导读:本文包含了病菌多样性分析论文开题报告文献综述及选题提纲参考文献，主要关键词:贵州省,柑桔黄龙病,原噬菌体,遗传变异
病菌多样性分析论文文献综述
柏自琴,王小柯,冯建文,李金强,罗会[1]（2019）在《贵州南部柑桔黄龙病菌两个原噬菌体位点遗传多样性分析》一文中研究指出为研究贵州南部柑桔黄龙病菌"Candidatus Liberibacter asiaticus"遗传多样性,分析了来自罗甸、望谟、册亨、兴义、榕江和从江等6个南部县(市)的54个病原菌样品(株系)在SC1和SC2两个原噬菌体位点上的变异情况。结果显示,不同行政区域和海拔来源的病原菌株系在两个位点上的扩增情况不同,共存在4种(SC1,SC2,SC1+SC2,SC1和SC2均无)原噬菌体类型;相同原噬菌体类型株系的扩增序列之间,也存在碱基变异及插入/缺失。(本文来源于《中国南方果树》期刊2019年05期）
谢红辉,王丽萍,黄显雅,李菊馨[2]（2019）在《桑毛色二孢根腐病菌遗传多样性的ISSR分析》一文中研究指出【目的】明确来源于广西各地桑树根腐病病原菌可可毛色二孢(Lasiodiplodia theobromae Pat.)的遗传多样性特征,为桑树抗病育种提供参考依据。【方法】以从广西各桑树种植区采集、分离的44株L. theobromae菌株为材料,利用真菌基因组DNA提取试剂盒提取参试菌株的基因组DNA;从加拿大哥伦比亚大学公布的ISSR引物序列中随机选择60条引物先对8株菌株的DNA进行预扩增,选用扩增条带数量多、条带清晰的引物对所有参试菌株的DNA进行扩增,统计每条引物的扩增条带数形成0、1矩阵;利用NTSYSpc(Version 2.10e)计算不同菌株间的遗传相似系数,采用非加权组平均法构建系统发育聚类图,并进行聚类相关分析;利用PopGene(Version 1.32)分析不同地理来源和寄主来源菌株的遗传分化程度。【结果】ISSR分子标记结果显示,44株参试菌株(7个居群)的多态位点百分率在92.00%以上;7个居群的平均遗传一致度(IN)和平均遗传距离(D)分别为0.7363和0.3108;44株参试菌株的平均基因多样性指数(H)和Shannon’s信息指数(I)分别为0.3263和0.4841,均高于7个居群的平均值(0.1256和0.1796);对应的遗传分化系数(Gst)、基因流值(Nm)分别为0.6142和0.3141。【结论】广西地区桑毛色二孢根腐病菌菌株具有较高的多态性,菌株间的遗传多样性高于居群,遗传多样性与菌株的地理来源有关。(本文来源于《南方农业学报》期刊2019年07期）
王义勋[3]（2019）在《油茶炭疽病病原学、病菌遗传多样性及CaCUT1基因功能分析》一文中研究指出炭疽病是我国油茶产区油茶上重要病害之一,严重影响了油茶产业健康发展。目前,关于油茶炭疽病的系统性研究报道较少。本文研究了我国油茶主产区油茶炭疽病的病原,根据形态学和多基因序列分析进行病原菌种级鉴定,比较了不同种间炭疽病菌的致病力、药剂敏感性等生物学特性差异;以优势种山茶炭疽菌为材料,采用ISSR分子标记技术研究了山茶炭疽菌的遗传多样性;采用ATMT介导转化进行了角质酶CaCUT1基因的敲除和互补,研究了该基因在致病过程中的作用。主要研究结果如下:(1)从湖北、安徽、湖南、浙江、福建、江西、广西和广东8个省(自治区)20个油茶园发病的油茶果实和叶片上分离获得232个菌株。在致病性测定的基础上,根据菌落形态、生长速率、分生孢子和附着胞形态等特征的差异,从232个菌株中鉴定出山茶炭疽菌(C.camelliae)、果生炭疽菌(C.fructicola)、暹罗炭疽菌(C.siamense)、隐秘炭疽菌(C.aenigma)和胶孢炭疽菌(C.gloeosporioides)5种病原菌。