导读:本文包含了激酶底物论文开题报告文献综述及选题提纲参考文献，主要关键词:腺苷酸激酶,PLA_1脂肪酶,分子对接,分子动力学模拟
激酶底物论文文献综述
叶纯[1]（2019）在《分子动力学模拟研究腺苷酸激酶催化循环及PLA_1脂肪酶底物识别机制》一文中研究指出蛋白质的结构与功能之间有着密不可分的联系,其结构的变化直接影响其功能的改变。对酶与底物结合过程中的构象变化的研究可以解释酶的底物选择性、酶学性质变化,本论文通过生物信息学方法对腺苷酸激酶(AdK)催化循环过程及分子机制进行研究,同时用生物信息学方法结合19F NMR实验技术对Lecitase(?)Ultra脂肪酶(PLA1脂肪酶)与其相应底物结合过程中的构象变化及分子机制进行研究,从分子水平上揭示这两种酶的催化机理及其底物选择性,以期为酶蛋白的进一步改造提供理论数据。本论文工作主要包括以下两个部分:1.腺苷酸激酶的催化循环过程的研究:腺苷酸激酶是一种单体的磷酸转移酶,它通过催化生物体细胞内ATP末端磷酸根基团转移给AMP,生成两分子ADP的生物过程,以实现能量传递的重要生物学功能。大量研究表明,AdK在催化过程中会发生明显的构象变化,与其底物形成不同的复合物状态,但其在催化过程中的分子机理尚不明确。本论文中,我们利用传统分子动力学模拟、增强采样模拟以及并联级联选择分子动力学模拟,对来源于大肠杆菌的AdK蛋白在催化过程中可能存在的不同构象状态进行模拟研究,并根据模拟结果提出了一种AdK蛋白催化循环路径,分析了底物进入和释放的先后顺序,发现不结合底物的AdK蛋白倾向于保持打开构象,ATP-Mg先进入其结合口袋,随后AMP进入,AdK转变为闭合构象,催化反应结束后,ADP·Mg先释放,随后ADP释放,完成催化反应过程。本文工作通过对此过程中底物与蛋白之间的接触和距离分析揭示了静电相互作用是控制底物进入和释放的先后顺序中的重要作用。2.PLAi脂肪酶C末端对其酶学性质及底物选择性的作用研究:PLA1脂肪酶是将来源于尖孢镰刀霉(Fusarium oxysporum)的磷脂酶(FOL)基因和来源于棉状嗜热丝孢菌(Thermomyces lanuginosus)的脂肪酶(TLL)基因进行基因重组而成,它同时具有磷脂酶和脂肪酶两种酶活性,研究表明C末端的引入对PLA1脂肪酶的磷脂酶活性有重要影响,但其潜在分子机理尚不明确。本论文从同源建模得到的PLA1叁维结构出发,利用分子对接和传统分子动力学模拟的方法对其与不同底物结合的相互作用模式进行分析,并与TLL脂肪酶进行对比,揭示了 PLA1保持脂肪酶高酶活的同时增加了对磷脂底物的选择性的分子机制,并分析了 C末端在结合底物过程中发生的构象变化,进一步用19FNMR实验验证了 C末端在结合磷脂底物过程中的构象变化,在一定程度上揭示C末端对磷脂底物选择性作用的分子机理,为后续实验提供依据。(本文来源于《中国科学技术大学》期刊2019-02-18）
杨颖,李华,万红丽[2]（2018）在《核酪蛋白激酶和细胞周期蛋白依赖性激酶底物在子宫内膜异位症相关卵巢癌中的表达及临床意义》一文中研究指出目的探究核酪蛋白激酶和细胞周期蛋白依赖性激酶底物(nuclear ubiquitous casein and cyclindependent kinase substrate,NUCKS)在子宫内膜异位症相关卵巢癌(endometriosis associated ovarian cancer,EAOC)中的表达及临床意义。方法收集2008～2012年于廊坊市人民医院经手术切除的65例EAOC组织标本,包括34例卵巢透明细胞癌和31例卵巢内膜样癌,同时收集单纯卵巢型子宫内膜异位症包块30例作为对照组。