导读:本文包含了叶绿体序列论文开题报告文献综述及选题提纲参考文献，主要关键词:金铁锁,叶绿体基因组,石竹科,系统发育
叶绿体序列论文文献综述
高亚芳,刘莹莹,杨从卫,李国栋,钱子刚[1]（2019）在《金铁锁叶绿体基因组序列及其系统发育分析》一文中研究指出目的解析金铁锁叶绿体基因组结构和确定其在石竹科的系统位置。方法基于二代测序技术IlluminaHiseq平台,对金铁锁叶绿体基因组进行测序,使用生物信息学分析软件进行组装和注释,并以苋科植物千穗谷为外类群,通过RAxM L 8.2.11软件构建ML系统发育树,分析石竹科属间的亲缘关系。结果金铁锁叶绿体基因组总长为153977bp。LSC和SSC区被2个反向重复区域IRs隔开,其大小分别为84 385、17 526、26 033 bp。除去重复后,共编码109个基因,包含75个PCGs,30个tR NA和4个rR NA基因。总的CG含量为36.5%,IR区(42.4%)GC含量明显高于LSC(34.2%)和SSC(30.1%)区。在系统进化树中,金铁锁与长萼瞿麦互为姊妹类群,且各节点的支持率较高,能够清晰反映属间的亲缘关系。结论本研究对金铁锁叶绿体基因组结构进行了解析,并探讨了石竹科属间系统发育关系,为金铁锁种质资源综合评价、系统进化等研究提供有效的科学数据。(本文来源于《中草药》期刊2019年22期）
王婧,王天翼,王罗云,张建国,曾艳飞[2]（2019）在《沙枣叶绿体全基因组序列及其使用密码子偏性分析》一文中研究指出该研究以2株野生沙枣(Elaeagnus angustifolia Linn.)嫩枝经温室水培后的嫩叶为材料,采用CTAB法分别提取总DNA,并利用第二代测序技术进行总DNA从头测序,组装后得到2株沙枣叶绿体基因组全序列,并详细分析了其蛋白质编码基因密码子使用的偏好性及其原因,为沙枣叶绿体基因工程和分子系统进化等研究奠定基础。结果显示:(1)组装得到沙枣叶绿体基因组序列全长150 546 bp,由长度为81 113 bp的长单拷贝(LSC)区域和25 494 bp的短单拷贝(SSC)区域,以及1对分隔开它们的长18 445 bp的反向重复序列(IRS)组成;注释共得到132个基因,包括86个蛋白编码基因、38个tRNA基因和8个rRNA基因。(2)沙枣叶绿体基因组蛋白编码基因密码子的第叁位碱基GC含量(GC_3)为28.47%,明显低于整个叶绿体基因组GC含量(37%),也低于第一位(GC_1)和第二位(GC_2)碱基的GC含量,说明密码子对AT碱基结尾有偏好性;其中, UCU、CCU、UGU、GCU、CUU、GAU、UCA和UAA为最优密码子。(3)同义密码子相对使用频率(RSCU)分析发现,影响密码子使用模式的因素并不单一,密码子的偏好性受到突变、选择及其他因素的共同影响,并且自然选择表达引起的序列差异比突变对密码子偏好性的影响要显着;中性绘图分析、有效密码子数(ENC-plot)分析和奇偶偏好性(PR2-plot)分析表明,沙枣叶绿体基因组使用密码子的偏性受选择的影响更大。(4)通过最大似然法、最大简约法和贝叶斯方法对胡颓子科6个物种和1个枣的叶绿体基因序列构建系统发育树,与它们使用密码子偏性聚类的结果一致,表明叶绿体基因组使用密码子偏性与物种的亲缘关系相关。(本文来源于《西北植物学报》期刊2019年09期）
