中国汉族人群强直性脊柱炎候选基因的研究

论文题目: 中国汉族人群强直性脊柱炎候选基因的研究

论文类型: 博士论文

论文专业: 遗传学

作者: 陈蕊雯

导师: 孙树汉

关键词: 强直性脊柱炎,肿瘤坏死因子,易感基因,单核苷酸多态性,关联分析,单倍型

文献来源: 第二军医大学

发表年度: 2005

论文摘要: 肿瘤坏死因子基因(tumor necrosis factor-alpha gene, TNFα)位于染色体6p21.3的MHCⅢ区,不同种族的全基因组扫描结果提示TNFα位于强直性脊柱炎(ankylosing spondylitis, AS)的易感区域。本研究在两组独立的中国汉族(上海和福州)人群中开展了病例对照关联分析,其中AS病人314例,正常对照939例。我们在上海人群和福州人群中分别证实了TNFα基因启动子-857C>T位点与AS存在显著关联(上海和福州人群的P值分别为5.12E-21和2.32E-11)。进一步的研究表明:在上海HLA-B27阳性和HLA-B27阴性两个病例对照组中,-857 C>T位点在AS病人和正常对照中也都存在显著差异(P值分别为0.0062和0.0065),说明TNFα-857 C>T位点都是独立于HLA-B27对AS易感的;而且-857 C>T位点的致病等位型是以显性方式起作用的(TT+CTvs. CC, P值分别为0.0092和0.0022)。以TNFα -857 C>T位点为中心的单倍型和单位点分析都提示:在中国汉族人群中,TNFα基因是独立于HLA-B27基因的强直性脊柱炎易感基因。

论文目录:

摘要

Abstract

文中常用缩写列表

第一章 复杂性状疾病的遗传学研究策略

第一节 复杂性状疾病的遗传学特点

1.1.1 复杂性状疾病简介

1.1.2 复杂性状疾病的遗传学特点

第二节 复杂性状疾病易感基因研究的策略

1.2.1 连锁分析

1.2.1.1 连锁分析的基本原理

1.2.1.2 连锁分析在复杂性状疾病基因定位中的应用

1.2.1.3 连锁分析的局限性

1.2.2 关联分析

1.2.2.1 关联分析的原理

1.2.2.2 关联分析在复杂性状疾病易感基因研究中的应用

1.2.2.2.1 病例-对照研究

1.2.2.2.2 传递不平衡检验(TDT)

1.2.2.3 影响关联分析的因素

1.2.2.3.1 遗传漂移

1.2.2.3.2 人口发展的历史

第三节 关联分析中的流程

1.3.1 基因和SNP的选择

1.3.1.1 基因的选择：

1.3.1.2 SNP的选择

1.3.2 对样本的要求

1.3.3 常用的SNP基因分型方法

1.3.3.1 限制性内切酶片段长度多态性分析

1.3.3.2 单链构象多态性分析

1.3.3.3 直接测序法

1.3.3.4 单碱基延伸法

1.3.3.5 基于实时动态荧光PCR的基因分型方法

1.3.3.5.1 TAQMAN法

1.3.3.5.2 等位基因特异扩增法

1.3.3.6 变性高效液相色谱(DHPLC)法

1.3.3.7 OLA／PCR方法

1.3.3.8 质谱法

1.3.3.9 焦磷酸法

1.3.4 统计学分析

参考文献

第二章 强直性脊柱炎易感基因的研究进展

2.1 AS的研究史

2.2 流行病学研究

2.3 AS全基因组扫描分析

2.4 与AS相关的基因

2.4.1 HLA区域内的基因

2.4.2 非HLA区域的基因

2.5 结语

参考文献

第三章 中国汉族人群强直性脊柱炎候选基因TNFα的研究

第一节 研究背景

第二节 材料与方法

3.2.1 样本

3.2.2 基因组DNA的抽提和定量

3.2.3 基因分型

3.2.4 SNPs的选择

3.2.5 统计学分析

3.2.5.1 HARDY-WEINBERG平衡分析

3.2.5.2 基因型和等位基因频率分析

3.2.5.3 多位点分析

3.2.5.4 传递不平衡检验(TDT)分析

3.2.5.5 连锁不平衡(LD)分析

3.2.5.6 单倍型(HAPLOTYPE)分析

3.2.5.7 样本量的统计学力度分析

第三节 结果

第四节 讨论

参考文献

研究工作总结

致谢

攻读学位期间已发表和已成文的学术论文目录

附录

肿瘤坏死因子α基因多态性对强直性脊柱炎的易感性和临床表现型的影响

强直性脊柱炎与HLA一B和HLA一DRBI的相关性研究

强直性脊柱炎家族聚集性研究

发布时间: 2005-07-19

参考文献

• [1].强直性脊柱炎早期诊断的临床研究[D]. 刘彧.第二军医大学2003
• [2].基质金属蛋白酶-3（MMP-3）和巨噬细胞集落刺激因子（M-CSF）与强直性脊柱炎疾病活动相关性及发病机制的研究[D]. 杨春花.中国人民解放军军医进修学院2005
• [3].强直性脊柱炎的早期诊断的研究[D]. 王庆文.汕头大学2005
• [4].抗TNF-α治疗对强直性脊柱炎患者外周血T细胞功能作用的研究[D]. 郝慧琴.中国人民解放军军医进修学院2007
• [5].强直性脊柱炎患者外周血CD4～+CD25～+调节性T淋巴细胞的研究[D]. 程昉.第二军医大学2007
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