苏木精-伊红染色观察EAOC组织的病理学形态;辣根过氧化物酶标记链霉卵白素免疫组化技术检测EAOC组织中NUCKS蛋白表达水平;分析EAOC组织NUCKS表达水平与患者临床病理特征及预后的关系。结果 (1) NUCKS蛋白主要表达于EAOC组织的细胞核内。NUCKS在EAOC组织中的阳性表达率(86. 15%)显着高于在单纯性子宫内膜异位症组织中的阳性表达率(43. 33%)(P <0. 05)。(2) EAOC组织中NUCKS蛋白表达水平与患者的宫颈癌国际妇产科联盟分期、淋巴结转移、分化程度有关(P <0. 05)。(3)全部患者术后1、3、5年的累积生存率分别为89. 23%、72. 31%、60. 00%。NUCKS高表达患者的中位生存期为59个月,术后1、3、5年的累积生存率分别为83. 33%、63. 89%、47. 22%; NUCKS低表达患者术后1、3、5年的累积生存率分别为96. 55%、82. 76%、75. 86%;两者累积生存率比较差异有统计学意义(P <0. 05)。结论 NUCKS表达异常与EAOC的发生、发展有关,可作为EAOC临床治疗及预后判断的指标之一。(本文来源于《中国计划生育和妇产科》期刊2018年11期）
邓灿赏[3]（2018）在《基于异构网络的激酶—底物关系预测算法研究》一文中研究指出蛋白质磷酸化是一种重要的蛋白质翻译后修饰,是生物体内一种最基本、最普遍也是最重要的调节方式。其在细胞新陈代谢,基因表达,细胞信号转导等生物过程中起着非常重要的作用。传统的实验方法鉴定磷酸化位点需要花费较大的时间和人力,成本十分高昂。随着高通量技术的快速发展,积累了大量的磷酸化数据。发展高效的计算方法分析和挖掘数据潜在的规律,对磷酸化修饰进行预测,为生物实验提供辅助信息,有利于推动磷酸化蛋白质组学的发展。现有的计算方法大多根据蛋白质底物氨基酸序列的局部信息进行预测,而蛋白质磷酸化作用是一个复杂的生物学过程,不仅仅与单一的底物局部序列有关,往往也与其他关联信息相关。本文通过构建激酶-底物关系网络,并结合蛋白质互作网络(PPI)及其他相似性网络,充分考虑网络拓扑结构信息,对未知激酶-底物的磷酸化关系进行有效预测。本文主要的研究内容如下:第一,基于双向随机游走的激酶-底物关系预测算法。首先通过PPI网络信息,计算激酶相似性和底物相似性。然后利用ClusterONE聚类算法分别对激酶相似性网络和底物相似性网络进行聚类,根据聚类结果对相似性进行调整。随后将已知的关联数据进行整合,构建激酶-底物异构网络,并采用双向随机游走算法(Bi-random Walk)对激酶-底物关系进行预测。通过十折交叉验证与其他预测算法进行比较,实验结果表明该算法表现出了较高的预测性能。此外,相关数据库和科学文献验证了本算法对激酶-底物关系预测的有效性。第二,基于矩阵补全的激酶-底物关系预测算法。由于实验技术的限制,在现有的磷酸化数据中仅有一小部分激酶和底物关系是已知的,而存在大量的缺失关联信息。为了解决这些激酶-底物关联信息的缺失问题,我们提出了基于矩阵补全的激酶-底物关系预测算法。首先通过氨基酸序列的局部比对计算出激酶和底物的相似性矩阵,然后根据相似性对原始的关系网络进行调整,并构建激酶-底物异构网络邻接矩阵,最后采用矩阵补全(Matrix Completion)对异构网络邻接矩阵中的缺失信息进行填充,对潜在的激酶-底物关系进行预测。采用十折交叉验证并得到ROC曲线来评价算法的性能。实验表明:与其他预测算法相比,该算法对激酶-底物关系的预测更为准确有效。此外,在案例分析实验中,验证了该算法对潜在的激酶-底物关系预测的有效性。(本文来源于《广西大学》期刊2018-06-01）
