水稻T-DNA插入突变体库侧翼序列的分离与分析及控制叶色性状基因OsRNase Z的功能研究

水稻T-DNA插入突变体库侧翼序列的分离与分析及控制叶色性状基因OsRNase Z的功能研究

论文摘要

突变体在水稻功能基因组研究中具有重要的作用,创造基因功能缺失突变体是研究目的基因功能的最直观和有效的途径之一。T-DNA侧翼序列的分离对水稻T-DNA插入突变体库的应用至关重要。一方面,我们可以根据大量的T-DNA侧翼序列来分析T-DNA在水稻基因组中的分布规律,进而明晰农杆菌介导的T-DNA转化机制;另一方面,根据侧翼序列提供的基因信息,我们可以广泛地开展反向遗传学的研究。本研究中,以本室T-DNA插入突变体库为材料,采用PCR扩增对突变体库阳性情况进行了检测。利用TAIL-PCR技术成功分离T-DNA侧翼序列7,333。本研究共收集来自全世界水稻T-DNA侧翼序列144,427条,Tos17侧翼序列22,432条,比较了它们在水稻基因组中的分布规律。通过对T-DNA插入位点序列的分析,揭示了插入位点侧翼序列DNA的物理特性和碱基组成特征。采用正向和反向遗传学的方法,利用已有的突变体库资源,鉴定了2个白化苗突变体,并具体分析由T-DNA插入而产生白化苗性状的基因OsRNase Z的功能。主要研究结果如下:1.以T-DNA上GAL4/VP16基因区段为标记,对15,535个转基因植株DNA进行PCR扩增阳性检测,扩增结果表明13,080个为PCR阳性,阳性率约88.9%。2.利用TAIL-PCR的方法单独分离侧翼序列73,33条,其中T-DNA或载体骨架序列3,343条,水稻基因组序列3,215条,能够在水稻基因组上精确定位序列(E-value<10-5)2361条。同时我们还收集全世界其他研究机构分离的T-DNA和Tos17侧翼序列,用于分析的T-DNA侧翼序列共144,427条,Tos17侧翼序列22,432条。3.对所有收集的侧翼序列分析显示:无论T-DNA和Tos17在染色体上的分布数量还是分布密度都偏向插入到水稻中较大的染色体上,且插入密度和染色体大小高度相关。在同一染色体上,T-DNA倾向于插入到远离着丝粒区域,且分布数量与着丝粒的距离明显正相关;Tos17在染色体两端分布较多,在着丝粒附近和染色体中部分布较少。T-DNA在染色体上的分布和cDNA的分布显著相关,Tos17中不存在这一现象。4.T-DNA和Tos17在水稻基因区间的分布显示,无论T-DNA或Tos17都极度偏向插入基因区,而极度的不偏向插入转座子相关基因中;T-DNA在基因间隔区的插入比较均一,基本不存在偏爱,而Tos17极度不偏向插入基因间隔区。在基因区域中,T-DNA和Tos17偏爱插入基因编码区而偏爱不插入基因调控区;在编码序列中,T-DNA和Tos17偏爱插入外显子区域,而不偏爱插入内含子区域。相对基因间隔区而言,T-DNA和Tos17更偏爱插入到基因编码区。5.我们还对T-DNA和Tos17插入的功能基因进行了分析。在转座子相关基因中,Tos17在在转座子相关基因的插入要相对集中,可能存在偏爱;而T-DNA的插入比较均一,不存在插入热点基因。在转座子和反转座子相关基因中,Tos17更偏爱插入反转座子相关基因,T-DNA对两者没有偏爱。对T-DNA和Tos17插入的具体基因分析,它们可能存在相同的插入热点基因。