论文题目: 猪微卫星标记与杂种优势的关联分析和QTL定位
论文类型: 博士论文
论文专业: 动物遗传育种与繁殖
作者: 张敬虎
导师: 熊远著
关键词: 微卫星,杂种优势,单标记分析,个体杂合度,数量性状位点
文献来源: 华中农业大学
发表年度: 2005
论文摘要: 猪数量性状和杂种优势的遗传基础,一般认为存在主效基因的作用,也存在大量微效基因的作用,但是对相关问题的认识还很不清楚。利用猪基因组学的发展产生的高密度连锁图谱和分子标记技术,剖析分子标记与性状或杂种优势的关系,对于猪杂种优势利用和标记辅助育种,有很重要的意义。 本研究猪群包括两个组成部分:第一部分包括英系大白猪(Y,n=35)、丹麦长白猪(L,n=46)、梅山猪(M,n=55)、大长(YL,n=32)和长大(LY,n=36)F1代、大梅(YM,n=82)和梅大(MY,n=47)F1代,用于探讨分子标记与杂种优势或性状间的关系;第二部分是由3代参考家系构成,来自3头英系大白公猪和8头梅山母猪,从杂交F1代中随机选取5公21母,作为父母代,繁育组成180头F2代猪群,用作QTL定位。上述猪群在统一条件下饲养,90公斤左右适时屠宰,记录生长和胴体性状值。本研究从猪第4、6、7、8和13条染色体上,以平均20-30cM的间距选取39个微卫星标记,对上述所有猪群个体样本的DNA扩增,经电泳银染读取基因型数据。 对性状和基因型数据作以下分析处理:①猪性状和杂种优势的描述统计分析(SAS软件);②基因型数据的群体遗传多样性分析(MSA、DISPAN、FSTAT软件);③连锁图谱构建(CRIMAP软件);④标记位点与性状或杂种优势间的单标记ANOVA分析(SAS软件);⑤个体杂合度与杂种优势的相关分析(SAS软件);⑥单位点模型QTL定位;⑦两位点模型QTL定位;⑧印迹效应对QTL定位的影响分析。得到以下结果。 1.对10个性状杂种优势分析表现如下特点:①同质组合(YL+LY)中,大多数表现为有利杂种优势,异质组合(YM+MY)中多数性状表现为不利杂种优势;②同质组合除少数性状存在母本效应或父本效应外,多数性状没有明显的亲本效应,异质组合母本效应对杂种优势的影响比较明显。 2.遗传多样性分析结果表明,平均等位基因数在F1代和纯繁后代7个群体是4.13,在F2群体是3.2;观察杂合度(Ho)和多态信息含量(PIC),在F1代和纯繁后代7个群体的平均值分别为0.50和0.43;在F2群体分别是0.50和0.45;标记位点的平均有信息减数分裂数在F2群体中是217.4;有14个位点在F2群体中是连锁不平衡的,占总标记位点数的35.9%。 3.两性平均连锁图谱全长、标记位点间平均间隔和母畜公畜图谱长度比分别为:SSC4,172.3cM、24.61cM和1.08;SSC6,168.7cM、24.1cM和1.17;SSC7,191.7cM、27.39cM和0.89;SSC8,197.3cM、28.19cM和0.97;SSC13,178.3cM、29.72cM和0.84;SSC4和SSC6的母畜图谱长于公畜,另外3条染色体的母畜图谱短于公畜。5条染色体的图谱,与USDA-MARC所公布的连锁图谱相比,标记顺序一致,但比参考图谱的遗传距离大。
论文目录:
摘要
ABSTRACT
猪性状的英文名称和缩写表
第一章 杂种优势和 QTL定位的研究进展(综述)
1 杂种优势研究进展
1．1 杂种优势研究的发展概况
1．2 基因组研究对杂种优势遗传机理的揭示
2 QTL定位研究进展
2．1 标记和图谱
2．1．1 标记
2．1．2 猪的图谱
2．2 QTL定位原理和方法
2．3 猪 QTL定位研究进展
2．3．1 猪胭体性状的 QTL定位
2．3．2 猪肉质性状的 QTL定位
2．3．3 猪生长性状的 QTL定位
2．3．4 猪繁殖性状的 QTL定位
2．3．5 猪 QTL的精细定位和图位克隆
