一、基因扩增法快速检测阴沟肠杆菌Amp C β-内酰胺酶（论文文献综述）
冯文娟[1]（2021）在《显色LAMP快速检测CRE五大类碳青霉烯酶基因》文中提出背景:碳青霉烯类抗生素是治疗产超广谱β-内酰胺酶（extended-spectrumβ-lactamases,ESBLs）和头孢菌素酶（Amp cephalosporinases,Amp Cs）肠杆菌科细菌感染患者的最有效手段。近年来,由于产ESBLs肠杆菌目细菌的广泛传播,导致碳青霉烯类抗生素被广泛使用,出现了耐碳青霉烯的肠杆菌目细菌（carbapenem-resistant Enterobacteriaceae,CRE）,并逐渐流行。CRE的出现是一个重要的临床和公共卫生问题。对CRE耐药基因快速、特异的检测对于限制CRE传播、控制其感染和合理选用抗生素至关重要。目的:利用LAMP建立一种快速检测CRE菌株中五大类碳青霉烯耐药基因(bla KPC,bla NDM,bla VIM,bla IMP,和bla OXA-48-like)的分子诊断方法,以期为临床合理使用抗生素提供依据。材料与方法:精心设计5对可检测本研究中所描述的所有的碳青霉烯酶亚型变体的LAMP引物。收集20株经全基因组测序验证的“标准菌株”,包含1株bla NDM-1阳性、1株bla NDM-5阳性、1株bla NDM-6阳性、1株bla NDM-7阳性、2株bla IMP-4阳性、1株bla IMP-8阳性、2株bla KPC-2阳性、1株bla KPC-3阳性、1株bla KPC-4阳性、1株bla KPC-5阳性、1株bla KPC-6阳性、1株bla KPC-7阳性、1株bla OXA-48阳性和1株bla OXA-181阳性的CRE菌株,和1株共表达bla VIM和bla OXA-244、1株共表达bla KPC-2和bla IMP-4、1株共表达bla KPC-2和bla NDM-1和1株共表达bla KPC-2和bla VIM-1的CRE菌株,建立25微升的可视化LAMP检测体系,在65℃水浴箱中恒温扩增30分钟,阳性扩增反应表现为颜色由亮粉色变为黄色。另外对LAMP方法与传统聚合酶链反应（polymerase chain reaction,PCR）进行特异性及敏感性的研究分析。最后,LAMP方法被用于检测126株预先经PCR和测序验证的CRE临床分离菌株,包括65株产碳青霉烯酶肠杆菌目细菌（Carbapenemase-producing Enterobacteriaceae,CPE）(23株含bla NDM,2株含bla OXA-48-like,1株共表达bla KPC&bla VIM,2株含bla IMP,37株含bla KPC)和61株（non-carbapenemase-producing-carbapenem-resistant Enterobacteriaceae,non-CP-CRE）。结果:显色LAMP方法的最低检测限为10（colony forming units,CFU）/m L,而传统PCR的最低检测限为103CFU/m L,LAMP方法与PCR比较具有较高的灵敏度和相同的特异度。另外,对126株临床分离菌株的检测也证明了两种方法的一致性结果。结论:与传统PCR方法相比,可视化显色LAMP法具有相同的特异度和更高的灵敏度,并且操作简单、耗时短,不需要专业的仪器及技术人员,在基层常规实验室即可开展。
唐杰[2]（2021）在《碳青霉烯类耐药肠杆菌科细菌耐药基因型的初步研究》文中研究指明目的:评估河北医科大学第四医院临床分离的碳青霉烯类耐药肠杆菌科细菌的药敏情况以及临床分布特征,为研究分子流行特征和临床指导用药提供依据。描述CRE的碳青霉烯酶表型及基因型分布情况,以基因测序法作为金标准,对比免疫层析法和实时荧光PCR法在碳青霉烯酶基因型检出率的差异。分析1株产MBL大肠埃希菌特性,对其进行耐药基因鉴定及特征分析。方法:1.收集我院2015年1月至2019年12月的4031株肠杆菌科细菌作为研究对象,采用梅里埃Vitek 2 Compact全自动微生物分析系统进行菌株鉴定和药敏试验,并对CRE菌株进行头孢他啶/阿维巴坦和替加环素药物敏感试验。2.收集2015年至2019年42株来自无菌体液的CRE菌株作为研究对象,使用m CIM联合e CIM试验检测碳青霉烯酶表型,以基因测序法作为金标准,使用免疫层析法、实时荧光PCR法检测42株CRE和50株CSE菌株的碳青霉烯酶基因型。3.以1株产MBL（金属-β-内酰胺酶）大肠埃希菌作为研究对象,使用全基因组重测序手段,对细菌进行基因组测序,通过与已知的参考基因组比对,获得该细菌个体或群体的差异。这些差异主要包括:单核苷酸多态性位点、插入缺失位点、结构变异位点。使用MLST 2.0、Res Finder 3.2、Virulence Finder 2.0软件进行MLST分型、耐药基因分析以及毒力因子分析。结果:1.我院2015-2019年间共分离出了235株非重复耐碳青霉烯类抗生素的肠杆菌科细菌,以肺炎克雷伯菌（占48%）和大肠埃希菌（占24%）为主,主要是来自痰液（占45%）和尿液（占13%）标本,分离标本最多的科室是ICU,占48%;肺炎克雷伯菌对头孢他啶/阿维巴坦和替加环素的敏感率均为80%;大肠埃希菌对头孢他啶/阿维巴坦的耐药率为78%,而大肠埃希菌对替加环素敏感率为100%。2.m CIM联合e CIM试验显示42株CRE菌株中,除1株不产碳青霉烯酶外,其余41株均产酶。其中有66%CRE细菌为产金属-β-内酰胺酶株,34%为产丝氨酸碳青霉烯酶株;免疫层析法的敏感度为90%,特异度为100%,阳性预测值为100%,阴性预测值为93%,Kappa值是0.911。实时荧光PCR法的敏感度为97%,特异度为100%,阳性预测值为100%,阴性预测值为98%,Kappa值是0.978。基因测序法显示除去一株不产碳青霉烯酶株之外,其他41株均检测除碳青霉烯耐药基因,KPC检出率为51%;NDM检出率为49%。3.该产MBL菌株GC含量为51.42%,此菌株SNP总数是78722,Indel数共811个,SV总数是225个。MLST分型是ST167,产生β-内酰胺类（NDM-5、bla CMY-42和bla CTX-M-14）、氟喹诺酮类（gyr A）等耐药基因;该菌株的毒力因子有fyu A、irp2、iuc C、iut A、kps E、kps MII-K5、omp T、sit A、tra T、yfc V。结论:1.碳青霉烯类耐药肠杆菌科细菌主要的分离类型是肺炎克雷伯菌和大肠埃希菌,在不同标本、科室的分布各不相同,临床治疗应规范和优化医护相关操作,及时监测来控制CRE院内感染和传播。2.碳青霉烯表型结果显示产金属-β-内酰胺酶株和产丝氨酸碳青霉烯酶株各占66%、34%;以基因测序结果为金标准,实时荧光PCR法和免疫层析法检测碳青霉烯酶基因型的阳性检出率存在差异。3.全基因组测序结果显示该CRE菌株是一株产NDM-5的多重耐药大肠埃希菌,应加强临床抗菌药物应用管理和院感防控。
