广西杂草双生病毒的分子鉴定

论文题目: 广西杂草双生病毒的分子鉴定

论文类型: 博士论文

论文专业: 植物病理学

作者: 黄家风

导师: 周雪平

关键词: 双生病毒,杂草,基因组,重组

文献来源: 浙江大学

发表年度: 2005

论文摘要: 双生病毒是植物病毒中唯一的一类具有孪生颗粒形态的单链环状DNA病毒,已在多种重要经济作物上引起危害。我国已从云南、广西等地的烟草、番茄和番木瓜等作物上相继发现了多种双生病毒,并对其基因组结构及变异进行了深入研究。杂草因其种类多、分布广、具有很强的环境适应性,是双生病毒重要的原始寄主或中间寄主,因此对双生病毒的传播扩散、重组变异及进化有极其重要的作用。为了弄清杂草上双生病毒的发生与分布,我们从广西地区杂草上采集了双生病毒样品并对病毒进行了分子检测与鉴定。从5种常见杂草上采集了28株表现典型病毒症状的样本,用双生病毒的简并引物PA和PB进行了PCR检测,将扩增到的约500 bp的片段经过克隆和序列测定表明,22个样本为粉虱传双生病毒,序列比较发现这些病毒分离物至少有5种病毒类型。因此从每种病毒类型中选取代表,共对8个分离物的基因组结构进行了研究。对草龙上的病毒分离物G37和G38的基因组进行全序列测定,G37和G38DNA-A全长分别为2758和2745个核苷酸(nts);序列比较表明,G37与台湾胜红蓟黄脉病毒(AYVTV)的相似性最高,为73%;G38与中国胜红蓟黄脉病毒(AYVCNV)的相似性最高,为65%。根据双生病毒分类原则,G37和G38是Begomovirus的两个新种,将G37命名为草龙黄脉病毒(iudwigia yellow vein virus,LuYVV),G38命名为中国草龙黄脉病毒(Ludwigiayellow vein China virus,LuYVCNV)。用DNAp的特异性引物beta01和beta02进行DNAO分子的PCR检测,发现LuYVV伴随有卫星DNAp分子,其分子大小为1347 nts,与其它病毒的DNAβ的相似性较低,仅为32.4-50.2%。对胜红蓟上的分离物G47、G52和G68的基因组进行了测序,G52和G68DNA-A全长分别是2735、2740 nts,G47部分DNA-A序列是1743 nts;序列比较表明,G47和G68分别与中国番木瓜曲叶病毒(PaLCuCNV)和中国胜红蓟黄脉病毒(AYVCNV)的相似性最高,分别为99%和98.1%,因此,G47为PaLCuCNV的分离物,G68为AYVCNV的分离物。G52 DNA-A与AYVCNV的相似性最高,为85%,因此G52是Begomovirus的一个新种,将G52命名为胜

论文目录:

致谢

摘要

Abstract

病毒缩写与中英文对照

第一章文献综述

1.1 双生病毒的分类及其基因组结构

1.1.1 玉米线条病毒属(Mastrevirus)

1.1.2 甜菜曲顶病毒属(Curtovirus)

1.1.3 番茄伪曲顶病毒属(Topocuvirus)

1.1.4 菜豆金色花叶病毒属(Begomovirus)

1.2 与begomoviruses伴随的小分子DNA

1.2.1 DNA1分子及其特征

1.2.2 DNAβ分子及其特征

1.2.3 缺陷型小分子DNA和重组DNA分子

1.3 begomovirus与小分子形成的病害复合体

1.4 双生病毒的侵染过程

1.4.1 双生病毒的复制

1.4.1.1 滚环复制(RCR)

1.4.1.2 DNAβ分子的复制

1.4.2 双生病毒的转录

1.4.3 双生病毒的移动

1.4.3.1 双组分双生病毒的移动

1.4.3.2 单组分双生病毒的移动

1.4.4 双生病毒的包壳和传毒

1.5 双生病毒致病机理的研究进展

1.5.1 复制相关蛋白(Rep)在致病中的作用

1.5.2 AC2蛋白在致病中的作用

1.5.3 AC3(REn)蛋白在致病中的作用

1.5.4 AC4蛋白在致病中的作用

1.5.5 BV1(NSP)和BC1(MP)蛋白在致病中的作用

1.5.6 βC1蛋白在致病中的作用

1.6 双生病毒的变异与进化

1.6.1 双生病毒的变异

1.6.2 双生病毒的进化

1.7 有关双生病毒的应用研究

1.7.1 双生病毒作为植物外源基因表达载体系统的应用

1.7.2 双生病毒作为基因沉默载体在植物功能基因组研究中的应用

1.8 双生病毒的危害及其经济重要性

1.9 侵染杂草的双生病毒的研究进展

1.10 立题依据

第二章材料与方法

2.1 材料

2.1.1 病毒分离物

2.1.2 菌株和质粒

2.1.3 常用生化试剂及仪器

2.1.4 常用缓冲液的配制

2.2 方法

2.2.1 植物总DNA提取(CTAB法)

