铁蛋白在虾夷扇贝新品种“海大金贝”高抗逆性中的作用及机理研究

铁蛋白在虾夷扇贝新品种“海大金贝”高抗逆性中的作用及机理研究

论文摘要

1“海大金贝”和普通虾夷扇贝的蛋白组学初步比较分析与外界环境、病害生物和敌害生物相比,遗传结构是影响扇贝存活率的最根本的因素。为了保证扇贝养殖业的持续健康发展,需改善和培育高抗逆性的扇贝。近年来,分子标记辅助育种工作已被全面开展,对抗逆性分子标记的筛查也越来越多。本文以富含类胡萝卜素且具高抗逆性的虾夷扇贝新品种“海大金贝”为材料,对其高抗性进行了分子机理的探索。本研究运用蛋白组学的方法对“海大金贝”和普通虾夷扇贝雄性性腺中的差异蛋白进行了分析比较,最终得到7个差异蛋白点,即proteasome subunit alpha type-1(PS),fructose-bisphosphate aldolase(FBA),peroxisomal3,2-trans-enoyl-CoA isomerase (PECI),chaperonin containingTCP1(CCT),ferritin (FTN),elongation factor1-beta (EF1B)和β-tubulin (TUBB)。同时,Real-time PCR分析表明其中四个基因(PS, FBA, PECI and CCT)的mRNA表达含量及其蛋白的含量在两种虾夷扇贝中是一致的。分析表明:1)这些差异基因参与了各种各样的生物过程,如脂类和糖类代谢过程、蛋白折叠和降解过程。2)类胡萝卜素累积可能影响了PPARs代谢通路,而使上述基因的表达发生了变化。3)铁蛋白FTN在先天免疫系统中的重要作用,可作为研究“海大金贝”高抗逆性的重要候选基因。本研究为海洋软体动物类胡萝卜素累积的研究开启了崭新的一页并奠定了一定的分子基础。2虾夷扇贝六种铁蛋白亚基的鉴定及特征分析作为一种重要的铁离子储存蛋白,铁蛋白在维系胞内铁离子平衡和先天防御过程中起着重要的作用。本研究中,成功克隆了6个虾夷扇贝铁蛋白亚基(PyFer1,PyFer2, PyFer3, PyFer4, PyFer5和PyFer6)的cDNA及DNA序列;其中,PyFer1、PyFer2、PyFer3和PyFer4均由4个外显子和3个内含子组成,PyFer5由7个外显子和6个内含子组成,PyFer6则由5个外显子和4个内含子组成。在PyFer4和PyFer6第二个内含子区域,存在小卫星序列。除了PyFer5和PyFer6外,其余4个虾夷扇贝铁蛋白5’-UTR区域都含有铁反应调控元件IRE。与此同时,在PyFer2、PyFer4和PyFer6的3’-UTR区域分别存在3、17和1个A+U mRNA不稳定原件(TATT或ATTTA)。6种铁蛋白亚基ORF长度分别为522、516、516、519、687和663bp,编码173、171、171、172、228和220个氨基酸。这些铁蛋白均含有典型的铁蛋白结构特征,即4个长α螺旋,1个短α螺旋,1个长环。生物信息学预测结果显示,PyFer1、PyFer2、PyFer3和PyFer4不但含有铁氧化酶作用中心(E Y E E H E Q),还含有铁水合作用位点(D E E),而PyFer5仅含有铁氧化酶作用中心,PyFer6并不含有完整的铁氧化酶作用中心。PyFer1、PyFer2、PyFer3和PyFer4理化性质较为相似,属于胞质型可溶蛋白;而PyFer5和PyFer6铁蛋白N端含有信号肽序列,属于分泌型可溶蛋白。定量PCR分析显示,6种铁蛋白亚基在虾夷扇贝D型幼虫期表达量均有显著的提升,在成体虾夷扇贝外套膜和肝胰腺中的表达量较高。虾夷扇贝受铁或者鳗弧菌胁迫后,6种铁蛋白的表达量均有了显著的变化。重组蛋白(rPyFer1、rPyFer2、rPyFer3和rPyFer4)展示了明显的铁氧化酶和抑菌活性。细胞定位显示,铁蛋白广泛分布在虾夷扇贝不同细胞类型中。以上结果表明这6种铁蛋白可能参与了虾夷扇贝多个基础生理活动,如免疫应答、铁离子平衡和贝壳形成过程。3铁蛋白在“海大金贝”高抗逆性中的作用作为一种重要的铁离子储存蛋白,铁蛋白参与了虾夷扇贝的免疫应答、铁离子平衡和贝壳形成等多个基础生理活动过程。本实验以普通虾夷扇贝和“海大金贝”为材料,对两者经过铁或鳗弧菌胁迫后6种铁蛋白的反应灵敏度进行了比较,发现与普通虾夷扇贝相比,“海大金贝”中的6种铁蛋白均表现出更敏感快捷的反应,表明铁蛋白可能在“海大金贝”的高抗逆性中起着重要的作用。