刘璐[3]（2021）在《MALDI-TOF MS在快速检测碳青霉烯类耐药肠杆菌目细菌中的应用价值研究》文中认为目的:1.分析承德医学院附属医院（我院）2018年12月至2020年10月碳青霉烯类耐药肠杆菌目细菌（carbapenem-resistant Enterobacterales,CRE）菌株的流行情况。2.评价酶水解法在基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱（matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry,MALDI-TOF MS）仪快速检测产碳青霉烯酶肠杆菌目细菌（carbapenemase producing CRE,CP-CRE）中的应用价值。3.比较MALDI-TOF MS技术与PCR技术、酶免疫层析技术和改良碳青霉烯灭活试验检测碳青霉烯酶的诊断效能。方法:1.依据Vitek 2.0鉴定和药敏结果选取2018年12月至2020年10月我院分离的所有非重复CRE菌株（共52株）,随机选取同期我院36株碳青霉烯类敏感肠杆菌目细菌（CSE）和承德市中心医院40株CRE菌株,经VITEK MS（VITEK Mass Spectrometry,VITEK质谱仪）再次鉴定细菌,纸片扩散法复核Vitek 2.0检测的亚胺培南和美罗培南药敏结果;分析我院CRE菌株的流行情况。2.以我院82株肠杆菌目细菌（52株CRE和30株CSE）为回顾性研究的研究对象,分别通过PCR技术和酶免疫层析技术做blaKPC、blaNDM、blaVIM、blaIMP和blaOXA-48碳青霉烯酶基因检测,通过改良碳青霉烯灭活试验（m CIM和e CIM）做碳青霉烯酶表型检测。3.酶水解法预实验:将0.5 McF菌悬液与不同浓度（4.0 mg/mL、2.0mg/mL、1.0 mg/mL、0.5 mg/mL）的亚胺培南溶液35℃共孵育240 min、120 min、60 min和30 min,利用MALDI-TOF MS分析亚胺培南变化情况,筛选菌悬液浓度、亚胺培南浓度和孵育时间的最佳组合条件。为正式试验MALDI-TOF MS技术检测CP-CRE标准的建立提供依据。4.首先以PCR技术为金标准了解我院82株肠杆菌目细菌（52株CRE和30株CSE）是否产碳青霉烯酶,再将细菌与亚胺培南共孵育做回顾性研究,通过VITEK MS评估待测菌株是否产碳青霉烯酶。定义log RQ=log亚胺培南水解产物峰强度/亚胺培南峰强度,绘制受试者工作特征曲线（ROC曲线）用以比较不同孵育时间（5 min、10 min、20 min和30 min）后细菌水解亚胺培南的情况,选择曲线下面积（AUC）最大的值计算诊断界值（Cutoff值）。当log RQ值≥Cutoff值时,试验菌株产碳青霉烯酶,为CP-CRE菌株。反之,该菌不产碳青霉烯酶。最后以同期承德市中心医院40株CRE和我院6株CSE做单盲法的前瞻性研究验证该酶水解法检测碳青霉烯酶的效果。5.利用Kappa检验比较MALDI-TOF MS技术与PCR技术、酶免疫层析技术、改良碳青霉烯灭活试验的诊断效能。结果:1.我院CRE菌株的流行情况VITEK MS和Vitek 2.0的鉴定结果一致。鉴定结果显示我院52株CRE的组成如下:肺炎克雷伯菌37株、大肠埃希菌9株、阴沟肠杆菌4株、产酸克雷伯菌2株。我院52株CRE主要分布在老年病科（30.8%）、重症医学科（23.1%）和血液内科（15.4%）,主要的标本来源是痰液（33.9%）、尿液（25%）和血液（23.1%）。2.碳青霉烯酶检测结果PCR技术和酶免疫层析技术的检测结果一致。我院52株CRE均检测出一种或一种以上的碳青霉烯酶基因,其中单blaKPC阳性占61.5%（32/52）、单blaNDM阳性占34.6%（18/52）、blaIMP阳性占1.9%（1/52）、blaKPC和blaNDM同时阳性的菌株占1.9%（1/52）;我院30株CSE均未检出碳青霉烯酶基因;同时我院碳青霉烯类耐药肺炎克雷伯菌（CR-KPN）中86.5%（32/37）为单blaKPC阳性菌株、8.1%（3/37）为单blaNDM阳性菌、2.7%（1/37）为blaIMP阳性菌株、2.7%（1/37）为blaKPC和blaNDM同时阳性的菌株,我院碳青霉烯类耐药大肠埃希菌（CR-ECO）均为单blaNDM阳性菌株（9/9）。改良碳青霉烯灭活试验结果显示我院82株实验菌株中,m CIM试验阳性率61.0%（50/82）。其中18株m CIM试验和e CIM试验同时阳性。32株m CIM试验阳性但e CIM试验阴性。3.酶水解法预实验结果菌悬液浓度为0.5 McF、亚胺培南浓度0.5 mg/mL且孵育30 min时,亚胺培南特征峰（300±0.55 m/z）基本消失。延长孵育时间后试验结果无改变,增大药物浓度后,亚胺培南峰仍存在。预实验酶水解法的最佳条件是0.5 McF菌悬液与0.5 mg/mL亚胺培南共孵育30 min。4.酶水解法最佳孵育时间及Cutoff值的选择及验证正式实验52株CRE的log RQ平均值为0.996±0.184,30株CSE的log RQ平均值为-1.419±0.187。孵育30 min时AUC最大,为1.000（p<0.001）,所以酶水解法的最佳孵育时间为30 min。Cutoff值为-0.678,52株CRE均为CP-CRE;30株CSE均不产碳青霉烯酶。通过ROC曲线可知孵育30 min时酶水解法的灵敏度和特异度均为100%。前瞻性研究酶水解法显示,承德市中心医院的40株CRE均为CP-CRE,我院6株CSE均不产碳青霉烯酶,该结果与PCR结果一致性极强（Kappa=1.0）。5.多种碳青霉烯酶检测方法的比较经比较,MALDI-TOF MS技术与PCR技术、酶免疫层析技术均有100%的灵敏度和特异度,而改良碳青霉烯灭活试验灵敏度96.0%,特异度93.8%。结论:1.我院CRE菌株以肺炎克雷伯菌和大肠埃希菌为主,且均产碳青霉烯酶,其中肺炎克雷伯菌以blaKPC为主,大肠埃希菌以blaNDM为主。同时,我院CRE菌株主要分布于老年病科、重症医学科和血液内科。临床医生可据我院CRE的流行情况合理的经验用药。2.酶水解法中0.5 McF菌悬液与0.5 mg/mL亚胺培南共孵育30 min,log RQ值大于等于-0.678时,待测菌株为CP-CRE。此方法全程仅需45 min左右,灵敏度和特异度均100%,可用于微生物实验室产碳青霉烯酶CRE的常规检测。3.在多种碳青霉烯酶检测方法中,基于酶水解法的MALDI-TOF MS技术灵敏度100%、特异度100%,能较其他方法更快速、准确、低成本的检测碳青霉烯酶,有利于及早确定病原菌、了解目标菌的耐药情况、指导临床精准用药,也有利于院感防控工作中及早切断传播途径,防止CRE的传播和流行。
李玉武[4]（2021）在《尿路感染病原菌分布和耐药性分析及PCR-量子点荧光技术在尿路感染病原菌鉴定中的应用》文中认为目的:1、通过对尿培养4086株病原菌分布和耐药性回顾性分析,筛选尿路感染常见病原菌,并为本地区尿路感染抗菌药物合理应用提供依据。2、应用PCR-量子点荧光法检测19种尿路感染常见病原菌,并与尿培养和Sanger测序等检测方法比较分析,为临床尿路感染病原菌鉴定提供快速准确的检测方法。方法:1、选取2019年01月至2019年12月苏北人民医院4086例尿液培养阳性结果使用WHONET 5.6版软件进行统计分析,并采用SPSS 22.0统计软件对数据进行统计学分析。2、收集2020年8月至2020年12月于苏北人民医院进行尿细菌培养患者的清洁中段尿标本,按照相应纳入和排除方案筛选出465例患者的清洁中段尿标本。将筛选出的465例尿液标本分别进行PCR-量子点荧光法检测和尿液细菌培养（尿培养阳性结果分别进行鉴定卡和质谱对病原菌鉴定）,比较PCR-量子点荧光法和尿培养结果的一致性。当PCR-量子点法与尿培养结果不一致时,采用Sanger测序对病原菌进行鉴定。结果:1、4086株尿路感染病原菌,主要为G-菌,共检出2835株（占比69.4%）。