中国中西部9个地方绵羊品种mtDNA遗传多样性与系统进化研究

论文题目: 中国中西部9个地方绵羊品种mtDNA遗传多样性与系统进化研究

论文类型: 博士论文

论文专业: 动物遗传育种与繁殖

作者: 王昕

导师: 陈宏,马月辉

关键词: 绵羊,多样性,起源进化

文献来源: 西北农林科技大学

发表年度: 2005

论文摘要: 本研究从中国河南、陕西、甘肃和新疆等省、市自治区采集了河南大尾羊(HN,52 只)、汉中绵羊(HZ,50 只)、兰州大尾羊(LZ,42 只)、岷县黑裘皮羊(QP,48 只)、乔科羊(QK,56 只)、欧拉羊(OL,48 只)、甘加羊(GJ,47 只)、巴什拜羊(BSB,48 只)和塔什库尔干羊(TSK,47只)9 个地方品种,并在北京昌平基地羊场采集了外来纯种萨福克绵羊(SFK,30 只)作为对照。通过PCR-SSCP 及DNA 测序的方法对这些品种(共468 个体)线粒体DNA 编码区的Cytb、COI、ND2、ND4、12S rRNA 和16SrRNA 基因设计特异性引物进行多态性分析,并通过测序分析找出了导致多态的变异位点。首次利用D-loop 和Cytb 基因的全序列对我国的绵羊品种进行起源进化和多态性研究,结果如下: 1.　对于编码区基因PCR-SSCP 及DNA 测序的分析结果　　1.1　在上述6 个基因上共设计了10 对特异性引物,结果5 对引物表现出多态性。在PCR-SSCP 分析的基础上据它们在带型上表现出的差异,分别命名为A、B和C 单倍型。中国9 个地方绵羊品种在除SP2 引物之外的其他4 个多态位点上存在A、B和C 三种单倍型,而且A 单倍型出现的频率高于B、C 单倍型。对于欧洲品种萨福克绵羊来说只存在A、B两种单倍型,且B 单倍型的频率高于A 单倍型的频率。1.2 SP2 位点只在萨福克绵羊中具有多态性,而在其他绵羊品种中没有多态性。通过进一步的测序分析发现,造成这种差异的原因是由于27(在COⅠ上的位置为252)位的碱基C←→T 间的突变造成。A 单倍型在此处为T 碱基,B单倍型在此处为C 碱基,SP2 位点可用来区别中国地方品种和外来品种。1.3 SP4 位点在除塔什库尔干绵羊和萨福克绵羊外的其他8 个品种中都表现出3 种单倍型。河南大尾羊、汉中绵羊和塔什库尔干绵羊在SP5 位点上存在A 和B两种单倍型,没有C 单倍型,而且C单倍型在其它几个绵羊品种中出现的概率也比较低。在SP9 位点上,汉中绵羊和萨福克绵羊没有多态性,兰州大尾羊存在A 和C 两种单倍型。相对于其它位点来说,SP10 位点的多态性较高。1.4 SP4、SP5、SP9 和SP10 位点在10 个绵羊品种中分别对32、25、47 和23 个个体进行了序列测定,结果:SP4 的核苷酸序列多样性为4.9%,其中155(T→C)、171(A→G)位点处的碱基替换为C 单倍型所特有,162(C→T)位点处的碱基替换为A 单倍型所特有,129(T→C)处的碱基替换为A、C 单倍型所共有。SP5 位点的核苷酸多样性为4.17%,195 位点处的碱基T→C

论文目录:

前言

第一章 文献综述

1 遗传标记发展的历史

1.1 形态学标记

1.2 染色体标记与血液蛋白标记

1.3 DNA 标记

1.3.1 随机扩增多态性DNA

1.3.2 限制性片段长度多态性

1.3.3 微卫星标记技术

1.3.4 单核苷酸多态性及其应用

2 mtDNA 多态性研究

2.1 mtDNA 的结构特征

2.2 mtDNA 的遗传特性

2.2.1 mtDNA 的母系遗传以及父系渗入现象的研究进展

2.2.2 mtDNA 的多态性和异质性

2.3 mtDNA 的进化

3 线粒体DNA 在研究起源进化中的应用

3.1 Cytb 基因的应用

3.2 D-loop 区的应用

4 人类线粒体疾病

5 结束语

第二章 mtDNA 编码基因的PCR-SSCP 及测序分析

1 材料与方法

1.1 样品采集

1.2 试验方法

1.2.1 主要试剂

1.2.2 主要仪器设备

1.2.3 主要试剂的配制

1.2.4 组织DNA 的提取

1.2.5 试验所用引物

1.2.6 PCR 扩增反应

1.3 编码蛋白基因的克隆测序分析

1.4 数据的统计处理

2 结果与分析

2.1 中国绵羊mtDNA 编码基因的PCR-SSCP 分析结果

2.2 编码基因的序列测定结果与分析

2.2.1 PCR 产物的纯化回收结果

2.2.2 用于蓝白斑筛选的细菌菌落生长结果

2.2.3 质粒DNA 的酶切及PCR 鉴定

2.3 编码基因的序列多态性分析

3 讨论

4 小结

第三章 mtDNA D-loop及 Cytb基因的全序列分析

1 材料与方法

1.1 样本来源(同第二章,略)

1.2 试验方法

1.2.1 PCR 引物

1.2.2 克隆测序(同第二章,略)

1.3 数据的统计处理

1.3.1 核苷酸序列多态性分析

1.3.2 单倍型间的系统进化分析

1.3.3 单倍型间的网络分析

2 结果与分析

2.1 D-loop 区的序列分析

2.1.1 mtDNA D-loop 区的核苷酸序列变异分析

2.1.2 mtDNA D-loop 区的核苷酸多态性分析

2.1.3 D-loop 区的系统树构建与中国绵羊的起源进化分析

2.1.4 10 个绵羊品种的聚类分析

2.2 细胞色素b 基因的序列分析

2.2.1 Cytb 基因的核苷酸变异分析

2.2.2 Cytb 基因的DNA 序列多态性分析

2.2.3 Cytb 基因的系统进化树的构建

3 讨论

3.1 中国绵羊品种的起源进化研究

3.2 中国绵羊品种的遗传多样性

3.3 关于建树方法的选择

3.4 关于序列数据在推断系统发育关系上的可靠性问题

4 小结

第四章 结论

1 对于编码区基因PCR-SSCP 及DNA 测序的分析结果

2 D-loop 区全序列的分析结果

3 Cytb 基因全序列的分析结果

参考文献

附录1:D-loop 区ME 法系统进化矩形树与环形树

附录2:D-loop 区UPGMA法系统进化矩形树

附录3:10 个绵羊品种D-loop 区全序列多态位点的分析结果

致谢

作者简介

发布时间: 2005-12-22

参考文献

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• [10].中国部分绵羊群体的起源、遗传多样性及保护研究[D]. 赵倩君.中国农业科学院2007

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