本文主要研究内容
作者宋立肖,李国旗,靳长青,龚诗佩（2019）在《大麻状罗布麻的全基因组分析和SSR标记开发》一文中研究指出：大麻状罗布麻是重要的经济和生态作物,由于基因组数据匮乏和分子标记少而限制其遗传研究工作的开展。本研究利用Illumina测序平台对大麻状罗布麻的基因组大小进行测定,通过生物信息学方法对其基因组杂合度和重复序列等基本信息进行预估,并做了基因组的初步组装,在此基础上对其基因组序列进行了SSR查找。研究结果表明,总测序量为31.94 Gb,测序质量正常(Q20≥90%,Q30≥85%),与NCBI核苷酸数据库(NT)比对显示样本不存在外源污染;K-mer分析(K=17)结果显示,大麻状罗布麻基因组大小为239.02 Mbp,杂合率为0.56%,重复序列占全基因组比例为36.72%,初步预估大麻状罗布麻基因组为复杂基因组;采用K-mer=41进行基因组初步组装,共获得273336条contigs,N50为3838 bp,总长为222723253 bp,进一步将contigs进行连接、延长,组装得到224587条scaffolds,N50为6421 bp,总长为226378236 bp;此外,对基因组数据进行SSR分子遗传标记分析,共鉴定出117511个SSR,不同类型核苷酸重复差异较大,单核苷酸重复最多,六核苷酸重复最少。该研究为后续全基因组de novo测序及组装策略提供依据。
Abstract
da ma zhuang luo bu ma shi chong yao de jing ji he sheng tai zuo wu ,you yu ji yin zu shu ju kui fa he fen zi biao ji shao er xian zhi ji wei chuan yan jiu gong zuo de kai zhan 。ben yan jiu li yong Illuminace xu ping tai dui da ma zhuang luo bu ma de ji yin zu da xiao jin hang ce ding ,tong guo sheng wu xin xi xue fang fa dui ji ji yin zu za ge du he chong fu xu lie deng ji ben xin xi jin hang yu gu ,bing zuo le ji yin zu de chu bu zu zhuang ,zai ci ji chu shang dui ji ji yin zu xu lie jin hang le SSRcha zhao 。yan jiu jie guo biao ming ,zong ce xu liang wei 31.94 Gb,ce xu zhi liang zheng chang (Q20≥90%,Q30≥85%),yu NCBIhe gan suan shu ju ku (NT)bi dui xian shi yang ben bu cun zai wai yuan wu ran ;K-merfen xi (K=17)jie guo xian shi ,da ma zhuang luo bu ma ji yin zu da xiao wei 239.02 Mbp,za ge lv wei 0.56%,chong fu xu lie zhan quan ji yin zu bi li wei 36.72%,chu bu yu gu da ma zhuang luo bu ma ji yin zu wei fu za ji yin zu ;cai yong K-mer=41jin hang ji yin zu chu bu zu zhuang ,gong huo de 273336tiao contigs,N50wei 3838 bp,zong chang wei 222723253 bp,jin yi bu jiang contigsjin hang lian jie 、yan chang ,zu zhuang de dao 224587tiao scaffolds,N50wei 6421 bp,zong chang wei 226378236 bp;ci wai ,dui ji yin zu shu ju jin hang SSRfen zi wei chuan biao ji fen xi ,gong jian ding chu 117511ge SSR,bu tong lei xing he gan suan chong fu cha yi jiao da ,chan he gan suan chong fu zui duo ,liu he gan suan chong fu zui shao 。gai yan jiu wei hou xu quan ji yin zu de novoce xu ji zu zhuang ce lve di gong yi ju 。
论文参考文献
论文详细介绍
论文作者分别是来自植物遗传资源学报的宋立肖,李国旗,靳长青,龚诗佩，发表于刊物植物遗传资源学报2019年05期论文，是一篇关于大麻状罗布麻论文,基因组测序论文,分析论文,分子标记论文,植物遗传资源学报2019年05期论文的文章。本文可供学术参考使用，各位学者可以免费参考阅读下载，文章观点不代表本站观点，资料来自植物遗传资源学报2019年05期论文网站，若本站收录的文献无意侵犯了您的著作版权，请联系我们删除。
标签：大麻状罗布麻论文; 基因组测序论文; 分析论文; 分子标记论文; 植物遗传资源学报2019年05期论文;