检出率较高的G-菌依次为大肠埃希菌、肺炎克雷伯杆菌、铜绿假单胞菌、鲍曼不动杆菌、奇异变形杆菌、阴沟肠杆菌和弗氏柠檬酸杆菌,构成比分别为52.6%、16.0%、8.4%、5.6%、3.9%、2.3%、1.3%。检出G+菌826株（占比20.2%）,主要为屎肠球菌和粪肠球菌,构成比分别为40.6%和26.4%,其后依次为表皮葡萄球菌9.8%、无乳链球菌8.0%、金黄色葡萄球菌4.6%。真菌检出425株（占比10.4%）,以白色念珠菌为主,构成比为70.6%。2、G-菌、G+菌、真菌在不同就诊类型（χ2=83.975,P<0.001）、年龄（χ2=21.558,P=0.001）、性别（χ2=126.437,P<0.001）、科室（χ2=12.687,P=0.013）中的检出率存在明显差异。3、耐药性分析显示,大肠埃希菌对阿米卡星、碳青霉烯类、多粘菌素的耐药率分别为1.6%、1.1-1.4%、1.3%。大肠埃希菌对头孢类（除头孢替坦外）和喹诺酮类耐药率分别高于53.0%和60.0%。肺炎克雷伯杆菌对阿米卡星、多粘菌素、替加环素耐药率均低于10.0%。屎肠球菌、粪肠球菌均未检出对利奈唑胺和替加环素耐药,对万古霉素产的耐药率均低于1.0%,对替考拉宁的耐药率均低于10.0%。4、应用PCR量子点荧光法检测465例尿液标本,除化脓链球菌未检测出外,其余18种病原菌（包括大肠杆菌、肺炎克雷伯菌、铜绿假单胞杆菌、鲍曼不动杆菌、奇异变形杆菌、弗氏柠檬酸杆菌、阴沟肠杆菌、屎肠球菌、粪肠球菌、表皮葡萄球菌、无乳链球菌、金黄色葡萄球菌、腐生葡萄球菌、白色念珠菌、解脲支原体、沙眼衣体、奈瑟淋球菌、生殖支原体）均有检出。5、纳入的465例标本经尿培养或PCR量子点法检测,404例标本结果为阳性,61例标本结果为阴性。尿培养和PCR量子点法结果均为阳性403例,PCR量子点法和尿培养阳性符合率为100.0%;1例标本PCR量子点荧光法报告为解脲支原体感染而尿培养为阴性,二者均阴性61例,PCR量子点法和尿培养阴性符合率98.4%。6、在404例阳性结果中:304例培养和PCR均报告单一病原菌;1例标本PCR量子点荧光法报告为单菌感染,尿培养为阴性;99例标本报告有多菌感染。多菌感染标本中:3例标本PCR和培养均报告为多菌感染;96例标本PCR量子点荧光法报告为多菌感染而尿培养报告为单菌感染。7、96例PCR量子点荧光法报告为多菌感染而尿培养报告为单菌感染的标本:其中27例标本结果为非性病病原菌多菌感染,2例非性病病原菌多菌合并性病病原菌感染为,对这29例标本的DNA提取物进行Sanger测序,结果与PCR量子点荧光法结果一致;67例为非性病病原菌单菌合并性病病原菌感染。8、465例标本经PCR量子点荧光法检测,70例标本（包括69例多菌感染标本和1例单菌感染标本）检测出解脲支原体、沙眼衣原体、生殖支原体或淋病奈瑟球菌,经Sanger测序,结果与PCR量子点荧光法结果一致。结论:1、尿路感染主要病原菌为革兰氏阴性菌,以大肠埃希菌为主。大肠埃希菌对头孢菌素、喹诺酮类抗生素的耐药率较高,因此药敏结果报告前,不提倡常规使用此类抗菌药物。2、病原菌的分布在不同性别、就诊类型、年龄、科室分布存在差异,经验性用药治疗时应更具针对性。3、PCR量子点荧光法比尿培养有较快的鉴定速度,可在尿液标本中对解脲支原体、沙眼衣原体、生殖支原体和淋病奈瑟球菌进行快速鉴定。4、PCR量子点荧光法比尿培养能更好地检测多菌感染,且对多菌感染病原菌鉴定具有较高的准确性。
刘明聪[5]（2020）在《MALDI-TOF MS快速检测分纯菌落和血培养中肺炎克雷伯菌的碳青霉烯类药物敏感性》文中认为目的建立一种应用MALDI-TOF MS检测靶板中微滴细菌生长的方法,来快速检测分纯菌落和血培养瓶中肺炎克雷伯菌对碳青霉烯类药物亚胺培南的敏感性表型。初步评价该方法的准确性,为缩短细菌感染性疾病的报告时间的可能性进行初步研究。方法1.选取北部战区总医院细菌标本库中留存的20株耐碳青霉烯类（亚胺培南）肺炎克雷伯菌,收集菌株的基本信息,分别采用VITEK 2 Compact全自动微生物分析、K-B法和PCR扩增常见耐药基因的方法检测菌株的药物敏感性,并用MALDI-TOF MS进行菌株的鉴定与同源性分析。2.选取20株临床收集的亚胺培南敏感肺炎克雷伯菌,与第一部分收集的20株耐药菌一起,对它们的分纯菌落进行基于肉汤稀释法原理的MALDI-TOF MS快速药物敏感性检测。将含有或不含有亚胺培南的培养液与细菌在金属靶板上形成微滴共同生长,在4h的孵育时间后通过MALDI-TOF MS能否对靶板上的细菌成分提供正确鉴定（鉴定分值≥1.7）的方式来明确细菌在有无抗生素存在下的生长情况,从而获得细菌的药物敏感性表型结果,初步评价该方法的准确性。3.从实验菌中选取亚胺培南敏感与耐药肺炎克雷伯菌各8株,用人工模拟血流感染患者的血培养样本的方法,对16份人工模拟血培养样本直接进行基于MALDI-TOF MS的细菌药物敏感性检测。并分别采用差速离心法、分离胶促凝管法和直接稀释法对阳性血培养样本进行前处理,评价不同前处理方法结果的准确性。结果1.20株肺炎克雷伯菌分离自急诊、神经外科等多个科室,来源于痰、尿液、咽拭子等多个标本类型,均为多重耐药菌,且均对亚胺培南耐药,共检出KPC、NDM、KPC+NDM、KPC+IMP以及阴性五种基因型,MALDI-TOF MS同源性分析结果显示20株菌间的亲缘关系相对较远。2.采用MALDI-TOF MS鉴定结合微滴短时培养,可在5h内提供40株肺炎克雷伯菌对亚胺培南敏感/非敏感的定性结果。采取三次平行试验中位数的结果判读,得到了100%的有效试验率,对20株敏感菌和20株耐药菌检测的灵敏度和特异性均达到了100%。3.16株模拟血培养样本均在12h内阳性报警,亚胺培南耐药肺炎克雷伯菌相比敏感菌报阳所需的时间更长。差速离心法、分离胶促凝管法和直接稀释法经MALDI-TOF MS实验后均得到了100%的有效试验率,三种方法对16份样本检测的特异性均为100%,其中直接稀释法对16份样本检测的灵敏度也为100%,另外两种方法的灵敏度为87.5%。结论本研究所选取的耐药肺炎克雷伯菌涵盖了不同的来源科室、标本类型、耐药机制和耐药程度,使后续方法的结果更具有通用性。采用本研究的快速检测方法,可在5h内提供肺炎克雷伯菌分纯菌落对碳青霉烯类药物亚胺培南的敏感性,相比常规实验室方法可缩短13-19h的检测时间。另外结合相应前处理方法,可直接对模拟阳性血培养中的培养物进行快速药物敏感性检测,减少42h以上的血流感染报告周转时间。本实验的方法准确度较高,可作为一种检测肺炎克雷伯菌对碳青霉烯类药物表型敏感性的快速筛查方法,从而更早为临床治疗提供参考依据。
