实时荧光PCR技术检测乙型肝炎病毒YMDD变异和乙型肝炎病毒基因型方法的建立及应用

论文摘要

实时荧光定量PCR（real-time quantitative PCR）是近年来兴起的、已经成为分子生物学重要技术之一。实时荧光定量PCR是指在PCR体系中加入荧光基团,利用荧光信号累积实时监测整个PCR过程,最后通过标准曲线来对未知模板进行定量分析的方法。借助荧光信号来检测PCR产物,一方面提高了灵敏度,另一方面可以在每次PCR循环收集数据,建立实时扩增曲线,准确地确定域值循环数（CT值）,计算起始拷贝数,做到了真正意义上的DNA定量。由于PCR的扩增和产物分析过程都在一封闭的管中进行,较之传统的PCR方法大大减少了污染的几率,因此荧光定量PCR具有特异、快速、敏感、准确、线性范围宽,操作简便安全,且无PCR后处理。该方法又根据荧光标记的不同,分为荧光染料法和荧光探针法。荧光探针法又根据探针设计的不同原理分为5′核酸酶探针（5′Nuclease （TaqMan） Probes）,分子信标（molecular beacon）和FRET杂交探针（FRET hybridization probe）。TaqMan探针的实时荧光定量PCR是本课题的主要研究对象,本论文报道应用选择引物的原理建立TaqMan探针的实时荧光定量PCR方法用于LAM治疗HBV过程中的YMDD变异的点突变监测以及TaqMan探针的实时荧光定量PCR方法用于乙型病毒基因型的检测。第一部分选择引物的TaqMan探针的实时荧光定量PCR用于LAM治疗HBV过程中的YMDD变异的点突变监测方法建立拉米夫定（Lamivudine,LAM）是目前公认的最有效而安全的抗病毒的核苷类似药物,但长期使用可诱发HBV病毒变异,引起病毒耐药。酪氨酸-甲硫氨酸-天冬氨酸-天冬氨酸（YMDD）功能区变异是HBV拉米夫定耐药的主要原因。近年来国内外学者采用许多方法进行YMDD变异,如测序、线性探针分析[6]、基因芯片[7]、PCR-肽核酸[8]、聚合酶链反应限制性片段长度多态性[9],和通用模板PCR [10]等方法。鉴于我国医疗机构实验室开展实时荧光PCR检测十分普遍,这些实验室都拥有荧光定量PCR分析仪,故此本文针对该类仪器,采用选择性引物和TaqMan探针技术,建立了一种新的适应这类设备的实时荧光PCR方法。我们用此方法检测187例临床乙肝患者血清标本,观察HBV的YMDD变异情况,同时用测序法作为金标准比对验证。结果证明,此方法在临床YMDD变异诊断中具有快速、灵敏和特异的特点。第二部分应用TaqMan探针的实时荧光定量PCR方法用于乙型肝炎病毒基因型的检测应用TaqMan探针的实时荧光定量PCR方法对150例HBV样本进行HBV DNA定量检测和分型检测,然后对其中载毒量大于5000IU/ml的113例标本和一例进行测序分型检测。对于通过PCR测序方式获得的114例样本的DNA序列,全部使用NCBI在线分型工具（www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/genotyping/ formpage.cgi）进行DNA序列的比对、分析.进行HBV基因分型。验证了该方法能快速对乙型肝炎病毒B基因型、C基因型以及B、C混合基因型进行检测,有良好的特异性和极高的符合率,具有较大的临床意义。总结总之,荧光定量PCR具有特异、快速、敏感、准确、线性范围宽,操作简便安全等许多优势。它在化学和生物化学分析领域具有很大的潜力,尤其在临床医学检验领域,作为一种新兴、快速有效的检测方法将会得到快速应用和发展。

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正文

前言

参考文献

第一部分选择引物的 TaqMan 探针的实时荧光定量 PCR 用于 LAM 治疗 HBV 过程中的 YMDD 变异的点突变监测方法建立

1 实验原理

2 材料与方法

3 实验结果

4 讨论

5 结论

6 参考文献

第二部分应用 TaqMan 探针的实时荧光定量 PCR 方法用于乙型肝炎病毒基因型的检测