导读:本文包含了微卫星数据库论文开题报告文献综述及选题提纲参考文献，主要关键词:产黄青霉,微卫星序列,生物信息学,基因组
微卫星数据库论文文献综述
李瑶瑶,刘云国,刘凌霄,刘军,张亮[1]（2017）在《基于NCBI核酸数据库资源的产黄青霉微卫星序列的筛选》一文中研究指出利用生物信息学方法在产黄青霉基因组中筛选微卫星序列,并对其基因组中微卫星数量和丰度进行了研究.利用SSRHunter1.3软件在长度为30 090 464 bp的产黄青霉基因组中共找到163个微卫星序列.其中以两碱基重复类型数目最多,为133个,占重复序列总数目的 81.60%;其次是叁碱基重复为29个,占17.79%;最后是四碱基1个,占0.61%.在两碱基重复序列中,AT(44.79%)重复类别最多,其次是AG(23.92%).在叁碱基重复序列中,共发现9种重复类别,其中以AAG和ACT重复类型最多,为6个(3.68%),其次是ACC(2.45%),最少的是AGC(0.61%).四碱基重复中,只有1种重复类别,为ATGT(0.61%).同时选取二碱基的重复次数在7以上和叁碱基的重复次数在6以上的微卫星序列,利用Primer Premier 5.0软件设计了引物,共得到30对引物.本研究不仅为后续产黄青霉微卫星标记的筛选奠定了基础,也丰富了其基因组学资源,对产黄青霉的种群遗传结构分析、分子标记选育和遗传多样性有重要意义.(本文来源于《烟台大学学报(自然科学与工程版)》期刊2017年03期）
王冬,黄德森,刘洪刚,胡雅璐,宋可馨[2]（2017）在《海洋遥感卫星数据库建立与应用》一文中研究指出基于MySQL数据库系统平台,通过对TMI、SSMI及MODIS卫星观测数据采集、数据质量控制、加工处理、数据库管理维护等模块的设计,建立海洋遥感卫星数据库管理系统,为用户提供一个专用数据源和数据管理系统。用户可通过自身需求选定相关的参数,搜寻数据库中满足用户需求的数据项,同时可通过用户界面浏览数据快视图,获取所需的数据包及相关的用户指南,实现高效地查询与下载。(本文来源于《气象水文海洋仪器》期刊2017年02期）
李瑶瑶,刘云国,张亮,高新玉,王敏强[3]（2017）在《基于NCBI核酸数据库资源的黑曲霉微卫星序列的筛选》一文中研究指出为了筛选黑曲霉微卫星序列,丰富黑曲霉的基因组资料,从而为开发黑曲霉多态性高的微卫星标记提供参考,本研究利用生物信息学方法在黑曲霉基因组中查询微卫星序列,并对其基因组中微卫星数量、丰度进行了研究.利用SSRHunter 1.3在长度为2704975 bp的黑曲霉基因组中找到了171个微卫星序列.结果表明:在黑曲霉微卫星序列所有重复类型中,以两碱基重复数目最多,为92个,占重复序列总数目的 53.80%;其次是叁碱基重复,为70个,占40.94%;再次是四碱基9个,占5.26%.在两碱基重复序列中,AG重复类型最多(24.56%),GC最少(1.17%).叁碱基重复序列中,共发现10种重复类别,其中以ACC重复类型最多(7.01%),最少的是AAT,ATC和GCC,占1.75%.四碱基重复中,共发现8种重复类别,除GGAT重复序列为2个(1.17%)外,其他分别各有1个(0.58%).同时选取黑曲霉中二碱基的重复次数在七次以上的微卫星序列和叁碱基的重复次数在六个以上的微卫星序列,利用Primer Premier5.0软件来设计引物,为后续微卫星标记的筛选奠定基础.(本文来源于《鲁东大学学报(自然科学版)》期刊2017年02期）