论文目录

  • 摘要
  • Abstract
  • 目录
  • 第一章 文献综述
  • 0 引言
  • 1 虾夷扇贝新品种“海大金贝”的成功培育及其特性
  • 1.1 “海大金贝”的培育历程
  • 1.2 “海大金贝”主要色素的分离鉴定
  • 1.3 类胡萝卜素的生物学功能
  • 1.4 “海大金贝”与普通虾夷扇贝类胡萝卜素累积情况比较
  • 1.5 “海大金贝”的优良性状
  • 2 影响虾夷扇贝存活率的因素
  • 2.1 外界环境
  • 2.1.1 温度
  • 2.1.2 重金属
  • 2.1.3 溶解氧
  • 2.1.4 盐度和 PH
  • 2.2 病害生物
  • 2.2.1 细菌
  • 2.2.2 病毒
  • 2.2.3 原生动物
  • 2.3 敌害生物
  • 2.4 自身因素
  • 3 差异基因筛查方法
  • 3.1 mRNA 水平上的筛查
  • 3.1.1 抑制性消减杂交
  • 3.1.2 基因表达连续性分析
  • 3.1.3 RNA-seq
  • 3.2 蛋白质水平上的筛查
  • 3.2.1 双向电泳技术
  • 3.2.2 iTRAQ
  • 4 铁蛋白概述
  • 4.1 铁离子的重要性
  • 4.1.1 生命活动中的双刃剑—铁
  • 4.1.2 铁与先天免疫系统
  • 4.2 铁蛋白
  • 4.2.1 铁蛋白的结构及类型
  • 4.2.2 铁蛋白的细胞位置
  • 4.2.3 铁蛋白的表达调控
  • 4.2.4 铁蛋白与先天免疫系统
  • 第二章 “海大金贝”和普通虾夷扇贝蛋白组学初步比较分析
  • 0 引言
  • 1 材料与方法
  • 1.1 实验材料
  • 1.2 样品准备
  • 1.3 双向电泳
  • 1.4 电泳图像分析
  • 1.5 ESI QqTOF 质谱测定
  • 1.6 质谱解析
  • 1.7 基因表达量分析
  • 2 实验结果
  • 2.1 “海大金贝”与普通虾夷扇贝♂性腺双向电泳结果
  • 2.2 荧光定量 PCR 结果
  • 3 讨论
  • 第三章 六种虾夷扇贝铁蛋白亚基的克隆、鉴定及特征分析
  • 0 引言
  • 第一节 虾夷扇贝铁蛋白克隆及生物信息学特征分析
  • 1 材料与方法
  • 1.1 实验材料
  • 1.2 肝胰腺总 RNA 提取
  • 1.3 虾夷扇贝铁蛋白 cDNA 全长序列的获得
  • 1.4 虾夷扇贝铁蛋白 DNA 序列
  • 1.5 生物信息学分析铁蛋白序列特征
  • 2 实验结果
  • 2.1 虾夷扇贝铁蛋白 DNA 序列特征
  • 2.2 虾夷扇贝铁蛋白 cDNA 及编码氨基酸特征
  • 2.3 虾夷扇贝铁蛋白功能位点和高级结构分析
  • 2.4 虾夷扇贝铁蛋白理化性质预测结果
  • 2.5 虾夷扇贝铁蛋白同源性及系统发生分析
  • 3 讨论
