金福菇等四种食用菌种质资源的分子标记多态性研究

论文摘要

在本研究中,我们应用RAPD,ISSR和SRAP标记对金福菇、大球盖菇、猴头菇、茶树菇菌种进行种质资源遗传多样性研究,并将RAPD,ISSR和SRAP的部分多态性片段转化成SCAR标记,分别建立上述四种食用菌的菌种鉴别技术。主要研究结果如下:1、通过金福菇的RAPD,ISSR,SRAP这三个分子标记的综合分析,采用SPSS15.0软件系统聚类法中的组间连接法进行聚类分析,在聚类阀值确定为12水平上,可将15个供试菌株分为3个群体,从这些分子标记扩增产物的图谱中,通过回收5条明亮、重复性好的特异条带,并将这5条特异带成功地转化为了SCAR标记。通过聚类分析初步判断金福菇1号和3号菌株可能为同种异名菌株,金福菇12号菌株可能不是金福菇菌株。2、通过大球盖菇的RAPD,ISSR,SRAP这三个分子标记的综合分析,采用SPSS15.0软件系统聚类法中的组间连接法进行聚类分析,在聚类阀值确定为9水平上,可将13个供试菌株分为6个群体,10号和12号菌株的遗传关系较为紧密。其中11号菌株与其他菌株的遗传距离较远,从这些分子标记扩增产物的图谱中,通过回收11条明亮、重复性好的特异条带,并将这11条特异带成功地转化为了SCAR标记。通过聚类分析,初步判断大球盖菇10号和12号菌株可能为同种异名菌株。3、通过猴头菇的RAPD,ISSR,SRAP这三个分子标记的综合分析,采用SPSS15.0软件系统聚类法中的组间连接法进行聚类分析,在聚类阀值确定为9水平上,可将33个供试菌株分为5个群体,其中12号和13号菌株,23号和24号菌株的亲缘关系很近。从这些分子标记扩增产物的图谱中,通过回收18条明亮、重复性好的特异条带,其中17条特异片段成功地转化为了SCAR标记,通过聚类分析,初步判断猴头菇12号和13号菌株可能为同种异名菌株。4、通过茶树菇的RAPD,ISSR,SRAP这三个分子标记的综合分析,采用SPSS15.0软件系统聚类法中的组间连接法进行聚类分析,在聚类阀值确定为15水平上,可将46个供试菌株分为7个群体,其中编号为32号和37号菌株的相似性系数为0.965,说明32号和37号菌株的亲缘关系很近。从这些分子标记扩增产物的图谱中,通过回收20条明亮、重复性好的特异条带,并将这20条特异带成功地转化为了SCAR标记,通过聚类分析,初步判断32号和37号菌株为同种异名。