采用ITS、ACT、TUB2、CAL、CHS1和GAPDH基因序列联合分析进行分子鉴定,232个菌株被聚类成5个组,即C.camelliae聚类组、C.fructicola聚类组、C.siamense聚类组、C.aenigma聚类组和C.gloeosporioides聚类组,进一步佐证了形态学鉴定结果。232个炭疽菌中,山茶炭疽菌有170个菌株,占73.3%,属于优势种群,在湖北、湖南、浙江、安徽、广东、江西、福建和广西等8省(自治区)油茶上广泛分布;该病菌以危害果实为主。果生炭疽菌有54株,占总菌株数的23.3%,在湖北、湖南、浙江、安徽、广东、江西和广西等7省(自治区)广泛分布,属于叶片上炭疽菌优势种群,以危害叶片为主。暹罗炭疽菌、隐秘炭疽菌和胶孢炭疽菌的菌株数出现频率较低。此外,还发现在同一田块或同一棵油茶树叶片和果实的炭疽病可以由相同种或不同种的炭疽菌引起。5个种的38个代表性菌株的致病力测定结果表明,炭疽菌种间致病力差异显着,其中,山茶炭疽菌对油茶叶片和果实的致病力最强。不同种的炭疽菌对杀菌剂敏感性也存在显着差异,对咪鲜胺表现最为敏感,而对多菌灵表现出不同程度的抗性。通过β-tubulin基因分析,山茶炭疽菌高抗菌株和抗性菌株的基因密码子第198位由GAG变为GCG,相应氨基酸由谷氨酸(Glu)变为丙氨酸(Ala);中等抗性菌株的基因密码子第200位由TTC变为TAC,相应氨基酸由苯丙氨酸(Phe)变为酪氨酸(Tyr)。(2)应用ISSR-PCR分子标记技术对山茶炭疽菌的遗传多样性的分析结果表明,在物种水平上,7个省16个地理种群的山茶炭疽菌的多态性条带的百分比(PPB)为98.99%,Nei?s基因多样性指数(H)为0.28,Shannon信息指数(I)为0.43,山茶炭疽菌具有丰富的遗传多样性,表明山茶炭疽菌在长期进化过程中积累了较高的遗传变异。遗传变异和种群结构分析结果表明,山茶炭疽菌在湖北省、浙江省、江西省、湖南省和广西壮族自治区的地理种群内存在不同程度的遗传分化,5个省之间的种群间多样性高于种群内多样性;在同一个省内,湖北地理种群间多样性高于种群内多样性,而浙江、江西、湖南和广西的地理种群内多样性高于种群间多样性。从菌株的群体和个体聚类分析结果表明,菌株群体之间和个体之间都存在一定的遗传变异,且菌株的遗传多样性与其地理来源无明显相关性。(3)用特异性引物cutF和cutR扩增山茶炭疽菌基因组DNA获得角质酶基因CaCUT1,该基因开放阅读框序列长度为727bp,含有52bp内含子,与其它子囊菌门真菌的角质酶基因具有较高的相似性;CaCUT1基因蛋白分子量为23.4 kDa;等电位点(pI)为6.58;蛋白序列的结构域为从44个氨基酸到223个氨基酸。CaCUT1基因含有角质酶基因所含有的-GYSQG-保守序列模块,并且存在一个肽信号,剪切位点位于第16个氨基酸与第17个氨基酸之间;含有α-螺旋和β-折迭片,且β-折迭片被α-螺旋包围。利用农杆菌介导转化(ATMT)基因同源重组技术,获得山茶炭疽菌CaCUT1基因敲除转化子和互补转化子,敲除转化子的角质酶活性和致病力都有显着降低;而互补转化子的产酶活性和致病性与野生型菌株无显着差异,表明角质酶基因CaCUT1在致病中起着重要作用。(本文来源于《华中农业大学》期刊2019-06-01）
