猪thrsp基因编码区多态性及其与猪产脂能力的关联性

论文摘要

甲状腺激素应答Spot14(THRSP)是甲状腺激素诱导的核内蛋白，对动物脂肪生成具有重要的调控作用。为了探明中国地方猪品种（脂肪型）和引入品种（瘦肉型）胴体脂肪沉积之差异的遗传机理，本研究提取脂肪型猪（皖南花猪、绩溪黑猪、定远猪，N=228）和瘦肉型猪(长白猪、大白猪、杜洛克及其杂种猪，N=92)的耳组织DNA，检测thrsp基因编码区的SNP，分析其变异对mRNA折叠和蛋白质二级结构的影响以及在群体中的分布规律，研究其变异与猪产脂能力之间的关联性。结果发现猪thrsp基因编码区的核苷酸序列与人和牛的同源性分别为86%和88%。存在2个SNPs位点（G123A和A308G）分别位距CDS起点的123bp和308bp处，其中G123A为同义突变，而A308G导致THRSP蛋白质103位的赖氨酸变为精氨酸，引起了酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点由TKEE转变为TREE，并产生了2种类型的mRNA折叠和蛋白质二级结构。脂肪型猪群中123G和308A的频率分别为0.9759和0.5899，瘦肉型猪群的123G和308A频率分别为0.6577和0.8152；脂肪型猪123G308A和123G308G配子的总频率达到0.97以上，而瘦肉型猪的123A308A和123G308A配子的总频率为0.8153。结果提示，thrsp基因编码区的G123A和A308G位点多态性与猪脂肪生成能力密切关联，对脂肪生成相关基因表达可能具有重要的调节作用。

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摘要

Abstract

略词语表

猪脂肪沉积的调控及其候选基因研究进展

1 引言

2 材料与方法

2.1 实验材料

2.1.1 供试样本采集

2.1.2 主要试剂

2.1.3 主要仪器设备

2.1.4 软件工具

2.1.5 溶液试剂配制

2.2 猪耳组织 DNA 的提取及检测

2.2.1 猪耳组织 DNA 的提取步骤

2.2.2 DNA 浓度和纯度的检测

2.3 引物设计和 PCR 扩增及检测

2.3.1 引物设计

2.3.2 PCR 扩增

2.3.3 琼脂糖凝胶电泳检测

2.3.4 RFLP 分析

2.4 群体遗传学研究方法

2.4.1 基因频率

2.4.2 基因型频率

2.4.3 群体杂合度

2.4.4 多态信息含量

2.4.5 群体 Hardy-Weinberg 平衡检测

2.4.6 分析软件

3 结果与分析

3.1 目的片段的序列分析

3.2 SNPs 检测

3.3 不同产脂能力猪 G123A 和 A308G 的群体动力学分析

3.4 G123A 和 A308G 变异对不同产脂能力猪 mRNA 折叠的影响

3.5 不同产脂能力猪 thrsp 基因密码子的倾向性使用及其蛋白质二级结构的差异

3.6 G123A 和 A308G 突变位点蛋白质特性变化

4 讨论

4.1 关于试验猪群

4.2 关于 thrsp 基因

4.3 关于 thrsp 基因的多态性

5 结论

参考文献

致谢

作者简介

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