论文目录

• 摘要
• ABSTRACT
• 第一章 文献综述
• 1 金福菇、大球盖菇、猴头菇、茶树菇的概述
• 1.1 金福菇的生物特性及其食药用价值
• 1.2 大球盖菇的生物特性及其食药用价值
• 1.3 猴头菇的生物特性及其食药用价值
• 1.4 茶树菇的生物特性及其食药用价值
• 2 分子标记及其在食用菌研究中的应用
• 2.1 应用于食用菌研究的分子标记
• 2.1.1 同工酶标记
• 2.1.2 RFLP标记
• 2.1.3 RAPD标记
• 2.1.4 SRAP（Sequence-related amplified polymorphism）标记
• 2.1.5 微卫星（simple sequence repeat,简称SSR）
• 2.1.6 简单重复序列间扩增（Inter-Simple Sequence Repeat,ISSR）
• 2.1.7 SCAR标记
• 2.1.8 AFLP标记
• 2.1.9 核糖图谱（聚合酶链反应酶解图谱）
• 2.1.10 DNA芯片生物技术
• 2.2 分子标记在食用菌研究中的应用
• 2.2.1 品种（杂种、融合子、转化子）鉴定与遗传分析
• 2.2.2 亲缘关系和遗传多样性研究
• 2.2.3 构建遗传图谱和基因克隆及基因定位
• 2.2.4 研究核糖体（rDNA）与线粒体（mtDNA）遗传
• 3 本研究的目的、意义和策略
• 第二章 金福菇种质资源分子标记分析及SCAR标记的建立
• 1 材料与方法
• 1.1 材料
• 1.1.1 供试菌株
• 1.1.2 生化试剂
• 1.1.3 培养基
• 1.1.4 主要试剂溶液配制
• 1.1.5 试剂仪器
• 1.2 方法
• 1.2.1 菌丝培养
• 1.2.2 CTAB法提取金福菇基因组DNA
• 1.2.3 基因组DNA电泳检测
• 1.2.4 金福菇基因组DNA的RAPD-PCR、ISSR-PCR、SRAP-PCR扩增
• 1.2.5 目的片段的回收
• 1.2.6 感受态细胞的制备
• 1.2.7 与载体的连接
• 1.2.8 连接产物转化大肠杆菌（热激法）
• 1.2.9 转化产物的鉴定
• 1.2.10 测序分析
• 1.2.11 SCAR引物的设计
• 1.2.12 SCAR标记的验证
• 1.3 数据分析
• 1.3.1 扩增条带的统计
• 1.3.2 多态位点的分析
• 1.3.3 聚类分析
• 2 结果与分析
• 2.1 DNA的提取
• 2.2 金福菇的种质资源分子标记分析
• 2.2.1 RAPD分析
• 2.2.2 ISSR分析
• 2.2.3 SRAP分析
• 2.2.4 金福菇的SRAP,RAPD,ISSR综合分析
• 2.3 金福菇的SCAR标记的建立
• 2.3.1 特异标记片段回收纯化
• 2.3.2 转化结果
• 2.3.3 标记片段的测序结果与分析
• 2.3.4 SCAR引物设计
• 2.3.5 SCAR标记的验证结果
• 2.3.6 金福菇的SCAR标记分析
• 2.3.7 SCAR标记鉴定结果
• 3 讨论
• 第三章 大球盖菇种质资源分子标记分析及SCAR标记的建立
• 1 材料与方法
• 1.1 材料
• 1.1.1 供试菌株
• 1.1.2 生化试剂仪器（同第二章）
• 1.2 方法
• 1.2.1 CTAB法提取大球盖菇基因组DNA（同第二章）
• 1.2.2 RAPD、ISSR、SRAP反应引物
• 1.2.3 PCR扩增反应体系和程序（同第二章）
• 1.2.4 SCAR标记的建立（同第二章）
• 1.3 数据分析（同第二章）
• 2 结果与分析
• 2.1 大球盖菇的种质资源分子标记分析
• 2.1.1 大球盖菇的RAPD分析
• 2.1.2 大球盖菇的ISSR分析
• 2.1.3 大球盖菇的SRAP分析
• 2.1.4 大球盖菇的RAPD、ISSR、SRAP综合分析
• 2.2 大球盖菇SCAR标记的建立
• 2.2.1 特异标记片段回收纯化
• 2.2.2 转化结果
• 2.2.3 标记片段的测序结果与分析
• 2.2.4 SCAR引物设计
• 2.2.5 SCAR标记的验证结果
• 2.2.6 大球盖菇的SCAR标记分析
• 2.2.7 SCAR标记鉴定结果
• 3 讨论
• 第四章 猴头菇种质资源分子标记分析及SCAR标记的建立
• 1 材料与方法
• 1.1 材料
• 1.1.1 供试菌株
• 1.1.2 生化试剂仪器（同第二章）
• 1.2 方法
• 1.2.1 CTAB法提取猴头菇基因组DNA（同第二章）
• 1.2.2 RAPD、ISSR、SRAP反应引物
• 1.2.3 PCR扩增反应体系和程序（同第二章）
• 1.2.4 SCAR标记的建立（同第二章）
• 1.3 数据分析（同第二章）
• 2 结果与分析
• 2.1 猴头菇种质资源的分子标记分析
• 2.1.1 猴头菇的RAPD分析
• 2.1.2 猴头菇的ISSR分析
• 2.1.3 猴头菇的SRAP分析
• 2.1.4 猴头菇的RAPD、ISSR、SRAP综合分析
• 2.2 猴头菇的SCAR标记的建立
• 2.2.1 特异标记片段回收纯化
• 2.2.2 转化结果
• 2.2.3 标记片段的测序结果与分析
• 2.2.4 SCAR引物设计
• 2.2.5 SCAR标记的验证结果
• 2.2.6 猴头菇的SCAR标记分析
• 2.2.7 SCAR标记鉴定结果
• 3 讨论
• 第五章 茶树菇种质资源分子标记分析及SCAR标记的建立
• 1 材料与方法
• 1.1 材料
• 1.1.1 供试菌株
• 1.1.2 生化试剂仪器（同第二章）
• 1.2 方法
• 1.2.1 CTAB法提取茶树菇基因组DNA（同第二章）
• 1.2.2 RAPD、ISSR、SRAP反应引物
• 1.2.3 PCR扩增反应体系和程序（同第二章）
• 1.2.4 SCAR标记的建立（同第二章）
• 1.3 数据分析（同第二章）
• 2 结果与分析
• 2.1 茶树菇种质资源的分子标记分析
• 2.1.1 茶树菇的RAPD分析
• 2.1.2 茶树菇的ISSR分析
• 2.1.3 茶树菇的SRAP分析
• 2.1.4 茶树菇的RAPD、ISSR、SRAP综合分析
• 2.2 茶树菇的SCAR标记的建立
• 2.2.1 特异标记片段回收纯化
• 2.2.2 转化结果
• 2.2.3 标记片段的测序结果与分析
• 2.2.4 SCAR引物设计
• 2.2.5 SCAR标记的验证结果
• 2.2.6 茶树菇的SCAR标记分析
• 2.2.7 SCAR标记鉴定结果
• 3 讨论
• 参考文献
• 附录
• 致谢