论文题目: 新型SNP检测芯片的制备及其在恶性血液病相对风险度检测中的应用
论文类型: 硕士论文
论文专业: 血液学
作者: 姜妮
导师: 孙载阳,陈宝安
关键词: 单核苷酸多态性,基因芯片,亚甲基四氢叶酸还原酶基因,恶性血液病
文献来源: 东南大学
发表年度: 2005
论文摘要: 目的:制备一种新型的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)检测芯片,并以此研究5,10-亚甲基四氢叶酸还原酶(5,10-methylenetetrahydrofolate reductase,MTHFR)基因SNP与中国人群恶性血液病发病风险的关系。方法:根据cDNA芯片原理制作一种目的基因芯片,利用双色荧光探针杂交进行SNP位点检测,测序法对该芯片检测结果的准确性进行验证。在新型SNP检测芯片的制备中对三种表面功能化的基片:氨基玻片、醛基玻片和多聚赖氨酸玻片的DNA固定效率进行了比较。对紫外交连强度和点样的DNA浓度进行了优化。并使用制备的芯片对来自中国江苏地区的157例健康对照和127例恶性血液病患者[30例多发性骨髓瘤(MM),28例非霍奇金淋巴瘤(NHL),22例急性淋巴细胞白血病(ALL),40例急性髓系白血病(AML),7例慢性髓系白血病(CML)]的MTHFR基因C677T和A1298C两个多态位点进行检测。结果:根据固定效率,氨基玻片被选择为芯片基片。紫外交联强度为400 mJ,点样用的DNA浓度为300μg/ml时,信号强度最好。野生型、杂合型和突变型的叠加荧光分别显示为绿色、黄色和红色。测序结果与芯片结果吻合。MTHFRC677T的C、T等位基因频率在患者组和对照组中分别为58.7%、41.3%和66.9%、33.1%;677CC、677CT、677TT基因型频率在两组中分别为37.8%、41.7%、20.5%和45.9%、42.0%、12.1%。MTHFRA1298C的A、C等位基因频率在患者组和对照组中分别为83.1%、16.9%和84.1%、15.9%;1298AA、1298AC、1298CC基因型频率在两组中分别为70.9%、24.4%、4.7%和69.4%、29.3%、1.3%。其中,677C、T在两组中分布有显著差异(χ2=4.08,P=.043)。整体多因素分析未发现何种基因型与恶性血液病的发病风险相关,但MM组中的677TT(33.3%)和1298CC(6.7%)基因型频率均明显高于对照组,差异有显著性(OR 8.92,95%CI 1.06-75.24,P=.006;OR=4.80,95%CI 1.56-14.73,P=.044)。未发现何种基因型与ALL、AML和NHL的发病风险有关。结论:该芯片检测方法准确、高通量且价格低廉,适用于大规模样本SNP调查。MTHFR SNP影响中国人群的恶性血液病的发病风险,MTHFR677TT和MTHFR1298CC基因型对MM易感。
论文目录:
摘要
Abstract
前言
第一章 文献综述
1.1 单核苷酸多态性
1.1.1 SNP 的特性
1.1.2 SNP 的应用
1.1.3 SNP 的检测技术
1.2 MTHFR 基因与肿瘤
1.2.1 MTHFR 基因的结构与功能
1.2.2 MTHFR 基因多态及相关研究
1.3 课题的目的意义及实验设计
1.3.1 课题的目的意义
1.3.2 课题设计
第二章 新型SNP 高通量检测芯片的制备及初步应用
2.1 新型SNP 高通量检测芯片的原理
2.2 样本DNA 的抽提
2.2.1 实验试剂
2.2.2 实验仪器
2.2.3 用酚-氯仿法提取外周血白细胞基因组DNA
2.3 PCR 产物的扩增与纯化
2.3.1 实验试剂与材料
2.3.2 实验仪器
2.3.3 扩增引物
2.3.4 PCR 产物的扩增
2.3.5 PCR 产物的纯化
2.4 SNP 检测探针的设计
2.5 SNP 检测芯片制备条件的优化
2.5.1 实验试剂和仪器
2.5.2 基片的制备
2.5.3 荧光PCR 产物的制备
2.5.4 基片的选择
2.5.5 交联强度的选择
2.5.6 PCR 产物浓度的选择
2.5.7 实验小结
2.6 SNP 高通量检测芯片的制备及初步应用
2.6.1 实验试剂和仪器
2.6.2 SNP 高通量检测芯片的制备及初步应用
2.6.3 杂交结果验证
2.7 本章小结
第三章 应用SNP 检测芯片研究MTHFR 多态与恶性血液病的遗传易感性
3.1 样本的搜集及DNA 的提取
3.1.1 样本搜集
3.1.2 DNA 的提取
3.2 样本MTHFR 基因多态性的基因型检测
3.2.1 实验试剂和仪器
3.2.2 实验步骤
3.2.3 试验结果
3.3 统计分析MTHFR 基因多态与恶性血液病遗传易感性
3.3.1 统计学处理
3.3.2 结果分析
3.3.3 讨论
3.3.4 结论
致谢
参考文献
附录 主要试剂的配制
发布时间: 2007-06-11
参考文献
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