黄立飞,陈景益,房伯平,罗忠霞,张雄坚[4]（2018）在《甘薯茎腐病菌的遗传多样性及致病力差异分析》一文中研究指出为了解不同地区甘薯茎腐病菌Dickeya dadantii种群遗传多样性水平及致病力差异,采用重复序列PCR基因指纹(repetitive element palindromic PCR,REP-PCR)技术和薯片接种方法,对采自广东省、广西壮族自治区和重庆市的6个市区县的59株菌株进行分析。结果表明,5对引物对59株菌株扩增出41个清晰的条带,其中36个为多态性条带,每对引物的扩增条带数在4～10之间,平均为7.2。在物种水平上,有效等位基因数、Nei’s基因多样性指数和Shannon信息指数分别为1.4768、0.2801和0.4186,其中湛江种群多样性最高,南宁种群多样性最低;当遗传相似系数为0.79时,59株菌株可被划分为5个类群,类群划分与菌株来源地间有一定的相关性。此外,不同地区病菌种群间存在明显的致病力差异,其中合浦种群与湛江种群致病力最强,万州种群致病力较弱。表明甘薯茎腐病菌种群具有丰富的遗传多样性,不同地区的病菌种群存在明显的遗传多样性与致病力差异。(本文来源于《植物保护学报》期刊2018年06期）
黄穗萍,郭堂勋,李其利,唐利华,莫贱友[5]（2018）在《香蕉枯萎病菌致病力分化与ISSR遗传多样性分析》一文中研究指出香蕉枯萎病是一种破坏香蕉维管束的全株性土传病害。本研究旨在探讨香蕉枯萎病菌致病力分化和遗传多样性。以30株采自我国广西的香蕉枯萎病菌,16株分别来自澳大利亚和我国广东、海南、福建、云南等地的香蕉枯萎病菌为对象,采用伤根灌淋法测定香蕉枯萎病菌的致病力,然后用筛选到的ISSR引物对46个香蕉枯萎病菌菌株和4个对照菌株(3个非致病性尖孢镰刀菌和1个茄腐镰刀菌)进行ISSR遗传多样性分析。结果显示,分离到广西香蕉枯萎病菌1号生理小种(FOC1)8株,致病力强、中、弱类型比例分别为62.5%、12.5%和25%;广西香蕉枯萎病菌4号生理小种(FOC4)22株,致病力强、中、弱类型比例分别为18.18%、63.64%和18.18%。14条ISSR引物扩增出237个条带,多态性条带161个,多态性比例为67.93%,遗传相似系数0.76～0.96。聚类分析显示,以遗传距离0.80为阈值时菌株被分为8个类群,所占比例分别为4%、10%、60%、16%、4%、2%、2%、2%。第叁类群全部为香蕉枯萎病菌4号生理小种。第一、二、四和五类群总量的70.59%为香蕉枯萎病菌1号生理小种。第八类群为香蕉枯萎病菌3号生理小种。结果表明,在香蕉枯萎病菌与寄主协同进化中,广西的FOC1和FOC4出现明显致病力分化。1号生理小种的遗传多样性比4号生理小种丰富。广西香蕉枯萎病菌4号生理小种与海南、广东的FOC4遗传相似性较高。香蕉枯萎病菌生理小种类型与遗传多样性相关。致病力变异与遗传多样性无相关性。研究结果对香蕉枯萎病菌种群扩张机制探讨、遗传动态分析以及有效防控措施的制定具有一定的指导意义。(本文来源于《植物保护》期刊2018年06期）
徐国亮[6]（2018）在《柑橘黄龙病菌噬菌体遗传多样性和SOS应答转录调控因子表达特性分析》一文中研究指出柑橘黄龙病(HLB)是威胁全球柑橘产业健康发展的毁灭性病害,由于HLB病菌尚无法获得离体纯培养,因而导致其生物学特性、遗传变异规律、致病分子机制及病害流行规律等方面的研究均未取得突破性进展。HLB菌全基因组序列的公布为开展HLB菌遗传多样性研究、寻找基因变异位点和种群分化等研究提供了理论参考。本研究对我国柑橘黄龙病菌原噬菌体多样性和SOS应答(SOS response,SOSr)转录调控因子方面开展了系统研究,获得的主要研究结果如下:1.通过对来自中国不同地理来源的234份确定为HLB阳性的样品进行噬菌体种类鉴定,发现SC1和SC2噬菌体普遍存在于本研究所收集的6个不同地理来源的黄龙病菌分离物中,包括广东长春花(Catharanthus roseus)分离物和江西赣州脐橙(Citrus sineses Osbeck cv.)