王媛媛,蒙婷,赵晓咏,曾斌芳[4]（2018）在《芪茵颗粒对非酒精性脂肪性肝病大鼠肝细胞胰岛素受体底物1及磷脂酰肌醇3激酶的影响研究》一文中研究指出目的观察芪茵颗粒对非酒精性脂肪性肝病(NAFLD)大鼠肝细胞胰岛素受体底物1(IRS-1)及磷脂酰肌醇3激酶(PI-3K)m RNA表达的影响,从胰岛素抵抗(IR)途径来阐述芪茵颗粒对NAFLD的治疗作用。方法将72只SD雄性大鼠随机分为6组,即空白组、模型组、硫普罗宁组、芪茵颗粒高剂量组、芪茵颗粒中剂量组及芪茵颗粒低剂量组,每组各12只。空白组大鼠常规饲料喂养,剩余5组行高脂乳剂灌胃至实验第10周后,空白组及模型组大鼠予0.9%氯化钠注射液10 m L/(kg·d)灌胃,硫普罗宁组予硫普罗宁20 mg/(kg·d)灌胃,芪茵颗粒高、中、低剂量组分别予芪茵颗粒水煎剂10、5、2.5 g生药/(kg·d)灌胃,连续灌胃至第20周结束。观察比较6组大鼠甘油叁脂(TG)、总胆固醇(TC)、高密度脂蛋白胆固醇(HDL-C)、低密度脂蛋白胆固醇(LDL-C)及丙氨酸氨基转移酶(ALT)水平,计算肝指数,光学显微镜下观察比较肝组织病理形态及非酒精性脂肪性肝病活动度评分(NAS),实时荧光定量聚合酶链式反应(RT-PCR)法测定大鼠肝组织IRS-1、PI-3K m RNA的表达。结果与模型组相比,硫普罗宁组及芪茵颗粒低、中、高剂量组TC、TG、LDL-C及ALT水平降低(P<0.05),HDL-C水平升高(P<0.05);与硫普罗宁组及芪茵颗粒低剂量组相比,芪茵颗粒高剂量组TC、TG、LDL-C及ALT水平更低(P<0.05),HDL-C水平更高(P<0.05)。与模型组相比,芪茵颗粒中、高剂量组大鼠体质量均下降(P<0.05),硫普罗宁组及芪茵颗粒低、中、高剂量组肝湿质量及肝指数均降低(P<0.05)。与模型组相比,硫普罗宁组及芪茵颗粒中、高剂量组NAS均降低(P<0.05);与硫普罗宁组相比,芪茵颗粒中剂量组NAS降低(P<0.05);与芪茵颗粒低剂量组相比,芪茵颗粒中、高剂量组NAS降低(P<0.05)。与模型组相比,硫普罗宁组及芪茵颗粒中、高剂量组IRS-1、PI-3K m RNA表达均明显升高(P<0.05);与硫普罗宁组及芪茵颗粒低剂量组相比,芪茵颗粒中剂量组IRS-1、PI-3K m RNA表达明显升高(P<0.05)。结论芪茵颗粒能够提高NAFLD大鼠肝组织IRS-1、PI-3K m RNA表达,通过调节胰岛素代谢途径来达到改善IR、减轻肝损伤的目的。(本文来源于《河北中医》期刊2018年04期）
明川,拓昊苑,陶怡,于好强,李晚忱[5]（2018）在《玉米蔗糖非酵解型蛋白激酶2底物蛋白的筛选与鉴定》一文中研究指出【目的】筛选玉米蔗糖非酵解型蛋白激酶2(Sucrose non-fermenting protein kinase 2,SnRK2)的底物蛋白,鉴定其在玉米脱落酸(Abscisic acid,ABA)信号转导中的作用,为进一步解析玉米中ABA介导的非生物逆境抗性机制提供参考。【方法】根据前期研究结果,通过与拟南芥SnRK2已知底物蛋白的序列比对和保守基序分析,从磷酸化水平响应ABA诱导且上调的238个蛋白中预测ZmSnRK2作用的底物蛋白,用酵母双杂交试验验证ZmSnRK2家族成员与候选蛋白的相互作用,分析其在玉米ABA信号转导中的作用。