牛雯雯,马居奎,鞠玉亮,王暄,李红梅[4]（2016）在《基于EST数据库开发禾谷孢囊线虫的微卫星标记》一文中研究指出禾谷孢囊线虫(Heterodera avenae)于1989年首次在我国湖北省天门县发现,迄今已在河南、河北、山东、江苏、安徽等16个省(市/自治区)分布危害,给我国小麦生产及粮食安全带来了极大的威胁。近年来针对小麦孢囊线虫的形态学、生物学、抗病品种筛选以及防控技术等研究有较多的报道,然而关于我国禾谷孢囊线虫种群遗传结构和多样性的研究相对滞后。微卫星,即简单重复序列(Simple sequence repeat,SSR),是一种广泛应用于种群遗传结构和多样性分析的分子标记。本研究基于禾谷孢囊线虫EST序列设计了210对SSR标记引物,通过降落PCR和短串联重复(STR)分型检测,共筛选到13对多态性较好的SSR标记引物。利用禾谷孢囊线虫群体JSPX对这13对SSR引物进行多态性分析,发现CS-31、CS-60、CS-102、CS-121、CS-137、CS-179、CS-187和CS-8384等8对SSR标记引物所对应的微卫星位点,无效等位基因频率都很低,低至为0,多态性信息含量(PIC值)均大于0.25,表明它们的多态性较高。此外测试13对SSR引物的哈德温(Hardy-Weinberg)平衡和连锁遗传,并利用Sequencial Bonferroni校正P值,发现以上8对SSR引物均未偏离哈德温平衡(P<0.05),也不存在连锁遗传现象(P<0.05)。结果表明,这8对SSR标记引物具有良好的多态性,可用于分析我国禾谷孢囊线虫不同地理群体的遗传结构和多样性。(本文来源于《中国植物病理学会2016年学术年会论文集》期刊2016-08-05）
马静,安永平,王兴盛,孙建昌[5]（2016）在《宁夏水稻品种微卫星标记数据库的建立》一文中研究指出本研究以47份经甄别鉴定的宁夏水稻品种(系)为试验材料,筛选出28对较均匀分布于12条染色体、条带清晰稳定、多态性丰富的SSR标记构建了宁夏水稻微卫星标记数据库。共检测到144个等位基因,标记间差异性位点数3~10个,平均5.14个;平均Nei's遗传多样性指数为0.6187。28个位点上参试材料间均有差异。只在1个位点上存在差异的是宁粳28号和宁粳23号,宁粳23和宁粳35号;其余品种差异性位点均在2个或2个以上,占参试材料的93.6%。28对引物中筛选出10对核心引物,各材料间至少有1对引物存在差异,能够把参试品种(系)一一区分开来。利用这10对引物,在相同的迁移位置上以1、0标记扩增片段的有无,构建了宁夏水稻DNA指纹图谱。(本文来源于《植物遗传资源学报》期刊2016年02期）
王玉玲[6]（2015）在《资源叁号卫星数据库成果发布》一文中研究指出本报讯 王玉玲报道 目前国内分辨率最高、覆盖最全、时相最新的资源叁号卫星全国数字正射影像库及数字表面模型数据库成果10月20日正式向社会发布。成果可广泛应用于国土测绘、土地督察、林业资源调查、地质环境监测、水土保持监测、应急保障、导航地图更新等领域，(本文来源于《中国测绘报》期刊2015-10-23）
杜联明,李玉芝,张修月,岳碧松[7]（2012）在《MSDB:一个界面友好的微卫星搜索及数据库创建软件的开发》一文中研究指出微卫星DNA由1~6个核苷酸的串联重复片段构成,由于重复单元的重复次数在个体间呈高度变异性并且数量丰富,所以微卫星DNA标记在基因组连锁图构建、基因定位、亲缘关系鉴定以及医学等方面有着非常广泛的应用。使用传统方法获得微卫星序列过程序复杂、繁琐、费时,而且成本非常高。随着生物信息学的发展,许多生物的基因组己测序并拼接完毕,使得利用软件从全基因组序列中搜索、筛选、统计微卫星并建立数据库成为一种迫切需要。本研究中,我们在之前开发的微卫星搜索软件M-DNA的基础上又开发了MSDB微卫星搜索软件。MSDB相比M-DNA有着更强大的功能,MSDB中嵌入了SQLite数据库,用于存储微卫星相关信息,如重复次数、重复单元、微卫星类型以及侧翼序列等。SQLite数据库非常便于微卫星的管理、统计和归类。MSDB除了能搜索单一型微卫星,还能搜索复合型、复杂型以及间断型微卫星并根据不同的微卫星类型生成详细的统计报告。MSDB另一个功能是调用R绘制滑动窗口图显示染色体或DNA序列上不同区域微卫星个数、密度或频率的分布情况。MSDB能自动生成Primer3的输入文件,可将数据库中的微卫星导出,并批量设计微卫星引物。(本文来源于《中国西部动物学学术研讨会论文摘要汇编》期刊2012-06-15）