2.2.2 总DNA的少量纯化

2.2.3 PCR反应

2.2.4 PCR产物的纯化

2.2.5 DNA克隆技术

2.2.6 重组质粒的鉴定

2.2.7 核苷酸序列测定与分析

2.2.8 Southern印迹分析

第三章广西杂草上粉虱传双生病毒的快速检测

3.1 材料与方法

3.1.1 病毒分离物

3.1.2 植物总DNA提取和少量纯化

3.1.3 PCR扩增

3.1.4 PCR产物的纯化

3.1.5 序列分析

3.2 结果与分析

3.3 讨论

第四章侵染草龙的双生病毒的分子鉴定

4.1 材料与方法

4.1.1 病毒分离物

4.1.2 植物总DNA提取和少量纯化

4.1.3 DNA-A全长基因组的克隆和序列测定

4.1.4 DNA-B组分的检测

4.1.5 DNAβ全长基因组的克隆和序列测定

4.1.6 DNAβ分子的Southern印迹检测

4.1.7 序列分析

4.2 结果与分析

4.2.1 病毒基因组DNA-A的结构

4.2.2 病毒基因组DNA-A与其它双生病毒的比较

4.2.3 与其它双生病毒的分子进化分析

4.2.4 DNA-B组分的检测

4.2.5 卫星DNAB分子的检测及结构特征

4.3 讨论

第五章侵染胜红蓟的双生病毒的分子鉴定

5.1 材料与方法

5.1.1 病毒分离物

5.1.2 植物总DNA提取和少量纯化

5.1.3 DNA-A全长基因组的克隆和序列测定

5.1.4 DNA-B组分的检测

5.1.5 DNAβ全长基因组的克隆和序列测定

5.1.6 DNAβ分子的Southern印迹检测

5.2 结果与分析

5.2.1 病毒基因组DNA-A的结构

5.2.2 病毒基因组DNA-A与其它双生病毒的比较

5.2.3 G52是重组病毒的分析

5.2.4 DNA-B组分的检测

5.2.5 与病毒伴随的卫星DNAβ分子的鉴定及结构特征

5.2.6 胜红蓟上存在两种双生病毒的复合侵染

5.3 讨论

第六章侵染千里光的双生病毒的分子鉴定

6.1 材料与方法

6.1.1 病毒分离物

6.1.2 植物总DNA提取和少量纯化

6.1.3 DNA-A全长基因组的克隆和序列测定

6.1.4 序列分析

6.2 结果与分析

6.2.1 病毒基因组DNA-A的结构

6.2.2 病毒基因组DNA-A与其它双生病毒的比较

6.2.3 与其它双生病毒的分子进化分析

6.3 讨论

第七章侵染赛葵的双生病毒的分子鉴定

7.1 材料与方法

7.1.1 病毒分离物

7.1.2 植物总DNA提取和少量纯化

7.1.3 DNA-A全长基因组的克隆和序列测定

7.1.4 DNAβ分子的检测

7.1.5 序列分析

7.2 结果与分析

7.2.1 病毒基因组DNA-A的结构

7.2.2 病毒基因组DNA-A与其它双生病毒的比较

7.2.3 与病毒伴随的缺陷型DNAβ分子的鉴定及结构特征

7.3 讨论

第八章侵染田麻的双生病毒的分子鉴定

8.1 材料与方法

8.1.1 病毒分离物

8.1.2 植物总DNA提取和少量纯化

8.1.3 DNA-A全长基因组的克隆和序列测定

8.1.4 序列分析

8.2 结果与分析

8.2.1 病毒基因组DNA-A的结构

8.2.2 G43 DNA-A与其它双生病毒的相似性比较

8.3 讨论

全文小结

参考文献

附录A：常用化学试剂、分子生物学试剂及仪器

附录B：常用缓冲液及培养基配方

附录C：EMBL登录基因

发布时间: 2005-07-22

参考文献

[1].福建省begomoviruses的检测和分子生物学研究[D]. Muhammad Arif.福建农林大学2018
[2].双生病毒及伴随卫星DNA之间的互作[D]. 青玲.浙江大学2005
[3].云南杂草双生病毒的分子鉴定[D]. 江彤.浙江大学2005
[4].云南番茄双生病毒鉴定及烟草曲茎病毒致病分子机理研究[D]. 李正和.浙江大学2005
[5].海南杂草双生病毒的分子鉴定及病毒致病性研究[D]. 熊庆.浙江大学2005
[6].双生病毒卫星DNA的βC1基因缺失突变体的致病性及稳定性测定和缺失突变体的利用[D]. 钱亚娟.浙江大学2005
[7].四种双生病毒的分子鉴定[D]. 郭小建.浙江大学2006
[8].广西双生病毒的分子鉴定[D]. 徐幼平.浙江大学2006
[9].三种双生病毒及其伴随卫星DNA的致病性研究[D]. 郭维.浙江大学2008
[10].我国五种双生病毒的分子鉴定及致病性研究[D]. 吴剑丙.浙江大学2008

广西杂草双生病毒的分子鉴定

猜你喜欢