江西酸性土壤中放线菌的选择性分离及其多样性

论文摘要

本论文介绍了嗜酸稀有放线菌的研究进展和分离方法,研究了江西武山和刘家站地区酸性土壤中稀有放线菌的生物多样性,并对两株分离菌进行了多相分类研究。通过特异引物PCR对土样进行分子探测,确定了某些嗜酸稀有放线菌属如纤细链孢属的存在,以指导后续的选择性分离。分子探针检测结果表明,刘家站1号、2号、3号和武山1号、2号、6号、9号土样具有较好多样性；通过对纤细链孢菌属特异序列的系统发育分析和多样性的计算,发现刘家站2号、3号和武山1号和2号土样中纤细链孢有较好的多样性。通过不同的分离方法对江西武山和刘家站的土样进行分离,共得到180株菌。对116株代表菌株进行16S rRNA基因序列分析研究其多样性,确定56株菌属于链霉菌属,60株稀有放线菌分属于19个属：小单孢菌属（Micromonospora）、诺卡氏菌属（Nocardia）、链孢囊菌属（Streptosporangium）、小双孢菌属（Microbispora）、放线孢菌属（Actinomycetospora）、分枝杆菌属（Mycobacterium）、糖丝菌属（Saccharothrix）、假诺卡氏菌属（Pseudonocardia）、拟无枝酸菌属（Amycolatopsis）、野野村菌属（Nonomurea）、嗜酸链霉菌属（Streptacidiphilus）、球状孢囊菌属（Sphaerisporangium）、放线异壁酸菌属（Actinoallomurus）、冢村氏菌属（Tsukamurella）、放线珊瑚菌属（Actinocrollia）、节杆菌属（Arthrobacter）、大理石雕菌属（Marmoricola）、威廉姆氏菌属（Williamsia）和放线动孢菌属（Actinokineospora）。实验结果显示,酸性土壤中的放线菌具有较丰富的种属多样性。都属于放线菌目下假诺卡氏亚目、链孢囊亚目、棒杆菌亚目等进化关系关系比较近的8个亚目,其中优势菌群为小单孢菌属和诺卡氏菌属。虽然还有待进一步的基因组DNA-DNA杂交证明,但16S rRNA基因序列分析的结果提示,我们所获得的19个稀有菌属中,有7个属的代表菌株有可能是新种。GTV培养基含有土壤浸汁和多种维生素,但碳、氮源浓度很低,自然pH值约为5,更接近酸性土壤的原始环境,有利于放线菌的生长；A+B培养基pH为4.0左右,对链嗜酸菌有较好的分离效果。MSH培养基对某些链霉菌有较好的分离效果。对从江西农业大学校园土壤中分离到的两株菌FXJ1.034和FXJ1.102进行多相分类研究,通过形态特征、生理生化特征、细胞化学、16S rRNA系统发育分析和DNA-DNA分子杂交确定其分别为伦茨氏菌属和野野村菌属的新种,定名为江西伦茨氏菌和江西野野村菌。

论文目录

• 摘要
• Abstract
• 第一章 研究背景和研究进展
• 1.1 酸性土壤中放线菌研究的目的和意义
• 1.2 酸性土壤中放线菌的研究进展
• 1.2.1 酸性土壤中放线菌的分类
• 1.2.2 酸性土壤中放线菌的分离培养与多样性研究
• 1.4 本章小结
• 1.5 本论文研究内容
• 第二章 放线菌的选择性分离和多样性
• 2.1 土样信息
• 2.2 基于特异引物PCR的放线菌探测
• 2.2.1 实验方法
• 2.2.2 实验结果
• 2.3 选择性分离和多样性
• 2.3.1 选择性分离方法
• 2.3.2 分离效果
• 2.3.3 分离菌株的多样性
• 2.4 本章讨论
• 第三章 新种的多相分类研究
• 3.1 实验菌株来源和分类地位
• 3.2 多相分类研究
• 3.2.1 形态学研究
• 3.2.2 细胞化学研究
• 3.2.3 DNAG+Cmol%的测定
• 3.2.4 16S RRNA系统发育研究
• 3.2.5 DNA同源性的测定DNA-DNA体外分子杂交
• 3.2.6 生理生化特性研究
• 3.2.7 新种的描述
• 第四章 结论
• 参考文献
• 攻读硕士学位期间发表论文情况
• 致谢