皱纹盘鲍遗传图谱构建及生长相关性状的QTL定位

论文题目: 皱纹盘鲍遗传图谱构建及生长相关性状的QTL定位

论文类型: 博士论文

论文专业: 海洋生物学

作者: 刘贤德

导师: 张国范,刘晓

关键词: 遗传图谱,微卫星,皱纹盘鲍

文献来源: 中国科学院研究生院（海洋研究所）

发表年度: 2005

论文摘要: 利用AFLP、RAPD和微卫星标记,以皱纹盘鲍日本岩手一个野生雌性个体(J)和中国大连雄性个体(C)杂交F1为作图群体,构建皱纹盘鲍遗传图谱并对生长相关的9个性状进行了QTL分析。亲本和86个子代个体共产生8个微卫星位点,41个RAPD标记,2688个AFLP标记。在这些标记中,有383个(包括365个AFLP标记,10个RAPD标记,8个微卫星位点)是多态标记并在其中一个亲本产生分离:241个在母本中分离,146个在父本中分离(包括部分相同的微卫星位点)。经过顺序邦弗朗尼校正之后,在雌性标记中有232个,雄性标记中有134个符合孟德尔分离定律(p≥0.05)。利用雌雄性的分离标记分别构建了皱纹盘鲍的雌性和雄性连锁图谱。雌性图谱框架图有119个标记定位到22个连锁群上,覆盖基因组的长度为1773.6 cM,平均间隔为18.3 cM。雄性框架图谱有94个标记定位到19个连锁群上,覆盖基因组1365.9 cM ,平均间隔为18.2 cM。性别标记定位到雄性图谱但没有定位到雌性图谱上,推测皱纹盘鲍的性别决定机制可能XY型,其中雄性为异配性别。偏分离标记显示为纯合子过剩并成簇排列,说明这些标记可能与鲍鱼某些基因的不兼容性有关。利用该图谱进行了生长相关性状的QTL定位,在雌性图谱和雄性图谱上,共定位了28个关于壳长、壳宽、肌肉重等生长相关性状的QTL,单个QTL可解释的表型变异为8.0%～35.9%。9个性状的表型相关均达到极显著水平(p<0.001),Pearson相关系数均超过0.81。共检测到4个与壳长和壳宽相关的QTL,均定位到J3、J12、J19和C9连锁群上。与全湿重有关的2个QTL,定位到J1和C1上。与壳重相关的1个QTL定位到雌性第15连锁群上。共检测到4个关于软体部重的QTL,分别定位到J4、J5和C1、C7连锁群上。肌肉和头部重的QTL分别定位到J4和C1连锁群上,其中在J4连锁群上定位了两个QTL。4个关于性腺和消化腺的QTL,分别定位于雌性J1,J5、J10和C9连锁群上。有关外套膜重的4个QTL分别定位到J4、C1、C9和C12上,鳃重的QTL定位在J1和C9上。与生长相关的QTL在连锁图上存在成簇分布的特点,28个QTL主要集中在

论文目录:

