林麝(Moschus berezovskii)微卫星的筛选与鉴定及遗传多样性研究

林麝(Moschus berezovskii)微卫星的筛选与鉴定及遗传多样性研究

论文摘要

林麝(Moschus berezovskii)是当今世界现存五种麝中的一种,它主要分布在中国西南部及其临近地区。在中国,超过半数的林麝分布在四川省,是重要的资源动物。由于野外乱捕滥猎和栖息地的不断破坏,野外麝类数量急剧减少,在20世纪60年代超过1000万只而在20世纪90年代下降到不足20万只,现存麝类已面临濒危。所以从1979年所有麝类被编入“濒危野生动植物种国际贸易公约”(Convention on International Trade in Endangered Species of Wild Flora and Fauna,CITES)。2002年11月,麝科所有种都调整为中国一级保护野生动物。在中国,很多林麝被圈养在农场中。但已有的研究工作主要集中于麝的形态学、分类学、组织学等方面,对麝的遗传多样性的研究很缺乏。微卫星(microsatellite)又称为简单序列重复(simple sequence repeat,SSR),是指以1~6个核苷酸为基本重复单位的串联重复序列,它们广泛存在于各类真核生物和原核生物基因组的编码区与非编码区中。微卫星属于共显性的遗传标记,具有高度的多态性,是中性遗传的,所以在目前被认为是最好的用于群体基因研究的孟德尔分子标记。由微卫星所提供的信息能够解决很多生物问题,列如生物个体种类及亲缘关系的确定,群体遗传结构和生物间的进化关系以及基因图谱的建立等。目前仅有少量的林麝微卫星座位被筛选出来,这对于林麝遗传多样性研究是不够的。在本次研究中,我们通过PCR优化以及借用近缘物种具有多态性的微卫星位点两种方法从林麝基因组中筛选新的微卫星位点。共有13个新位点被筛选出来,其中通过PCR优化获得的5个座位具有高度的多态性。用这5个座位对都江堰金凤山和马尔康养殖场的圈养林麝做遗传多样性分析。在金凤山和马尔康圈养林麝群体中,这5个座位等位基因数量为4~13个,平均每个座位在金凤山居群中为8.8个,马尔康居群中为6.8个;5个微卫星座位在金凤山居群中有效等位基因数在2.341~8.605之间,而马尔康居群有效等位基因数在3.328~9.020之间,而有效等位基因数在两个居群中的平均值分别为4.979和4.830;金凤山居群表观杂合度(Ho)和期望杂合度(He)分别为0.429~0.957和0.587~0.902。马尔康居群表观杂合度(Ho)和期望杂合度(He)分别为0.391~0.913和0.716~0.920。5个微卫星座位的多态信息含量(PIC)最低为0.519,最高为0.891。这表明金凤山和马尔康圈养林麝群体具有较高的遗传多样性。

论文目录

  • 目录
  • 林麝(Moschus berezovskii)微卫星的筛选与鉴定及遗传多样性研究
  • 中文摘要
  • 英文摘要
  • 第一章 林麝微卫星位点的筛选和鉴定
  • 摘要
  • 1.引言
  • 2.材料和方法
  • 2.1 材料
  • 2.2 试验仪器和试剂
  • 2.3 方法
  • 2.3.1 基因组DNA的提取
  • 2.3.2 通过PCR优化筛选林麝微卫星
  • 2.3.3 通过借用近缘物种来筛选微卫星
  • 2.3.4 微卫星多态性鉴定
  • 3.结果
  • 3.1 通过PCR优化筛选微卫星的结果
  • 3.2 借用近缘物种筛选微卫星的结果
  • 3.3 微卫星多态性鉴定结果
  • 4.讨论
  • 4.1 PCR优化
  • 4.2 微卫星的分离方法
  • 第二章 利用分离到的多态性微卫星位点对圈养林麝进行遗传多样性研究
  • 摘要
  • 1.引言
  • 2.材料和方法
  • 2.1 样品采集
  • 2.2 基因组DNA的提取
  • 2.2.1 肌肉组织DNA的提取
  • 2.2.2 毛囊DNA的提取
  • 2.3 林麝遗传多样性分析
  • 2.3.1 PCR扩增
  • 2.3.3 产物电泳处理
  • 2.3.4 分析图像,处理数据
  • 3.实验结果
  • 3.1 金凤山及马尔康圈养林麝微卫星等位基因大小及其数量
  • 3.2 金凤山及马尔康圈养林麝微卫星基因型和等位基因频率
  • 3.3 Hardy-weinberg平衡检验
  • 3.4 金凤山及马尔康圈养林麝的遗传多样性
  • 3.4.1 金凤山及马尔康圈养林麝微卫星座位观测杂合度和期望杂合度
  • 3.4.2 金凤山及马尔康圈养林麝微卫星座位多态信息含量(PIC)
  • 3.4.3 金凤山及马尔康圈养林麝微卫星座位有效等位基因数(Ne)
  • 4.讨论
  • 4.1 实验条件的改进
  • 4.1.1 电泳条件的改进
  • 4.1.2 PCR条件的改进
  • 4.2 微卫星等位基因丢失及对策
  • 4.3 两个圈养居群林麝的遗传多样性
  • 4.4 关于林麝遗传多样性的保护
  • 4.5 本研究需要改进之处
  • 5.小结
  • 参考文献
  • 文献综述 微卫星标记及其应用
  • 1.引言
  • 2.微卫星的功能
  • 2.1 染色质组织作用
  • 2.2 DNA代谢过程的调节
  • 2.3 基因表达调控
  • 3.微卫星的分离方法
  • 4.微卫星的应用
  • 4.1 微卫星标记在遗传多样性分析中的应用
  • 4.2 微卫星在个体鉴定及亲子鉴定中的应用
  • 4.3 构建基因组图谱及QTL定位
  • 4.4 在疾病及疾病诊断研究上的应用
  • 5.麝科动物微卫星研究的意义
  • 参考文献
  • 硕士生期间发表的学术论文
  • 致谢
  • 相关论文文献

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