应用微卫星标记对部分中国黄牛品种遗传多样性的研究

论文摘要

本研究选用联合国粮农组织（FAO）和国际动物遗传学会（ISAG）联合推荐的12对微卫星引物,以ABI3100-Avant全自动基因序列分析仪为平台,结合荧光-多重PCR技术,检测了9个中国地方牛品种和3个外来牛品种群体的基因型。通过计算平均遗传杂合度、多态信息含量、奈氏遗传距离和奈氏标准遗传距离,采用邻近结合法和非加权组对算术平均聚类法,分析了12个中外黄牛品种的群体内和群体间的遗传变异,结果如下:1、9个中国地方黄牛的遗传资源丰富,变异范围较大。在12个微卫星座位上拥有的等位基因数（4-17）比外来品种（4-11）要高,拥有的特有等位基因（14）也比3个外来品种要多（3）。9个地方黄牛品种的平均遗传杂合度（0.712-0.827）和多态信息含量（0.65-0.80）均高于三个外来品种牛。其中郏县红牛群体内遗传变异最高。2、9个地方黄牛品种与3个外来牛种之间有很大差异,两者之间遗传距离较大。9个地方黄牛品种之中,恩施黄牛、黎平黄牛、昭通黄牛和川南山地牛之间的遗传距离都很小（DA和DS均为0.08以下）,郏县红牛、平陆山地牛和早胜牛之间遗传距离也很小（DS在0.05以下）,而延边牛和长白地方牛与其他地方黄牛品种之间的遗传距离都很大。在3个外来品种中,西门塔尔牛与夏洛来牛的遗传距离（DS为0.1109）较小。3、综合聚类分析和总结其他人的研究结果,印证了《中国牛品种志》所提到的延边牛、长白地方牛为同种异名。4、12个中外牛品种被聚为4类:Ⅰ类属于南方黄牛品种,包括恩施黄牛、黎平黄牛、昭通黄牛和川南山地牛;Ⅱ类属于中原黄牛品种,包括郏县红牛、平陆山地牛和早胜牛;Ⅲ类属于北方黄牛,包括延边牛和长白地方牛;Ⅳ类属于外来牛品种,包括西门塔尔牛、夏洛来牛和德国黄牛。5、本文所用的12个微卫星座位,属于高度多态性座位,可以用于黄牛的遗传多样性的分析研究。

论文目录

• 中文摘要
• 英文摘要
• 1 引言
• 1.1 畜禽遗传资源保护理论及保种方法
• 1.1.1 保种理论
• 1.1.2 保种方法
• 1.2 畜禽遗传多样性的评估方法
• 1.2.1 形态学水平
• 1.2.2 染色体水平
• 1.2.3 血液蛋白水平
• 1.2.4 分子水平
• 1.3 微卫星标记
• 1.3.1 微卫星DNA 的含义及其分布
• 1.3.2 序列示踪微卫星位点
• 1.3.3 微卫星位点的多态性及其遗传特点
• 1.3.4 微卫星标记的特性
• 1.3.5 微卫星分析的方法
• 1.4 中国黄牛概况
• 1.4.1 中国黄牛在动物分类学上的地位
• 1.4.2 中国黄牛的分类
• 1.5 本研究的目的和意义
• 2 材料与方法
• 2.1 实验材料
• 2.1.1 实验动物
• 2.1.2 主要实验仪器设备
• 2.1.3 主要的常用试剂
• 2.1.4 ABI3100 使用的化学试剂
• 2.1.5 常用试剂的配制
• 2.2 试验方法
• 2.2.1 血液DNA 提取
• 2.2.2 微卫星引物
• 2.2.3 PCR 扩增反应体系和反应条件
• 2.2.4 PCR 扩增产物的检测
• 2.2.5 微卫星DNA 多态性分析
• 2.2.6 统计分析方法及软件
• 3 结果与分析
• 3.1 DNA 的提取
• 3.2 PCR 扩增产物的聚丙烯酰胺凝胶电泳银染检测
• 3.3 ABI3100 的检测
• 3.4 微卫星座位的复等位基因
• 3.5 群体内的遗传变异
• 3.5.1 Hardy-Weinberg 平衡检验
• 3.5.2 特有等位基因及其频率
• 3.5.3 优势等位基因及其频率
• 3.5.4 共有等位基因
• 3.5.5 多态信息含量
• 3.5.6 平均遗传杂合度
• 3.6 群体间的遗传变异
• 3.6.1 遗传距离
• 3.6.2 聚类分析
• 4 讨论
• 4.1 群体遗传结构和变异的样本含量与微卫星座位数目
• 4.1.1 群体遗传结构和遗传变异的样本含量
• 4.1.2 微卫星座位数目
• 4.2 关于荧光标记多重PCR
• 4.2.1 荧光标记多重PCR 的优点
• 4.2.2 荧光标记多重PCR 反应组合的筛选
• 4.2.3 多重PCR 反应体系和反应条件的优化
• 4.3 关于ABI3100-Avant 全自动基因序列分析仪
• 4.4 群体遗传变异
• 4.4.1 群体内遗传变异
• 4.4.2 群体间遗传变异
• 5 结论
• 参考文献
• 附录
• 致谢
• 个人简介
• 攻读学位期间发表论文情况