导读:本文包含了标记开发应用论文开题报告文献综述及选题提纲参考文献，主要关键词:葡萄,EST-SSR,遗传多样性
标记开发应用论文文献综述
毛娟,梁国平,卢世雄,马宗桓,王萍[1]（2019）在《葡萄EST-SSR标记的开发及其在遗传多样性分析中的应用》一文中研究指出为开发高效实用的EST-SSR基因标记,从220 547条葡萄EST序列中共搜索到20 687条至少含有1个SSR位点的EST序列,占EST总数的9.3%。高频率重复类型为一核苷酸、二核苷酸、叁核苷酸,占EST-SSR总数的95.7%,其他重复类型仅占4.3%。其中最常见的是一核苷酸重复,其次是二核苷酸重复。从葡萄SSR分析表中筛选出25对EST-SSR引物并对52份葡萄材料进行PCR扩增,结果表明:25对EST-SSR引物在52个葡萄品种中共扩增出条带1033条,其中多态性条带为671条,多态率高达65%。采用NTSYS聚类分析法构建系统树,通过EST-SSR标记对供试品种的聚类分析结果与形态学、生物学分类结果基本一致,说明通过此方法获得的EST-SSR可以作为有效标记用于葡萄遗传多样性分析及遗传图谱构建等。(本文来源于《中外葡萄与葡萄酒》期刊2019年06期）
鲁清,洪彦彬,李少雄,刘浩,李海芬[2]（2019）在《花生全基因组SSR标记开发及应用》一文中研究指出【研究背景】微卫星(Microsatellites)或简单串联重复序列(Simple Sequence Repeats,SSR)在植物基因组中广泛分布。微卫星在不同位点或同一位点不同等位基因间的重复数和类型存在很大差异,但两端的序列多是保守的单拷贝序列,根据这一特性可开发SSR标记,用于遗传分析和分子育种。花生(Arachis hypogaea L.)是世界上重要的油料作物之一,其基因组属于异源四倍体(AABB,2N=4×40),基因组大小在2.7 Gb左右。以往,花生基因信息组尚未解析,可供利用的参考信息较少,同时由于花生基因组的复杂性,遗传标记开发难度大,使得农艺性状的遗传分析及分子育种应用相对滞后。如今花生野生种和栽培种基因组DeNovo测序的完成,为花生全基因组标记的开发,高密度物理图谱的构建提供了可能。【材料方法】前期,我们对一个花生四倍体栽培种"伏花生"进行了De Novo测序。基于该参考基因组,利用MISA对全基因组的SSR进行搜索,以获得的SSR保守的侧翼序列,利用Primer 3进行SSR标记的设计。利用e-PCR对设计的SSR marker进行生物信息学评估;同时,随机挑选了188对SSR标记,进行了PCR扩增验证。通过对先前已开发的SSR标记与本研究开发的标记进行整合,获得一张高密度SSR标记物理图谱。最后,利用该图谱对先前定位的花生晚斑病QTL进行标记加密和物理定位。【结果与分析】本研究共搜索到8329496个SSRs,其中A和B亚基因组分别有3772653和4414961个SSRs,还有141882个SSRs位于9个scaffolds上。通过SSRs侧翼序列,共开发了973984对SSR标记,密度达到392.45/Mb。其中,在A、B亚基因组和scaffolds上分别有462267、489394和22323对标记。利用e-PCR进行生物信息学评估表明有88.32%的SSR标记在两个栽培种基因组上仅能扩增出一个产物,显示了良好的特异性。通过对随机挑选的188对SSR标记进行了实际的PCR扩增验证,结果显示有44.15%的标记能获得目的产物。进一步对1276对已发表的SSR标记与本研究开发的标记进行整合,获得了一张超高密度花生栽培种SSR物理图谱。最后,利用该图谱上的标记对已定位的花生晚斑病QTL,q LLS_T13_A05_7,进行标记加密,共增加了819个新开发的SSR标记,并将该QTL物理定位到A05染色体的1.448Mb区间内,预测到了108个候选基因。【结论】本研究构建的花生超高密度SSR物理图谱可为花生重要农艺性状的遗传解析提供大量的可用标记,有助于加速花生分子育种进程。(本文来源于《2019年中国作物学会学术年会论文摘要集》期刊2019-10-27）