沈富军,张志和,侯蓉,张文平,张亮[8]（2010）在《大熊猫微卫星分型数据库的建立》一文中研究指出引言微卫星标记现已广泛应用于大熊猫的亲子鉴定、谱系管理和种群遗传学研究。但是,这些标记还没有经过系统的群体遗传学检测和评估,质量参差不齐。例如,我们曾用L(u|¨)等开发的Ame系列微卫星标记对96个大熊猫样品做亲子鉴定(张志和等,2003),结果发现,有4个基因座具有较高的零等位基因频率(Null allele Frequencies),有5个基因座存在多重扩增现象(Multiple alleles,MA),使基因分型非常困难。经过多次反复检测,最后只有约(本文来源于《第十二次全国畜禽遗传标记研讨会论文集》期刊2010-10-14）
肖扬,陈隆钟,吴茜,边银丙[9]（2009）在《数据库搜索及ISSR-抑制PCR法开发香菇微卫星标记》一文中研究指出采用数据库搜索及ISSR-抑制PCR法开发香菇微卫星标记。由数据库搜索法开发出21对引物,11对有多态性,各位点平均产生3.3个等位基因;通过ISSR-抑制PCR法开发出8对引物,5对具多态性,各位点平均产生3个等位基因。结果表明,在香菇SSR开发中,两种方法均是行之有效的。(本文来源于《菌物学报》期刊2009年04期）
肖扬,边银丙[10]（2008）在《数据库搜索及ISSR-抑制PCR法开发香菇微卫星标记》一文中研究指出采用数据库搜索及ISSR-抑制PCR法开发香菇微卫星标记。由数据库搜索法开发出26对引物,14对有多态性,各位点平均产生3个等位基因;通过ISSR-抑制PCR法开发出8对引物,5对具多态性,各位点平均产生2.4个等位基因。结果表明,在香菇SSR开发中,两种方法均是行之有效的。(本文来源于《第二届全国食用菌中青年专家学术交流会论文集》期刊2008-10-23）
微卫星数据库论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
基于MySQL数据库系统平台,通过对TMI、SSMI及MODIS卫星观测数据采集、数据质量控制、加工处理、数据库管理维护等模块的设计,建立海洋遥感卫星数据库管理系统,为用户提供一个专用数据源和数据管理系统。用户可通过自身需求选定相关的参数,搜寻数据库中满足用户需求的数据项,同时可通过用户界面浏览数据快视图,获取所需的数据包及相关的用户指南,实现高效地查询与下载。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
微卫星数据库论文参考文献
[1].李瑶瑶,刘云国,刘凌霄,刘军,张亮.基于NCBI核酸数据库资源的产黄青霉微卫星序列的筛选[J].烟台大学学报(自然科学与工程版).2017
[2].王冬,黄德森,刘洪刚,胡雅璐,宋可馨.海洋遥感卫星数据库建立与应用[J].气象水文海洋仪器.2017
[3].李瑶瑶,刘云国,张亮,高新玉,王敏强.基于NCBI核酸数据库资源的黑曲霉微卫星序列的筛选[J].鲁东大学学报(自然科学版).2017
[4].牛雯雯,马居奎,鞠玉亮,王暄,李红梅.基于EST数据库开发禾谷孢囊线虫的微卫星标记[C].中国植物病理学会2016年学术年会论文集.2016
[5].马静,安永平,王兴盛,孙建昌.宁夏水稻品种微卫星标记数据库的建立[J].植物遗传资源学报.2016
[6].王玉玲.资源叁号卫星数据库成果发布[N].中国测绘报.2015
[7].杜联明,李玉芝,张修月,岳碧松.MSDB:一个界面友好的微卫星搜索及数据库创建软件的开发[C].中国西部动物学学术研讨会论文摘要汇编.2012
[8].沈富军,张志和,侯蓉,张文平,张亮.大熊猫微卫星分型数据库的建立[C].第十二次全国畜禽遗传标记研讨会论文集.2010
[9].肖扬,陈隆钟,吴茜,边银丙.数据库搜索及ISSR-抑制PCR法开发香菇微卫星标记[J].菌物学报.2009
[10].肖扬,边银丙.数据库搜索及ISSR-抑制PCR法开发香菇微卫星标记[C].第二届全国食用菌中青年专家学术交流会论文集.2008