论文摘要
鸡传染性支气管炎（IB）是由鸡传染性支气管炎病毒（IBV）引起的一种鸡的急性、高度接触性传染病。现在已经在全球流行蔓延,给世界家禽养殖业带来极大的经济损失。由于禽传染性支气管炎病毒（IBV）频繁的基因点突变和重组,目前已经出现了许多不同的血清型和基因型毒株,并且它们之间缺乏交叉保护性或交叉保护性低,所以分析某地区流行的IBV的基因组结构特点,有助于IB的防控。先前研究证实,近年来四川IBV分离株基因型主要是LX4即QX-like型。从S1基因进化树分析推出Sczy3分离株属于QX型,但是Sczy3基因组的其他基因片段还未被测序。本研究应用RT-PCR方法对Sczy3分离株基因组全序列进行测定,结果表明Sczy3分离株具有典型的禽状病毒基因序列特征5’Cap-1a-1b-S-3a-3b-（E）-M-5a-5b-N-3’Poly A。Sczy3分离株基因组长27695bp,含有10个开放阅读框（ORF）。Gene 1 （复制转录酶）含有两个开放阅读框ORF1a和ORF1b,分别由11856和7959个核苷酸组成,编码3951个和2652个氨基酸；Gene2（纤突蛋白基因,S）含有一个开放阅读框由3498个核苷酸组成,编码1165个氨基酸,其中S1基因编码540个氨基酸。Gene3（辅助蛋白基因）包括三个开放阅读框ORF 3a、ORF 3b和ORF3c（E）,分别编码57、62和108个氨基酸；Gene 4（膜蛋白基因,M）一个开放阅读框,由678个核苷酸组成,编码225个氨基酸；Gene 5（辅助蛋白基因）含三个开放阅读框ORF 5a和ORF 5b,分别编码65和82个氨基酸；Gene 6（核衣壳蛋白基因,N）由1230个核苷酸组成,编码409个氨基酸。部分相邻基因间有重叠现象。Gene 1和Gene 2重叠110 nt, Gene 2和Gene 3重叠32 nt, Gene 3和Gene 4重叠114 nt, Gene 5和Gene 6重叠159 nt。核酸序列同源性比较表明Sczy3与参考毒株基因组序列同源性在86.1%-94.1%之间,与QX-like IBV有核苷酸同源性最高,与Mass型IBV核苷酸同源性最低。S蛋白裂解位点分析表明H-R-R-R-R不是中国分离毒株特有的裂解位点。系统进化树分析显示,与LX4型IBV亲缘关系较近,与Mass型Conn型IBV毒株亲缘关系很远。重组分析推测,Sczy3是一株嵌合IBV毒株,假定亲本毒株是LX4和H120。综上所述,本实验课题为深入研究IBV在中国的演变特征,以及IBV的反向遗传学提供参考依据,同时也丰富了冠状病毒IBV的生物信息数据库。
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标签：禽传染性支气管炎病毒论文; 基因组论文; 进化树分析论文; 重组论文;