用Affymetrix芯片筛选前列腺癌进展相关基因及功能初探

用Affymetrix芯片筛选前列腺癌进展相关基因及功能初探

论文摘要

目的:近年来,我国男性前列腺癌发病率呈明显上升趋势,在欧美国家,前列腺癌已连续15年居男性恶性肿瘤发病率首位,其发病率超过肺癌,死亡率在男性恶性肿瘤中居第二位。前列腺癌是一个起源于多病灶和随机进展模式的异质性疾病。到目前为止对晚期和转移性尤其是激素非依赖型、放疗和化疗抵抗型前列腺癌依然没有治愈的疗法。研究前列腺癌进展相关的基因可能揭示其机制或找出分新的治疗靶标。本研究拟应用基因芯片、RT-PCR、Realtime-PCR、免疫组化等技术筛选出前列腺癌分子标志物候选基因、雄激素反应性基因及电离辐射诱导基因从而为探索前列腺癌的进展、雄激素非依赖的产生及辐射抗性相关的分子机制提供线索和依据,为临床诊断与治疗提供新的途径和可能。结果:1、应用Affymetrix公司的人类全基因组U133A芯片筛选出LNCaP与C4-2细胞系间差异表达的基因/转录本1053个;仅在LNCaP或C4-2中独立表达的基因/转录本分别是739和835个。根据差异倍数、染色体定位及研究进展确定104个候选基因/转录本进行RT-PCR验证获得76个基因/转录本与芯片结果一致的候选基因/转录本。2、为了筛选出前列腺癌分子标志物候选基因,用RT-PCR检测上述76个候选差异基因/转录本在BPH1、LNCaP、C4-2、C4-2B、PC—3、DUl45、MCF-7、HEPG2、Hela、PC12、293T 11种细胞系中的表达谱。其中与前列腺癌进展程度呈正相关特异性较好的基因/转录本26个,与前列腺癌进展程度呈负相关特异性较好的基因/转录本17个。3、为了筛选出雄激素调控基因,分别用1nM R1881和20μM Casodex处理LNCaP和C4-2,用RT-PCR检测76个候选基因/转录本在LNCaP、C4-2中处理前后的表达。其中在LNCaP细胞中R1881应答基因49个,Casodex应答基因42个。在C4-2细胞中R1881应答基因16个,Casodex应答基因15个。4、为了探索适合电离辐射诱导基因筛选的遗传背景相同的辐射敏感性和辐射抗性细胞模型,分别用MTT、平板克隆形成、软琼脂克隆形成、周期变化检测了LNCaP和C4-2细胞系对5 Gy辐射的反应,结果证明了LNCaP的辐射敏感性和C4-2的辐射抗性。用Real-time PCR检测LNCaP和C4-2间p53、p21、Chek1、Chek2、Bcl-2、ATR、MRE11间表达的差异,结果:C4-2与LNCaP相比,p53、Chekl、Bcl-2、ATR、MRE11皆下调表达,同时检测了5、10Gy辐射后24小时LNCaP和C4-2上述7基因的表达差异,结果:LNCaP细胞5Gy辐射后24小时,p21上调表达,Chek1、Chek2、Bcl-2、MRE11下调表达,10Gy辐射后24小时,p21上调表达、Chek1、Chek2下调表达。C4-2细胞5Gy辐射后24小时,p53、p21、Chek1、Bcl-2、ATR、MRE11上调表达,10Gy辐射后24小时p21、Chek1、Bcl-2、ATR、MRE11上调表达。以上基因的差异表达是LNCaP辐射敏感性和C4-2辐射抗性的分子基础。5、为了筛选出电离辐射诱导基因分别用0、2.5、5、10Gy 60Coγ射线辐射处理LNCaP和C4-2细胞,用RT-PCR检测76个候选基因/转录本在上述处理后6、12、24、48、72小时的表达,其中在LNCaP细胞中辐射应答31个基因/转录本。