陆诗铫[6]（2020）在《质粒介导碳青霉烯类耐药基因在鸭屠宰链中水平传播机制研究》文中研究表明肠杆菌科细菌是畜禽环境中分布较广的条件致病菌,常见的有大肠杆菌、肺炎克雷伯菌等,可引起畜禽或人类不同程度的感染。抗生素作为生长促进剂和治疗感染的药物被广泛应用于畜禽养殖环境中,但抗生素的滥用造成了严重的细菌耐药性,对畜禽养殖和公共健康具有很大的威胁。本研究旨在探索浙江省某鸭屠宰链中的细菌流行性和多药耐药性情况,以及探讨携带碳青霉烯类耐药基因的质粒介导肠杆菌科细菌耐药性水平传播机制,对其耐药质粒进行生物信息学上的研究。（1）对从屠宰场中采集的鸭粪便、土壤、屠宰器具、工人粪便以及昆虫等样品分离纯化,并检测样品中的菌落总数,在屠宰环节的鸭胴体和屠宰器具中有较高的检出率,达到38.6%和56.0%。通过16S rRNA鉴定细菌种属,肠杆菌科细菌是主要菌属,大肠杆菌、肺炎克雷伯菌和奇异变形杆菌在屠宰场中分布较多,分别鉴定出108,29和38株,其中鸭粪便、屠宰器具和昆虫样品中的分离株大部分都属于大肠杆菌,说明大肠杆菌是屠宰链中的优势菌群。（2）采用K-B法和多重RPA法检测肠杆菌的耐药表型和基因型,结果显示菌株对四环素、复方新诺明和一些头孢类抗生素的表观耐药率均高达90%以上,耐药表型和基因型基本对应,9大类耐药基因均有检出,宰前管理中的多重耐药菌集中在粪便和土壤样品,基本在18重耐药以上,主要对四环素类、磷霉素类和氨基糖苷类耐药;屠宰环节中胴体和屠宰器具中存在15重以上的多药耐药菌,主要对四环素、磷霉素和氯霉素耐药。四环素类和磷霉素类耐药基因在整个屠宰链中都有检测到并广泛传播,环境中的昆虫和工人身上也存在,检出率均在92%以上。其中碳青霉烯类耐药基因在鸭粪便、土壤和屠宰器具样品分离株中有检出,但该类抗生素在畜禽养殖中被禁用,因此这些菌株将作为后续分析菌株,拟分析耐药基因的来源和传播方式。通过改良Carba NP法和接合转移实验检测碳青霉烯酶类型以及得到产碳青霉烯酶的接合子,验证细菌质粒上存在碳青霉烯类耐药基因以及在细菌间的可传递性。（3）利用二代高通量技术对最终选定的2株产碳青霉烯酶菌株的质粒测序并精细注释,发现菌株中分别携带2个不同的质粒。4个质粒都具有复杂的嵌合体结构,有负责质粒稳定性的骨架区和水平转移的接合转移区,同时携带大量耐药基因和移动元件的外源插入区。质粒p11014-IMP和p10229-IMP,分别属于IncA/C2和IncHIA型,都含有blaIMP-3基因,在一个1型整合酶Intl1下游,其多药耐药区具有高度同源性。p11014-CTXM属于IncFⅡ型,ISEcp1促进blaCTX-M-55移动,提供一个强启动子使耐药基因表达,提高转移效率。p10229-NDM属于IncX3型质粒,ISAba125造成blaNDM-1的快速扩散,且联合IS26、Tn125共同作用将blaNDM-1重组整合到质粒中,充分说明可移动元件携带耐药基因进入质粒后,骨架区会对其进行整合并最终使其表达,这样的耐药机制使得耐药基因在菌株间不断地被传播和转移,最终会进行大范围的扩散。该研究表明质粒介导屠宰链细菌耐药性并且通过质粒的水平转移可以在细菌间相互传播,多药耐药菌的存在会加速菌株的进化,在抗生素作用的压力下,菌株不断获得外源的耐药基因,耐药菌株不断扩散,全球耐药形势将更加严峻。
郑志伟[7]（2019）在《食品中弧菌的耐药性和致病性研究》文中研究说明弧菌属（Vibrio spp.）细菌是一群嗜盐、喜温、不耐酸的革兰氏阴性菌,因形状短小,弯曲成弧状而得名。本属细菌种类多,广泛分布于河口、海湾、近岸海域的海水和海洋动物体内。作为一种重要的致病菌,弧菌不仅会对水产养殖业造成影响,而且能够对人类健康造成严重的威胁。当人们食用或伤口接触弧菌污染的水产品后,容易引发急性肠胃炎、败血症,严重者会导致死亡。本次研究选取位于我国沿海地区且对水产品需求量大的深圳市作为调查地点。从2015年8月至2017年4月,在近两年的时间内,对深圳市南山区市售生鲜肉类及活虾样品中的弧菌污染情况进行持续地监测,并研究弧菌分离株的耐药性、致病性及分子分型等遗传特征。在此基础上,利用第二代和第三代基因组测序技术获得代表性菌株较为完整的遗传信息,以此分析弧菌中存在的耐药基因和耐药基因相关的传播机制。最后通过建立动物模型和测定创伤弧菌生物被膜成膜能力,评价创伤弧菌分离株毒力的相对强弱,揭示生物被膜与创伤弧菌致病性之间的潜在关系。本次研究的主要内容和结果如下:（1）自2015年8月至2017年4月,在广东省深圳市南山区共随机采样2051个。其中,弧菌污染样品共计593个,污染率为28.9%。弧菌在鲜虾样品中的污染率（91.9%）明显高于牛肉、鸡肉和猪肉三类生鲜肉类样品。农贸市场（31.1%）的污染情况比超市（25%）更为严重。夏季样品污染率（37.1%）高于冬季样品污染率（22.6%）。（2）本次采样共保藏弧菌分离株1856株。其中,副溶血性弧菌1340株（72.2%）、溶藻性弧菌482株（26.0%）、霍乱弧菌22株（1.2%）、创伤性弧菌12株（0.6%）。药敏结果显示,在近两年的调查期间,所有弧菌分离株对于青霉素类抗生素的耐药率一直保持在非常高的水平,耐药率为92%;对于头孢类、四环素、喹诺酮类抗生素的耐药率呈逐年上升趋势,平均涨幅37.9%;没有发现对碳青霉烯类抗生素具有耐受性的弧菌。（3）本次研究对150株头孢类抗生素耐药副溶血性弧菌进行了MLST分型。结果显示,61株（40.7%）属于未知ST型;其余的89株分别属于17种已知ST型。表明该地区的副溶血性弧菌种群组成具有遗传多样性的特点。在已知的ST型中,ST163占比最高（31.5%）,是头孢类耐药副溶血性弧菌中的优势种群。（4）本次研究对270株深圳地区头孢类抗生素耐药弧菌进行了耐药基因检测。结果共检测出已知β-内酰胺酶基因20种以及两种新型金属β-内酰胺酶。其中,VEB型基因阳性率（48%）最高;TEM型、VIM型和IMP型占比最少。接合转移实验结果显示,270株弧菌分离株中,有71株弧菌（26.3%）的头孢耐药表型可以通过接合转移的方式转移至受体菌E.coli J53。S1-PFGE-Southern blot实验证实这些耐药基因的主要传播载体为接合型质粒。（5）本次研究共发现4种新型β-内酰胺酶基因,分别命名为blaCMY-2.1、blaVIM-55.1、blaVMB-1、blaVMB-2。并且,成功地利用基因工程技术对4种新型β-内酰胺酶基因进行了克隆表达,利用药敏实验和酶动力学参数对其功能进行了定性和定量分析。结果显示,除blaCMY-2.1之外,其余三种新型基因均具有不同程度地介导受体菌对于头孢噻肟和美罗培南耐药的能力。（6）本次研究完成270株头孢类耐药弧菌基因组的测序,共有6种β-内酰胺酶基因的基因环境得到确认,进而明确了这6种β-内酰胺酶基因在弧菌中的传播机制。其中,blaCTX-M-15、blaCTX-M-55、blaNDM-1和blaVMB-1基因均位于接合型IncC质粒之上;blaVIM-1基因位于未知类型的接合型质粒pVb1978（MG456577）之上;blaCTX-M-14基因的传播机制与插入序列ISEcp1和IS903B、新型IncP-1质粒pVb1636（MH548371）以及新型接合性整合元件ICEVpaChn0574（MN199028）有关。（7）本次研究对从海产品中分离得到的创伤弧菌分进行了致病性分析。毒力基因检测结果显示,本地区分离得到的食源性创伤弧菌大多数具有临床菌株的特征基因,表明本地区食源性创伤弧菌具有潜在的致病能力,会对人类健康造成威胁。通过比较创伤弧菌分别在大蜡螟幼虫模型和小鼠模型中的致死率,发现同一菌株在两种模型中的致死率结果并不一致。因此,大蜡螟幼虫模型可能不适合用于创伤弧菌的致病性研究。结合创伤弧菌生物被膜的成膜能力与其在小鼠模型中的致死率结果表明成膜能力强的菌株同样表现出强毒力的特征。