【结果】从前期鉴定的玉米磷酸化水平响应ABA诱导且上调的238个蛋白中,预测出10个ZmSnRK2候选底物蛋白,实际扩增出其中8个蛋白的编码基因以及10个ZmSnRK2基因家族成员。酵母双杂交试验结果表明,GenBank序列号为XP_008666965.1、NP_001142137.1和XP_008656995.1的候选底物蛋白,因自体磷酸化不能用酵母双杂交检测,GenBank序列号为NP_001183680.1的候选底物蛋白可以与ZmSnRK2.1、2.2、2.4、2.5、2.7、2.8、2.10、2.11蛋白相互作用,GenBank序列号为NP_001145831.1和NP_001167942.1的候选底物蛋白分别可以与ZmSnRK2.1和ZmSnRK2.10蛋白相互作用。【结论】NP_001183680.1和NP_001167942.1蛋白是ZmSnRK2家族部分成员的磷酸化底物,是玉米ABA信号转导途径的下游组分;NP_001183680.1蛋白与拟南芥丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶同源,NP_001167942.1蛋白为包含SAM结构域的蛋白,这2个蛋白均涉及许多生理生化过程,说明ZmSnRK2下游的ABA信号转导呈发散状。(本文来源于《西北农林科技大学学报(自然科学版)》期刊2018年10期）
孟浩毅,李丹阳,孙正阳,杨兆勇,张志斐[6]（2018）在《人类线粒体肌酸激酶uMtCK的底物结合位点分析》一文中研究指出研究人类线粒体肌酸激酶u Mt CK的结合位点,将其与底物肌酸和ATP结合有关的关键氨基酸进行突变,并对突变体进行酶动力学和圆二色谱数据分析,探讨这些关键氨基酸在底物识别和催化过程中的作用。结果显示,与野生酶相比,突变体Q313A和R336A的K_m~(Cr)分别提高了2.6和2.9倍,k_(cat)下降了19%和55%;同样地,与ATP结合相关的突变体R125A和R287A分别使得K_m~(ATP)升高了3.2和4.2,k_(cat)下降了72%和38%。以上结果表明突变体R125A、R287A、Q313A和R336A影响对底物的结合,同时也降低了酶促反应的速度。利用圆二色谱比较野生酶与不同突变体的二级结构并无明显变化,但进一步的结构模拟表明底物结合位点氨基酸在与底物之间的氢键对底物的识别和酶催化过程中发挥着重要作用。(本文来源于《中国生物工程杂志》期刊2018年05期）
拜苏扬,任茜,刘征,杨晓艳,陈兆峰[7]（2018）在《胰岛素受体酪氨酸激酶底物生物学功能的研究进展》一文中研究指出胰岛素受体酪氨酸激酶底物(IRTKS)是逆向-二重-两性蛋白-RVS超家族成员之一,广泛表达于机体各组织、细胞中。该蛋白能够促进肌动蛋白装配参与板状伪足的形成,并与多种肿瘤相关基因产物相互作用,抑制肿瘤细胞凋亡,促进肿瘤细胞增殖、迁移及侵袭;IRTKS作为胰岛素受体适配器,参与调控IR-IRS1-PI3K-AKT信号通路,最终实现对血糖水平的调节;IRTKS还可抑制抗RNA病毒免疫反应,并且与IRSp53共同调节正常的胚胎和胎盘发育;IRTKS在肠出血性大肠杆菌的致病机制中参与形成细菌定植的肌动蛋白底座,促进黏附/脱落损伤。(本文来源于《山东医药》期刊2018年05期）