黄卓然,吴晓敏,张慧君,段永波,张强[3]（2019）在《四种禾本科作物叶绿体基因组碱基替换的侧翼序列特征》一文中研究指出对于核苷酸替换对相邻位点依赖性及侧翼序列特征的研究有助于厘清不同物种之间的进化关系,可以作为基因编辑和基因修饰技术的基础。早期研究表明, CpG甲基化效应广泛存在于哺乳动物和细菌基因组中,而叶绿体某些基因中的颠换相邻位点表现出一定的碱基组成偏好。本研究将4种禾本科作物小麦(Triticum aestivum)、水稻(Oryza sativa)、玉米(Zea mays)和高粱(Sorghum bicolor)的叶绿体基因组序列分为两组比对,查找替换位点并统计侧翼序列各位点碱基组成。通过相对熵(KL散度)作图,发现小麦和水稻的叶绿体基因组中相邻序列的碱基组成受到替换的影响随着距离的增大而减小,而玉米和高粱叶绿体基因组缺少相应规律。对于相对熵较高的替换相邻位点,通过不同核苷酸相对熵贡献的研究,发现4种禾本科作物的叶绿体基因组均表现出CpG甲基化效应以及颠换相邻位点的特殊组成规律。本研究为相对熵在植物基因组分子进化领域的应用提供参考。(本文来源于《植物生理学报》期刊2019年07期）
林娜,蓝艳,张晓芹[4]（2019）在《基于叶绿体rbcL基因对不同产区浙贝母的PCR扩增体系及序列差异研究》一文中研究指出目的:建立不同产区浙贝母的叶绿体rbcL基因的PCR扩增体系,并对产区间的序列差异进行分析。方法:将采集于27处不同产地的浙贝母鉴定、切碎、打粉后保存备用。总DNA提取方法采用试剂盒法,PCR扩增体系主要考察退火温度、Taq酶浓度、Mg~(2+)、dNTP浓度等因素。基因序列分析采用Conting Express和DNAman软件。结果:50μL反应体系中含Taq酶1 U,2.5 mmol/L Mg~(2+)、dNTP分别为2μL,退火温度为52℃。浙贝母rbcL序列全长599 bp,G+C含量为50.7%,浙贝母不同产区rbcL序列未发现突变位点。结论:所建立的体系可用于浙贝母rbcL序列分析,为浙贝母的rbcL序列研究奠定基础。研究结果提示rbcL序列在浙贝母种间或者产地间的分辨率较低,不适合作为浙贝母种间和产地间的鉴别方法。(本文来源于《山东中医药大学学报》期刊2019年04期）
苏凡,杨小波,李东海[5]（2019）在《基于形态学特征和psbA-trnH叶绿体编码基因序列明确五指山野生茶的分类地位》一文中研究指出海南的野生茶树在植物形态分类学上,在植物分类上一般都认为属于普洱茶(Camellia sinensis var. assamica),也有人认为是白毛茶(Camellia sinensis var. pubilimba)。五指山市以水满乡为代表,是海南野生茶分布的集中地区,为了进一步明确五指山市的野生茶分类地位,本研究通过在五指山市境内8个居群的野生茶植株的观察和测量。结果表明,五指山市野生茶树与茶(原变种)、普洱茶和白毛茶(茶的变种)等相比较,在形态方面,五指山市野生茶树更为接近普洱茶,但也有明显的区别,五指山市野生茶的叶子要比普洱茶、白毛茶的叶子大,侧脉稍多;从花形态分析,普洱茶的花瓣多为6～7枚,白毛茶为5～6枚,五指山市野生茶都是5枚。psbA-trnH叶绿体编码基因序列测序结果进一步表明,8个居群的五指山市的野茶30个样品为独立的一组,与普洱茶、白毛茶并列。我们认为五指山市野生茶也可确定为茶(原变种)的另一个变种,因此,命名为海南五指山水满茶(Camellia sinensis (Linnaeus) Kuntze var. shuiman F.Su and X.B.Yang),简称水满茶。(本文来源于《热带作物学报》期刊2019年08期）