李丽丽[8]（2019）在《碳青霉烯类耐药肠杆菌科细菌对消毒剂抗性研究及同源性分析》文中指出目的:分析碳青霉烯类耐药肠杆菌科细菌的临床分布、药敏情况、常见耐药模式,研究其对常见消毒剂的抗性、耐消毒剂基因的分布及菌株同源性,为制订合理的消毒剂使用策略、判断菌株是否存在院内播散、控制碳青霉烯类耐药肠杆菌科细菌的感染与传播提供帮助。方法:收集福建医科大学附属第一医院2017年112月临床分离的碳青霉烯类耐药肠杆菌科菌株共70株。所有试验菌株均经MALDI-TOF-MS鉴定和VITEK-2Compact药敏分析仪分析;采用琼脂稀释法检测菌株对消毒剂的最低抑菌浓度（MIC）;聚合酶链式反应（PCR）检测菌株耐消毒剂基因携带情况;脉冲场凝胶电泳（PFGE）对其中的59株碳青霉烯类耐药肺炎克雷伯菌进行同源性分析。结果:1、70株CRE菌株中,肺炎克雷伯菌占59株,大肠埃希菌占8株,阴沟肠杆菌3株,标本主要来源痰液（44.28%）、尿液（22.86%）、分泌物（10.00%）等,科室主要集中在ICU（28.57%）、综合外科（25.73%）、呼吸内科（10.00%）、风湿血液科（8.57%）等科室;2、70株CRE菌株对阿米卡星耐药率最低（64.29%）,对临床常见的13种抗菌药物的耐药性普遍较高:庆大霉素和妥布霉素耐药率分别是82.86%和81.43%,喹诺酮类耐药率为91.43%,对哌拉西林、哌拉西林/他唑巴坦和头孢吡肟的耐药率达98.57%,对氨苄西林、氨苄西林/舒巴坦、头孢他啶、亚胺培南和美罗培南的耐药率更是高达100%;3、70株CRE菌株耐药模式主要有五型,以第一种模式即对临床常见的氨基糖苷类、喹诺酮类、酶抑制剂类、头孢菌素类、碳青霉烯类抗菌药物全部耐药为主,占62.86%;第二种模式仅对氨基糖苷类抗菌药物敏感,占10.00%;第三种模式即仅阿米卡星敏感,占18.57%;第四种模式仅对喹诺酮类抗菌药物敏感,占1.43%;第五种耐药模式对氨基糖苷类、喹诺酮类抗菌药物同时敏感,占7.14%;4、70株CRE菌株对含氯消毒液的MIC值分布在512mg/L、1024mg/L、>1024mg/L各占4株、19株、47株;对碘伏消毒液MIC值分布在256mg/L、512mg/L、1024mg/L各占16株、32株、22株;对戊二醛的MIC值分布在512mg/L、1024mg/L、>1024mg/L各占10株、15株、45株;而苯扎溴氨、健瑞速干手消液和爱护佳手消液对70株CRE菌株的MIC值相对较低,苯扎溴氨对CRE菌株的MIC值主要集中在64 mg/L256mg/L;爱护佳免洗手消液的MIC值主要集中在8 mg/L64 mg/L;健瑞速干手消液的MIC值主要集中在32 mg/L128 mg/L。以上六种消毒剂对70株CRE的MIC值均大于标准菌株MIC值;5、耐消毒剂基因的扩增结果显示,70株CRE菌株携带有qacE、qac△E、CepA、qacE△1-sul 1基因,但不携带qacA耐消毒剂基因,qacE基因的阳性率为81.43%（57/70）,其中肺炎克雷伯菌50株,大肠埃希菌6株,阴沟肠杆菌1株,qacE基因在肺炎克雷伯菌和大肠埃希菌中的分布差异无统计学意义（P=0.609）;qac△E基因的阳性率为82.86%（58/70）,其中肺炎克雷伯菌51株,大肠埃希菌6株,阴沟肠杆菌1株,qac△E基因在肺炎克雷伯菌和大肠埃希菌中的分布差异无统计学意义（P=0.341）;CepA基因的阳性率为82.86%（58/70）,其中肺炎克雷伯菌54株,大肠埃希菌2株,阴沟肠杆菌2株,CepA基因在肺炎克雷伯菌和大肠埃希菌中的分布差异具有统计学意义（P<0.001）;qacE△1-sul 1基因的阳性率为85.71%（60/70）,其中肺炎克雷伯菌56株,大肠埃希菌6株,阴沟肠杆菌1株,qacE△1-sul 1基因在肺炎克雷伯菌和大肠埃希菌中的分布差异无统计学意义（P=0.105）;同时携带qacE、qac△E、CepA、qacE△1-sul 1四种基因的菌株占71.43%（50/70）,同时携带三种或三种以上耐消毒剂基因的菌株占80%（56/70）,仅3株CRE菌株不携带以上任一种消毒剂基因;6、PFGE结果显示,59株肺炎克雷伯菌经过XbaI酶切电泳后,呈现大小不同的片段,菌株间的条带相似度在59%100%之间,分子量在20669kb之间。按照80%的相似度,将部分菌划分为同一个集群,可将59株CR-KPN分为14个集群,记为AN,其中以A群（23株）和B群（22株）为主要优势集群。部分菌株条带完全相同,分布在不同科室,为同一克隆株。结论:1、70株CRE多分离自痰液标本中的肺炎克雷伯菌,且分布在ICU、综合外科等感染“高风险”科室;这些菌株除对阿米卡星耐药率最低（64.29%）,对其他常见的13种抗生素耐药率均高于75%;2、除qacA基因外,CRE菌株携带的qacE、qac△E、CepA以及qacE△1-sul1耐消毒剂基因阳性率均比较高,且可同时携带;3、CRE菌株对常用消毒剂产生了抗性,虽然临床上工作浓度的苯扎溴氨、免洗手消毒液仍具有较好的消毒效果,但戊二醛、碘伏、含氯消毒液这三种临床上常用的中高效消毒剂MIC值均比较高;4、PFGE分型发现院内不同科室间存在碳青霉烯类耐药肺炎克雷伯菌的流行趋势。
李婕[9]（2019）在《改良Hodge、CIM、Carba NP实验检测肠杆菌科细菌碳青霉烯酶的研究》文中指出目的:比较改良Hodge实验（moditified Hodge test,MHT）、碳青霉烯酶失活法（carbapenem enzyme inactivation method,CIM）以及Carba NP实验对本院肠杆菌科细菌碳青霉烯酶表型筛查的结果差异。分析导致肠杆菌科细菌碳青霉烯类抗生素耐药可能存在的危险因素。方法:将VITEK 2compact全自动微生物鉴定仪鉴定为耐碳青霉烯类肠杆菌科细菌（carbapenem-resistant Enterobacteriaceae,CRE）的60例菌株,按照2017年美国临床和实验室标准协会（Clinical and Laboratory Standards Institute,CLSI）最新药敏实验标准方案进行检测。最后以聚合酶链式反应（Polymerase Chain Reaction,PCR）为金标准,结合琼脂糖凝胶电泳（agarose gel electrophoresis）技术,鉴定耐药菌株所存在碳青霉烯酶基因型,并统计耐药菌株的临床资料。结果:在分离的60例非重复实验菌株中,改良Hodge实验的阳性菌株为15株（25%）,CIM法的阳性菌株为17株（28%）,Carba NP实验的阳性菌株为23株（38%）。PCR扩增后的凝胶电泳带成像显示,检测到30株为碳青霉烯酶基因阳性,30株为阴性。其中blaKPC28株,blaOXA-481株,blaNDMDM 1株。在28株携带blaKPC菌株中,blaKPC-2为15株。相比于PCR检测结果,MHT的一致率为68.3%,kappa值为0.37,敏感度为43%,特异性为93%;CIM的一致率为68.3%,kappa值为0.37,敏感度为47%,特异性为90%;Carba NP实验的一致率为81.7%,kappa值为0.63,敏感度为70%,特异性为93%。MHT、CIM、Carba NP筛选碳青霉烯酶表型的结果与PCR结果差异有统计学意义（P<0.05）。三种方法之间的比较,两两方法之间的差异也具有统计学意义（P<0.05）。在感染病人中,大部分为老年患者,抗生素暴露,且经历过有创性损伤或治疗。结论:1.本院耐碳青霉烯类抗生素的主要肠杆菌科细菌是肺炎克雷伯菌和大肠埃希菌,碳青霉烯酶基因的主要类型是blaKPC-2型;2.Carba NP实验对筛查碳青霉烯酶表型具有最高的敏感性和特异性;3.老年、抗生素暴露以及有创性损伤或治疗可能是造成肠杆菌科细菌耐药的危险因素。