蒋成燕,巴俊强,虞萌,徐台林,徐子辉[8]（2017）在《肝细胞生长因子调节的酪氨酸激酶底物对胰岛素表达和分泌的影响》一文中研究指出目的探讨肝细胞生长因子调节的酪氨酸激酶底物(HGS)对胰岛素表达和分泌的影响。方法检测HGS,胰岛素和胰升血糖素在小鼠胰岛中的分布。检测不同浓度葡萄糖(5.5、11.1及16.7mmol/L)培养24h后NIT-1细胞HGS表达水平和胰岛素的分泌。观察siRNA沉默HGS表达后48h NIT-1细胞胰岛素的表达和分泌的变化。结果 HGS免疫阳性细胞特异性分布于小鼠胰腺的胰岛,并与胰岛素共定位于胰岛β细胞中,未见HGS和胰高血糖素阳性荧光双标细胞。不同浓度葡萄糖培养NIT-1细胞24h,5.5mmol/L组为(25.07±0.93)μIU/mg,11.1mmol/L组为(32.28±0.93)μIU/mg,16.7mmol/L组为(41.77±1.39)μIU/mg,NIT-1细胞分泌胰岛素水平逐渐增加(P<0.01)。各组HGS蛋白水平也随葡萄糖浓度增加而逐渐增加(P<0.05)。siRNA沉默HGS表达后NIT-1细胞内胰岛素的表达水平无明显变化,但胰岛素分泌水平减少(P<0.05)。结论 HGS选择性表达于胰岛β细胞中,并调节胰岛素的分泌。(本文来源于《中国糖尿病杂志》期刊2017年12期）
王添乐,李振华,杨晓,王剑[9]（2017）在《肝细胞生长因子调节的酪氨酸激酶底物过表达促进心肌细胞自噬》一文中研究指出目的:构建和包装携带肝细胞生长因子调节的酪氨酸激酶底物(Hgs)全长基因的重组腺病毒,并研究Hgs过表达对心肌细胞自噬的影响。方法:PCR扩增Hgs全长cDNA,将其连接到pMD18-T载体上,测序确认正确后将其克隆到腺病毒穿梭载体pAd Track-CMV,该载体线性化后转化大肠杆菌BJ5183感受态细胞,与腺病毒骨架质粒pAd Easy-1同源重组,构建重组腺病毒质粒pAd-Hgs;将pAd-Hgs线性化后经脂质体转染293A细胞进行Ad-Hgs病毒的包装与扩增;用得到的Ad-Hgs腺病毒感染心肌细胞,通过荧光显微镜观察绿色荧光蛋白(GFP)的表达,Western印迹、real-time PCR确认病毒感染的有效性以及Hgs过表达情况;通过Western印迹检测自噬标志物LC3的转换(LC3B-Ⅱ/LC3B-Ⅰ),以分析Hgs过表达对心肌细胞自噬的影响。结果:包装了携带Hgs基因的重组腺病毒Ad-Hgs;Ad-Hgs重组腺病毒感染心肌细胞后,荧光显微镜观察到明显的GFP表达;real-time PCR、Western印迹结果显示Hgs在心肌细胞中得到过表达;Western印迹结果证明,Hgs过表达导致心肌细胞LC3B-Ⅱ/LC3B-Ⅰ比值明显升高。结论:通过包装携带Hgs cDNA的重组腺病毒,发现Hgs过表达促进心肌细胞自噬。(本文来源于《生物技术通讯》期刊2017年06期）
毛利民,Ryan,Geosling,Brian,Penman,王强[10]（2017）在《神经元突触内的非受体型酪氨酸激酶底物（英文）》一文中研究指出非受体型酪氨酸激酶(noR-receptor tyrosine kinase,nRTK)是一个较大的激酶家族,其功能是催化蛋白的酪氨酸磷酸化。nRTK家族中的几种常见亚型,比如Src和Fyn,可以在神经系统内表达。近年来的研究表明,神经元的突触部位含有多个nRTK的底物蛋白,这些底物蛋白主要包括谷氨酸受体(离子型和代谢型谷氨酸受体)、突触后构架蛋白、突触前调节蛋白和突触富含的多种蛋白激酶。在基础或刺激的状态下,nRTK可催化这些底物蛋白内特定酪氨酸的磷酸化,从而调节这些底物蛋白的多种生理、生化和生物物理功能。因为突触内的nRTK对突触变化信号非常敏感,所以突触nRTK被认为参与了突触传导活动的强度和效率等方面的调节。(本文来源于《庆祝中国生理学会《生理学报》创刊90周年专辑》期刊2017-10-21）