6、根据上述前列腺癌分子标志物、雄激素反应性基因及电离辐射诱导基因3方面的筛选结果综合考虑再次筛选出25个候选基因/转录本,用Real-timeRT-PCR再次验证它们在LNCaP与C4-2细胞间的差异表达。25个基因Real-time RT-PCR验证结果与芯片结果、RT-PCR验证结果一致。7、为了验证上述筛出的前列腺癌分子标志物的可靠和实用性,用组织切片和组织芯片做免疫组化对AGR2和RPS4Y1临床表达进行了检测,其中AGR2胞浆阳性,其表达与恶性程度呈正相关,这与表达谱结果一致,RPS4Y1胞浆阳性,表达与恶性程度呈负相关,这与表达谱结果相符。该结果说明上述筛出的前列腺癌分子标志物候选基因有可能成为真正的前列腺癌分子标志物应用到临床。8、为了探索上述筛出的雄激素调控基因及电离辐射诱导基因在前列腺癌雄激素非依赖和辐射抗性产生中扮演的角色,首先建立了ELF5-2b和ACADL的前列腺癌细胞系高表达稳定克隆并且得到了ELF5-2b和ACADL高表达的Real-time RT-PCR结果。接着,为了研究ELF5-2b和ACADL高表达对前列腺癌细胞生长、克隆形成能力、恶性进展、雄激素非依赖性、辐射抗性的影响,用MTT、平板克隆形成、软琼脂克隆形成、Casodex和辐射处理后MTT对此开展研究,结果:ELF5-2b的高表达促进了LNCaP和C4-2细胞的生长、克隆形成能力及恶性程度进展,提高了LNCaP细胞雄激素的非依赖性/Casodex耐受能力及抗辐射能力。ACADL的高表达促进了C4-2细胞的生长、克隆形成能力及恶性程度进展,提高了C4-2细胞雄激素的非依赖性/Casodex耐受能力及抗辐射能力。为了探讨ELF5-2b和ACADL高表达诱导或促进前列腺癌细胞雄激素非依赖性/Casodex耐受能力及辐射抗性进展的分子基础,用Real-timeRT-PCR分别检测了ELF5-2b和ACADL高表达对AR、PSA、p53、p21、Chek1、hek2、Bcl-2、ATR、MRE11表达的影响,结果发现ELF5-2b在LNCaP中高表达分别促进了PSA、p53、、ATR、MRE11的表达却抑制了Chek2的表达。ELF5-2b在C4-2中高表达分另0促进了AR、PSA、p21、Chek2、Bcl-2、ATR、MRE11的表达。ACADL在C4-2中高表达分别促进了p21、Bcl-2、ATR、MRE11的表达却抑制了PSA、Chek1的表达。ELF5-2b和ACADL高表达对这些分子表达的影响与ELF5-2b和ACADL高表达促进了前列腺癌细胞雄激素非依赖性/Casodex耐受能力及辐射抗性的进展是相吻合的。从而证实了上述筛出的雄激素调控基因及电离辐射诱导基因的可靠性,提示前列腺癌雄激素非依赖和辐射抗性产生可能与雄激素调控基因及电离辐射诱导基因密切相关。结论:1、LNCaP与C4-2间存在差异表达基因/转录本1023个:其中在C4-2中高表达的690个,低表达的333个,经RT-PCR验证的76个,经过Real time RT-PCR验证的25个。2、筛选出分子标志物候选基因43个,受雄激素调控候选基因62个,受辐射诱导的候选基因31。3、前列腺癌细胞系C4-2具有辐射抗性,LNCaP和C4-2具有相同的遗传背景,不但能够用作研究前列腺癌雄激素依赖和非依赖进展的细胞模型,还可以用作研究前列腺癌辐射敏感和抗性进展的细胞模型。4、AGR2和RPS4Y1的表达与前列腺癌的进展程度分别呈正相关和负相关。5、ELF5-2b的高表达能够促进前列腺癌细胞的生长、存活及恶性进展,诱导前列腺癌细胞雄激素非依赖性和辐射抗性的发生和进展而且具有前期阶段性。6、ACADL的高表达能够促进前列腺癌细胞的生长、存活及恶性进展,诱导前列腺癌细胞雄激素非依赖性和辐射抗性的进展而且具有后期阶段性。