刘彩霞[10]（2018）在《耐碳青霉烯肠杆菌科细菌的耐药机制及MALDI-TOF在碳青霉烯酶快速检测中的应用研究》文中进行了进一步梳理目的:研究不同人群分离的碳青霉烯类耐药肠杆菌科细菌（CRE）的耐药谱、CRE菌株对碳青霉烯类药物的耐药机制及其对磷霉素耐药的主要机制,应用MALDI-TOF建立产碳青霉烯酶菌株的快速检测方法,为临床的合理用药及医院感染的防控提供帮助。方法:1.收集我院2015年1月-2017年12月临床分离的CRE菌株,使用全自动微生物分析系统进行常规药物的体外药敏实验,用纸片扩散法（K-B）检测头孢哌酮/舒巴坦和替加环素、琼脂稀释法检测磷霉素的体外药敏实验。2.对227株CRE（其中166株肺炎克雷伯菌,29株大肠埃希菌,32株阴沟肠杆菌）进行PCR扩增耐药基因（包括碳青霉烯酶基因、ESBLs基因、AmpC基因及fos基因）和改良碳青霉烯酶灭活试验（mCIM）和EDTA抑制的碳青霉烯酶灭活试验（eCIM）。用脉冲场凝胶电泳试验（PFGE）检测CRKP菌株的DNA指纹图谱,分析菌株的同源性。3.对fos基因阳性菌株进行质粒接合转移实验。对fos基因阴性的磷霉素耐药菌株进行碳源生长试验、用PCR扩增和测序技术对靶酶基因、转运体相关基因进行检测和比对分析;4.收集我院2018年1月-2018年6月临床分离的74株CSKP和前面收集的102株CPKP做质谱仪自建模型,利用MALDI-TOF质谱仪和ClinProTools3.0软件建立CPKP和CSKP的筛选模型,用于临床产酶菌株的快速筛查;5.将CPKP菌株分别与不同浓度的亚胺培南和美罗培南共孵育,用MALDI-TOF检测不同时间段内菌株对底物水解情况,摸索最佳条件。结果:1.我院三年间共检出272株CRE,主要分离自痰液,其中成人组标本类型前三位的是痰液、尿液和血液（分别占62.96%、20.83%和6.94%）,儿童组前三位则是痰液、血液和尿液（分别占50.00%、30.36%和10.71%）;成人CRE菌株主要来源于ICU（占40.82%）和神经外科（占13.43%）),儿童CRE菌株则主要来源于新生儿科（占30.35%）和呼吸内科（占17.86%）。CRE菌株对单环内酰胺类、头孢菌素类、β-内酰胺酶抑制剂复合物等抗菌药物均表现出高度耐药性,但成人组和儿童组对于氟喹诺酮类药物和氨基糖苷类药物的耐药率存在显着性差异,成人组耐药率基本在60%以上（仅阿米卡星为40.8%）,儿童组基本在40%以下。2.227株CRE菌株中mCIM实验阳性193株,阳性率85.0%,其中eCIM实验阳性率30.4%;碳青霉烯酶基因的阳性率为83.7%（190/227）,其中146株携带blaKPC-2,47株携带blaNDM-1,43株携带blaIMP-4,有14.5%的菌株同时携带两种碳青霉烯酶基因;87.2%的菌株携带ESBLs基因,以blaTEM,blaSHV和blaCTX-M-14为主;11.0%的菌株携带AmpC酶基因;共有76.2%的菌株同时携带碳青霉烯酶基因及其他耐药基因（ESBLs,AmpC酶基因）。部分菌株的PFGE电泳和同源性结果分析显示菌株间亲缘距离在0.8以下,亲缘关系较远,同源性较低。3.227株CRE中有86株磷霉素耐药,耐药率37.9%,其中成人组75株耐药（耐药率41.2%）,儿童组11株（耐药率18.9%）;86株磷霉素耐药株中75株检出fos基因（均为fosA3）,其中25株质粒结合成功,表明fosA3基因可通过可移动元件水平传播;11株（2株阴沟肠杆菌,9株肺炎克雷伯菌）未检测出fos基因;4.11株fos基因阴性菌株的磷酸己糖转运系统（UhpT）功能正常。2株肺炎克雷伯菌的甘油-3-磷酸转运系统（GlpT）功能正常,其余9株GlpT系统可能存在功能障碍。2株阴沟肠杆菌均未扩增出MurA靶酶基因;9株肺炎克雷伯菌中有6株MurA序列无突变,1株MurA序列存在单核苷酸插入,导致移码突变,提前终止翻译,还有2株MurA序列存在氨基酸替换现象。在glpT基因序列分析中发现3株肺炎克雷伯菌该序列无改变,1株肺炎克雷伯菌的glpT基因中间存在插入一段IS5的序列,其他菌株的序列扩增失败。pstI序列扩增分析发现存在较多的位点缺失突变或存在单核苷酸插入,致翻译提前终止。11株菌的uhpT,uhpA和cyaA基因检测均未发现突变。5.MALDI-TOF上建立的筛选模型在两组细菌间发现5个差异蛋白峰,验证实验显示对CPKP分组的准确性为88.46%,对CSKP分组的准确性为72.5%;水解底物法实验中亚胺培南浓度为0.5g/L时,孵育30min组CPKP水解亚胺培南的水解率达98.61%,1h组水解率为100%;美罗培南浓度2mM孵育2h组水解率为90.28%,3h组和4h组均为91.67%;结论:1.CRE菌株对常用抗菌药物呈现高度耐药,来源于成人组和儿童组的分离株在氨基糖苷类和氟喹诺酮类抗菌药物的耐药率上存在显着性差异,儿童组的菌株更敏感。CRE菌株对磷霉素和替加环素的耐药率较低,临床可以根据感染个体具体情况及药物适应症综合考虑,作为经验用药的备选药物。2.CRE菌株多同时携带多种耐药基因,其中碳青霉烯酶基因以blaKPC-2为主,其次为blaNDM-1和blaIMP-4。部分CRKP集中分离科室的菌株间亲缘关系较远,同源性较低,尚未发现克隆传播现象。3.携带fosA3基因是我院CRE菌株对磷霉素耐药的主要原因,且fosA3基因可通过可移动元件水平传播;4.fos基因阴性CRE菌株多存在靶酶改变和转运体功能障碍,其中阴沟肠杆菌存在靶酶缺失或构像改变,肺炎克雷伯菌主要是glpT基因序列缺失和插入突变。但对于个别氨基酸突变是否导致靶酶改变、GlpT转运系统相关蛋白改变与磷霉素耐药之间关系需进一步分析。5.基于MALDI-TOF MS建立的两种快速筛查方法中,自建模型法对CPKP的敏感性较好,对CSKP的区分有一定的假阳性;两种底物的水解酶法比较发现,0.5g/L亚胺培南孵育30min的实验方案更适合临床应用。
二、基因扩增法快速检测阴沟肠杆菌Amp C β-内酰胺酶（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、基因扩增法快速检测阴沟肠杆菌Amp C β-内酰胺酶（论文提纲范文）
（1）显色LAMP快速检测CRE五大类碳青霉烯酶基因（论文提纲范文）
| 英汉缩略语名词对照 |
| 中文摘要 |
| 英文摘要 |
| 前言 |
| 1 材料与方法 |
| 2 结果 |
| 3 讨论 |
| 4 小结 |
| 参考文献 |
| 文献综述:耐碳青霉烯表型检测方法概述 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 硕士期间发表论文 |
（2）碳青霉烯类耐药肠杆菌科细菌耐药基因型的初步研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 英文缩写 |
| 引言 |
| 第一部分 碳青霉烯类耐药肠杆菌科细菌耐药性分析 |
| 前言 |
| 材料与方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 第二部分 碳青霉烯类耐药肠杆菌科细菌基因型分析及方法学评价 |
| 前言 |
| 材料与方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 第三部分 产MBL大肠埃希菌的全基因组重测序及特征分析 |
| 前言 |
| 材料与方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 综述 耐碳青霉烯类肠杆菌科的研究进展 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 个人简历 |
（3）MALDI-TOF MS在快速检测碳青霉烯类耐药肠杆菌目细菌中的应用价值研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 英文缩写 |