激酶底物论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
目的探究核酪蛋白激酶和细胞周期蛋白依赖性激酶底物(nuclear ubiquitous casein and cyclindependent kinase substrate,NUCKS)在子宫内膜异位症相关卵巢癌(endometriosis associated ovarian cancer,EAOC)中的表达及临床意义。方法收集2008～2012年于廊坊市人民医院经手术切除的65例EAOC组织标本,包括34例卵巢透明细胞癌和31例卵巢内膜样癌,同时收集单纯卵巢型子宫内膜异位症包块30例作为对照组。苏木精-伊红染色观察EAOC组织的病理学形态;辣根过氧化物酶标记链霉卵白素免疫组化技术检测EAOC组织中NUCKS蛋白表达水平;分析EAOC组织NUCKS表达水平与患者临床病理特征及预后的关系。结果 (1) NUCKS蛋白主要表达于EAOC组织的细胞核内。NUCKS在EAOC组织中的阳性表达率(86. 15%)显着高于在单纯性子宫内膜异位症组织中的阳性表达率(43. 33%)(P <0. 05)。(2) EAOC组织中NUCKS蛋白表达水平与患者的宫颈癌国际妇产科联盟分期、淋巴结转移、分化程度有关(P <0. 05)。(3)全部患者术后1、3、5年的累积生存率分别为89. 23%、72. 31%、60. 00%。NUCKS高表达患者的中位生存期为59个月,术后1、3、5年的累积生存率分别为83. 33%、63. 89%、47. 22%; NUCKS低表达患者术后1、3、5年的累积生存率分别为96. 55%、82. 76%、75. 86%;两者累积生存率比较差异有统计学意义(P <0. 05)。结论 NUCKS表达异常与EAOC的发生、发展有关,可作为EAOC临床治疗及预后判断的指标之一。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
激酶底物论文参考文献
[1].叶纯.分子动力学模拟研究腺苷酸激酶催化循环及PLA_1脂肪酶底物识别机制[D].中国科学技术大学.2019
[2].杨颖,李华,万红丽.核酪蛋白激酶和细胞周期蛋白依赖性激酶底物在子宫内膜异位症相关卵巢癌中的表达及临床意义[J].中国计划生育和妇产科.2018
[3].邓灿赏.基于异构网络的激酶—底物关系预测算法研究[D].广西大学.2018
[4].王媛媛,蒙婷,赵晓咏,曾斌芳.芪茵颗粒对非酒精性脂肪性肝病大鼠肝细胞胰岛素受体底物1及磷脂酰肌醇3激酶的影响研究[J].河北中医.2018
[5].明川,拓昊苑,陶怡,于好强,李晚忱.玉米蔗糖非酵解型蛋白激酶2底物蛋白的筛选与鉴定[J].西北农林科技大学学报(自然科学版).2018
[6].孟浩毅,李丹阳,孙正阳,杨兆勇,张志斐.人类线粒体肌酸激酶uMtCK的底物结合位点分析[J].中国生物工程杂志.2018
[7].拜苏扬,任茜,刘征,杨晓艳,陈兆峰.胰岛素受体酪氨酸激酶底物生物学功能的研究进展[J].山东医药.2018
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[9].王添乐,李振华,杨晓,王剑.肝细胞生长因子调节的酪氨酸激酶底物过表达促进心肌细胞自噬[J].生物技术通讯.2017
[10].毛利民,Ryan,Geosling,Brian,Penman,王强.神经元突触内的非受体型酪氨酸激酶底物（英文）[C].庆祝中国生理学会《生理学报》创刊90周年专辑.2017