程波,杨伟俊,刘欢欢,何江[6]（2019）在《基于叶绿体psb A-trnH基因间隔区序列鉴别维吾尔药刺山柑》一文中研究指出目的通过比较分析刺山柑(Capparis spinosa L.)与山柑科或山柑属药用植物的叶绿体psb A-trnH基因间隔区序列,为刺山柑的分子生物学鉴别研究提供参考依据。方法提取植物样品基因组总DNA,扩增叶绿体psb A-trnH基因间隔区序列,运用MEGA7为工具对序列进行多重序列比对,以Kimura 2 parameter(K2P)为模型估算种内种间遗传距离,并以非加权组平均法(UPGMA)构建系统发生树。结果与刺山柑相比,其种间遗传距离在0. 045~0. 474,平均种间遗传距离为0. 238。最小种间遗传距离大于最大种内遗传距离。UPGMA聚类结果显示,各个种内平行样本相聚,刺山柑与8种同科或同属植物被有效区分。结论叶绿体psb A-trnH基因间隔区序列对于刺山柑的鉴别研究具有应用价值。(本文来源于《中国药学杂志》期刊2019年12期）
林丹,李冰冰,翟晓巧[7]（2019）在《‘豫杂一号’泡桐叶绿体基因组序列及特征分析》一文中研究指出泡桐是中国重要的速生树种,对我国经济发展有着重要作用。以‘豫杂一号’泡桐为材料,Illumina Hiseq2000测序,对其全基因组序列基本结构特征、密码子偏好性和重复序列进行统计分析。结果表明,‘豫杂一号’泡桐为典型的四分体结构,全长序列为154 615 bp,编码114个基因,含4个rRNA,30个tRNA和80个蛋白质编码基因。该叶绿体全基因组测序的成功促进了叶绿体分子生物学的研究,也为泡桐以及其他物种的遗传育种和创制种质资源奠定了一定的理论基础。(本文来源于《河南林业科技》期刊2019年02期）
张瑞婷[8]（2019）在《从自养到寄生：列当科植物叶绿体基因组的序列变异和进化》一文中研究指出列当科(Orobanchaceae)包含完全自养,半寄生和全寄生叁种生活方式的物种,已经成为研究不同生活方式下叶绿体基因组进化规律的关键类群。当前列当科植物叶绿体基因组研究主要集中在全寄生物种,而半寄生类群的叶绿体基因组研究有助于认清列当科植物从自养到全寄生的营养方式转变对叶绿体基因组进化的影响。本研究利用二代测序技术组装了半寄生类群马先蒿属(Pedicularis L.)四种植物(返顾马先蒿,Pedicularis resupinata;欧式马先蒿,Pedicularis oederi Vahl;藓生马先蒿,Pedicularis muscicola Maxim;斑唇马先蒿,Pedicularis longiflora Rudolph))的叶绿体基因组,并从GenBank下载已发表的列当科植物叶绿体基因组数据,利用生物信息学、比较基因组学的方法,分析列当科植物随着生活方式的转变,叶绿体基因组序列的变异模式。主要结果如下:(1)马先蒿属四个种叶绿体基因组大小变化范围从152,907 bp(藓生马先蒿)到153,547 bp(斑唇马先蒿),注释到133个基因,包括88个蛋白编码基因,37个tRNA基因和8个rRNA基因,其中115个是单拷贝基因(其中,ndhD和ndhF基因在欧式马先蒿、藓生马先蒿和斑唇马先蒿中是假基因,ndhH基因在藓生马先蒿和斑唇马先蒿中为假基因)。马先蒿属4个种蛋白编码区氨基酸组成和GC含量相似,偏向于使用A/T碱基。比较叶绿体基因组学分析表明,马先蒿属4个种叶绿体基因组中变异率比较高的区域重复序列分布比较多。以自养植物钟萼草为参考,进行共线性分析发现马先蒿属叶绿体基因组的SSC区有重排现象。由于SSC区的重排导致IR/SC边界处基因的变化。系统发育分析表明寄生植物从自养植物分化出来,马先蒿属植物聚为单系枝,但是属内物种间的关系仍不能确定。