分离物、福建永春芦柑(Citrus madurensis Lour)分离物、湖南宜章脐橙(Citrus sineses Osbeck cv.)分离物、广东果树所砂糖橘(Citrus reticulate Blanco cv.)分离物、云南保山柠檬(Citrus limon(L.)Osbeck)以及北沙水柠檬(Citrus limon(L.)Osbeck)和海南琼中绿橙(Citrus sinensis Osbeck cv.)分离物。在所有样品中SC2检出率达到96.15%,而SC1噬菌体检出率为55.56%,低于SC2噬菌体的检出率。进一步通过对菌株CLas str.UF506中原噬菌体SC2胶原叁螺旋重复(Collagen triple helix repeat,Cthr)蛋白特异基因进行扩增和序列比对发现,在云南柠檬分离物中有多条带共存现象,且比例达到81.08%;其它地理来源样品中少数也存在多条带共存现象,大部分分离物以单一条带为主,且相较于其他含有多条带的样品,云南柠檬分离物中的多条带亮度均一,无明显主带、次带之分,经分析发现造成序列出现差异的原因是cthr基因中存在一个18 bp的微型跳跃转座子序列,该微型跳跃转座子序列规律性插入两个相邻的GAGGTCCTT或TAGGTCCTT与GAGGTCCTT之间,其重复数介于1~22个不等。通过系统进化分析证实所有云南柠檬分离物与美国长春花样品聚为一簇,均与GenBank中原噬菌体CLas str.UF506(登录号:HQ377374)中的SC2(登录号:HQ377373)聚为同一分支;而其他地理来源样品同代表菌株CLas str.gxpsy(登录号:CP004005)和CLas str.A4(登录号:CP010804)含有的噬菌体聚为一簇,证实了云南HLB样品含有的噬菌体具有更丰富的遗传多样性。2.通过对LexA_(CLas)基因的扩增和克隆测序验证,明确了我国CLas分离物中不含有LexA保守结构域。结合噬菌体相对表达量进一步对全基因组范围内内22个转录调控因子及延伸因子(EF-Tu)和SOSr激活蛋白(RecA)相关基因应答SOS处理时的差异表达进行了系统的分析,处理包括丝裂霉素C(Mitomycin C,MMC)处理、紫外线(UV)处理和热处理。结果证实:上述24个转录调控相关基因中NusG、CarD、NusA、RS8、MraZ和EF-Tu为有明显差异表达的基因。对这些基因进行进一步的qRT-PCR分析发现:1)MMC处理样品中,当MMC浓度为15μg/mL处理1.5 d时噬菌体表达量最高,转录调控因子CarD和MraZ此时同样上调表达,所以很有可能代替LexA响应SOSr。2)UV处理样品中,辐射0 min~30 min时在10 min和30 min时呈现上调调表达,其他时间点均为下调表达,而转录调控因子RS8、EFTu、MraZ、RS1和RS9呈现出相同的表达趋势,所以很有可能共同作用响应SOSr。3)热处理样品中,当温度为25°C时均呈现下调表达,当温度为37°C时样品中噬菌体随着时间的延长表达量呈现先升高后降低的趋势,且均呈上调表达,且表达量达到14~30倍,转录调控因子NusG、NusA、CarD、RS8、MraZ和EFTu均在25°C处理2 d和37°C处理时均呈上调表达,所以很有可能共同作用响应SOSr。综合上述结果,对叁种SOS诱导处理均有应答的调控因子有CarD和MraZ,很有可能在响应SOS应答中起主要作用。(本文来源于《华中农业大学》期刊2018-12-01）
