中国10个山羊品种遗传多样性的微卫星分析

论文摘要

利用20个微卫星标记对我国中西部10个山羊品种（陕南白山羊、陕北白绒山羊、伏牛山羊、黄淮山羊、太行山羊、关中奶山羊、西农萨能羊、中卫山羊、西藏山羊、内蒙古绒山羊）共计480个个体进行了遗传多样性检测,结果表明:1.20个微卫星标记在这10个品种中共检测到203个等位基因。平均每个位点检测到的等位基因数目为10.2个,数目最多的位点是ILSTS011,为15个,最少的位点是BM203,为7个。每个位点的等位基因在不同品种中的分布规律不同。2.哈代温伯格平衡检验结果显示:除陕南白山羊在MCM38位点、西藏山羊在BM143和MAF64位点之外,其他各群体在各位点上都处于遗传不平衡状态。3.20个微卫星位点在10个山羊品种群体中均具有较高的多态性,其杂合度在0.6674和0.8928之间,多态信息含量在0.6269和0.8831之间。10个品种中黄淮山羊的遗传变异程度最大,其平均杂合度和平均多态信息含量分别为:0.8390和0.8181;而西藏山羊的遗传变异程度相对较小,其平均杂合度和平均多态信息含量分别为:0.7612和0.7293。4.F-统计检验结果显示:10个山羊品种在20个位点上的亚群体间的固定指数（Fis）的平均值均小于0,反映了该群体属异配生殖。Fst的平均值为0.0522,说明这几个品种呈高度分化状态。基因流（Nm）在1.7103（BM2508）和10.8454（BM6404）之间变动,平均值为4.5421。5.遗传分化系数（GST）计算表明:BM203、BM2508、OarAE101三个位点的GST估算值较大,分别为0.1138、0.1275、0.0967。总GST值为0.0522,说明有5.22%的遗传多样性分布于群体间,剩余的94.78%分布于群体内。6.根据Nei氏标准遗传距离（DS）和DA遗传距离进行系统发生树的UPGMA法聚类和N-J法聚类,并用bootstrap重抽样技术对各系统发生树的可靠性进行了检验。相对来说,图（DS,UPGMA）较为可靠。伏牛山羊和黄淮山羊首先聚为一类,然后陕北白绒山羊、陕南白山羊、太行山羊依次加入,西农萨能羊和关中奶山羊作为另一类加入,然后中卫山羊和内蒙古绒山羊作为一类加入,最后西藏山羊单独作为一类加入。

论文目录

• 摘要
• ABSTRACT
• 第一章 文献综述
• 1.1 家畜遗传多样性研究的意义
• 1.2 畜禽遗传资源的评价方法
• 1.2.1 形态学水平
• 1.2.2 染色体水平
• 1.2.3 血液蛋白水平
• 1.2.4 分子水平
• 1.3 微卫星在山羊遗传多样性上的应用
• 1.3.1 微卫星简介
• 1.3.2 微卫星在绵、山羊上的研究进展
• 1.4 山羊的起源进化，分类及10 个山羊品种简介
• 1.4.1 山羊的起源进化
• 1.4.2 山羊的分类
• 1.4.3 10 个山羊品种简介
• 1.5 本研究的目的与意义
• 第二章 试验研究
• 2.1 材料与方法
• 2.1.1 试验材料
• 2.1.2 试验方法
• 2.1.3 数据统计
• 2.2 结果与分析
• 2.2.1 山羊基因组DNA 琼脂糖检测
• 2.2.2 PCR 产物琼脂糖检测
• 2.2.3 PCR 产物聚丙烯酰胺凝胶电泳图谱
• 2.2.4 10 个山羊品种微卫星位点等位基因频率
• 2.2.5 10 个山羊品种各微卫星位点有效等位基因数与实际观察等位基因数
• 2.2.6 哈代－温伯格平衡检验―卡方检验
• 2.2.7 群体杂合度、多态信息含量及Shannon 信息指数
• 2.2.8 群体间的F-统计检验和基因流
• 2.2.9 总群体杂合度、亚群体杂合度和遗传分化系数
• 2.2.10 10 个山羊品种的遗传距离与聚类结果
• 2.3 讨论
• 2.3.1 哈代－温伯格平衡分析
• 2.3.2 关于群体遗传多样性
• 2.3.3 关于10 个品种间的亲缘关系
• 2.3.4 关于山羊品种的选择
• 2.3.5 关于微卫星位点的选择
• 2.3.6 关于系统进化树的构建
• 结论
• 参考文献
• 致谢
• 作者简介