中文摘要

英文摘要

第一章文献综述

第一节运用F1 群体构建遗传图谱的理论依据及研究进展

1.1.1 理论分析

1.1.1.1 全同胞家系分离标记的特点

1.1.1.2 重组率估计

1.1.2 拟测交策略

1.1.2.1 拟测交位点

1.1.2.2 拟测交位点重组频率的计算

1.1.3 研究进展

第二节遗传图谱的构建及其应用

1.2.1 遗传图谱的构建

1.2.1.1 作图群体的建立

1.2.1.1.1 亲本的选配

1.2.1.1.2 分离群体类型的选择

1.2.1.1.3 作图群体的大小的确定

1.2.1.2 作图标记的选择

1.2.1.3 群体基因型分析及数据统计

1.2.1.4 连锁分析及图谱构建

1.2.1.4.1 两点测验

1.2.1.4.2 多点测验

1.2.2 遗传图谱的应用

1.2.2.1 定位克隆

1.2.2.2 数量性状基因定位

1.2.2.3 比较基因组作图

1.2.2.4 标记辅助选择

第三节研究的立论依据及目的意义

1.3.1 鲍的生物学特征以及养殖现状

1.3.2 鲍的遗传学研究现状

1.3.3 水产动物遗传图谱及QTL 定位研究进展

1.3.4 研究目的及意义

1.3.5 论文的总体设计

第二章 RAPD、AFLP 和微卫星分离标记分析

前言

第一节创建作图群体

2.1.1 家系构建

2.1.2 基因组DNA的提取

2.1.3 DNA检测

第二节 RAPD分析

2.2.1 材料与方法

2.2.1.1 实验材料

2.2.1.2 试剂、引物及仪器

2.2.1.3 RAPD 分析

2.2.1.4 结果检测及成像

2.2.2 结果与分析

2.2.2.1 RAPD 扩增结果

2.2.2.2 RAPD 标记在F1 代中的分离

第三节 AFLP 分析

2.3.1 材料与方法

2.3.1.1 动物材料

2.3.1.2 试剂、引物、人工接头及仪器

2.3.1.3 AFLP 操作流程

2.3.1.3.1 基因组DNA 的酶切与连接

2.3.1.3.2 预扩增

2.3.1.2.3 选择性扩增

2.3.1.3.4 选扩产物检测

2.3.2 结果与分析

2.3.2.1 预扩增结果

2.3.2.2 引物筛选结果

2.3.2.3 AFLP 标记在子代的分离方式

2.3.2.3.1 在F1 代不分离

2.3.2.3.2 在F1 代分离

2.3.2.3.3 F1 异常分离的标记

2.3.2.4 AFLP 标记的偏分离情况

第四节微卫星标记分析

2.4.1 材料与方法

2.4.1.1 实验材料

2.4.1.2 试剂、引物以及仪器

2.4.1.3 SSR 标记分析

2.4.1.3.1 微卫星引物来源

2.4.1.3.2 PCR 扩增

2.4.1.3.3 变性聚丙烯酰胺凝胶电泳

2.4.1.3.4 银染程序

2.4.2 结果与分析

2.4.2.1 引物筛选结果

2.4.2.2 微卫星标记的分离的方式

2.4.2.3 偏分离标记

2.4.2.4 无效基因频率

第五节 AFLP、RAPD 和微卫星标记总结

2.5.1 RAPD标记

2.5.2 AFLP 标记

2.5.3 微卫星标记

2.5.4 RAPD、AFLP 和微卫星比较研究

2.5.5 RAPD、AFLP 和微卫星小结

第三章皱纹盘鲍遗传图谱构建

前言

3.1 材料与方法

3.1.1 材料

3.1.2 RAPD 、AFLP 和微卫星分析

3.1.3 标记的命名

3.1.4 数据统计及图谱的构建

3.1.5 遗传图谱预期长度和覆盖率的计算

3.2 结果

3.2.1 标记的顺序邦弗朗尼校正

3.2.2 雌性图谱

3.2.3 雄性图谱

3.2.4 基因组长度及图谱覆盖率

3.3 讨论

3.3.1 拟测交策略

3.3.2 连锁图谱

3.3.3 AFLP, RAPD 和微卫星标记

3.3.4 偏分离现象

第四章生长相关性状的QTL 分析

前言

4.1 材料与方法

4.1.1 动物材料及表型数据测量

4.1.2 分子标记及QTL定位

4.2 结果与分析

4.2.1 性状分布及相关

4.2.2 QTL 定位

4.2.3 QTL 在连锁图谱上的分布情况

4.3 讨论

4.3.1 作图策略与QTL检测

4.3.2 基因效应

4.3.3 相关性状

4.3.4 QTL 在基因组上的分布及稳定性评价

4.3.5 标记辅助选择育种

4.3.6 存在问题及展望

第五章总结

参考文献

发表文章

致谢

发布时间: 2006-04-28

参考文献

[1].养殖皱纹盘鲍杂交种对土著群体遗传结构的影响及种间渐渗杂交的遗传分析[D]. 王明玲.中国海洋大学2011
[2].B族维生素影响皱纹盘鲍（Haliotis discus hannai Ino）主要营养物质代谢机理的研究[D]. 陈宏.中国海洋大学2004
[3].皱纹盘鲍数量遗传与育种研究[D]. 邓岳文.中国科学院研究生院（海洋研究所）2005
[4].皱纹盘鲍（Haliotis discus hannai Ino.）贝壳生物矿化的营养学机理初探[D]. 张文兵.青岛海洋大学2002
[5].脂溶性维生素对皱纹盘鲍代谢反应和贝壳生物矿化影响的研究[D]. 付京花.中国海洋大学2005
[6].刺参急性口围肿胀病和皱纹盘鲍肌肉萎缩症的病理学研究[D]. 王品虹.中国科学院研究生院（海洋研究所）2007
[7].皱纹盘鲍表达序列标签及免疫相关基因的克隆与表达研究[D]. 郑明刚.中国海洋大学2007
[8].光照对皱纹盘鲍生长、行为、生理的影响及其机制研究[D]. 高霄龙.中国科学院研究生院(海洋研究所)2016
[9].皱纹盘鲍Δ5脂肪酸去饱和酶研究[D]. 李明珠.中国海洋大学2013
[10].扇贝和皱纹盘鲍对温度变化的生理响应研究[D]. 姜娓娓.中国科学院大学(中国科学院海洋研究所)2017

皱纹盘鲍遗传图谱构建及生长相关性状的QTL定位

猜你喜欢