利用单倍型分析在已知QTL内鉴定小鼠性发育候选基因

论文摘要

性发育是指个体性成熟并获得生殖能力的过程,受到多种因素的影响。性发育的启动时间是性发育过程中相当关键的一个性状。该性状是一个复杂性状,在个体水平上受多种遗传和环境因素的影响。本研究之前的工作通过选择性发育起始时间差异较大的两种品系小鼠C3H/HeJ和C57BL/6作为亲本,产生F7代。通过STR, SNP位标利用特异性区段同类系的家系构建策略在小鼠X染色体上确定了一个和小鼠阴门开启相关的的Rs13483770～Rs29055848之间～1cM(物理距离1.7Mb)的区间长度QTL区段。本研究为了更进一步精细定位小鼠X染色体上与性发育相关的候选基因,针对发育较早的C3H/HeJ品系小鼠,将该QTL内的12个候选基因(Mir505, Atp11c, Gm7073, Gm7076, Gm14661, Gm14662, Gm5637, Mcf2, F9, Fgf13, Gm715, Sox3)的编码序列及其5’上游5k列进行了序列测定。利用Lasergene7.0软件分析测序结果,首先通过SNP单倍型分析手段,初步排除了2个基因(Gm14662和F9)。后又进行反方向测序验证,排除了3个无差异基因(Fgfl3, Gm5637, Mcf2)。利用之前本实验室构建的特异性区段同类系小鼠进行目的片段的重测序分析,选出4个候选基因(Mir505, Atp11c, Gm7073, Gm14661)。最后,结合本实验室表型性状差异较大的4个野老鼠品系(CM25, JS11, JS13, PD5)在以上候选基因处测序,按表型差异特点进行序列差异分析。将另外2个候选基因(Gm7073, Gm14661)逐一排除。此时,该区段内与小鼠性发育启动时间相关的候选基因被锁定于Atp11c和Mir505。本研究的结果初步确定了2个性发育启动基因,为今后其相关机制的研究打下了良好的基础。同时也有助于性发育启动相关通路调节的研究。所有这些工作均有助于帮助我们理解性发育复杂性状的整个生理过程和调控机制。

论文目录

• 摘要
• ABSTRACT
• 1 引言
• 1.1 性发育研究
• 1.1.1 性发育相关基因的研究进展
• 1.1.2 性发育启动的调控因素
• 1.1.3 小鼠性发育启动的性状鉴定指标
• 1.2 立题背景
• 1.2.1 利用单倍型分析进行研究
• 1.2.2 近交系小鼠与复杂性状的研究
• 1.2.3 近交系小鼠QTL的定位克隆策略
• 1.3 研究思路
• 1.4 研究意义
• 1.4.1 阐明性发育启动的调控机制
• 1.4.2 为性发育相关疾病研究提供理论支持
• 1.4.3 为复杂性状相关基因研究探索新方法、新理论
• 2 材料与方法
• 2.1 实验材料
• 2.1.1 实验小鼠样本
• 2.1.2 实验仪器及试剂
• 2.2 实验方法
• 2.2.1 小鼠饲养
• 2.2.2 小鼠全基因组DNA抽提
• 2.2.3 待测序列PCR扩增与检测
• 2.2.4 PCR产物测序
• 2.2.5 数据分析
• 3 结果分析
• 3.1 DNA提取结果
• 3.1.1 基因组DNA抽提结果
• 3.1.2 PCR扩增产物电泳结果
• 3.1.3 测序结果
• 3.1.4 SNP数据结果
• 3.2 调控元件与转录因子预测
• 3.3 数据分析
• 4 讨论
• 4.1 大规模POCR反应策略
• 4.2 重测序手段的应用
• 4.3 单倍型分析方法
• 4.4 SNP数据讨论
• 4.5 候选基因的意义
• 5 结论和展望
• 参考文献
• 课题来源
• 攻读硕士学位期间发表学术论文目录
• 致谢