河南省汉族人群CISH、IFN-γ基因多态性与性暴露HIV易感性研究

论文摘要

背景艾滋病（acquired immune deficiency syndrome,AIDS）,是一类在全球流行的致病性的传染病。大量研究表明不同的个体对于HIV的易感性具有不同的变异性,如人群中存在HIV暴露感染者和HIV高暴露而未感染者。目前国内外关于HIV易感性影响因素主要集中于遗传因素和免疫因素等方面,并取得了一定进展,但是对于HIV高暴露未感染者等低感染者的机制和原因尚没有明确的解释。CISH（cytokine-inducible src homology2domain protein）是细胞因子抑制信号（suppressor of cytokine signaling.SOCS）家族中的一员并具有调控IL-2、IL-3等细胞因子水平功能,能够直接或间接调节T细胞的作用；IFN-y是一种能够活化的T细胞和NK细胞产生的细胞因子,并能促进多种细胞表达MHC Ⅰ类与Ⅱ类分子和促进T细胞分化和活化,以上两种基因在机体抗病毒和免疫调节反应中发挥重要作用。国内外关于CISH基因多态性与HIV易感性关系尚未见报道,IFN-γ多态性与HIV易感性关系研究结果尚有争议。本研究采用病例对照的研究方法对CISH和IFN-y基因的多态性与HIV易感性关系进行研究。目的检测河南某地区HIV性暴露汉族人群中CISH和IFN-y基因的多态性,探讨其多态性、基因-基因交互作用与HIV性暴露的易感性关系。材料与方法1.研究对象：河南某地区汉族人群中筛选54例配偶间性暴露HIV感染者作为病例和63例配偶间无保护性性暴露但HIV阴性者作为对照。2.实验室方法：rs175634.rs414171位点的多态性采用PCR-RFLP法,rs2430561位点多态性采用PCR-SSP法。χ2分析三个位点的基因型和等位基因频率在病例组和对照组中的分布差异。Logistic回归计算调整年龄、性别、文化程度和每周性生活次数后的OR值和95%的可信区间。SNPHAP2.1软件对CISH基因的两个位点进行单体型分析,χ2分析CISH两个位点的单体型在病例和对照组中分布差异,并对三个位点进行联合基因型、位点突变以及等位基因突变数量的趋势分析。结果1.CISH与IFN-γ基因多态性与HIV性暴露易感性的关系rs175634位点：与AA基因型相比,基因型AG、GG和（AG+GG）与HIV性暴露易感性无关,调整OR（95%CI）分别为1.07（0.47,2.41）、0.30（0.39,2.19）和0.79（0.36,1.73）。与等位基因A相比,等位基因G与HIV性暴露的易感性无关（OR=1.37；95%CI：0.77-2.43）。rs414171位点：与基因型AA相比,AT、TT和（AT+TT）HIV性暴露易感性无关,调整OR（95%CI）分别为1.03（0.44,2.40）、1.82（0.57,5.79）和0.92（0.41,2.06）。与等位基因A相比,等位基因T亦与HIV性暴露的易感性无关（OR=1.12；95%CI：0.64-1.96）。rs2430561位点：与基因型TT相比,基因型TA和（TA+AA）可能增加HIV性暴露的易感性,OR（95%CI）分别为2.41（1.06,5.52）和2.49（1.17,5.30）,调整OR（95%CI）分别为2.42（1.09,5.33）和2.56（1.17,5.62）。与等位基因T相比,A等位基因可能是HIV性暴露的易感等位基因（OR=2.04；95%CI：1.03-4.05）。2.CISH基因多态性的单体型分析与单体型AA相比,AT、GA、GT与HIV的性暴露易感性无关联,其OR（95%CI）分别为0.73（0.24,2.15）、1.88（0.24,16.65）和1.28（0.70,2.35）。3.CISH与IFN-γ基因联合基因型分析以联合基因型AAAATT作为参照基因型,未发现与HIV性暴露易感性相关的联合基因型。4.三个位点突变数量的趋势分析基因位点突变数量分析：以AA、AA或TT基因型作为未突变基因型的参照,没有发现位点突变数量（1、2、3）的与HIV性暴露易感性的关联,也未发现HIV性暴露的发病危险性随着位点的突变数量增加的趋势（χ2=1.75,P>0.05）。等位基因突变数量分析：以A、A或T等位基因作为零突变个数的参照,等位基因突变数量为4个时能够增加HIV感染的危险,OR值及其95%CI分别为15.00（1.31,394.98）。未发现等位基因的0、1、2、3、4和5突变个数的增加与HIV感染风险增加的趋势变化（χ2=2.88,P>0.05）。结论1.CISH基因的rs175634和rs414171位点的多态性可能与HIV性暴露易感性无关联。2.IFN-γ基因的rs2430561位点的等位基因A是HIV性暴露易感性的危险因素；TA和基因型（TA+AA）是HIV性暴露易感性的危险因素,但有待于大样本量的进一步检验。3.CISH基因的rs175634和rs414171位点的单体型预测、CISH和IFN-γ基因三个位点的联合基因型分析均未发现位点间的交互作用。4.rs175634、rs414171和rs2430561位点的突变数量的趋势分析均未发现基因间的交互作用,但当三个位点的等位基因总突变数量为4时,能够增加HIV性暴露的易感性,但有待于大样本量的进一步检验。

论文目录

• 摘要
• Abstract
• 1 前言
• 2 材料与方法
• 2.1 材料
• 2.1.1 主要试剂与生产厂家
• 2.1.2 主要仪器器材与生产厂家
• 2.1.3 常用溶液的配制
• 2.2 方法
• 2.2.1 研究对象
• 2.2.2 样本含量问题
• 2.2.3 调查方法
• 2.2.4 血细胞的DNA提取及DNA浓度和纯度测定
• 2.2.5 CISH基因和IFN-γ基因位点的选择及PCR扩增条件
• 2.2.6 基因型的判定
• 2.2.7 质量控制
• 2.2.8 数据分析
• 3 结果
• 3.1 研究对象的基本特征
• 3.2 DNA的定性和定量检验
• 3.2.1 DNA的凝胶电泳结果
• 3.2.2 DNA的纯度和浓度结果
• 3.3 基因型分布的Hardy-Weinberg平衡检验
• 3.4 基因型分型结果
• 3.4.1 凝胶电泳的结果
• 3.4.2 实验室部分质量控制的结果
• 3.5 三个位点基因多态性与HIV易感性的关系
• 3.5.1 CISH基因rs175634位点基因多态性与HIV易感性的关系
• 3.5.2 CISH基因rs414171位点基因多态性与HIV易感性的关系
• 3.5.3 IFN-γ+874（rs2430561）位点基因多态性与HIV易感性的关系
• 3.6 rs175634、rs414171和rs2430561位点的交互作用分析
• 3.6.1 rs175634和rs414171位点的单体型分析结果
• 3.6.2 联合基因型分析
• 3.6.3 三个位点突变数量的趋势分析
• 4 讨论
• 4.1 基因的单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism,SNP）
• 4.2 SNP的基因型分型技术
• 4.3 CISH基因rs175634和rs414171位点基因多态性与HIV易感性的关系
• 4.4 IFN-γ+874（rs2430561）位点基因多态性与HIV易感性关系
• 4.5 rs175634、rs414171和rs2430561位点的交互作用分析
• 4.6 本研究的优点与缺点
• 5 结论
• 参考文献
• 综述
• 参考文献
• 个人简历和硕士期间发表的论文
• 致谢