基于微卫星分子标记的二斑叶螨和朱砂叶螨种群遗传结构研究

基于微卫星分子标记的二斑叶螨和朱砂叶螨种群遗传结构研究

论文摘要

二斑叶螨(Tetranychus urficae Koch)与朱砂叶螨(T cinnabarinus Boisduval)同属于节肢动物门蛛形纲Arachnida、蜱螨亚纲Acari、真螨目Acariformes、叶螨科Tetranychidae、叶螨属Tetranychus,广泛分布于世界各地,寄主植物广泛,包括果树、花卉、蔬菜、农作物及杂草等多种植物,一般以成螨、若螨群集在叶背面吸食植物汁液,对寄主植物产生机械伤害和毒害作用,引起植物减产和品质下降,给农业生产带来严重的经济损失,这已经成为农业发展中的突出问题。由于两者扩散迅速、世代周期短、发育速度快、繁殖能力强、所以极易在新的环境定殖,形成新的地理种群。本研究利用微卫星标记的方法,揭示中国二斑叶螨和朱砂叶螨的种群遗传结构,为了解其入侵途径和爆发机制,有效地控制其扩散和危害奠定基础。通过比较两者种群遗传结构的差异,为进一步揭示两者的亲缘关系提供可靠的依据。一、实验材料的采集和饲养在全国范围内选择较有代表性的地区分别对二斑叶螨和朱砂叶螨进行采样,共采集了7个二斑叶螨地理种群和6个朱砂叶螨地理种群,采集的生境主要是果园、花圃和蔬菜地。实验室内采用隔水法在菜豆(Phaseolus vulgaris L.)叶片上进行恒温恒湿隔离饲养,饲养条件为25±1℃,L16:D8,相对湿度60%。二、微卫星标记技术在种群遗传结构中的应用微卫星标记是种群遗传结构研究中应用最多的一种分子标记方法。因其具有在基因组中分布广泛、多态信息含量高、共显性标记、无损伤取样、一旦开发易于检测等诸多优点,而被越来越多的应用到分子生态、群体遗传学等研究领域。自Navajas等1998年和2002年在二斑叶螨体内成功开发出微卫星位点以来,越来越多的研究者将微卫星标记用于螨的种群遗传结构的研究。实验方法:首先需进行单位点扩增,成功扩增物种体内已知的微卫星序列;然后进行各个微卫星位点等位基因和基因型检测,本研究使用的方法是银染—非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳法;其次利用相关软件进行数据分析,如种群遗传多样性参数统计,包括等位基因频率、基因型频率、等位基因丰富度、杂合度、基因型多样性等;种群之间分化研究,包括遗传分化指数、基因流、遗传距离等;最后基于种群之间遗传距离的远近,采用距离矩阵法(UPGMA)构建系统发育树,更加直观的反应种群之间的亲缘关系,揭示种群遗传结构,为监控害螨种群涨落趋势,及时有效的对其进行防治具有一定的指导意义。三、中国二斑叶螨种群遗传结构的研究本研究所选用的3个微卫星位点在二斑叶螨体内成功扩增,扩增结果显示每个位点平均等位基因数3.7个,平均多态信息含量(PIC)0.5247,当PIC>0.5时.该位点为高度多态位点,所以这3个位点作为遗传标记进行二斑叶螨种群遗传结构的研究是切实可行的。表征种群遗传多样性的参数指标(NA、NAE、HO和HE等)在二斑叶螨各个种群中普遍偏低,种群遗传多样性降低。二斑叶螨各个地理种群检测到的私有等位基因占等位基因总数的27.3%,特有基因型占基因型总数的54.5%,单态位点数占检测总数的33%,总样本的基因型多样性远高于各个地理种群的基因型多样性水平,遗传分化指数平均成对FST值为0.5695,当FST>0.25时,种群极度分化。以上结果均说明二斑叶螨各个地理种群之间发生了明显的分化。种群之间遗传分化与地理距离呈现一定的相关性(P<0.05,R2=0.2594)。二斑叶螨种群遗传结构表现出两个明显的特点:种群遗传多样性降低和种群之间极度分化。造成以上结果的原因有生物本身的特性(如生殖系统)、分布状态(如栖境破碎、地理隔离等)、自然选择、迁徙(基因交流)、遗传漂变等多种因素综合作用的影响,其中地理隔离引起的小居群范围内的近亲交配和等位基因遗传漂变很可能起到了决定性的作用。四、中国朱砂叶螨种群遗传结构的研究朱砂叶螨种群遗传结构的研究结果与二斑叶螨有许多类似的地方,如以总体样本为研究对象均能表现出显著的多态性,然而各个地理种群的遗传多样性水平普遍偏低;种群之间极度分化(FST>>0.25),但是却发现许多种群之间遗传分化与地理距离不成比例的例子;从统计上确定遗传分化程度与地理距离之间的相关关系,结果显示虽然地理距离与种群分化的相关系数很低(二斑叶螨R2=0.2594;朱砂叶螨R2=0.277),但是仍然表现出显著的相关性(P<0.05)。所以朱砂叶螨种群遗传结构也表现出种群遗传多样性降低和种群之间极度分化的特点。五、我国二斑叶螨和朱砂叶螨种群遗传结构的差异分析中国二斑叶螨和朱砂叶螨的种群遗传结构经比较差异显著,主要表现在种群遗传多样性水平不同,朱砂叶螨的总体样本的遗传多样性水平明显高于二斑叶螨,而二斑叶螨各个地理种群的遗传多样性水平却比朱砂叶螨高;种群遗传分化程度不同,朱砂叶螨各个种群之间平均成对FST值远高于二斑叶螨,说明朱砂叶螨种群遗传分化的程度远高于二斑叶螨;将采自同一个省市的二斑叶螨和朱砂叶螨进行成对比较发现,地理间距缩短并没有降低种群之间的遗传分化水平,说明地理隔离并不是朱砂叶螨和二斑叶螨分化的主要原因,生殖隔离也可能造成同域内种群分化;系统发育分析结果显示7个二斑叶螨地理种群与6个朱砂叶螨地理种群明显聚在不同的分支上。综上所述,本研究利用微卫星标记技术,揭示中国二斑叶螨和朱砂叶螨的种群遗传结构及两者的差异,这将有助于我们了解它们的入侵途径和爆发机制,为有效控制其扩散和危害奠定基础,同时,也有助于了解这两种叶螨的分类地位,为现在具有极大争议的同种或异种学说提供科学依据。