衡双平,黄浩,杨茜,陈果,周艺文[3]（2019）在《白菜hau CMS不育系特异分子标记的开发与应用》一文中研究指出以不同胞质的白菜和芥菜为材料,将hau CMS胞质的线粒体基因组与芸薹属植物中其他的细胞质雄性不育系的线粒体基因组进行比较,再经生物信息学分析,筛选得到hau CMS线粒体基因组上特异的序列,并根据该序列信息开发出用于鉴定白菜hau CMS类型的分子标记hau CMS-Specific.同时,通过序列对比分析发现hau CMS线粒体基因组缺失但其他胞质共有的线粒体基因组序列.根据该序列信息,开发了互补检测的分子标记hau CMS-Deletion.最后利用hau CMS、ogu CMS、pol CMS、oxa CMS、orf220CMS等不同胞质类型材料的DNA成功验证了这两对标记.(本文来源于《信阳师范学院学报(自然科学版)》期刊2019年04期）
黄世霞,余梦伟,陈易安,赵春华,吴永振[4]（2019）在《快速检测小麦光周期基因Ppd-B1甲基化水平的分子标记开发及应用》一文中研究指出小麦(Triticum aetivum L.)是重要的粮食作物,培育高产优质小麦品种对解决全球粮食问题具有重要意义。在小麦"绿色革命"中,光周期不敏感特性决定的地域间广泛适应能力是高产小麦的重要特征。Ppd-B1基因是小麦重要光周期基因,该基因对小麦光周期不敏感性具有重要作用。研究表明,Ppd-B1基因启动子区域的DNA甲基化水平影响其光周期不敏感位点的形成,高甲基化类型在小麦品种选育过程中受到选择。开发能够快速鉴定Ppd-B1甲基化水平的分子标记,对于辅助小麦分子育种及抽穗期遗传改良均具有重要意义。本文提供了一种快速检测小麦光周期基因Ppd-B1甲基化水平的引物、方法及应用:运用甲基化敏感限制性内切酶法(methylation sensitive restriction endonuclease,MSRE)原理,根据Ppd-B1甲基化差异区域,选择含有甲基化敏感性限制性内切酶HpaⅡ或BstUI识别位点(CCGG或CGCG)的区域,设计引物。检测目标材料甲基化类型时,先用HpaⅡ或BstUI酶切待测材料DNA,酶切产物用新开发的标记扩增。根据目标片段的有无可以快速检测Ppd-B1的甲基化类型。利用新开发甲基化分子标记成功对300余份小麦自然群体材料进行Ppd-B1分型。结果显示,高甲基化类型较低甲基化类型材料的抽穗期及开花期均提前,表现出光周期不敏感特性。(本文来源于《第十届全国小麦基因组学及分子育种大会摘要集》期刊2019-08-11）
孙洪宝,许勇,张春秋,任毅,郭绍贵[5]（2019）在《比较基因组学在甜瓜白粉病抗病基因Pm-2F连锁标记开发中的应用》一文中研究指出目的与意义:近年来随着保护地甜瓜生产的迅速扩大,在高温高湿的环境下,甜瓜白粉病的发生变得越来越严重,白粉病已经成为甜瓜绿色无公害生产的主要障碍,危害日益严重。研究发现,中国大部分地区的甜瓜白粉病菌由Podosphaera xanthii(P. xanthii)引起,其中小种2 France是主要的优势生理小种。采用BSA法,开发与甜瓜白粉病P.(本文来源于《中国瓜菜》期刊2019年08期）
张小康,张雪丽,熊秋芳[6]（2019）在《萝卜叶缘裂刻性状分子标记的开发与应用》一文中研究指出【目的】明确萝卜裂叶性状的遗传特点,开发与裂叶性状连锁的分子标记。【方法】以萝卜"武青一号"作为母本,"新洲花叶"作为父本杂交得到F1,将F1分别套袋自交和回交,产生F2和BC1,探讨裂叶性状的遗传规律。【结果】F1植株叶型表现为裂叶,BC1(F1×"武青一号")和F2中叶全裂与叶浅裂的植株分离比分别符合1∶1和3∶1,说明萝卜叶缘裂刻的表型符合显性基因遗传模式,萝卜叶缘缺裂受单个遗传位点控制。利用BSA与AFLP技术相结合筛选与萝卜叶缘裂刻基因紧密连锁的分子标记,制备的SCAR标记引物HY-18与萝卜叶缘裂刻基因紧密连锁,其遗传距离为3.32 cM。【结论】上述标记的获得为萝卜裂叶性状的分子标记辅助育种以及裂叶基因的克隆奠定了理论基础。(本文来源于《广东农业科学》期刊2019年07期）
