小菜蛾转录组微卫星序列的分析和多态性位点的开发

论文摘要

小菜蛾是十字花科蔬菜的世界性重要害虫,其抗药性及迁飞能力强,难以有效防治。采用分子标记的方法则是定位抗性基因以及分析群体间“源-汇”关系的重要技术手段。本研究基于已建立的小菜蛾转录组,搜寻和分析微卫星位点,并随机选取微卫星引物用于多态性位点的筛选。171,262条非冗余的EST序列中共有11,280个微卫星位点,其中8,151个位点可用于引物设计,平均8.9 kb核苷酸序列中含有一个微卫星位点；单核苷重复和三核苷酸重复是主要的类型,单核苷酸中（A）n和（T）n频率多于（C）n和（G）n,而三核苷酸重复中,仅含有C和G的核苷酸重复多于仅含有A和T的核苷酸重复；在4,111个SSR定位分析中,共有424个微卫星位点定位在基因编码序列（CDS）区域,390和374条微卫星分别中定位于3’-UTR和5’-UTR上,有2,891对微卫星位点无法与任何的CDS匹配。在281对用于筛选的微卫星位点中,共有35对引物可以扩增出目的条带,其中27个位点在三个地理品系之间具有多态性,但均不具备种间转移性。将其中9对多态性引物用于群体遗传学分析,等位基因数在4到8之间,有8对引物处于哈迪温伯格平衡。本研究首次利用EST数据筛选小菜蛾微卫星引物,将为小菜蛾遗传图谱的构建以及群体遗传学的分析提供稳定可靠的分子标记。

论文目录

• 摘要
• Abstract
• 1 前言
• 1.1 国内外研究进展
• 1.1.1 微卫星的分布和丰度
• 1.1.2 微卫星的形成机制
• 1.1.3 微卫星的优缺点
• 1.1.4 微卫星引物的开发
• 1.1.5 微卫星的应用
• 1.2 本研究的意义
• 2 材料与方法
• 2.1 小菜蛾转录组微卫星序列的丰度及分布
• 2.1.1 EST数据
• 2.1.2 引物开发方式
• 2.1.3 SSR位点的定位
• 2.2 小菜蛾多态性微卫星位点的筛选
• 2.2.1 供试材料
• 2.2.2 研究方法
• 3 结果与分析
• 3.1 小菜蛾转录组微卫星的分布特征
• 3.1.1 小菜蛾微卫星的丰度
• 3.1.2 不同数目核苷酸重复序列的分布
• 3.1.3 单核苷酸序列类型的分布
• 3.1.4 三核苷酸序列类型的分布
• 3.1.5 小菜蛾微卫星序列的定位
• 3.2 多态性微卫星位点的筛选结果
• 3.2.1 筛选出的多态性微卫星位点
• 3.2.2 EST-SSRs的转移性
• 3.2.3 群体遗传分析的结果
• 4 总结与讨论
• 4.1 小菜蛾微卫星位点的分布频率
• 4.2 小菜蛾的微卫星引物的种间转移性
• 4.3 小菜蛾多态性微卫星位点的分析
• 5 进一步研究建议
• 参考文献
• 附件
• 致谢