在不同功能基因中,T-DNA和Tos17共同偏向于插入“Motor”,“Signal transducer”,“Transporter”和“Transcription regulator”等4类功能基因,而不偏向插入“Binding”和“Nutrientreservoir”等2类基因,除此之外,T-DNA还偏向插入“Structural molecule”和“Translation regulator”两类功能基因,不偏向插入“Catalytic”类基因中,而Tos17在这3类功能基因中呈随机分布状态。6.对T-DNA插入位点前后各1 kb的序列(ISNS)弯曲度平均值分析结果显示:在插入位点-200 bp和200 bp的序列区间弯曲度值出现了一个明显的波形变化,在—200和200位置为波谷。最大值波峰分别出现在约-10和10的位置,且在0,即T-DNA插入位点出现陡然的下降出现一个相对低值。其他研究单位提取的ISNS中我们同样观察到了同样的现象,而随机提取的序列的弯曲度值表现为杂乱的曲线。7.对ISNS和随机提取序列的GC skew和TA skew分析发现:两组ISNS的GC与TA skews之间呈显著的负相关。GC与TA skew曲线在插入位点位置出现交叉,且值在插入位点都约为0,表明在插入位点G与C,T与A的含量均等;在-800到0的这段序列里,GC skew值表现为正值,且在-200到-100位置达到最大值,表现为G与C在单链上的极度不均衡分布,与之对应的是TA skew值为负值,但也是在同样位置达到最小值,表现为T与A在单链上的极度不均衡分布;在0-800区域内我们也发现了对应的结果,GC skew值表现为负值,TA skew值表现为正值,且在200到100位置碱基的分布出现极度的不均衡情况。在对照序列的结果中并没有发现这些特征。8.通过对1994个T-DNA插入突变体家系的T1代苗期筛选鉴定,获得2个T-DNA侧翼序列和白化苗性状共分离白化苗突变家系03211EV57和03211DH29。9.在03211EV57家系中,T-DNA插入位点在水稻第5染色体上编码含蛋白激酶结构域的表达蛋白基因的第1个内含子里,在TIGR中的编号为LOCOs05g47770,预测基因全长6,339 bp,CDS总长2,853 bp,由6个外显子和5个内含子组成,编码一个包含951个氨基酸的蛋白,无全长cDNA信息支持。10.在03211DH29家系中,T-DNA插入位点在水稻第9染色体上编码RNase Z基因的第Ⅶ外显子的3′端。在TIGR中的编号为LOCOs09g30466,基因全长3,066bp。KOME提供了该基因的全长cDNA信息(AK070747):cDNA的总长度为1,352bp,由8个外显子和7个内含子组成,编码一个包含365个氨基酸的蛋白,编码蛋白的氨基酸序列与拟南芥RNase Z有97%的相似性,因此将该蛋白命名为OsRNase Z。11.对03211DH29白化苗突变体叶片透射电镜观察发现,叶绿体数目明显减少,并且叶绿体变形,内囊体膜消失,白化苗突变表型的叶绿体中出现前片层体,但不能形成内囊体。叶绿素含量测定表明,在白化苗中叶绿素的合成系统完全丧失。12.全生育期表达谱芯片和RT-PCR结果显示OsRNase Z基因与叶绿素的合成密切相关。OsRNase Z基因的表达和组织的叶绿素含量存在十分明显的正相关,叶绿素含量高的组织基因表达水平就高,叶绿素含量低的组织基因的表达水平就低或者RT-PCR方法未检测到基因表达。13.对中花11中的OsRNase Z基因利用双链RNA进行抑制表达,30%的转化苗出现白化表型,RT-PCR结果显示,在白化苗中OsRNase Z基因的表达基本被抑制。14.PUbi:⊿OsRNase Z-GFP融合表达载体转化拟南芥原生质体,瞬时表达结果表明OsRNase Z基因编码的蛋白定位在叶绿体中。