陆海燕,陈璐,王显生,赵涵,沈奇[7]（2019）在《基于高通量测序的棉花InDel标记开发及其应用》一文中研究指出【目的】获得可以用于棉花品种鉴定和纯度检测的二态性InDel标记,提高棉花种子的检验精确度和效率,为棉花的分子育种发挥作用。【方法】基于来源不同的121份棉花全基因组信息,根据高多态性信息含量筛选多态性高的InDel位点,开发二态性InDel标记,并在我国66个棉花品种的遗传距离分析和聚类分析中进行应用。【结果】基于121份棉花的二代测序数据获得10 967个InDel位点,合成了85对InDel引物,选择其中有效引物64对,其中At亚组的特异引物35对、Dt亚组特异引物29对,At、Dt亚组染色体的平均最小等位频率分别为0.45、0.32,多态信息含量分别为0.49、0.40;所用的66个棉花品种的遗传距离范围是0.04～0.65cM(厘摩),平均为0.39 cM,遗传距离最大的2个品种是泗棉3号和中棉所36,遗传距离最小的是徐棉18和徐杂3号。【结论】开发的64个棉花二态性InDel标记能有效地通过揭示品种间的遗传距离反映品种之间的亲缘关系,区分来源不同的棉花品种,具有一定的理论意义和应用价值。(本文来源于《棉花学报》期刊2019年04期）
苏建辉,张乐强,王汝颖,王彦华,张巍巍[8]（2019）在《大白菜-结球甘蓝易位系外源染色体区段基因标记的开发与应用》一文中研究指出为了利用基因标记对大白菜-结球甘蓝易位系进行鉴定,针对大白菜和结球甘蓝共线性基因序列差异位点设计引物,以大白菜85-1和结球甘蓝11-1为试材,进行了多态性标记的筛选,并在大白菜-结球甘蓝易位系、易位系自交后代及大白菜和结球甘蓝不同商品种间进行了可利用性鉴定。结果表明,根据大白菜和结球甘蓝263个共线性基因共设计特异引物171对,66对引物在大白菜和结球甘蓝间表现出多态性扩增,所占比例为38.60%。66个基因标记中,基于大白菜基因序列获得的2个和基于结球甘蓝基因序列获得的48个,可作为结球甘蓝相对大白菜特异的基因标记,并成功用于大白菜-结球甘蓝易位系AT1-41和AT1-47及AT1-47自交后代的鉴定。进一步利用这66个基因标记在4个大白菜和4个结球甘蓝商品种中进行了PCR扩增,有52个标记能将供试的大白菜品种和结球甘蓝品种完全鉴定出来,有11个标记在部分品种中表现出多态性。结果为深入研究大白菜-结球甘蓝易位系外源基因的表达、调控、互作和标记辅助育种奠定了基础。(本文来源于《华北农学报》期刊2019年03期）
王书珍,张羽佳,黄诗颖,罗炎炎,金正强[9]（2019）在《基于锦绣杜鹃花蕾转录组的SSR标记开发及应用》一文中研究指出[目的]探究锦绣杜鹃(Rhododendron pulchrum Planch.) EST-SSR的类型、分布频率和分布特征,开发有效的SSR标记,并验证其在遗传多样性研究和跨物种转移中的应用潜力。[方法]采用RNA-seq技术对锦绣杜鹃‘紫鹤’品种的花蕾进行转录组测序,MISA软件对组装的unigenes内部的SSR位点进行检索,分析其类型、分布频率。利用Primer 3.0软件设计引物,并对锦绣杜鹃群体和其近缘种映山红群体进行多样性检测,利用POPGENE-PC 2.2软件计算等位基因数、有效等位基因数、多态性位点百分率、Shannon’s信息指数、Nei氏多样性指数、观察杂合度、期望杂合度等参数。[结果]锦绣杜鹃‘紫鹤’花蕾转录组共有49 527个unigenes(43 766 249 bp),从中筛选出16 120个SSR位点(24.46%),发生频率为1·(2.7 kb)~(-1)。微卫星的重复次数主要集中在5～24次之间,二核苷酸发生频率最高(9 624个,59.70%),其次是单核苷酸(3 738个,23.19%),频率最低的为五核苷酸(42个,0.26%)。频率最高的重复基序有A/T、AG/CT、AAG/CTT、AGG/CCT、ACC/GGT、AGC/GCT、AAAG/CTTT、AAGAG/CTCTT、AGAGGG/CCCTCT等。