水稻蛋白质芯片的设计、构建及初步验证

水稻蛋白质芯片的设计、构建及初步验证

论文摘要

水稻是世界上最重要的粮食作物之一,是研究作物产量、转基因、杂种优势、植物病虫害抗性和其它抗逆等方面的重要遗传材料,也是基础研究的模式植物之一。水稻的生长发育过程几乎都与蛋白激酶引起的信号转导过程有关,研究激酶尤其是其磷酸化过程和筛选其下游底物,了解植物发育调控机理尤其是抗逆机理,对农业生产具有重要的意义。本试验建立了一种基于Pooling系统的水稻蛋白质芯片的方法,每个样品接取10个水稻根cDNA库克隆,诱导表达后,用溶菌酶高通量地裂解提取蛋白质,总共提取了60板(96孔板)来自于水稻cDNA库表达的β-gal融合蛋白质,共6000个样品,大约涵盖60000个克隆;再把所提取的蛋白质进行10倍的Pooling,得到Pooling之后的蛋白质样品15板,所含样品数为1200个。应用Dot blotting的方法,检测了所有混合蛋白质的基本表达情况,另外表达了一板蛋白质,包括57个GST-水稻蛋白激酶和4个MBP-水稻蛋白质,将所有这76板蛋白质点在同一张芯片上。用Anti-β-gal和Anti-GST杂交芯片检测芯片质量,并利用该芯片对水稻蛋白激酶PI-D2进行了作用底物初步筛选的研究。结果如下:1.基于Pooling的方法,表达了大约60000个水稻根cDNA克隆的蛋白质。2.利用溶菌酶裂解的方法,方便地同时提取多个蛋白质,满足了构建水稻蛋白质库需大量提取蛋白质的需要。3.用Dot blotting方法检测了基于Pooling系统提取的水稻库混合蛋白质的表达情况,结果表明,蛋白质库质量的表达水平能够用来点制水稻蛋白芯片。4.制备了含有7271个蛋白质样品的水稻蛋白质芯片,并用Anti-β-gal和Anti-GST抗体对水稻蛋白质芯片进行质量检测,结果说明蛋白芯片质量较好。5.用该水稻蛋白质芯片,进行了水稻蛋白激酶PI-D2作用底物初步筛选的研究,获得了一些可能的候选底物。基于Pooling构建的水稻蛋白质芯片,减少了工作量,节约了成本和试剂用量。该芯片可能具有多种用途,如:研究蛋白质和蛋白质之间的相互作用、蛋白质和DNA之间的作用、蛋白质和脂类之间的作用、蛋白质和药物之间的作用等。其中用于水稻蛋白激酶底物的筛选为其中的典型应用,可以系统化的筛选激酶底物,从而对水稻信号转导过程有进一步的了解。

论文目录

  • 摘要
  • Abstract
  • 1 引言
  • 1.1 研究意义
  • 1.2 高通量蛋白质-蛋白质间相互作用研究的策略
  • 1.3 Pooling系统的应用和研究现状
  • 1.4 蛋白质的提取与检测技术
  • 1.5 植物蛋白激酶底物筛选的研究现状
  • 1.6 研究意义
  • 2 材料与方法
  • 2.1 试验材料
  • 2.1.1 生物材料
  • 2.1.2 药品
  • 2.1.3 仪器
  • 2.2 基于Pooling系统的水稻蛋白质库的构建
  • 2.2.1 细菌培养和蛋白质提取
  • 2.2.2 β-gal融合蛋白质表达最低检测限的检测
  • 2.2.3 基于Pooling系统构建水稻根的蛋白质表达文库
  • 2.2.4 蛋白质库的质量评价
  • 2.3 用酿酒酵母表达水稻的蛋白激酶
  • 2.4 用细菌系统表达水稻MBP融合蛋白质
  • 2.4.1 克隆、表达的水稻蛋白质
  • 2.4.2 PCR扩增水稻蛋白质基因
  • 2.4.3 细菌转化及阳性克隆筛选
  • 2.4.4 测序验证目的片段
  • 2.4.5 诱导表达及SDS-PAGE检测
  • 2.5 水稻蛋白质芯片的点制
  • 2.5.1 水稻蛋白质芯片的点制
  • 2.6 水稻蛋白质芯片的杂交检测
  • 2.6.1 试剂
  • 2.6.2 操作步骤
  • 2.7.水稻蛋白激酶PI-D2底物的初步筛选研究
  • 2.7.1.试剂
  • 2.7.2.操作步骤
  • 3 结果与分析
  • 3.1 高通量表达了水稻细菌库中的蛋白质
  • 3.2 水稻细菌蛋白质库的质量评价结果
  • 3.3 克隆、表达水稻细菌蛋白质
  • 3.3.1.克隆片段PCR结果
  • 3.3.2.重组子的鉴定
  • 3.3.3.水稻蛋白质诱导表达及SDS—PAGE检测
  • 3.4 水稻蛋白质芯片的质量检测
  • 3.5 利用水稻蛋白质芯片筛选PI-D2的候选底物
  • 4 讨论
  • 4.1 蛋白质的高通量提取
  • 4.2 蛋白质的检测
  • 4.3 水稻蛋白质芯片的点制
  • 4.4 水稻蛋白质芯片的质量检测
  • 4.5 利用水稻蛋白质芯片筛选PI-D2的底物
  • 5 结论
  • 参考文献
  • 在读期间发表论文
  • 作者简历
  • 致谢
  • 附录
  • 相关论文文献

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