家蚕基因组中二核苷酸构成的SSR和三核苷酸构成的SSR的多态性研究

论文摘要

微卫星DNA(SSR)是一种由1～6个核苷酸为单位多次串联重复的长达几十甚至几百个核苷酸的序列,广泛分布在真核细胞的基因组。SSR是非常有用的遗传标记,广泛用于遗传图谱的构建、研究遗传多样性、指纹图谱构建、目的基因寻找、QTL分析、种质资源的保存与利用等方面。 家蚕是重要的经济昆虫和模式生物。本论文以家蚕四个品种为材料,以聚丙烯酰胺凝胶电泳PCR产物,然后银染的方法,对家蚕基因组中二核苷酸重复构成的SSR和三核苷酸重复构成的SSR的多态性情况进行了研究,并将两类SSR的多态性进行了初步比较,探讨了它们位点数与遗传信息可靠性的关系。 一、二核苷酸重复构成的SSR的多态性研究 二核苷酸重复构成的SSR共23对组合,对家蚕四品种48个样品共扩增得到106条带,平均每对引物扩增出4.61条带,大部分带(62条)长度在100bp～500bp间,一部分带(37条)长度在100bp以下,少部分带(7条)长度在500bp以上。其中多态性带63条,平均每对引物扩增出2.74条多态性带,品种J115、意16、大造、余杭二化(甲)的多态性分别是:36.5%、6.9%、36.05%、38.3%,品种间多态性是59.43%,这表明二核苷酸重复构成的SSR具有丰富的多态性,品种间多态性高于品种内多态性。聚类结果表明二核苷酸重复构成的SSR基本适合家蚕系统学分析。 二、三核苷酸重复构成的SSR的多态性研究 三核苷酸重复构成的SSR共23对组合,对家蚕四品种48个样品共扩增得到107条带,平均每对引物扩增出4.65条带,大部分带(66条)长度在100bp～500bp间,一部分带(29条)长度在100bp以下,少部分带(12条)长度在500bp以上。其中多态性带60条,平均每对引物扩增出2.61条多态性带,品种J115、意16、大造、余杭二化(甲)的多态性分别是:41.58%、20.45%、26.14%、34.74%,品种间多态性是56.07%,这表明三核苷酸重复构成的SSR也具有丰富的多态性,品种间多态性高于品种内多态性。聚类结果表明三核苷酸重复构成的SSR较适合家蚕系统学分析。 三、两类SSR多态性的比较 我们计算了两类SSR标记的多态位点比率、平均基因多样度指数、平均Shannon多样性指数,三种指数都可以用来作为标记检测多态能力的标准。二核苷酸重复构成的SSR三指数分别是:59.43%、0.2199、0.3258,三核苷酸重复构成的SSR三指数分别是:56.07%、0.1987、0.2960,三种指数的比较一致表明二核苷酸重复构成的SSR检测多态能力比三核苷酸重复构成的SSR高。 四、两类SSR DNA位点数与遗传信息稳定性的关系

论文目录

• 摘要
• ABSTRACT
• 一、文献综述
• 1.1、遗传标记
• 1.2、分子标记
• 1.2.1、基于DNA--DNA杂交的分子标记
• 1.2.2、基于限制性酶切技术和PCR技术的DNA标记
• 1.2.3、基于PCR技术的分子标记
• 1.3、微卫星分子标记概述
• 1.3.1、微卫星DNA及其发现
• 1.3.2、SSR的形成原因
• 1.3.3、SSR的功能
• 1.3.4、SSR的基本结构
• 1.3.5、SSR的类型
• 1.3.6、SSR标记的引物来源
• 1.3.7、微卫星PCR产物的检测
• 1.3.8、SSR标记的优点和缺点
• 1.3.9、SSR标记技术的应用
• 二、导言
• 2.1、研究目的及意义
• 2.2、实验路线
• 三、材料和方法
• 3.1、家蚕材料
• 3.2、主要仪器设备
• 3.3、主要生化试剂及溶液的配制
• 3.4、基因组DNA的制备
• 3.5、模板DNA的制备
• 3.6、引物序列
• 3.7、PCR扩增
• 3.8、扩增产物的电泳和染色
• 3.9、数据统计及所用软件
• 四、结果与分析
• 4.1、家蚕基因组DNA的提取
• 4.2、二核苷酸重复构成的SSR对家蚕基因组的分析
• 4.2.1、非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳
• 4.2.2、多态性分析
• 4.2.3、聚类关系和遗传距离
• 4.2.4、相关指数
• 4.2.5、二核苷酸重复构成的SSR位点数与遗传信息可靠性的关系
• 4.2.6、家蚕品种内个体和群体的关系
• 4.3、三核苷酸重复构成的SSR对家蚕基因组的分析
• 4.3.1、扩增产物的电泳检测
• 4.3.2、多态性分析
• 4.3.3、聚类分析和遗传距离
• 4.3.4、有关指数计算：
• 4.3.5、三核苷酸重复构成的SSR位点数与遗传信息可靠性的关系
• 4.3.6、家蚕品种内个体和群体的关系
• 五、讨论
• 5.1、SSR多态性与RAPD多态性的比较
• 5.2、二核苷酸重复构成的SSR和三核苷酸重复构成的SSR的多态性的初步比较
• 5.3、聚类分析
• 5.4、SSR、RAPD的位点数与遗传信息稳定性的关系
• 5.5、聚丙烯酰胺凝胶电泳的条件
• 5.6、银染方法的改进
• 六、小结
• 参考文献
• 缩略词表
• 附表
• 发表的论文
• 参加的研究课题
• 致谢