论文目录

  • 中文摘要
  • Abstract
  • 缩写名词表
  • 1 文献综述
  • 1.1 水稻基因组学研究
  • 1.1.1 水稻结构基因组学研究
  • 1.1.1.1 水稻基因组作图
  • 1.1.1.2 水稻基因组序列的测定
  • 1.1.2 水稻功能基因组学研究
  • 1.1.2.1 基因表达产物分析
  • 1.1.2.2 利用突变体进行基因功能的研究
  • 1.2 T-DNA插入侧翼序列的分离方法
  • 1.2.1 TAIL-PCR
  • 1.2.2 反向PCR
  • 1.2.3 质粒拯救
  • 1.2.4 接头PCR
  • 1.2.5 PCR步移(PCR-Walking)
  • 1.3 农杆菌介导的水稻遗传转化
  • 1.3.1 农杆菌及其介导遗传转化的原理
  • 1.3.2 农杆菌介导的水稻转化的发展
  • 1.3.3 农杆菌介导的水稻转化法构建水稻突变体库
  • 1.4 T-DNA整合机理和特征
  • 1.4.1 植物基因组中T-DNA整合的一般特征
  • 1.4.2 T-DNA整合模型
  • 1.4.3 T-DNA在水稻染色体水平上的分布
  • 1.5 水稻主要插入突变体库介绍
  • 1.5.1 Tos17插入突变体数据库
  • 1.5.2 RMD(Rice Mutant Database)
  • 1.5.3 SHIP(Shanghai T-DNA Insertion Population)
  • 1.5.4 RISD(Rice T-DNA Insertion Sequence Database)
  • 1.6 植物叶色突变分子机制研究进展
  • 1.6.1 植物叶色突变的类型
  • 1.6.2 植物叶色突变的分子机制
  • 1.6.2.1 叶绿素合成途径上基因的突变产生叶色变异
  • 1.6.2.2 血红素到光敏色素生色团生物合成途径上基因突变产生叶色突变
  • 1.6.2.3 编码其他叶绿素蛋白的基因突变引起叶色变异
  • 1.6.2.4 与光合系统无直接关系的基因突变也可能引起叶色变异
  • 1.6.3 植物叶色突变在生物学研究中的应用
  • 1.7 RNase Z基因功能研究进展
  • 2 本研究的目的和意义
  • 3 材料与方法
  • 3.1 实验材料
  • 3.1.1 植物材料
  • 3.1.2 菌株、质粒和感受态细胞
  • 3.1.3 细菌载体及构建方法
  • 3.2 实验方法
  • 3.2.1 转基因植株的DNA抽提和PCR阳性检测
  • 3.2.2 转基因植株T-DNA插入侧翼序列的分离
  • 3.2.3 PCR产物纯化和测序
  • 3.2.4 T-DNA插入侧翼序列的分析
  • 3.2.5 其他研究单位的T-DNA插入侧翼序列的收集
  • 3.2.6 RNA的抽提、检测和反转录
  • 3.2.7 RT-PCR检测目标基因的表达
  • 3.2.8 农杆菌介导的遗传转化
  • 3.2.9 透射电镜观察细胞超微结构
  • 3.2.10 叶绿素含量的测定
  • 3.2.11 目标基因的亚细胞定位
  • 3.2.12 目标蛋白OsRNase Z的原核表达
  • 4 结果与分析
  • 4.1 水稻T-DNA插入突变体库植株PCR阳性检测
  • 4.2 水稻T-DNA插入侧翼序列的分离
  • 4.3 T-DNA侧翼序列的分类
  • 4.4 T-DNA插入侧翼序列在水稻基因组中的分布特征
  • 4.4.1 侧翼序列在水稻基因组上的分布特征
  • 4.4.2 侧翼序列在水稻各染色体上分布位置特征
  • 4.4.3 侧翼序列在基因组各区域分布特征
  • 4.4.4 侧翼序列在水稻功能基因的分布特征
  • 4.5 T-DNA在水稻基因组中插入位点特征
  • 4.5.1 T-DNA插入位点附近的特殊一级结构
  • 4.5.2 T-DNA插入位点附近弯曲度的变化
  • 4.5.3 T-DNA插入位点附近的碱基组成特征
  • 4.6 白化苗性状突变体的筛选及基因功能研究
  • 4.6.1 水稻颜色突变体表型的筛选
  • 4.6.2 目标白化苗突变体的获得
  • 4.6.3 白化苗突变体T-DNA插入位点序列分析与基因功能预测
  • 4.6.4 白化苗突变体的功能互补实验
  • 4.6.5 OsRNase Z基因家族分析
  • 4.6.6 突变植株的超微结构的观察和叶绿素含量的测定
  • 4.6.7 OsRNase Z基因的表达与叶绿素合成密切相关
  • 4.6.8 RNAi抑制OsRNase Z基因导致白化苗
  • 4.6.9 OsRNase Z基因的亚细胞定位
  • 4.6.10 OsRNase Z等位突变体的研究
  • 4.6.11 OsRNase Z蛋白表达
  • 5 讨论
  • 5.1 侧翼序列分离方法效率的比较
  • 5.2 水稻T-DNA插入突变体库的Tos17插入侧翼序列的分离
  • 5.3 T-DNA和Tos17在水稻基因组的分布
  • 5.3.1 T-DNA和Tos17在水稻基因组的非随机分布
  • 5.3.2 T-DNA和Tos17在水稻基因区间的非随机分布
  • 5.3.3 T-DNA和Tos17在水稻功能基因分布的偏爱性
  • 5.4 T-DNA插入位点临近序列的弯曲度和碱基构成
  • 5.5 水稻基因组饱和插入所需群体大小的估计
  • 5.6 水稻T-DNA侧翼序列数据库的应用
  • 5.7 白化苗基因型愈伤的获得方法及其应用
  • 5.8 OsRNase Z被T-DNA破坏导致白化苗性状出现的原因推测
  • 参考文献
  • 附录
  • 致谢
  • 相关论文文献

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