华南汉族人群中MAFB、IRF6、8q24和10q25多态性与非综合征性唇腭裂的关联

论文摘要

背景与目的非综合征性唇腭裂（Nonsyndromic cleft lip with or without cleft palate, NSCL/P）是人类最常见的先天性畸形之一，是一种多基因遗传和环境因素相互作用的遗传疾病，其发病机制尚未完全明确。本研究的目的是研究中国华南地区汉族人群MAFB基因、IRF6基因以及染色体8q24和10q25上的6个单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphisms,SNPs）与NSCL/P的关联，探讨其在NSCL/P的发病机制中的作用。材料与方法本研究收集了431个NSCL/P患者和451个对照者。通过采用TaqMan基因型鉴定技术对MAFB（rs17820943、rs6102085和rs6072081）以及IRF6 rs10863790，还有分别位于染色体8q24 rs987525和10q25 rs7078160共6个SNPs进行基因型鉴定。应用卡方检验评价这6个SNPs的基因型频率和等位基因频率在NSCL/P患者和对照者中的分布，并且评价其与NSCL/P的关联。结果MAFB SNPs rs6072081、rs17820943和rs6102085以及IRF6 SNP rs10863790与NSCL/P的发病有显著关联。1. NSCL/P患者中MAFB rs6072081的A等位基因和AA基因型频率与对照组相比增高（P值分别是0.001和0.004），rs17820943的C等位基因和CC基因型频率与对照组相比增高（P值分别是0.001和0.002），rs6102085的A等位基因频率和AA基因型频率与对照组相比增高(P值分别是1.22×10-6和1.27×10-5)；NSCL/P患者中IRF6 rs10863790的AA基因型频率与对照组相比增高（P = 0.007）。10q25 rs7078160和8q24 rs987525这2个SNPs与中国华南地区汉族人群NSCL/P之间未发现有关联。2.唇裂伴腭裂患者中MAFB rs6072081的A等位基因和AA基因型频率与对照组相比增高(P值分别是4.52×10-4和0.002)，rs17820943的C等位基因和CC基因型频率与对照组相比增高(P值分别是6.69×10-5和2.43×10-4)，rs6102085的A等位基因和AA基因型频率与对照组相比增高（P值分别是0.009和8.37×10-7）；唇裂伴腭裂患者中IRF6rs10863790的AA基因型频率与对照组相比增高（P = 0.006）。单纯唇裂患者中IRF6rs10863790的A等位基因和AA基因型频率与对照组相比增高（P值分别是0.024和0.017）；MAFB这3个SNPs与单纯唇裂和单纯腭裂无关联，IRF6 rs10863790与单纯腭裂无关联。3. NSCL/P女性患者中MAFB rs6072081的A等位基因频率和AA基因型频率与对照组相比增高（P值分别是0.016和0.041），rs17820943的C等位基因频率和CC基因型频率与对照组相比增高（P值分别是0.018和0.045），rs6102085的A等位基因频率和AA基因型频率与对照组相比增高（P值分别是0.032和0.046），男性患者中MAFB rs17820943的C等位基因频率与对照组相比增高（P = 0.048），rs6102085的A等位基因频率和AA基因型频率与对照组相比增高(P值分别是5.64×10-5和1.15×10-41.15×10-4)，rs6072081的A等位基因频率与对照组相比增高（P = 0.069），MAFB rs6072081、rs17820943和rs6102085在男性患者与女性患者中比较无差别（P值分别是0.626, 0.859和0.211）；NSCL/P男性患者中IRF6 rs10863790的AA基因型频率与对照组相比增高（P = 0.023），女性患者中IRF6 rs10863790的AA基因型频率与对照组相比无显著差异（P = 0.185），男性患者中IRF6 rs10863790的A等位基因频率与女性患者相比增高（P = 0.034）。4. NSCL/P患者中MAFB SNPs（rs6072081-rs17820943-rs6102085）ACA单倍体型频率与对照组相比增高(P = 1.623×10-6)，GTG和ACG单倍体型频率对照组较高（P值分别是0.0015和0.0215）。结论在本研究的中国华南地区汉族人群中，我们发现MAFB和IRF6的SNPs与NSCL/P的危险性有关，并且在不同亚型和性别中可能存在不同影响。1. MAFB rs6072081的A等位基因、rs17820943的C等位基因、rs6102085的A等位基因和IRF6 rs10863790的A等位基因与NSCL/P有关联。2. MAFB rs6072081、rs17820943和rs6102085与唇裂伴腭裂有关联，与单纯唇裂和单纯腭裂无关联；IRF6 rs10863790与单纯唇裂及唇裂伴腭裂有关联。3. MAFB rs17820943和rs6102085在NSCL/P中无性别差异，在男性和女性中有关联，MAFB rs6072081在女性中有关联，在男性中有潜在关联；IRF6 rs10863790在NSCL/P中有性别差异，在男性中有关联，在女性中无关联。4. 10q25 rs7078160和8q24 rs987525与NSCL/P未发现有关联。5. MAFB SNPs（rs6072081-rs17820943-rs6102085）ACA单倍体型与NSCL/P有关联。

论文目录

• 中文摘要
• 英文摘要
• 缩略词
• 第一章 前言
• 1.1 先天性唇腭裂
• 1.2 实验设计及目的
• 第二章 材料与方法
• 2.1 研究对象
• 2.2 实验耗材及仪器
• 2.3 实验试剂
• 2.3.1 DNA 提取试剂
• 2.3.2 TaqMan SNP 基因分型试剂
• 2.4 实验操作方法
• 2.4.1 DNA 提取
• 2.4.2 DNA 定量与稀释
• 2.4.3 6个SNPs 的基因型鉴定
• 2.5 数据处理及统计学分析
• 第三章 结果
• 3.1 对照组Hardy- Weinberg平衡
• 3.2 病例组和对照组基因型与等位基因比较
• 3.3 连锁不平衡和单倍体型
• 第四章 讨论
• 4.1 IRF6基因单核苷酸多态性在NSCL/P中的作用
• 4.2 MA FB基因单核苷酸多态性在NSCL/P中的作用
• 4.3 10 q25与8q24位点单核苷酸多态性在NSCL/P中的作用
• 4.4 本实验的局限性
• 第五章 结论
• 第六章 展望
• 第七章 参考文献
• 附录1
• 附录2
• 附录3
• 附录4
• 附录5
• 文献综述
• 参考文献
• 致谢
• 个人简历