陈燕玲,郑正,许美容,邓晓玲[7]（2019）在《杂柑‘W·默科特’黄龙病菌分子鉴定和遗传多样性分析》一文中研究指出2017年12月在云南红河新引种的‘W·默科特’杂柑植株上发现疑似黄龙病的叶片斑驳及"红鼻子果"症状。采集疑似的叶片和果实,分别提取其叶片中脉和橘络的DNA,利用黄龙病菌的特异引物对其16S rRNA基因和β–操纵子基因进行PCR扩增,并对扩增产物进行测序分析。研究结果表明,采自云南的‘W·默科特’样品中PCR能够扩增出黄龙病菌的特异条带,通过上述基因进行系统发育分析,发现该病菌归属于黄龙病菌亚洲种;为了进一步探明这些黄龙病菌的遗传多样性,利用3种类型的原噬菌体特异性引物对样品进行扩增分析,结果表明采自云南的‘W·默科特’植株上的黄龙病菌遗传多样性较为丰富。(本文来源于《园艺学报》期刊2019年06期）
宋艳艳,谢士昌,高小宁,冯浩,黄丽丽[8]（2018）在《陕西关中地区苹果褐斑病菌遗传多样性分析》一文中研究指出为了揭示苹果褐斑病菌(Diplocarpon mali)的群体遗传多样性,利用ISSR分子标记技术,通过ISSR-PCR扩增,对分离自陕西省关中平原7个县(区)的64个菌株进行遗传多样性分析。结果显示,陕西关中地区苹果褐斑病菌的遗传多样性丰富,不同县(区)病菌的遗传多样性存在差异,渭南市白水县病菌的遗传多样性水平相对较高,咸阳市乾县相对较低。群体之间的遗传分化系数不同,遗传变异主要发生在群体内;不同地区群体之间存在不同程度的基因交流,其中关中中部群体的基因交流更广泛;关中东部、中部、西部地区之间的群体也存在基因交流,其中东部和西部之间群体的基因交流更频繁。NTsys聚类结果表明,种群之间的遗传亲缘关系与分离株的地理来源没有明显的相关性。(本文来源于《西北农业学报》期刊2018年10期）
刘丽芳,肖姬玲,张屹,朱菲莹,魏林[9]（2018）在《西瓜枯萎病菌遗传多样性的相关序列扩增多态性分析》一文中研究指出对30个西瓜枯萎病菌Fusarium oxysporum f.sp.niveum菌株基因组DNA进行相关序列扩增多态性(SRAP)分子标记分析,以探究其遗传多样性与地理来源的关系。采用尖孢镰刀菌西瓜专化型Fusarium oxysporumf.sp.niveum0、1、2号生理小种的基因组DNA为模板,对225对SRAP引物进行筛选,筛选出20对多态性、重复性较好且条带清晰的引物,对30个菌株进行PCR扩增,共扩增出386条带,其中多态性条带有371条,多态性比率为96.11%,平均每对引物扩增出19.3个位点和18.55个多态性位点。UPGMA法聚类分析结果显示,供试菌株两两之间的遗传相似系数范围为0.69~0.90,平均为0.79,说明尖孢镰刀菌西瓜专化型的遗传多样性较为丰富。基于SRAP标记聚类分析表明,30个菌株在遗传相似系数为0.70处被划分为3个类群,I类群包含24个菌株,其中18个来自湖南省,Ⅱ类群只包含1个来自黑龙江省哈尔滨市的菌株,它和另一个来自黑龙江地区的菌株被划分到不同的类群,且遗传距离相对较远;Ⅲ类群包含了5个菌株,其中3个来自海南叁亚,其余两个来自湖南省。根据菌株的分布情况来看,菌株的聚集与地理来源没有明显的相关性。(本文来源于《植物保护》期刊2018年05期）
李文雯,庞学兵,易小龙,李国,张梦恬[10]（2018）在《新疆部分棉区棉花黄萎病病菌致病力分化的遗传多样性分析》一文中研究指出以筛选出的特异性强、重复性好、多态性丰富的9条简单重复序列标记(simple sequence repeat,简称SSR)引物对新疆不同棉区致病力分化的46株棉花黄萎病病菌[大丽轮枝菌(Verticilium dahliae)]进行SSR分子检测,根据遗传多样性,并结合不同菌株的棉区区域来源、菌落培养类型以及致病力进行关联性分析。结果表明,遗传多样性与致病力分化没有相关性,遗传多样性较低的地区有更多的强致病力菌株。通过SSR分析发现,棉花黄萎病病菌遗传多样性与菌株棉区区域来源有一定的相关性,致病力检测结果显示,同一地区内和不同地区之间的黄萎病病菌致病力均出现了明显的分化现象。致病强的菌株以菌核型菌株为主,中等致病力和弱致病力菌株中也有菌核型菌株出现。(本文来源于《江苏农业科学》期刊2018年17期）
