秦川牛PACAP基因多态性及其与部分生长性状的关联研究

论文摘要

本研究利用PCR-SSCP结合测序技术检测PACAP基因在257头秦川牛群体中的多态性,并构建最小二乘分析模型,分析基因型与部分生长性状的相关性,获得结果如下:1.在PACAP基因-465bp处发生T/G突变,基因型检测共发现3种基因型,分别为AA、AB和BB, A和B等位基因的频率分别为0.6059和0.3941;该位点在所检测秦川牛群体中处于Hardy-Weinbery平衡状态;在体斜长和胸深上,AB,AA基因型个体显著高于BB基因型个体（P<0.05）;在胸宽和腰角宽上,AB基因型个体显著高于BB基因型个体（P<0.05）;在其他性状上, AA和AB基因型个体都高于BB基因型个体,但未达到显著水平。2.在PACAP基因87bp处发生T/C突变,基因型检测结果共发现3种基因型,分别命为AA、AB和BB, A和B等位基因的频率分别为0.9582和0.0419;该位点在所检测秦川牛群体中处于Hardy-Weinbery平衡状态;不同基因型个体对生长性状的影响并未达到显著水平3.在PACAP基因2805bp处发生T/C突变,并导致脯氨酸（P）99亮氨酸（L）变异。基因型检测共发现3种基因型,分别为AA、AB和BB, A和B等位基因的频率分别为0.6233和0.3767;该位点在所检测秦川牛群体中处于Hardy-Weinbery不平衡状态;在体斜长上,AB基因型个体极显著高于BB基因型个体（P<0.01）,AA基因型个体显著高于BB基因型个体（P<0.05）;在胸宽上,AB基因型个体显著高于BB基因型个体（P<0.05）;而在其他性状上差异均不显著。4.在PACAP基因3909bp处发生G/A突变,基因型检测共发现3种基因型,分别为AA、AB和BB, A和B等位基因的频率分别为0.5992和0.4008;该位点在所检测秦川牛群体中处于Hardy-Weinbery平衡状态;在体斜长上,AA、AB和BB基因型个体之间差异均达到极显著（P<0.01）;在体高上,AA和AB基因型个体极显著高于BB基因型个体（P<0.01）,AA基因型个体显著高于AB基因型个体（P<0.05）;在体重上,AA和AB基因型个体极显著高于BB基因型个体（P<0.01）;在胸围上,AA基因型极显著高于BB基因型个体（P<0.01）,AA基因型个体显著高于AB基因型个体（P<0.05）,AB基因型个体显著高于BB基因型个体（P<0.05）;在胸宽上,AB基因型个体显著高于BB基因型个体（P<0.05）;而在其它性状上差异均不显著（P>0.05）。T-465G,T2805C,G3909A,突变位点可能是影响秦川牛生长性状的主效QTN或与之紧密连锁,可作为秦川牛选育的侯选分子标记。

论文目录

• 摘要
• ABSTRACT
• 引言
• 第一章 文献综述
• 1.1 秦川牛的选育概况
• 1.1.1 现今肉牛业的发展现状
• 1.1.2 黄牛在动物学上的地位
• 1.1.3 秦川牛（Qinchuan cattle）简介
• 1.1.4 秦川牛的选育进展
• 1.2 主要的遗传标记介绍
• 1.2.1 形态学标记
• 1.2.2 细胞遗传标记
• 1.2.3 生化遗传标记
• 1.2.4 免疫学标记
• 1.2.5 DNA 分子遗传标记
• 1.3 分子标记在牛研究中的应用
• 1.3.1 主效基因
• 1.3.2 数量性状位点
• 1.3.3 标记辅助选择
• 1.4 侯选基因PACAP 基因的研究现状
• 1.4.1 PACAP 基因
• 1.4.2 PACAP 分子结构与进化
• 1.4.3 PACAP 的组织分布
• 1.4.4 PACAP 的作用机理
• 1.4.5 PACAP 的结构与功能的关系
• 1.4.6 PACAP 生物功能
• 1.4.7 PACAP 的研究展望
• 1.5 本研究的目的意义
• 第二章 材料与方法
• 2.1 实验材料
• 2.1.1 实验动物及其血样采集，相关指标测定
• 2.1.2 主要仪器设备
• 2.1.3 主要试剂与药品
• 2.1.4 溶液与缓冲液
• 2.2 试验方法
• 2.2.1 血液基因组DNA 的提取，检测以及DNA 池的构建
• 2.2.2 PCR 扩增体系
• 2.2.3 PCR-SSCP 分析
• 2.2.4 产物的纯化、克隆鉴定和测序
• 2.3 资料的统计与分析
• 2.3.1 基因频率和基因型频率的计算
• 2.3.2 基因频率和基因型频率的差异显著性检验
• 2.3.3 位点遗传纯合度（Ho）、杂合度（He）和有效等位基因数（Ne）
• 2.3.4 多态信息含量
• 2.3.5 统计分析模型
• 第三章 结果与分析
• 3.1 血液基因组DNA 的电泳检测
• 3.2 PACAP 基因5'端调控序列的遗传变异及其对生长性状的影响
• 3.2.1 5'UTR 的SNP 检测
• 3.2.2 PACAP 基因T-465G 突变位点的PCR 产物检测
• 3.2.3 PACAP 基因T-465G 突变位点的PCR-SSCP 分析
• 3.2.4 PACAP 基因T-465G 突变位点的遗传多态性指标
• 3.2.5 PACAP 基因T-465G 突变位点对生长性状的影响
• 3.3 PACAP 基因第一外显子的遗传变异及其对生长性状的影响
• 3.3.1 PCR 产物检测
• 3.3.2 SSCP 分析
• 3.3.3 不同基因型序列测定及蛋白变异
• 3.3.4 PACAP 基因T87C 突变位点的遗传多态性指标
• 3.3.5 PACAP 基因T87C 突变位点对生长性状影响
• 3.4 PACAP 基因第二外显子的遗传变异及其对生长性状的影响
• 3.4.1 PCR 产物检测
• 3.4.2 SSCP 分析
• 3.5 PACAP 基因第三外显子的遗传变异及其对生长性状的影响
• 3.5.1 PCR 产物检测
• 3.5.2 SSCP 分析
• 3.5.3 杂合子序列测定
• 3.5.4 PACAP 基因T2805C 突变位点的遗传多态性指标
• 3.5.5 PACAP 基因T2805C 突变位点对生长性状的影响
• 3.6 PACAP 基因第 3 内含子的遗传变异及其对生长性状的影响
• 3.6.1 PCR 产物检测
• 3.6.2 SSCP 分析
• 3.6.3 不同基因型序列测定
• 3.6.4 PACAP 基因G3909A 突变位点的遗传多态性指标
• 3.6.5 PACAP 基因G3909A 突变位点对生长性状的影响
• 第四章 讨论
• 4.1 高质量DNA 提取的改进
• 4.2 PCR 的优化
• 4.2.1 模板的质量
• 4.2.2 退火温度的确定
• 4.2.3 引物的设计
• 4.3 SSCP 的优化
• 4.3.1 扩增片段长度
• 4.3.2 PCR 产物的浓度及上样量
• 4.3.3 凝胶的浓度
• 4.3.4 电泳的条件
• 4.3.5 DNA 染色方法的改进
• 4.4 PCR 产物的纯化测序
• 4.5 测序峰图的判读
• 4.6 PACAP 基因的遗传变异分析
• 4.7 PACAP 基因多态位点对生长性状的影响分析
• 4.8 本研究存在问题以及后续研究方向
• 第五章 结论
• 参考文献
• 致谢
• 作者简介