SSR标记的开发及甘蓝型油菜遗传连锁图谱的构建

论文摘要

本研究以No.2127-17和中油821的DH群体中的93个株系为材料,用公开发表和新开发的SSR标记构建了甘蓝型油菜的高密度遗传连锁图,并将该图谱与拟南芥基因组、白菜标准图谱进行了比较分析。主要研究结果如下:1.用877对已发表的SSR引物对两亲本（No.2127-17和中油821）进行多态性筛选,有379对引物在亲本之间检测到多态性,占总标记数的43.2%。2.设计合成了3436对油菜SSR引物,并且根据SSR序列的来源不同将它们分别命名为“BnGMS”、“BrGMS”、“BoGMS”、“BnEMS”、“BrEMS”和“BoEMS”。这些SSR序列分别含有1-5个核苷酸的重复。其中二核苷酸和三核苷酸的重复类型的数量最多。在二核苷酸重复类型中AG重复最多,其次是AT重复,再是AC重复,没有CG重复。在三核苷酸重复类型中AAG重复最多。通过筛选,881对引物在亲本间表现出多态性,占总引物数的25.6%。其中来源于EST的SSR引物（即“BnEMS”、“BoEMS”和“BrEMS”）表现出较高的多态性。3.用上述亲本间存在多态性的1260对SSR引物对DH群体93个单株进行了基因型分析,以JionMap3.0软件绘制一张包含845个SSR标记位点、共19个连锁群的遗传连锁图。图谱总长度1898.5cM,标记间平均距离为3.4cM。各连锁群长度为27.4cM-211.0cM,各连锁群的标记间平均距离从2.6cM到8.0cM不等。4.将此连锁图上的845个SSR标记的序列与拟南芥的全基因组进行了比对,有534个标记与拟南芥基因组具有同源性。拟南芥5条染色体的同源片段分布于整个甘蓝型油菜的19条染色体上,同源区域全长821cM。并且有些区域甚至与拟南芥的2条或3条染色体均有同源性。这些结果有力的证明了甘蓝型油菜与模式植物拟南芥来源于同一个祖先。5.将此连锁图与白菜的标准图谱进行了比较。结果显示前十条连锁群N1-N10与白菜的R1-R10具有很好的同线性关系,并且N12与R2,N16与R7,N19与R9的部分区域也具有同源性。

论文目录

• 摘要
• Abstract
• 缩略语表
• 1 前言
• 1.1 标记技术的发展
• 1.1.1 遗传标记的概述
• 1.1.2 DNA分子标记的发展
• 1.1.3 SSR标记的研究进展
• 1.2 遗传连锁图的构建
• 1.2.1 作图群体的比较
• 1.2.2 图谱构建的基本原理
• 1.2.3 构建图谱的应用软件
• 1.3 比较作图研究
• 1.4 甘蓝型油菜遗传图谱研究进展
• 1.5 本研究的目的和意义
• 2 材料与方法
• 2.1 实验材料
• 2.2 实验方法
• 2.2.1 技术路线
• 2.2.2 田间实验
• 2.2.3 DH群体单株DNA的抽提
• 2.2.4 SSR分析
• 2.2.4.1 SSR引物的设计
• 2.2.4.2 SSR引物的PCR扩增
• 2.2.4.3 扩增产物聚丙烯酰胺凝胶电泳（PAGE）检测
• 2.2.5 带型数据统计及图谱构建
• 2.2.6 与拟南芥及白菜标准图谱的比较分析
• 3 结果与分析
• 3.1 SSR标记的开发
• 3.1.1 已发表的SSR引物在两亲本间的多态性分析
• 3.1.2 甘蓝型油菜SSR标记的开发
• 3.2 甘蓝型油菜遗传连锁图谱的构建
• 3.2.1 群体中标记多态性分析
• 3.2.2 连锁图谱的构建
• 3.3 甘蓝型油菜与拟南芥的同线性分析
• 3.4 甘蓝型油菜与白菜的同线性分析
• 4 讨论
• 4.1 对甘蓝型油菜SSR标记的分析
• 4.2 甘蓝型油菜遗传连锁图的可靠性评价
• 4.3 该图谱与拟南芥基因组、白菜标准图谱的比较分析
• 参考文献
• 附录
• 致谢