(2)我们分析比较了列当科17个属25个物种的完整叶绿体基因组序列变异情况,探讨列当科从自养到全寄生过渡过程中叶绿体基因组的进化规律。在叶绿体基因组大小方面,半寄生植物的叶绿体基因组大小与自养植物相似,但也有部分物种出现了轻微的减小和扩张现象,而全寄生植物的叶绿体基因组的变化范围比较大,从45kb(Conopholis americana)到150 kb(Lathraea squamaria)不等。在叶绿体基因组结构方面,所有半寄生植物的SSC区出现了重排现象,部分半寄生植物的LSC区也出现了重排;在全寄生植物中,叶绿体基因组的结构发生了不同程度的变化,例如重排现象、片段丢失,有的甚至不是典型的四段式结构。在基因含量方面,列当科的自养植物有113个单拷贝基因,但是25个物种中只有33个共有基因,其中半寄生植物的基因个数与自养植物相似,主要是ndh族基因出现了假基因化甚至是丢失现象;而在全寄生植物中基因个数减少,基因丢失和假基因化比较普遍:大多数与光合作用相关的基因出现了基因丢失或假基因化,与转录相关的基因或者其他基因也出现了不同程度的假基因化或丢失现象。对叁种生活类型植物叶绿体基因组的变异分析表明自养植物的叶绿体基因组变异率低,主要发生在SC区;半寄生植物的SSC区的变异率很高;而全寄生植物叶绿体基因组整体的变异率都很高。通过对蛋白编码区密码子偏好性分析,表明整体上密码子的偏好性受碱基突变的影响,但是rpl/s基因在半寄生和全寄生物种中受到了选择压力。对25个物种的共有基因的选择压力分析表明matK和rps18基因受到正选择并有正选择位点。系统发育分析表明列当科中自养植物位于基部,寄生植物为单系群,且全寄生植物多次起源。本研究可以为列当科的系统发育分析提供参考。(本文来源于《西北大学》期刊2019-06-01）
马晓辉,晋玲,朱田田[9]（2019）在《中麻黄叶绿体DNA序列不同引物扩增条件的筛选》一文中研究指出目的:对16个不同居群的中麻黄从23对叶绿体编码区及非编码区DNA片段中筛选具有变异的叶绿体DNA片段。方法:通过试剂盒法提取DNA并梯度优化筛选扩增条件,PCR扩增产物经生物工程有限公司测序获得产物序列。结果:引物[trnS(GCU)-trnG(UCC)、atpB-rbcL、psbA-trnH、F71-R1516]能扩增出清晰、单一的条带。结论:16个不同居群中30个麻黄个体的叶绿体DNA扩增成功,初步筛选出具有变异的叶绿体DNA片段F71-R1516。(本文来源于《中兽医医药杂志》期刊2019年03期）
余兴华,王先宏,杨清辉[10]（2019）在《基于叶绿体基因间隔区ycf6-trnC序列的“甘蔗复合体”各属间亲缘关系初探》一文中研究指出甘蔗属及近缘属野生种质资源是甘蔗拓展亲本遗传背景的物质基础,在甘蔗新品种培育中扮演着重要的角色。探讨属种间的系统发育及亲缘关系,可为甘蔗种质创新、亲本选配提供理论依据。本研究应用叶绿体基因间隔区ycf6-trnC分析了甘蔗属(Saccharum)、河王八属(Narenga)、蔗茅属(Erianthus)、芒属(Miscanthus)系统发育关系;结果表明,所测叶绿体基因间隔区ycf6-trnC序列长度为814 bp,其中变异位点19个,简约信息位点11个,保守位点784个;属间的亲缘关系分析表明蔗茅属与河八王属的亲缘关系最近,遗传距离为0.001,亲缘关系最远的是斑茅(Erianthus arundinaceum Retz.)与割手密(Saccharum spontaneum L.),遗传距离为0.008;聚类结果表明甘蔗属及其近缘属间能得到清晰的区分,叶绿体基因及其间隔区序列适合于研究"甘蔗复合体"内各属、种的系统发育关系,研究结果能为甘蔗野生资源的开发利用提供理论依据。(本文来源于《分子植物育种》期刊2019年20期）