选用13个多态性SSR标记对锦绣杜鹃群体进行PCR扩增,共得到71个等位基因,平均每个位点3～9个;有效等位基因数在各SSR位点之间变化范围为1.684～5.930;观察杂合度H_O和期望杂合度H_E的变化范围分别为0.000～1.000和0.433～0.848,平均值分别为0.696±0.426和0.705±0.129;Shannon’s信息指数I和Nei氏多样性指数h的变化范围分别为0.736～1.961和0.406～0.831,平均值分别为1.376±0.339和0.683±0.131。此13个标记在映山红群体中的跨物种扩增成功率为100%,并反映出丰富的遗传多样性。2个群体间的遗传差异93.4%存在于群体内部。[结论]基于AG/CT重复基序开发的13个SSR标记具有高度的多态性,为后续杜鹃花属植物的遗传多样性研究、遗传图谱构建、基因定位、分子标记辅助育种等研究奠定了基础。大别山野生映山红资源具有较高的遗传多样性,且杂合度过剩,遗传变异主要发生在群体内部。(本文来源于《林业科学研究》期刊2019年03期）
郭丹丹[10]（2019）在《软枣猕猴桃（Actinidia arguta）性别相关分子标记的开发及应用》一文中研究指出绝大多数猕猴桃属植物是功能性的雌雄异株植物,其实生个体童期长达5~7年。早期生产上栽培种植的品种主要来自于中华猕猴桃复合体,软枣猕猴桃是近年来迅速发展的新兴栽培种类。目前产业上雌株的经济价值和需求明显高于雄株,育种工作仍主要集中在雌性优良品种选育方面。因此,利用幼苗早期性别鉴定的技术或标记,在育种过程中进行实生苗早期性别鉴定,提前去除多余雄株,将节约大量的育种成本,加速育种进程。本研究首先利用PCR扩增技术,验证前人在中华猕猴桃或其相关群体中已开发的性别鉴定分子标记在本研究所用材料中的通用性;进一步利用全基因组重测序的方法,自行开发了软枣猕猴桃实生苗性别早期鉴定分子标记,以实现软枣猕猴桃植株性别的早期鉴定,并在中华猕猴桃中进行了通用性验证。主要研究结果如下:1.已报道猕猴桃性别分子标记的通用性验证。以已知性别的64份中华猕猴桃复合体材料和64份软枣猕猴桃材料,对前人已开发的两组猕猴桃性别鉴定分子标记,SCAR标记SmX和SmY1,以及SSR标记A001、A002和A003,进行通用性检验。结果表明:(1)在本研究所用的64份中华猕猴桃复合体样品中,SmX未表现出性别特异性,而SmY1能够很好地鉴定中华猕猴桃的性别,雄性植株性别鉴定准确率为96.55%、雌性准确率为100%,可广泛应用于中华猕猴桃原变种的性别鉴定;A001、A002和A003的性别鉴定准确率均较低,未表现出性别特异性。(2)对于本研究所用的64份软枣猕猴桃样品,SmX和SmY1均不能有效鉴定其性别,A001、A002和A003叁个SSR标记也不具有性别特异性。(3)由于两组标记在软枣猕猴桃样品中均不能通用,因此有必要开发基于软枣猕猴桃实生苗性别早期鉴定的分子标记。2.软枣猕猴桃性别相关分子标记的开发及通用性验证。本研究以软枣猕猴桃人工杂交组合‘红宝石星’(♀)×11-17(雄株代号,经野生软枣猕猴桃植株种子实生选种所得)群体中已结果的实生后代雌雄各15株为材料,通过全基因组重测序以及BSA分析技术,以‘红阳’猕猴桃基因组为参考基因组进行生物信息学分析,开发性别鉴定分子标记。结果如下:(1)得到了性别差异序列g11.t2、g1.t1、g11.t3、g2.t2、g5.t1、g3.t1、g6.t1、g4.t1和g11.t1,分别对该9条序列设计引物,利用PCR扩增技术,筛选得到2对雄性特异性的引物Primer 11和Primer 51;在建库群体以及其他野生自然群体共128个已知性别的软枣猕猴桃样品中对Primer 11和Primer 51进行了PCR验证,两标记验证准确率分别为97.89%和97.03%。