2．3．6 猪 QTL的互作效应和印迹效应研究
3 本研究的目的和意义
第二章 研究方法和技术路线
1 总的方法和技术路线
2 试验材料
2．1 试验猪群及性状测定
2．2 主要仪器和设备
2．3 主要药品及试剂
2．4 缓冲液和常用试剂的配制
3 实验室基因检测试验方法
3．1 猪基因组 DNA的提取
3．2 基因组 DNA的浓度和质量检测
3．3 微卫星标记的选择和引物
3．4 微卫星 PCR反应和电泳
3．5 微卫星基因型的读取
4 数据描述统计分析方法
4．1 群体性状的描述统计分析
4．1．1 性状的一般描述统计
4．1．2 杂种优势的计算
4．2 微卫星标记的多态性和群体遗传分析方法
4．2．1 微卫星标记的群体遗传特征
4．2．2 纯繁和 F1群本间的遗传距离和亲缘关系分析方法
4．2．3 微卫星标记在 F2群体中的遗传平衡检验方法
4．2．4 个体位点杂合度的计算方法
4．3 微卫星标记在 F2资源群体的遗传连锁分析方法
5 微卫星标记与性状或杂种优势的关联分析方法
5．1 标记位点对性状或杂种优势的单标记分析方法
5．2 个体杂合度与杂种优势的相关分析方法
6 QTL定位分析
第三章 结果与分析
1 性状和杂种优势的描述统计
1．1 纯繁和 F1代群体主要性状的均值
1．2 两种组合间杂种优势均值的描述
1．3 F2代群体性状的描述统计
2 微卫星标记在各群体的遗传分析结果
2．1 微卫星标记在纯繁后代和 F1代的遗传分析结果
2．2 微卫星标记在 F2资源家系的遗传分析结果
2．3 微卫星标记在 F2资源家系中的遗传连锁图谱
3 微卫星标记与 F1代杂种优势间的关联分析结果
3．1 单标记分析结果
3．2 个体杂合度与杂种优势关联分析结果
4 在 F2代的QTL定位结果
4．1 初生重和活体性状的QTL定位结果
4．1．1 初生重和生长性状的 QTL定位
4．1．2 活体测定胭体性状的 QTL定位
4．2 胴体性状的QTL定位结果
4．2．1 背膘厚的QTL定位
4．2．2 眼肌性状的 QTL定位
4．2．3 肥肉重、瘦肉重、皮重、骨重等的 QTL定位
4．2．4 胴体长和肋骨数的QTL定位
4．2．5 屠宰率、皮率和骨率性状的 QTL定位结果
4．2．6 肥肉率和瘦肉率性状的 QTL定位结果
4．2．7 内脂率、瘦肥肉比、腿臀比的 QTL定位结果
4．3 内脏重性状的 QTL定位结果
4．3．1 心、肝、肺、脾重的QTL定位结果
4．3．2 消化道器官重量和内脂重性状的 QTL定位
4．4 肉质性状的 QTL定位结果
4．4．1 肌内脂肪和水分性状的 QTL定位结果
4．4．2 影响肌肉pH、肉色和大理石纹性状的 QTL定位结果
4．5 繁殖性状的QTL定位结果
4．6 两 QTL模型定位结果
4．7 印迹效应对 QTL定位的影响
4．8 QTL定位结果概览
第四章 讨论
1 关于猪的性状和杂种优势
2 本研究中猪的微卫星标记与遗传图谱
2．1 关于本研究中猪的微卫星标记
2．2 关于本研究中连锁图谱
3 关于微卫星标记与猪性状或杂种优势的关联分析
3．1 关于单标记分析
3．2 关于个体杂合度与杂种优势的关联分析
4 关于本研究的QTL定位
4．1 关于1 QTL模型的定位结果
4．1．1 关于活体估测性状的QTL定位结果
4．1．2 关于胴体性状的QTL定位结果
4．1．3 关于内脏重性状的QTL定位结果
4．1．4 关于肉质性状的QTL定位结果
4．1．5 关于繁殖性状的QTL定位结果
4．2 关于2 QTL模型的定位结果
4．3 关于印迹效应对 QTL定位的影响
5 猪性状和杂种优势遗传基础研究展望
小结
参考文献
致谢
发布时间: 2005-12-05
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