乳腺癌样品库建设和乳腺癌血清标志物的筛选

论文摘要

乳腺癌是女性中最常见的恶性肿瘤。近年来,乳腺癌发病率在中国,尤其是发达地区,呈现快速增长的趋势,已跃居女性恶性肿瘤发病率之首。然而,目前临床上对于乳腺癌的早期诊断和转移预后的预测缺乏有效的手段。血清蛋白质组学的出现为寻找有效的临床生物标志物提供了全新的方法。血清蛋白质组学的目标就是全面而系统的认识健康和疾病状态下的血清蛋白质组,寻找可以用于诊断疾病和预测转移预后的血清标志蛋白质。本文建立了一个各参数数据齐全的乳腺癌样品库。利用蛋白质组学常用数据分析方法对本实验室目前获得的21例(7例良性乳腺病,7例淋巴结未转移乳腺癌,7例淋巴结转移乳腺癌,分别简称为L、K、KK)血清蛋白质质谱数据进行分析,确定了A1BG、mimecan两个蛋白质为候选肿瘤标志物,并用ELISA实验进行了验证。

论文目录

• 摘要
• ABSTRACT
• 第一章 绪论：血清蛋白质组学在乳腺癌研究中的应用
• 1.1 血清蛋白质组学研究中的技术
• 1.2 血清蛋白质组学在乳腺癌研究中的应用
• 1.2.1 血清蛋白质组学在乳腺癌早期诊断中的应用
• 1.2.1.1 应用SELDI-TOF 技术
• 1.2.1.2 应用其它蛋白质分离方法结合MS 的技术
• 1.2.2 血清蛋白质组学在乳腺癌转移预后预测中的应用
• 1.2.3 血清蛋白质组学在乳腺癌研究中所获数据的分析
• 1.3 前景与展望
• 第二章 乳腺癌样品库的建立
• 2.1 蛋白质组学对于样品库建设的要求
• 2.1.1 差异表达蛋白质的干扰来源
• 2.1.2 HUPO PPP 的实践
• 2.2 样品库建设
• 2.2.1 样品收集方法
• 2.2.2 乳腺癌样品库建设进展
• 第三章 血清蛋白质组学的质谱分析与数据分析
• 3.1 质谱分析
• 3.1.1 实验方法
• 3.1.1.1 血清
• 3.1.1.2 乙醇沉淀去除白蛋白
• 3.1.1.3 蛋白质样品的酶解
• 3.1.1.4 强阳离子交换（Strong Cation Exchange, SCX）液相色谱
• 3.1.1.5 LC-MS/MS
• 3.1.1.6 蛋白质的鉴定
• 3.1.2 实验结果
• 3.2 数据分析
• 3.2.1 分析方法
• 3.2.1.1 t 检验
• 3.2.1.2 方差分析（ANOVA）
• 3.2.1.3 分层聚类分析（Hierarchical Clustering Analysis, HCA）
• 3.2.1.4 主成分分析（Principal Component Analysis, PCA）
• 3.2.1.5 K-均值聚类（K-means clustering）
• 3.2.2 分析结果
• 3.2.2.1 t-test 筛选两组之间的显著差异蛋白质
• 3.2.2.2 ANOVA 筛选三组之间的显著差异蛋白
• 3.2.2.3 组间聚类分析
• 3.2.2.4 K-means 分析三组间差异蛋白质的变化趋势
• 3.3 确定候选生物标志物蛋白质
• 3.3.1 筛选原则
• 3.3.2 待验证蛋白
• 3.3.2.1 A1BG
• 3.3.2.2 Mimecan
• 第四章 实验验证
• 4.1 酶联免疫吸附实验（Enzyme Linked ImmunoSorbent Assay,ELISA） 介绍
• 4.1.1 ELISA 原理
• 4.1.2 ELISA 类型
• 4.1.3 主要试剂
• 4.2 实验器材与试剂
• 4.2.1 实验器材
• 4.2.2 实验试剂
• 4.3 实验准备
• 4.3.1 整理样品资料
• 4.3.2 样品分装
• 4.4 实验步骤
• 4.5 结果和讨论
• 4.5.1 血清中 A1BG 含量测定
• 4.5.2 血清中Mimecan 含量测定
• 4.6 结论
• 第五章 总结与展望
• 参考文献
• 致谢
• 攻读学位期间发表的学术论文