桂东南地区普通野生稻（Oryza rufipogon Griff.）遗传多样性SSR研究

论文摘要

本研究采用25个微卫星位点研究了广西壮族自治区贺州、崇左、防城港3市8个居群301份普通野生稻材料的遗传多样性和遗传结构,主要结果如下: 1、桂东南地区普通野生稻遗传多样性较为丰富,平均等位基因数A=10.24,有效等位基因数Ae=5.02,平均期望杂合度He=0.76,实际观察杂合度Ho=0.48。在居群水平上,平均期望杂合度He的变化范围从0.28（居群SB）到0.58（居群YJ）;实际观察杂合度Ho的变化范围从0.22（居群SB）到0.58（居群DP）;平均等位基因数A的变化范围从2.04（居群SB）到5.20（居群TJ）;有效等位基因数Ae的变化范围从1.53（居群SB）到2.99（居群TJ）。除居群SB与YL的遗传多样性相对较低以外,其它居群都有较高水平的遗传多样性。实地考察发现,供试居群原生境周围均有栽培稻种植,栽培稻与野生稻间的基因交流可能是该地普通野生稻遗传多样性较高的原因之一。 2、供试居群遗传结构分析表明,总的遗传变异中有35%存在于居群间（Fst=0.34）,遗传变异主要存在于居群内。研究还发现大多数居群偏离了Hardy-Weinberg平衡且表现杂合体不足（Fis=0.27,Fit=0.48）。根据固定指数（F=0.57）计算出的异交率（t=0.28）表明,桂东南地区普通野生稻的繁育系统是包括无性生殖和有性生殖在内的典型的混合繁育系统,且其有性生殖中自交和异交都占较大分量。 3、Nei无偏遗传一致度和遗传距离,聚类分析和主坐标分析计算及结果表明,居群YL与QT间遗传距离D最大（D=1.50）,居群DP与DT间遗传距离D最小（D=0.23）;居群DP与DT间遗传一致度I最大（I=0.78）,居群YL与QT间遗传一致度I最小（I=0.22）。居群SB、YL和YJ聚为一类,居群DP和DT聚为一类,其余三个居群各自成为一类。表明居群SB、YL和YJ遗传关系比较近,而居群DP和DT遗传关系较近,且与其它居群遗传距离较远;除居群DP与DT的个体有交叉外,其它居群间遗传分化较明显,并推测居群DP与DT可能来源于同一个大群落。 4、桂东南地区普通野生稻遗传多样性与纬度间有一定的相关性（r=0.7707,P<0.05）,随着纬度的升高,居群的遗传多样性逐渐降低。“距离—隔离”模型检测后发现,虽然桂东南地区从整体上并不符合该模型,但是在较小的范围内（小于100km）,居群间的遗传分化与该模型相符。进一步研究发现,在桂南的五个居群中,

论文目录

• 1 文献综述
• 1.1 前言
• 1.2 野生稻概述
• 1.2.1 野生稻的地理分布
• 1.2.2 野生稻的生长习性及形态特征
• 1.3 植物遗传多样性研究方法
• 1.3.1 遗传多样性形态标记研究
• 1.3.2 遗传多样性生化标记研究
• 1.3.3 遗传多样性DNA标记研究
• 1.4 野生稻遗传多样性研究进展
• 1.4.1 野生稻与栽培稻遗传多样性比较
• 1.4.2 分布于我国的三种野生稻的遗传多样性研究
• 1.4.3 不同生境条件下野生稻遗传多样性比较
• 1.4.4 华南是野生稻遗传变异中心之一
• 1.4.5 两广是我国普通野生稻遗传变异最为丰富的地区
• 1.5 我国野生稻濒危状况和保护现状
• 1.5.1 我国野生稻的濒危状况
• 1.5.2 保护生物学研究
• 1.6 立题的意义与目的
• 2 材料与方法
• 2.1 材料来源
• 2.2 实验方法
• 2.2.1 全基因组DNA提取
• 2.2.2 引物来源
• 2.2.3 PCR扩增
• 2.2.4 聚丙烯酰胺凝胶电泳
• 2.3 数据分析方法
• 2.3.1 数据统计
• 2.3.2 遗传多样性数据分析
• 2.3.3 居群遗传结构分析
• 2.3.4 聚类分析与主坐标分析
• 3 结果与分析
• 3.1 微卫星位点在总居群上的遗传变异
• 3.2 居群遗传多样性
• 3.3 居群遗传结构及Hardy-Weinberg平衡检测
• 3.4 居群间遗传关系
• 3.4.1 Nei遗传距离和遗传一致度
• 3.4.2 聚类分析
• 3.4.3 主坐标分析（PCO）
• 3.5 居群间遗传距离与地理距离的比较
• 3.6 居群遗传多样性与纬度的相关性检验
• 3.7 微卫星位点的重复数、重复序列总碱基数与等位变异数的相关性检验
• 4 讨论
• 4.1 SSR在普通野生稻遗传多样性研究中的应用
• 4.2 居群遗传多样性
• 4.3 居群遗传变异与地理分布的关系
• 4.4 桂东南地区普通野生稻保护策略
• 参考文献
• 致谢
• 附录
• 攻读学位期间发表的学术论文目录