小麦基因组中钙依赖型蛋白激酶家族的生物信息学分析

论文摘要

钙依赖型蛋白激酶(Calcium dependent protein kinase, CDPK)在植物的发育、激素反应、代谢调节、逆境胁迫以及防御反应等过程中具有广泛的生理功能。本研究应用生物信息学方法,从数据库中挖掘出与小麦CDPK相关的序列,通过寻找迭代群或EST拼接确定小麦基因组中编码CDPK家族的UniGene;将所获得到的核酸和蛋白质序列与近缘物种进行比对分析,对CDPK家族进行分类;对所获得的全长CDPK蛋白质构象和生物学功能进行预测。通过以上研究,为进一步在基因组范围内对小麦CDPK家族的组成、基因克隆和生物功能的研究奠定基础。所获得的主要研究结果如下:1、获得了162条小麦CDPK ESTs的序列信息。2、通过寻找迭代群或EST拼接,得到了10条UniGene相应的全长ORF序列。在氨基酸水平比对相同物种ORF编码的蛋白质序列和近缘物种相似蛋白序列,表明所得UniGene为小麦中未报道的cdpk基因。3、通过蛋白质结构预测软件得到这些CDPK蛋白二级结构预测结果,并对其可能的生物学功能及在亚细胞的定位进行了讨论。4、探讨了10条CDPK编码蛋白的同源性进化结果。

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摘要

Abstract

1 绪论

1.1 CDPK 超家族的分类

1.2 结构域

1.3 生理学功能

1.4 CDPK 底物

1.5 CDPK 信号传递特异性

1.6 电子克隆

1.7 研究目的与意义

2 材料

3 方法

3.1 CDPK 基因EST 序列电子克隆

3.2 寻找全长ORF

3.3 同源物种ORF 编码蛋白质序列比对

3.4 不同物种间相似蛋白序列比对

3.5 蛋白质结构预测折叠类型预测

3.6 CDPK 的物理化学性质分析

3.7 CDPK 信号肽分析

3.8 细胞定位分析

3.9 小麦中CDPK 基因系统进化分析

4 结果与讨论

4.1 CDPK 基因EST 序列电子克隆结果

4.2 TaCDPK1ORF 寻找结果

4.3 TaCDPK1 与同源物种ORF 编码蛋白质序列比对

4.4 TaCDPK1 与不同物种间相似蛋白序列比对结果

4.5 TaCDPK1 结构预测结果

4.6 TaCDPK1 的物理化学性质分析结果

4.7 TaCDPK1 信号肽分析

4.8 TaCDPK1 细胞定位分析

4.9 小麦中CDPKs 基因系统进化分析结果

5 总结与展望

5.1 总结

5.2 展望

致谢

参考文献

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标签：小麦论文; 钙依赖型蛋白激酶论文; 二级结构预测论文; 系统进化分析论文;

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