牛蛙微卫星标记的分离及16S rRNA序列分析

论文摘要

牛蛙(Rana catesbeiana)于20世纪60年代引入我国后,养殖发展非常迅速,现为我国养殖的主要特种水产品之一。筛选牛蛙微卫星标记对种质资源现状及群体遗传多样性状况调查、品种纯度检测、分子标记辅助选择等研究奠定分子生物学基础。本研究用磁珠富集法富集含微卫星的DNA片段,将这些片段进行PCR扩增后,转入T载体中,构建牛蛙微卫星富集文库,从库中挑选阳性克隆用PCR检测出重组子,然后将重组克隆测序,共得到11条微卫星序列,对其中的9条进行设计引物,进行多态性筛选,共找到4个含多态的微卫星标记,2个微卫星位点为单态,3个微卫星位点无扩增产物或非特异性扩增。同时合成牛蛙16S rRNA基因序列引物,在湖南、浙江、厦门三个群体的牛蛙中分别挑选4个个体成功扩增牛蛙16S rRNA片段,测序得到约530 bp的序列片段,分析得出12个个体碱基序列无差异。查找并比对网上已经公开的蛙属(Rana)16S rRNA基因序列,构建系统树分析表明该序列能区分蛙属内的种类。

论文目录

• 中文摘要
• 英文摘要
• 目录
• 第一节 文献综述
• 1 牛蛙的研究现状
• 1.1 牛蛙的分类与分布
• 1.2 牛蛙的经济价值
• 1.3 牛蛙的国内外研究状况
• 2 微卫星分子标记及其在水产动物遗传分析中的应用
• 2.1 微卫星在基因组中的分布
• 2.2 微卫星的产生及进化
• 2.3 微卫星的功能
• 2.4 微卫星标记的应用
• 2.5 获得微卫星标记的主要方法
• 3 16S rRNA基因及其在水产动物研究中的应用
• 3.1 16S rRNA基因
• 3.2 在水生生物分类研究中的应用
• 4 研究目的与意义
• 第二节 牛蛙微卫星标记的分离
• 1 材料
• 1.1 试验牛蛙
• 1.2 主要仪器设备
• 1.4 试剂配制
• 2 方法
• 2.1 基因组DNA提取及质量检测
• 2.2 基因组酶切及接头连接
• 2.3 PCR预扩增
• 2.4 磁珠富集筛选目的片段
• 2.5 目的DNA片段的扩增加A尾及载体连接
• 2.6 转化
• 2.7 挑选阳性克隆和引物设计
• 3 结果与分析
• 3.1 基因组DNA的提取
• 3.2 基因组DNA的酶切和连接
• 3.3 微卫星片段的富集
• 3.4 微卫星阳性克隆的筛选
• 4 讨论
• 第三节 微卫星标记多态性检测
• 1 材料
• 1.1 实验材料
• 1.2 主要试剂及仪器
• 2 方法
• 2.1 基因组DNA提取
• 2.2 PCR扩增
• 2.3 6%变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测
• 2.4 数据统计分析
• 3 结果与分析
• 3.1 聚丙烯酰胺凝胶电泳检测结果
• 3.2 微卫星DNA标记的多态性
• 4 讨论
• 第四节 牛蛙16S rRNA序列分析
• 1 材料
• 2 方法
• 2.1 基因组DNA的提取
• 2.2 16S rRNA基因扩增与序列测定
• 2.3 序列分析
• 3 结果与分析
• 3.1 三群体16S rRNA序列比对结果分析
• 3.2 蛙属16S rRNA序列建树分析
• 4 讨论
• 第五节 结论
• 参考文献
• 附录
• 试剂配置
• 致谢
• 作者简介