论文题目: 马尾松毛虫浓核病毒基因组结构分析及其非结构蛋白NS1功能研究
论文类型: 博士论文
论文专业: 微生物学
作者: 王俊平
导师: 胡远扬
关键词: 马尾松毛虫,浓核病毒,理化性质,序列测定,基因组结构与组成,蛋白
文献来源: 武汉大学
发表年度: 2005
论文摘要: 马尾松毛虫是马尾松的主要害虫。2002年,本实验室在河南省新县林场发现一些罹病死亡的马尾松毛虫幼虫,并从中分离到一种直径约为22nm的非包涵体病毒粒子,我们称之为马尾松毛虫浓核病毒（Dendrolimus punctatus denso virus,DpDNV）。该病毒基因组为单链DNA,长约5.0kb。SDS-聚丙烯酰胺凝胶电泳分析表明DpDNV有四种衣壳蛋白（VP1,VP2,VP3和VP4）,大小分别为79kDa、65kDa、55kDa和51kDa,其中VP2和VP4的含量多。 浓核病毒是依据基因组结构与组成来进行分类的。为了进一步确定DpDNV在病毒分类中的地位,采用直接酶切基因组和类似于5’RACE的方法相结合,建立了一系列末端重叠的克隆,完成DpDNV基因组核苷酸序列的测定。DpDNV基因组全长5039nt（GeneBank No.AY665654）,其中A和T碱基含量丰富,占62.43%。这与其它浓核病毒基因组富含A和T碱基相似。DpDNV的全基因组核苷酸序列的同源性比较表明,它与相同病毒属的油棕刺蛾浓核病毒（CeDNV）和家蚕浓核病毒（BmDNV）之间的同源性非常高,序列同源性均高达60%。 DpDNV基因组的两端存在200个核苷酸的倒置重复序列（ITR）,并且最末端的131个核苷酸的回文序列可以折叠成J-型的发卡结构。基因组的正链包含3个大的开放阅读框（ORF）,负链上无明显的ORF。正链上的三个ORF,其中两个位于5’侧端,另一个位于3’侧端。位于5’侧端的left-ORF和mid-ORF编码非结构蛋白（NS）,且mid-ORF完全位于lefi-ORF内:位于3’侧端的ORF编码结构蛋白（VP）。NS1蛋白的N端和C端分别包含复制启始蛋白结构域和依赖DNA的ATP酶/解旋酶结构域。VP1蛋白的N端包含磷脂酶A2（phospholipase A2）结构域,保守基序为YXGXG和HDXXY（X）12D。DpDNV的VP1仅与相同病毒属BmDNV和CeDNV的VP1有序列同源性,并且分别高达72%和76%。DpDNV基因组功能性启动子位于map unit（m.u.）7和m.u.54处;Ploy（A）位点位于m.u.54和m.u.95。说明在启动子P7和P54的控制下,DpDNV基因组将以正链为模板,分别起始NS和VP转录本的合成。在编码NS1和结构蛋白的ORF之间存在一个18个核苷酸的正向重复序列（direct repeat）。 依据基因组序列同源性、结构蛋白同源性以及基因组结构与组成,DpDNV
论文目录:
中文摘要
英文摘要
第一章 前言
1.1 昆虫病毒
1.1.1 昆虫病毒的分类
1.1.2 昆虫病毒的分子生物学
1.1.3 昆虫病毒研究的意义
1.2 细小病毒的分类现状
1.3 细小病毒的特征性状
1.4 脊椎动物细小病毒的基因组结构与组成
1.4.1 基因组末端结构
1.4.2 非结构蛋白
1.4.3 结构蛋白
1.5 细小病毒的复制过程
1.5.1 病毒吸附
1.5.2 侵入细胞
1.5.3 基因表达
1.5.4 基因组复制
1.5.5 病毒粒子的组装和释放
1.6 细小病毒宿主域
1.7 浓核病毒研究进展
1.7.1 浓核病毒的基因组结构及分类
1.7.2 转录和翻译
1.7.3 非结构蛋白和结构蛋白的结构域与功能
1.7.4 浓核病毒的宿主域
1.7.5 浓核病毒的应用
1.8 本研究的目的和意义
第二章 马尾松毛虫浓核病毒的发现及分离鉴定
2.1 引言
2.2 材料与方法
2.2.1 材料
2.2.2 病毒的分离纯化
2.2.3 病毒粒子的电镜检查
2.3 结果与分析
2.3.1 马尾松毛虫浓核病毒的发现
2.3.2 马尾松毛虫浓核病毒的纯化及电镜分析
2.4 讨论
第三章 马尾松毛虫浓核病毒理化特性鉴定
3.1 引言
3.2 材料和方法
3.2.1 实验材料
3.2.2 工具酶
3.2.3 主要化学药品、试剂及溶液
3.2.4 DNA分子量参照物
3.2.5 病毒核酸的提取
3.2.6 核酸性质的鉴定
3.2.7 病毒粒子的结构蛋白电泳分析
3.3 结果与分析
3.3.1 马尾松毛虫浓核病毒的核酸性质
3.3.2 马尾松毛虫浓核病毒的结构蛋白分析
3.4 讨论
第四章 马尾松毛虫浓核病毒基因组序列测定
4.1 引言
4.2 材料与方法
4.2.1 材料
4.2.2 方法
4.3 结果与分析
4.3.1 基因组酶切片段的克隆及重组质粒的酶切鉴定
4.3.2 侧翼序列的克隆和重组质粒的酶切鉴定
4.3.3 DpDNV基因组核苷酸序列
4.4 讨论
第五章 DpDNV基因组结构和组成分析
5.1 引言
5.2 材料与方法
5.2.1 材料
5.2.2 方法
5.3 结果与分析
5.3.1 DpDNV基因组核苷酸序列末端结构分析
5.3.2 DpDNV基因组的开放阅读框
5.3.3 正向重复序列(direct repeat)
5.3.4 转录和翻译的起始与终止
5.3.5 DpDNV基因组编码的非结构蛋白和结构蛋白分析
5.3.6 DpDNV的核苷酸序列与其它细小病毒的同源性比较
5.3.7 DpDNV与其它细小病毒的亲缘关系分析
5.4 讨论
第六章 DpDNV NS1蛋白功能的研究
6.1 引言
6.2 材料与方法
6.2.1 材料
6.2.2 方法
6.3 结果与分析
6.3.1 DpDNV NS1基因的PCR扩增
6.3.2 重组质粒的鉴定
6.3.3 NS1蛋白对感染缺失P35 AcMNPV的Sf-9细胞的影响
6.4 讨论
研究总结
参考文献
博士在读期间发表和待发表的文章
致谢
发布时间: 2006-03-27
参考文献
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