PCR产物而被扩大。miniSTR基因座分析技术在设计引物时,使其尽可能靠近核心重复序列而缩短扩增片段长度,用于高度降解的DNA样本检测可提高检测成功率。miniSTR基因座被欧洲DNA分型工作组(the european DNA profiling group, EDNAP)定义为继STR之后的新一代遗传标记。美国、日本、西班牙、新加坡、韩国等国家也相继报道了miniSTR基因座的群体遗传学数据及其法医学应用价值,而我国相关报道较少并缺乏群体遗传学数据。本研究选取D3S3053, D6S474, D20S482, D1GATA113, D2S1776, D4S2408等六个miniSTR基因座,调查其在中国汉族人群中的遗传多态性,并探讨其法医学应用价值。方法:采用天根血液基因组DNA提取试剂盒提取120份河北汉族无关健康个体全血基因组DNA。将D20S482、D2S1776两个基因座的上游引物5’端用6-FAM荧光标记,D3S3053、D1GATA113两个基因座的上游引物5’端用HEX荧光标记,D6S474、D4S2408两个基因座的上游引物5’端用TAMRA荧光标记,对所有样本的六个miniSTR基因座进行PCR复合扩增,其中D3S3053、D6S474、D20S482三个基因座进行复合扩增,D1GATA113、D2S1776、D4S2408三个基因座进行复合扩增。复合扩增反应体系为10μl,分别加入各个基因座特异性的引物,并设定适宜的退火温度,经28个循环后,可得到各个基因座长度不等的等位基因片段。PCR复合扩增产物在ABI PRISM 310基因分析仪上自动完成进样电泳和电泳结果数据收集,结果用Genemapper 3.2计算扩增产物片段相对大小并进行样本基因型分型。计算各基因座基因频率及各法医学参数。选取本法医鉴定中心既往亲子鉴定的家系样本9例,对6个miniSTR基因座进行遗传稳定性的研究。提取同一尸体的心脏、肝脏、脾脏、肺组织、肾脏、脑组织、肌肉组织、皮肤及尸体血痕检材进行组织同一性分析。将9947A DNA样本稀释成1ng、0.5ng、0.1ng、0.05ng进行灵敏度检测。此外,将新鲜血液放置于夏季的自然环境中一周、两周、四周和八周模拟降解检材,应用本研究构建的6个miniSTR基因座荧光标记复合扩增分型体系及商品化常规STR试剂盒进行DNA分型,比较二者分型的成功率。结果:本研究建立了两组荧光复合扩增检测6个miniSTR基因座基因型的方法。复合扩增检测样本的分型结果显示,六个miniSTR基因座等位基因都获得了清晰的基因型分型结果,无干扰分型的非特异性扩增产物,对6个基因座都可实现准确分型。相关遗传学参数:六个基因座的扩增片段长度均小于150bp。120名河北汉族无关个体中D3S3053、D6S474、D20S482、D1GATA113、D2S1776、D4S2408基因座分别检出6、6、7、8、8、7个等位基因和14、16、15、27、27、23种基因型,基因型频率分布经χ2检验均符合Hardy-Weinberg平衡(P>0.05)。六个基因座在中国汉族人群的杂合度观察值(Ho)分别为0.652,0.758,0.758,0.667,0.617,0.85;多态性信息含量(PIC)分别依次为0.64,0.68,0.69,0.83,0.85,0.83;非父排除率(PE)分别依次为0.298,0.523,0.523,0.313,0.271,0.662;个人识别力(PD)分别依次为0.862,0.857,0.877,0.943,0.947,0.917。六个miniSTR基因座的累积非父排除概率为0.97,累积个人识别力为0.9999994。遗传稳定性分析:对9个已经确定亲权关系的家系样本研究表明,父母的等位基因能够稳定地遗传给子女,符合孟德尔遗传定律。组织同一性分析:对来自同一尸体不同组织的检测表明,六个基因座在同一个体中具有同一性,符合STR基因座用做法医DNA分析的标准。系统灵敏度研究:在DNA含量为0.1ng时, Identifile试剂盒扩增产物产量比较低,不易进行正确的分型,而应用miniSTR复合扩增系统对0.05ng的DNA还可以进行分型。降解微量检材研究:对降解两个月的检材,虽然扩增的特异度有所下降,但对分型结果没有干扰,在六个miniSTR基因座中均得到了完整分型,显示了miniSTR技术比常规STR试剂盒具有更高的分型成功率。结论:D3S3053、D6S474、D20S482、D1GATA113、D2S1776和D4S2408六个miniSTR基因座在河北地区汉族群体中具有较好的遗传多态性,符合孟德尔遗传规律,具有组织同一性。本研究建立的两组荧光标记复合扩增体系分型结果准确、稳定可靠,灵敏度达0.05ng,对于分析微量、降解DNA的成功率较常规STR试剂盒明显升高,可用于法医学亲权鉴定与个人识别,并在高度降解检材的检测中具有较高的应用价值,而且可作为常规STR试剂盒的有益补充,提高系统效能。