叶绿体序列论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
该研究以2株野生沙枣(Elaeagnus angustifolia Linn.)嫩枝经温室水培后的嫩叶为材料,采用CTAB法分别提取总DNA,并利用第二代测序技术进行总DNA从头测序,组装后得到2株沙枣叶绿体基因组全序列,并详细分析了其蛋白质编码基因密码子使用的偏好性及其原因,为沙枣叶绿体基因工程和分子系统进化等研究奠定基础。结果显示:(1)组装得到沙枣叶绿体基因组序列全长150 546 bp,由长度为81 113 bp的长单拷贝(LSC)区域和25 494 bp的短单拷贝(SSC)区域,以及1对分隔开它们的长18 445 bp的反向重复序列(IRS)组成;注释共得到132个基因,包括86个蛋白编码基因、38个tRNA基因和8个rRNA基因。(2)沙枣叶绿体基因组蛋白编码基因密码子的第叁位碱基GC含量(GC_3)为28.47%,明显低于整个叶绿体基因组GC含量(37%),也低于第一位(GC_1)和第二位(GC_2)碱基的GC含量,说明密码子对AT碱基结尾有偏好性;其中, UCU、CCU、UGU、GCU、CUU、GAU、UCA和UAA为最优密码子。(3)同义密码子相对使用频率(RSCU)分析发现,影响密码子使用模式的因素并不单一,密码子的偏好性受到突变、选择及其他因素的共同影响,并且自然选择表达引起的序列差异比突变对密码子偏好性的影响要显着;中性绘图分析、有效密码子数(ENC-plot)分析和奇偶偏好性(PR2-plot)分析表明,沙枣叶绿体基因组使用密码子的偏性受选择的影响更大。(4)通过最大似然法、最大简约法和贝叶斯方法对胡颓子科6个物种和1个枣的叶绿体基因序列构建系统发育树,与它们使用密码子偏性聚类的结果一致,表明叶绿体基因组使用密码子偏性与物种的亲缘关系相关。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
叶绿体序列论文参考文献
[1].高亚芳,刘莹莹,杨从卫,李国栋,钱子刚.金铁锁叶绿体基因组序列及其系统发育分析[J].中草药.2019
[2].王婧,王天翼,王罗云,张建国,曾艳飞.沙枣叶绿体全基因组序列及其使用密码子偏性分析[J].西北植物学报.2019
[3].黄卓然,吴晓敏,张慧君,段永波,张强.四种禾本科作物叶绿体基因组碱基替换的侧翼序列特征[J].植物生理学报.2019
[4].林娜,蓝艳,张晓芹.基于叶绿体rbcL基因对不同产区浙贝母的PCR扩增体系及序列差异研究[J].山东中医药大学学报.2019
[5].苏凡,杨小波,李东海.基于形态学特征和psbA-trnH叶绿体编码基因序列明确五指山野生茶的分类地位[J].热带作物学报.2019
[6].程波,杨伟俊,刘欢欢,何江.基于叶绿体psbA-trnH基因间隔区序列鉴别维吾尔药刺山柑[J].中国药学杂志.2019
[7].林丹,李冰冰,翟晓巧.‘豫杂一号’泡桐叶绿体基因组序列及特征分析[J].河南林业科技.2019
[8].张瑞婷.从自养到寄生：列当科植物叶绿体基因组的序列变异和进化[D].西北大学.2019
[9].马晓辉,晋玲,朱田田.中麻黄叶绿体DNA序列不同引物扩增条件的筛选[J].中兽医医药杂志.2019
[10].余兴华,王先宏,杨清辉.基于叶绿体基因间隔区ycf6-trnC序列的“甘蔗复合体”各属间亲缘关系初探[J].分子植物育种.2019