病菌多样性分析论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
【目的】明确来源于广西各地桑树根腐病病原菌可可毛色二孢(Lasiodiplodia theobromae Pat.)的遗传多样性特征,为桑树抗病育种提供参考依据。【方法】以从广西各桑树种植区采集、分离的44株L. theobromae菌株为材料,利用真菌基因组DNA提取试剂盒提取参试菌株的基因组DNA;从加拿大哥伦比亚大学公布的ISSR引物序列中随机选择60条引物先对8株菌株的DNA进行预扩增,选用扩增条带数量多、条带清晰的引物对所有参试菌株的DNA进行扩增,统计每条引物的扩增条带数形成0、1矩阵;利用NTSYSpc(Version 2.10e)计算不同菌株间的遗传相似系数,采用非加权组平均法构建系统发育聚类图,并进行聚类相关分析;利用PopGene(Version 1.32)分析不同地理来源和寄主来源菌株的遗传分化程度。【结果】ISSR分子标记结果显示,44株参试菌株(7个居群)的多态位点百分率在92.00%以上;7个居群的平均遗传一致度(IN)和平均遗传距离(D)分别为0.7363和0.3108;44株参试菌株的平均基因多样性指数(H)和Shannon’s信息指数(I)分别为0.3263和0.4841,均高于7个居群的平均值(0.1256和0.1796);对应的遗传分化系数(Gst)、基因流值(Nm)分别为0.6142和0.3141。【结论】广西地区桑毛色二孢根腐病菌菌株具有较高的多态性,菌株间的遗传多样性高于居群,遗传多样性与菌株的地理来源有关。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
病菌多样性分析论文参考文献
[1].柏自琴,王小柯,冯建文,李金强,罗会.贵州南部柑桔黄龙病菌两个原噬菌体位点遗传多样性分析[J].中国南方果树.2019
[2].谢红辉,王丽萍,黄显雅,李菊馨.桑毛色二孢根腐病菌遗传多样性的ISSR分析[J].南方农业学报.2019
[3].王义勋.油茶炭疽病病原学、病菌遗传多样性及CaCUT1基因功能分析[D].华中农业大学.2019
[4].黄立飞,陈景益,房伯平,罗忠霞,张雄坚.甘薯茎腐病菌的遗传多样性及致病力差异分析[J].植物保护学报.2018
[5].黄穗萍,郭堂勋,李其利,唐利华,莫贱友.香蕉枯萎病菌致病力分化与ISSR遗传多样性分析[J].植物保护.2018
[6].徐国亮.柑橘黄龙病菌噬菌体遗传多样性和SOS应答转录调控因子表达特性分析[D].华中农业大学.2018
[7].陈燕玲,郑正,许美容,邓晓玲.杂柑‘W·默科特’黄龙病菌分子鉴定和遗传多样性分析[J].园艺学报.2019
[8].宋艳艳,谢士昌,高小宁,冯浩,黄丽丽.陕西关中地区苹果褐斑病菌遗传多样性分析[J].西北农业学报.2018
[9].刘丽芳,肖姬玲,张屹,朱菲莹,魏林.西瓜枯萎病菌遗传多样性的相关序列扩增多态性分析[J].植物保护.2018
[10].李文雯,庞学兵,易小龙,李国,张梦恬.新疆部分棉区棉花黄萎病病菌致病力分化的遗传多样性分析[J].江苏农业科学.2018