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- [1].鲁西南地区汉族人群15个STR基因座的突变观察与分析[J]. 济宁医学院学报 2017(06)
- [2].重庆地区22个STR基因座突变分析[J]. 中西医结合心血管病电子杂志 2018(15)
- [3].30个Y-STR基因座在中国汉族人群中的多态性与突变[J]. 法医学杂志 2018(04)
- [4].短串联重复序列基因座在石蜡包埋组织中的应用[J]. 检验医学与临床 2015(03)
- [5].溺死相关浮游生物基因座的复合扩增体系[J]. 中国法医学杂志 2020(01)
- [6].广东揭阳汉族人群23个Y-STR基因座的遗传多态性[J]. 广东公安科技 2018(01)
- [7].19个X-STR基因座在中国3个民族的遗传学调查及法医学应用[J]. 基础医学与临床 2018(07)
- [8].同一染色体中罕见三个短串联重复序列基因座突变分析[J]. 中国优生与遗传杂志 2016(02)
- [9].湛江汉族27个Y-STR基因座的群体遗传多样性[J]. 中国法医学杂志 2019(05)
- [10].辽宁汉族27个Y-STR基因座的遗传多态性[J]. 法医学杂志 2017(06)
- [11].多拷贝Y-STR基因座在法庭科学领域的研究[J]. 刑事技术 2018(02)
- [12].24个Y-STR基因座的法医学应用评估[J]. 法医学杂志 2018(03)
- [13].河南新乡地区汉族人群27个Y-STR基因座遗传多态性检测[J]. 郑州大学学报(医学版) 2018(04)
- [14].三联体亲子鉴定案件突变分析[J]. 广东公安科技 2016(04)
- [15].二联体鉴定出现2个基因座不符分析3例[J]. 中国法医学杂志 2017(02)
- [16].精神分裂症与8个短串连重复序列基因座遗传多态性的关联性研究[J]. 大连医科大学学报 2014(06)
- [17].常染色体20个短串联重复序列基因座的突变观察与分析[J]. 新乡医学院学报 2015(02)
- [18].亲子鉴定中短串联重复序列基因座罕见突变分析[J]. 中国优生与遗传杂志 2014(04)
- [19].湖北土家族人群24个常染色体短串联重复基因座的遗传多态性[J]. 检验医学与临床 2020(13)
- [20].山东汉族人群中13个快速突变(RM)Y-STR基因座的多态性[J]. 人类学学报 2019(02)
- [21].X染色体Amelogenin基因座片段扩增峰图异常1例及荧光定量分析[J]. 中国计划生育学杂志 2017(11)
- [22].19个STR基因座在山东三个文化区人群中的遗传多态性[J]. 法医学杂志 2018(03)
- [23].黑龙江绥化地区汉族人群20个STR基因座的遗传多态性[J]. 刑事技术 2018(05)
- [24].基于统计学方法的基因组宽度基因座探测[J]. 统计与咨询 2018(05)
- [25].辽宁汉族人群23个基因座遗传多态性[J]. 中国法医学杂志 2016(02)
- [26].云南汉族15个短串联重复序列基因座遗传多态性特征及分析[J]. 中国免疫学杂志 2016(10)
- [27].潮汕汉族人群短串联重复序列基因座的遗传多态性研究[J]. 汕头大学医学院学报 2013(04)
- [28].两种短串联重复序列基因座与被动攻击行为的关联研究[J]. 临床精神医学杂志 2013(05)
- [29].鱼类免疫球蛋白重链基因与基因座的研究进展[J]. 水产学报 2010(10)
- [30].基于实虚基因座的车间调度遗传算法[J]. 中国制造业信息化 2008(07)