| 前言 |
| 材料与方法 |
| 结果 |
| 附图 |
| 附表 |
| 讨论 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 综述 MALDI-TOF MS在碳青霉烯类耐药肠杆菌目细菌中的应用 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 个人简历 |
（4）尿路感染病原菌分布和耐药性分析及PCR-量子点荧光技术在尿路感染病原菌鉴定中的应用（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| Abstract |
| 第一部分 4086株尿路感染病原菌分布和耐药性分析 |
| (一)前言 |
| (二)材料与方法 |
| 1 研究对象 |
| 2 试剂与仪器 |
| 3 研究方法 |
| 4 统计学分析 |
| (三)结果 |
| 1 病原菌的分布 |
| 2 尿液培养病原菌的耐药情况 |
| (四)讨论 |
| (五)结论 |
| 第二部分 PCR-量子点荧光技术在尿路感染病原菌鉴定中的应用 |
| (一)前言 |
| (二)材料与方法 |
| 1 研究对象 |
| 2 试剂与仪器 |
| 3 研究方法 |
| 4 统计学分析 |
| (三)结果 |
| 1 一般资料 |
| 2 PCR量子点荧光法与尿培养结果比较分析 |
| 3 PCR量子点荧光法与质谱结果比较分析 |
| (四)讨论 |
| (五)结论 |
| 参考文献 |
| 综述 尿路感染生物标志物和检测技术研究进展 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 攻读学位期间发表论文情况 |
| 致谢 |
（5）MALDI-TOF MS快速检测分纯菌落和血培养中肺炎克雷伯菌的碳青霉烯类药物敏感性（论文提纲范文）
| 主要英文缩略语 |
| 中文摘要 |
| 英文摘要 |
| 前言 |
| 第一部分 耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌的耐药性检测及同源性分析 |
| 材料与方法 |
| 1.实验材料 |
| 2.实验方法 |
| 实验结果 |
| 1.菌株基本信息及耐药情况 |
| 2.耐药性检测及常见碳青霉烯耐药基因检测 |
| 3.MALDI-TOF MS同源性分析 |
| 讨论 |
| 结论 |
| 第二部分 KPN分纯菌落的MALDI-TOF MS快速药敏试验 |
| 材料与方法 |
| 1.实验材料 |
| 2.实验方法 |
| 实验结果 |
| 1.20株CRKP菌株的微滴试验检测结果 |
| 2.20株IPM敏感的KPN菌株微滴试验结果 |
| 讨论 |
| 结论 |
| 第三部分 不同前处理联合MALDI-TOF MS微滴法对模拟血培养中KPN敏感性的快速检测效果 |
| 材料与方法 |
| 1.实验材料 |
| 2.实验方法 |
| 实验结果 |
| 1.模拟血培养瓶的仪器报阳时间和生长情况 |
| 2.差速离心法前处理的微滴试验检测结果 |
| 3.分离胶促凝管法前处理的微滴试验检测结果 |
| 4.直接稀释法前处理的微滴试验检测结果 |
| 5.三种前处理方法的比较 |
| 讨论 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 综述 |
| 参考文献 |
| 攻读学位期间发表论文情况 |
| 致谢 |
（6）质粒介导碳青霉烯类耐药基因在鸭屠宰链中水平传播机制研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第1章 前言 |
| 1.1 畜禽养殖环境中抗生素药物的使用情况 |
| 1.2 主要肠杆菌科多药耐药菌的研究进展 |
| 1.3 新型抗生素以及肠杆菌科细菌的耐药机制研究 |
| 1.4 细菌耐药基因的检测方法 |
| 1.5 可移动元件的介绍 |
| 1.6 课题研究的目的、意义及内容 |
| 第2章 鸭屠宰链的细菌流行情况分析及多重RPA检测方法的建立 |
| 2.1 材料 |
| 2.1.1 实验仪器 |
| 2.1.2 实验试剂 |
| 2.2 方法 |
| 2.2.1 样品采集 |
| 2.2.2 样品处理 |
| 2.2.3 肠杆菌科细菌的分离保种 |
| 2.2.4 菌落总数测定 |
| 2.2.5 菌种鉴定 |
| 2.2.6 多重RPA检测方法的建立 |
| 2.3 结果与分析 |
| 2.3.1 肠杆菌科细菌的分离培养 |
| 2.3.2 菌落总数的检测 |
| 2.3.3 肠杆菌的分离与鉴定结果 |
| 2.3.4 多重RPA法检测耐药基因的可行性评价结果 |
| 2.4 讨论 |
| 第3章 鸭屠宰链中肠杆菌科菌株的耐药性和传递性分析 |
| 3.1 材料 |
| 3.1.1 菌株来源 |
| 3.1.2 仪器与设备 |
| 3.1.3 实验试剂 |
| 3.2 方法 |
| 3.2.1 K-B法检测肠杆菌科细菌的耐药表型 |
| 3.2.2 肠杆菌科细菌中耐药基因的筛查 |
| 3.2.3 产酶实验 |
| 3.2.4 质粒结合转移实验 |
| 3.3 结果 |
| 3.3.1 肠杆菌科细菌的耐药表型结果 |
| 3.3.2 肠杆菌科细菌的耐药基因检测结果 |
| 3.3.3 Carba NP法产酶实验结果 |
| 3.3.4 接合转移实验结果 |
| 3.4 讨论 |
| 第4章 多药耐药质粒的水平转移研究 |
| 4.1 材料 |
| 4.1.1 菌株来源 |
| 4.1.2 仪器与设备 |
| 4.1.3 实验试剂 |
| 4.2 方法 |
| 4.2.1 耐药质粒DNA的提取及检测 |
| 4.2.2 质粒测序分析 |
| 4.2.3 质粒序列的生物信息学分析 |
| 4.3 结果 |
| 4.3.1 耐药质粒的测序结果和精细注释 |
| 4.3.2 纳入分析的耐药质粒的概况 |
| 4.3.3 质粒的骨架区结构分析 |
| 4.3.4 质粒的多药耐药区分析 |
| 4.4 讨论 |
| 第5章 总结与展望 |
| 5.1 总结 |
| 5.1.1 屠宰环境中细菌流行情况分析 |
| 5.1.2 屠宰环境中肠杆菌科细菌的耐药表型和多重耐药性分析 |
| 5.1.3 屠宰环境中肠杆菌科细菌的耐药基因检测以及耐药性转移分析 |
| 5.1.4 多药耐药质粒测序与基因组学分析 |
| 5.2 展望 |
| 参考文献 |
| 攻读硕士学位期间发表论文 |
| 致谢 |
（7）食品中弧菌的耐药性和致病性研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 缩略词 |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 食品中常见弧菌及其生物学特性 |
| 1.1.1 副溶血性弧菌 |
| 1.1.2 溶藻弧菌 |
| 1.1.3 霍乱弧菌 |
| 1.1.4 创伤弧菌 |
| 1.2 弧菌耐药性研究进展 |
| 1.2.1 常见弧菌的耐药性现状 |
| 1.2.2 弧菌常见的耐药机制 |
| 1.3 弧菌中的β-内酰胺酶 |
| 1.3.1 CIT型 AmpC酶 |
| 1.3.2 TEM、CTX-M、VEB、PER型 ESBLs |
| 1.3.3 IMP、VIM、NDM型金属β-内酰胺酶 |
| 1.4 创伤弧菌的致病特征及毒力因子 |
