中华大蟾蜍和中国林蛙线粒体基因组全序列研究

论文摘要

本文参照近源物种线粒体基因组序列,设计特异引物,采用PCR和Long-PCR产物直接测序法测得了中华大蟾蜍（Bufo gargarizans）和中国林蛙（Rana chensinensis）线粒体基因组全序列。结果显示:中华大蟾蜍线粒体和中国林蛙线粒体基因组序列全长分别为17,277bp和17,861bp,初步分析了其基因组特点,它们均包括13个蛋白质编码基因、2个rRNA基因、22个tRNA基因和1个D-Loop区,两物种的线粒体基因排列顺序相同,并与黑斑蛙等物种及蟾蜍科其它物种相似,在WANCY区包含一个stem-loop结构。结合已测出的蛙蟾类线粒体序列对其作了生物信息学分析,基于11个编码蛋白质基因合并序列用ML法和MP法构建系统进化树,分析了11种无尾类动物的亲缘关系;以及基于12S rRNA基因和16S rRNA基因用ML法和MP法构建了系统进化树,分析了21种无尾类动物的亲缘关系。其研究结果表明:支持了无尾目单系起源说;蟾蜍科与雨蛙科的亲缘关系比与蛙科的亲缘关系要近;支持将林蛙类从蛙属中分出,独立林蛙属;不支持将中蛙亚目从始蛙亚目中独立出来的观点。

论文目录

• 摘要
• Abstract
• 第一章 脊椎动物线粒体基因组概述
• 1.1 脊椎动物线粒体基因组的基本特征
• 1.1.1 脊椎动物线粒体基因组的大小
• 1.1.2 线粒体基因组的基因组成
• 1.1.3 线粒体基因组的基因排序
• 1.1.4 线粒体基因的遗传特性为母系遗传
• 1.1.5 线粒体基因组与核基因组的关系
• 1.1.6 线粒体基因组的进化特点
• 1.2 动物MTDNA 的进化研究
• 1.2.1 动物mtDNA 分子进化特征
• 1.2.2 线粒体DNA 在分子系统学上的应用
• 1.2.3 线粒体DNA 在系统学上的优缺点
• 1.2.4 动物线粒体基因组全序列测定方法
• 1.3 蛙蟾类线粒体基因组
• 1.3.1 蛙蟾类线粒体基因组测序研究概况
• 1.3.2 蛙蟾类线粒体基因顺序及其与系统发生的关系
• 1.4 本研究的意义
• 参考文献（REFERENCES）
• 第二章 中华大蟾蜍线粒体基因组全序列及其分子系统发生
• 2.1 前言
• 2.2 材料与方法
• 2.2.1 实验动物与DNA 提取
• 2.2.2 引物设计和PCR 扩增
• 2.2.3 纯化、测序和序列拼接
• 2.2.4 序列分析方法
• 2.2.5 分子系统树构建方法
• 2.3 结果
• 2.3.1 线粒体基因组结构
• 2.3.2 碱基组成
• 2.3.3 蛋白质编码基因
• 2.3.4 rRNA
• 2.3.5 非编码区
• 2.3.6 分子系统进化树
• 2.4 讨论
• 2.4.1 编码蛋白质基因的比较
• 2.4.2 非编码区
• L'>2.4.3 WANCY 区与O_L
• 2.4.4 系统发生分析
• 参考文献（REFERENCES）
• 第三章 中国林蛙线粒体基因组全序列及其结构分析
• 3.1 前言
• 3.2 材料与方法
• 3.2.1 实验动物与线粒体DNA 提取
• 3.2.2 引物设计和PCR 扩增
• 3.2.3 纯化、测序和序列拼接
• 3.2.4 序列分析方法
• 3.2.5 系统树的构建
• 3.3 结果与讨论
• 3.3.1 PCR 结果
• 3.3.2 线粒体基因组结构和碱基组成
• 3.3.3 中国林蛙线粒体基因组限制性酶酶切图谱分析
• 3.3.4 蛋白质编码基因
• 3.3.5 rRNA 与tRNA
• 3.3.6 非编码区
• 3.3.7 轻链复制起始点
• 3.3.8 系统发生分析
• 参考文献（REFERENCES）
• 致谢（ACKNOWLEDGMENTS）
• 附：本人在读期间发表科研论文及获奖情况一览表