生物分子相互作用动力学参数数据库及动力学网络的构建

论文摘要

分子间的相互作用特别是蛋白质间相互作用几乎存在于机体每个细胞的生命活动过程,生物路径及其底层分子事件。蛋白质相互作用网络的定性和定量研究在探查和研究细胞行为、发展治疗疾病的新疗法过程中具有重要作用。构建蛋白质相互作用网络,特别是动力学网络不论是在科学认识上还是在实验技术上以及在药物设计等领域中,都有重大意义。本文详细描述了构建生物分子相互作用动力学参数数据库(KDBI)。该数据库收集了文献中报道的实验得出的有关蛋白与蛋白、蛋白与核酸、蛋白与配体、核酸与配体之间相互反应的动力学参数信息。并采用生物信息学方法建立了27条超过2层关系的蛋白质相互作用动力学网络作为这个数据库动力学研究细胞过程的全新应用。

论文目录

• 摘要
• ABSTRACT
• 1.前言
• 1.1 蛋白质相互作用及其研究意义
• 1.2 蛋白质相互作用的研究方法
• 1.2.1 传统方法
• 1.2.2 生物信息学方法
• 1.2.3 传统方法和生物信息学的比较
• 1.3 构建蛋白质相互作用网络的意义
• 1.3.1 蛋白质相互作用网络的意义
• 1.3.2 构建蛋白质相互作用网络的生物信息学方法
• 1.4 本论文的思路、目的和意义
• 2.KDBI数据库的更新
• 2.1 数据库平台配置
• 2.1.1 硬件平台
• 2.1.2 软件平台
• 2.1.3 整个平台的协调配置
• 2.2 数据库设计
• 2.2.1 需求分析
• 2.2.2 实体关系设计
• 2.3 数据处理
• 2.3.1 数据收集
• 2.3.2 数据整理
• 2.4 构建数据库
• 2.4.1 建立空表
• 2.4.2 数据导入
• 2.4.3 建立视图
• 2.5 数据库展示
• 2.5.1 网页设计
• 2.5.2 网页代码编写
• 2.5.3 调试和功能实现
• 3.基于KDBI的蛋白质相互作用的动力学网络构建
• 3.1 数据来源
• 3.2 数据处理
• 3.3 建立网络
• 3.4 优化拓扑
• 3.5 flash作图
• 4.结果与讨论
• 4.1 结果与分析
• 4.1.1 数据库更新显著
• 4.1.2 动力学网络的构建
• 4.2 构建蛋白质相互作用的动力学网络的应用
• 4.3 展望
• 参考文献
• 致谢
• 附录一:攻读硕士研究生期间发表的文章