  • 第二节 虾夷扇贝铁蛋白表达分析
  • 1 材料与方法
  • 1.1 实验材料
  • 1.2 RNA 提取
  • 1.3 cDNA 第一链的合成
  • 1.4 虾夷扇贝铁蛋白基因表达分析
  • 2 实验结果
  • 2.1 虾夷扇贝幼虫期铁蛋白表达分析
  • 2.2 成体虾夷扇贝各组织铁蛋白表达分析
  • 2.3 虾夷扇贝受胁迫后肝胰腺内铁蛋白表达分析
  • 3 讨论
  • 第三节 重组铁蛋白特征分析及虾夷扇贝铁蛋白细胞定位
  • 1 材料与方法
  • 1.1 实验材料
  • 1.2 实验试剂和仪器
  • 1.3 虾夷扇贝肝胰腺 RNA 提取
  • 1.4 cDNA 第一链的合成
  • 1.5 虾夷扇贝铁蛋白原核表达载体 pET28a-PyFer 的构建
  • 1.6 重组铁蛋白在大肠杆菌内的诱导表达条件优化
  • 1.7 重组铁蛋白纯化
  • 2+-NTA 柱对含有重组铁蛋白菌体的上清液进行纯化'>1.7.1 用 Ni2+-NTA 柱对含有重组铁蛋白菌体的上清液进行纯化
  • 2+-NTA 柱对重组铁蛋白包涵体进行纯化'>1.7.2 用 Ni2+-NTA 柱对重组铁蛋白包涵体进行纯化
  • 1.8 虾夷扇贝重组铁蛋白活性分析
  • 1.8.1 铁氧化酶活性分析
  • 1.8.2 抑菌活性分析
  • 1.9 虾夷扇贝铁蛋白细胞定位
  • 1.9.1 虾夷扇贝铁蛋白多克隆抗体制备
  • 1.9.2 Western blot 分析
  • 1.9.3 虾夷扇贝组织石蜡切片制备
  • 1.9.4 虾夷扇贝铁蛋白组织定位
  • 2 结果
  • 2.1 四种虾夷扇贝重组铁蛋白性质
  • 2.2 重组铁蛋白诱导表达条件优化
  • 2.3 可溶性重组铁蛋白的纯化及活性分析
  • 2.4 包涵体内重组铁蛋白纯化及 western blot 分析
  • 2.5 铁蛋白在虾夷扇贝组织中的定位
  • 3 讨论
  • 第四章 候选基因表达情况与虾夷扇贝抗逆性的关系
  • 0 引言
  • 1 材料与方法
  • 1.1 实验材料
  • 1.2 RNA 提取
  • 1.3 cDNA 第一链的合成
  • 1.4 两品种虾夷扇贝内 6 种铁蛋白基因表达差异分析
  • 2 实验结果
  • 2.1 “海大金贝”和普通虾夷扇贝各组织间 6 种铁蛋白表达差异分析
  • 2.2 受铁离子胁迫后,两种虾夷扇贝肝胰腺内 6 种铁蛋白表达变化趋势分析
  • 2.3 受鳗弧菌胁迫后,两种虾夷扇贝肝胰腺内 6 种铁蛋白表达变化趋势分析
  • 3 讨论
  • 参考文献
  • 附录
  • 致谢
  • 个人简历
  • 发表的学术论文
  • 已申请的国家专利
  • 相关论文文献

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