(2)分别对Primer 11和Primer 51的扩增产物进行测序,得到其产物序列L11和L51;在猕猴桃基因库(kiwifruit genome database)和Gene-bank中对L11和L51进行Blast分析后发现,该两条片段可能位于猕猴桃性染色体的雄性特异区域,但还需进行进一步定位。(3)在48份(16雄,32雌)中华猕猴桃复合体材料中验证两标记的通用性后发现,Primer 11能够得到相应的特异条带,雄性准确率为100%,但雌性验证结果准确率仅为68.8%,表明Primer 11在中华猕猴桃复合体性别鉴定中有一定的准确率,但仍需加大群体进一步验证;Primer 51在该种样品中未扩增出清晰的条带,表明其不适用于中华猕猴桃的性别鉴定。(本文来源于《中国农业科学院》期刊2019-06-01）
标记开发应用论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
【研究背景】微卫星(Microsatellites)或简单串联重复序列(Simple Sequence Repeats,SSR)在植物基因组中广泛分布。微卫星在不同位点或同一位点不同等位基因间的重复数和类型存在很大差异,但两端的序列多是保守的单拷贝序列,根据这一特性可开发SSR标记,用于遗传分析和分子育种。花生(Arachis hypogaea L.)是世界上重要的油料作物之一,其基因组属于异源四倍体(AABB,2N=4×40),基因组大小在2.7 Gb左右。以往,花生基因信息组尚未解析,可供利用的参考信息较少,同时由于花生基因组的复杂性,遗传标记开发难度大,使得农艺性状的遗传分析及分子育种应用相对滞后。如今花生野生种和栽培种基因组DeNovo测序的完成,为花生全基因组标记的开发,高密度物理图谱的构建提供了可能。【材料方法】前期,我们对一个花生四倍体栽培种"伏花生"进行了De Novo测序。基于该参考基因组,利用MISA对全基因组的SSR进行搜索,以获得的SSR保守的侧翼序列,利用Primer 3进行SSR标记的设计。利用e-PCR对设计的SSR marker进行生物信息学评估;同时,随机挑选了188对SSR标记,进行了PCR扩增验证。通过对先前已开发的SSR标记与本研究开发的标记进行整合,获得一张高密度SSR标记物理图谱。最后,利用该图谱对先前定位的花生晚斑病QTL进行标记加密和物理定位。【结果与分析】本研究共搜索到8329496个SSRs,其中A和B亚基因组分别有3772653和4414961个SSRs,还有141882个SSRs位于9个scaffolds上。通过SSRs侧翼序列,共开发了973984对SSR标记,密度达到392.45/Mb。其中,在A、B亚基因组和scaffolds上分别有462267、489394和22323对标记。利用e-PCR进行生物信息学评估表明有88.32%的SSR标记在两个栽培种基因组上仅能扩增出一个产物,显示了良好的特异性。通过对随机挑选的188对SSR标记进行了实际的PCR扩增验证,结果显示有44.15%的标记能获得目的产物。进一步对1276对已发表的SSR标记与本研究开发的标记进行整合,获得了一张超高密度花生栽培种SSR物理图谱。最后,利用该图谱上的标记对已定位的花生晚斑病QTL,q LLS_T13_A05_7,进行标记加密,共增加了819个新开发的SSR标记,并将该QTL物理定位到A05染色体的1.448Mb区间内,预测到了108个候选基因。【结论】本研究构建的花生超高密度SSR物理图谱可为花生重要农艺性状的遗传解析提供大量的可用标记,有助于加速花生分子育种进程。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
标记开发应用论文参考文献
[1].毛娟,梁国平,卢世雄,马宗桓,王萍.葡萄EST-SSR标记的开发及其在遗传多样性分析中的应用[J].中外葡萄与葡萄酒.2019
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[10].郭丹丹.软枣猕猴桃（Actinidiaarguta）性别相关分子标记的开发及应用[D].中国农业科学院.2019