论文目录

  • 中文摘要
  • 英文摘要
  • 前言
  • 前列腺癌(PCa)的流行病学
  • 前列腺癌发生、发展机制
  • 前列腺癌早期检测和预后标记
  • 前列腺癌治疗
  • 与本研究相关的研究概况
  • 本研究的方向和重点
  • 材料与方法
  • 1.实验材料
  • 2.实验方法
  • 结果与讨论
  • 第一部分 LNCaP、C4-2细胞系差异表达的基因分析与候选基因的RT-PCR验证分析
  • 前言
  • 结果
  • 1.1 Affymetrix HG-U133A基因芯片分析LNCaP和C4-2差异表达基因
  • 1.1.1 不同样本的基因/转录本总体表达情况
  • 1.1.2 基因芯片中LNCaP和C4-2差异表达基因的数据分析
  • 1.1.3 差异基因分类分析
  • 1.1.4 差异基因染色体定位分析
  • 1.2 候选差异基因/转录本的RT-PCR验证
  • 讨论
  • 第二部分 前列腺癌分子标志物候选基因和前列腺癌进展相关基因的筛选
  • 前言
  • 结果
  • 2.1 前列腺癌分子标志物候选基因的筛选
  • 2.2 受雄激素和抗雄激素药物调控基因的筛选
  • 2.2.1 受人工雄激素R1881调控基因的筛选
  • 2.2.2 受Casodex影响的雄激素调控基因的筛选
  • 2.2.3 雄激素调控基因的筛选结果
  • 2.3 电离辐射诱导基因的筛选
  • 2.3.1 对电离辐射敏感与抗性的前列腺癌细胞膜型的确定
  • 2.3.2 电离辐射诱导基因的RT-PCR筛选
  • 讨论
  • 第三部分 前列腺癌分子标志物候选基因的临床标本验证和基因功能的初探
  • 前言
  • 结果
  • 3.1 前列腺癌分子标志物与功能基因的筛选与Realtime-RT-PCR验证
  • 3.2 前列腺癌分子标志物候选基因AGR2与RPS4Y1的临床标本验证
  • 3.2.1 分子标志物候选基因AGR2的临床标本验证
  • 3.2.2 分子标志物候选基因RPS4Y1的临床标本验证
  • 3.3 前列腺癌临床进展相关基因ELF5-2b与ACADL的功能初探
  • 3.3.1 前列腺癌临床进展相关基因ELF5-2b的功能初探
  • 3.3.1.1 ELF5-2b稳定高表达克隆LNCaP、C4-2细胞系的建立
  • 3.3.1.2 ELF5-2b高表达促进前列腺癌细胞的生长和恶性程度
  • 3.3.1.3 ELF5-2b过表达介导前列腺癌LNCaP细胞产生辐射抗性
  • 3.3.1.4 ELF5-2b过表达介导前列腺癌LNCaP细胞产生对Casodex耐药性
  • 3.3.1.5 ELF5-2b高表达对AR、PSA及周期检查点调控相关基因表达的影响
  • 3.3.2 前列腺癌临床进展相关基因ACADL的功能初探
  • 3.3.2.1 ACADL稳定高表达克隆C4-2细胞系的建立
  • 3.3.2.2 ACADL高表达促进前列腺癌细胞的生长和恶性程度
  • 3.3.2.3 ACADL过表达介导前列腺癌细胞C4-2产生更强的辐射抗性
  • 3.3.2.4 ACADL过表达介导前列腺癌细胞C4-2产生对Casodex的耐药性
  • 3.3.2.5 ACADL高表达对AR、PSA及周期检查点调控相关基因表达的影响
  • 讨论
  • 全文结论
  • 参考文献
  • 附录一
  • 附录二
  • 附录三
  • 个人简历
  • 致谢
  • 发表论文
  • 相关论文文献

    • [1].利用Affymetrix芯片分析民猪冷应激后肌肉组织的基因表达谱[J]. 畜牧兽医学报 2011(12)
    • [2].Affymetrix基因芯片原始数据噪声分析与应用[J]. 中国生物医学工程学报 2011(03)
    • [3].Affymetrix基因表达谱芯片技术筛选胰腺癌异常表达基因的研究[J]. 中国普通外科杂志 2017(03)
    • [4].Affymetrix基因芯片研究高血压对小鼠血管基因表达的影响[J]. 心肺血管病杂志 2014(02)
    • [5].利用Affymetrix芯片分析DON诱导抗赤霉病小麦品种望水白的基因表达谱[J]. 麦类作物学报 2009(06)
    • [6].一种改进的Affymetrix外显子芯片原始数据分析方法[J]. 数据采集与处理 2013(05)
    • [7].Affymetrix基因芯片测序技术分析垂体对大鼠椎动脉型颈椎病模型的调控机制[J]. 西安交通大学学报(医学版) 2018(02)
    • [8].Affymetrix基因表达谱芯片在新疆维吾尔族与汉族胰腺癌组织样本间差异表达基因筛选中的运用[J]. 现代生物医学进展 2017(32)

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