| 1.5 本课题研究目的及主要内容 |
| 1.5.1 研究目的 |
| 1.5.2 研究内容 |
| 第二章 深圳市南山区食品中弧菌流行病学与耐药性分析 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 实验材料 |
| 2.1.2 实验方法 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.2.1 南山区食源性弧菌的总体检出情况 |
| 2.2.2 南山区食源性弧菌药敏实验结果 |
| 2.3 讨论 |
| 2.4 本章小结 |
| 第三章 头孢类耐药弧菌遗传多样性分析及耐药基因鉴定 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 实验材料 |
| 3.1.2 实验方法 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 头孢类耐药弧菌遗传多样性分析结果 |
| 3.2.2 头孢类耐药弧菌耐药基因鉴定结果 |
| 3.3 讨论 |
| 3.4 本章小结 |
| 第四章 新型β-内酰胺酶的检测、克隆表达及功能分析 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.1.1 实验材料 |
| 4.1.2 实验方法 |
| 4.2 结果与分析 |
| 4.2.1 金属β-内酰胺酶基因阳性菌产酶能力实验结果 |
| 4.2.2 新型β-内酰胺酶基因克隆表达与蛋白纯化结果 |
| 4.2.3 新型β-内酰胺酶药敏实验结果 |
| 4.2.4 新型金属β-内酰胺酶活力结果 |
| 4.3 讨论 |
| 4.4 本章小结 |
| 第五章 弧菌中可移动遗传元件的生物信息学分析 |
| 5.1 材料与方法 |
| 5.1.1 实验材料 |
| 5.1.2 实验方法 |
| 5.2 结果及分析 |
| 5.2.1 bla_(CTX-Ms)的基因环境分析结果 |
| 5.2.2 bla_(NDM-1) 的基因环境分析结果 |
| 5.2.3 bla_(VIM-1) 的基因环境分析结果 |
| 5.2.4 bla_(VMB-1) 的基因环境分析结果 |
| 5.3 讨论 |
| 5.4 本章小结 |
| 第六章 食源性创伤弧菌的流行特征及毒力分析 |
| 6.1 材料与方法 |
| 6.1.1 实验材料 |
| 6.1.2 实验方法 |
| 6.2 结果与分析 |
| 6.2.1 创伤弧菌流行特征 |
| 6.2.2 毒力评价 |
| 6.2.3 生物被膜成膜能力检测结果 |
| 6.3 讨论 |
| 6.4 本章小结 |
| 结论与展望 |
| 1.结论 |
| 2.创新点 |
| 3.展望 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 作者简介 |
（8）碳青霉烯类耐药肠杆菌科细菌对消毒剂抗性研究及同源性分析（论文提纲范文）
| 附录 |
| 中文摘要 |
| 英文摘要 |
| 引言 |
| 材料和方法 |
| 1.标本来源 |
| 2.主要试剂与仪器 |
| 3.实验方法 |
| 3.1 菌株复活 |
| 3.2 抗菌药物敏感性实验 |
| 3.3 消毒剂最低抑菌浓度测定实验 |
| 3.4 耐消毒剂基因的检测 |
| 3.5 同源性分析 |
| 3.6 统计学分析 |
| 结果 |
| 1.70株CRE菌株的基本情况 |
| 2.碳青霉烯类耐药肠杆菌科细菌(CRE)的药敏试验结果 |
| 3.碳青霉烯类耐药肠杆菌科细菌(CRE)的表型耐药模式分析结果 |
| 4.六种消毒剂最低抑菌浓度(MIC 值)的检测结果 |
| 5.耐消毒剂基因检测结果 |
| 6.PFGE基因分型结果 |
| 讨论 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 文献综述 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
（9）改良Hodge、CIM、Carba NP实验检测肠杆菌科细菌碳青霉烯酶的研究（论文提纲范文）
| 中英文缩略词对照表 |
| 中文摘要 |
| 英文摘要 |
| 前言 |
| 研究材料（资料、内容）与方法 |
| 1.研究材料 |
| 1.1 菌株来源 |
| 1.2 仪器与试剂 |
| 1.3 试剂配制 |
| 2 目的菌种筛选 |
| 3 实验方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 综述 |
| 参考文献 |
| 作者简介及读研期间主要科研成果 |
| 致谢 |
（10）耐碳青霉烯肠杆菌科细菌的耐药机制及MALDI-TOF在碳青霉烯酶快速检测中的应用研究（论文提纲范文）
| 缩略词表 |
| 中文摘要 |
| 英文摘要 |
| 前言 |
| 第一部分 CRE菌株的耐药性分析及耐药基因检测 |
| 1 引言 |
| 2.材料和方法 |
| 3.结果 |
| 4.分析与讨论 |
| 第二部分 CRE菌株对磷霉素的敏感性及耐药机制研究 |
| 1.引言 |
| 2.材料和方法 |
| 3.结果 |
| 4.分析与讨论 |
| 第三部分 CRE菌株对磷霉素耐药机制相关的靶酶基因和转运系统的研究 |
| 1.引言 |
| 2.材料和方法 |
| 3.结果 |
| 4.分析与讨论 |
| 第四部分 基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱快速检测临床CRE菌株能力的研究 |
| 1.引言 |
| 2.材料和方法 |
| 3.结果 |
| 4.分析与讨论 |
| 全文小结 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 致谢 |
| 综述及参考文献 |
| 参考文献 |
四、基因扩增法快速检测阴沟肠杆菌Amp C β-内酰胺酶（论文参考文献）
- [1]显色LAMP快速检测CRE五大类碳青霉烯酶基因[D]. 冯文娟. 重庆医科大学, 2021(01)
- [2]碳青霉烯类耐药肠杆菌科细菌耐药基因型的初步研究[D]. 唐杰. 河北医科大学, 2021(02)
- [3]MALDI-TOF MS在快速检测碳青霉烯类耐药肠杆菌目细菌中的应用价值研究[D]. 刘璐. 承德医学院, 2021(01)
- [4]尿路感染病原菌分布和耐药性分析及PCR-量子点荧光技术在尿路感染病原菌鉴定中的应用[D]. 李玉武. 大连医科大学, 2021(01)
- [5]MALDI-TOF MS快速检测分纯菌落和血培养中肺炎克雷伯菌的碳青霉烯类药物敏感性[D]. 刘明聪. 大连医科大学, 2020(03)
- [6]质粒介导碳青霉烯类耐药基因在鸭屠宰链中水平传播机制研究[D]. 陆诗铫. 浙江工商大学, 2020(05)
- [7]食品中弧菌的耐药性和致病性研究[D]. 郑志伟. 西北农林科技大学, 2019(02)
- [8]碳青霉烯类耐药肠杆菌科细菌对消毒剂抗性研究及同源性分析[D]. 李丽丽. 福建医科大学, 2019(07)
- [9]改良Hodge、CIM、Carba NP实验检测肠杆菌科细菌碳青霉烯酶的研究[D]. 李婕. 皖南医学院, 2019(12)
- [10]耐碳青霉烯肠杆菌科细菌的耐药机制及MALDI-TOF在碳青霉烯酶快速检测中的应用研究[D]. 刘彩霞. 安徽医科大学, 2018(04)