论文目录

  • 中文摘要
  • ABSTRACT
  • 第一章 文献综述
  • 1. 遗传标记简介
  • 1.1 形态学标记
  • 1.2 细胞学标记
  • 1.3 蛋白质标记
  • 1.4 DNA分子标记
  • 2. 分子标记和蛋白质标记技术在蜱螨学研究中的应用
  • 2.1 同功酶(Allozyme)标记技术在蜱螨学研究中的应用
  • 2.2 RFLP(Restriction Fragment Length Polymorphism,限制性片段长度多态性)标记技术在蜱螨学研究中的应用
  • 2.3 RAPD(Random Amplified Polymorphic DNA,随机扩增DNA多态性)标记技术在蜱螨学研究中的应用
  • 2.4 AFLP(Amplified Fragment Length Polymorphism,扩增片段长度多态性)标记技术在蜱螨学研究中的应用
  • 2.5 DNA序列分析(DNA Sequence Analysis)
  • 3. 微卫星标记
  • 3.1 微卫星标记简史
  • 3.2 微卫星DNA在基因组中的分布
  • 3.3 微卫星DNA的结构及其多态性原理
  • 3.4 微卫星DNA的特征
  • 3.5 微卫星DNA多态检测技术的优点及应用
  • 3.6 微卫星标记技术的类型
  • 3.7 微卫星标记的检测方法
  • 3.8 微卫星标记技术在蜱螨学研究中的应用
  • 4. 朱砂叶螨和二斑叶螨的危害及现状
  • 5. 本研究的意义及可行性分析
  • 第二章 材料和方法
  • 1. 供试材料的饲养
  • 2. 基因组总DNA的提取、浓度和质量的检测
  • 3. PCR扩增
  • 4. PCR检测
  • 4.1 PCR产物质量检测
  • 4.2 PCR产物分离和分析
  • 4.3 非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳-银染法
  • 5. 电泳图谱数据记录
  • 6. 数据处理
  • 6.1 种群内遗传变异分析
  • 6.2 种群之间遗传变异分析(种群分化)
  • 第三章 中国二斑叶螨种群遗传结构的研究
  • 1. 供试材料
  • 2. 基因组总DNA的提取、浓度和质量的检测
  • 3. PCR扩增
  • 4. PCR检测
  • 5. 电泳图谱数据记录
  • 6. 数据处理
  • 7. 实验结果与分析
  • 7.1 微卫星PCR及电泳检测的结果
  • 7.2 种群内遗传变异分析
  • 7.3 种群之间遗传变异分析(种群分化)
  • 8. 小结与讨论
  • 8.1 实验小结
  • 8.2 讨论
  • 第四章 中国朱砂叶螨种群遗传结构的研究
  • 1. 供试材料
  • 2. 基因组总DNA的提取、浓度和质量的检测
  • 3. PCR扩增
  • 4. PCR检测
  • 5. 电泳图谱数据记录
  • 6. 数据处理
  • 7. 实验结果与分析
  • 7.1 微卫星 PCR及电泳检测的结果
  • 7.2 种群内遗传变异分析
  • 7.3 种群之间遗传变异分析(种群分化)
  • 8. 小结与讨论
  • 8.1 实验小结
  • 8.2 讨论
  • 第五章 中国二斑叶螨和朱砂叶螨种群遗传结构的比较研究
  • 1 材料和方法
  • 1.1 供试材料
  • 1.2 基因组总DNA提取、PCR扩增、电泳检测和图谱分析
  • 1.3 数据处理
  • 2 结果与分析
  • 2.1 种群遗传多样性的比较
  • 2.2 种群遗传分化
  • 2.3 遗传分化程度与地理距离的相关性分析
  • 2.4 系统发育分析
  • 3 讨论
  • 3.1 结果小结
  • 3.2 讨论
  • 参考文献
  • 致谢
  • 攻读硕士期间发表的学术论文
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