甲型流感病毒H3抗原进化及变异规律研究

论文题目: 甲型流感病毒H3抗原进化及变异规律研究

论文类型: 博士论文

论文专业: 流行病与卫生统计学

作者: 张文彤

导师: 姜庆五,赵耐青,冯学山

关键词: 甲型流感病毒,亚型,抗原变异,生物信息学,数据挖掘,两步聚类,自组织图,随机森林,进化树,方法,正向选择位点

文献来源: 复旦大学

发表年度: 2005

论文摘要: 甲型流感病毒长期以来一直是威胁人类健康的重要病原体之一,对其变异规律进行深入的分析研究在流感的防治工作中具有重要的现实意义。本研究借助近年来发展起来的数据挖掘技术和进化树分析方法,从生物信息学的角度对流感病毒H3抗原的变异规律进行了系统研究,主要包括以下内容: 1.针对生物信息数据动态更新,不断增加的特点,确定采用数据拆分技术进行样本采集,并使用聚类分析对序列的变异规律进行初步分析。两步聚类和自组织图这两种新的聚类方法被加以应用,结果显示全部H3A1序列可以被清楚的分为6类,各类在宿主间的分布特征清楚的反映了不同宿主序列间亲缘关系的远近,而时间分布上则反映了H3亚型病毒在人间不断传播和变异的过程。 2.在聚类分析基础上,使用随机森林模型进行了人H3序列变异关键位点的分析。借助于随机重排技术,最终筛选出了27个高度变异位点,除2号位点外,其余26个均属于五个抗原决定区域之一。这一结果充分说明H3A1序列在人间的变异主要应当是宿主的免疫屏障所驱动的。在变异的预测上,这些位点也显示出了一定的作用。 3.为了进一步刻画H3序列的变异规律,本研究绘制出了全部序列的进化树。分析结果显示进化树结构和聚类结果高度一致,相应结果不仅详细刻画了数十年来流感病毒变异的基本规律,还明确回答了以下两个关键问题:猪宿主在人流感病毒变异中所起的作用是非常小的,主要起抗原存储器的作用;而与全球其余地区相比,中国南部地区在人H3亚型的抗原漂移中并未显出更高的重要性,不应当被认为是人群中已有亚型新变异株的发源地。 4.基于已经得到的进化树结构,本研究又进一步分析了进化树主干上正向选择位点的出现规律,Yang的正向选择模型被用于分析。结果表明人流感病毒H3抗原所承受的选择压力是逐渐增大的,并且在1995年后达到高峰。在被筛选出的28个正向位点中,绝大多数都只是在流感病毒的某一段进化时期内承受着正向选择压力。综合上述分析结果,我们认为H3亚型流感病毒在人间的变异呈现出逐渐加速的趋势,而这主要是受到了越来越强大的免疫屏障的筛选作用所致。目前免疫策略的核心任务是保护高危人群,但是这种策略并不能够阻止,反而可能加速了新变异株的出现。通过更进一步的生物信息学分析,并且在全球采取统一的主动

论文目录:

摘要

Abstract

前言

第一章数据的收集和预处理

1.1 资料来源

1.2 资料的预分析

1.3 讨论及小结

第二章 H3序列基本变异规律的数据挖掘分析

2.1 基本分析框架的选择

2.2 方法原理

2.3 分析结果

2.4 讨论与小结

第三章人H3序列变异关键位点的数据挖掘分析

3.1 基本分析框架的选择

3.2 方法原理

3.3 分析结果

3.4 讨论与小结

第四章 H3序列的进化树分析

4.1 进化树分析方法的选择

4.2 方法原理

4.3 具体分析操作

4.4 分析结果

4.5 讨论与小结

第五章进化主干中正向选择位点的发现

5.1 问题的提出

5.2 方法原理

5.3 分析结果

5.4 讨论与小结

第六章研究总结

6.1 主要内容与研究结论

6.2 研究的创新点与特色

6.3 进一步的研究方向

参考文献

附录一综述：分子进化树的构建方法

附录二博士期间论文发表情况

致谢

发布时间: 2005-09-19

参考文献

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[5].H1和H3亚型流感病毒荧光RT-PCR及装甲RNA标准物质的研究和应用[D]. 乔彩霞.中国农业大学2014

甲型流感病毒H3抗原进化及变异规律研究

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