论文题目: 鸡肉IMP含量相关候选基因SNP筛查及其用于地方鸡种群体遗传结构分析的研究
论文类型: 博士论文
论文专业: 动物遗传育种与繁殖
作者: 季从亮
导师: 陈国宏,张学余
关键词: 肌苷酸,候选基因,单核苷酸多态性,微卫星标记,群体结构
文献来源: 扬州大学
发表年度: 2005
论文摘要: 肌苷酸是影响肉品风味的重要物质基础之一。本研究以鸡肌苷酸合成代谢相关酶中的腺苷琥珀酸裂解酶(ADSL)基因、甘氨酰胺核苷酸合成酶(GARS)、5-氨基咪唑核苷酸合成酶(AIRS)和甘氨酰胺核苷酸转甲基酶(GART)基因为候选基因,在泰和乌骨鸡、萧山鸡、白耳鸡、藏鸡等4个地方鸡种以及1个外来鸡种一隐性白羽肉鸡群体中对鸡ADSL、GARS-AIRS-GART基因进行单核苷酸多态性(SNP)扫描并分析其与地方鸡种肌肉肌苷酸含量之间的关系:同时分别利用29对微卫星引物以及在两个候选基因ADSL、GARS-AIRS-GART中所检测到的15个SNP位点对我国的4个地方鸡种的群体遗传结构及遗传分化进行评估,主要结果如下: 1.以泰和乌骨鸡、萧山鸡、白耳鸡、藏鸡等4个地方鸡种与1个外来鸡种隐性白羽肉鸡12周龄母鸡为研究对象,比较了在相同的饲养管理条件下,不同品种鸡肌肉肌苷酸含量,发现了在不同鸡种的肌苷酸含量之间存在着显著差异(P<0.05),进一步证实了鸡肌肉肌苷酸含量受遗传因素的影响显著,这为进一步从分子水平探讨我国地方鸡种特异鲜味机理的研究奠定了基础,对于从育种角度开发利用地方鸡种资源也具有重要意义。 2.以鸡IMP合成代谢过程中的腺苷琥珀酸裂解酶(ADSL)基因为候选基因,采用PcR一ssCP结合序列测定的方法,在泰和乌骨鸡、萧山鸡、白耳鸡、藏鸡及隐性白羽肉鸡群体中对该基因的所有外显子与内含子的部分区域进行SNP扫描:(l)共检测出多态位点5个,分别为外显子2中的3484处C/T,内含子5中7426处的T/C,内含子6中7942处的G/C,外显子9中9839处的C/A以及内含子11中12546处的T/C。5个SNP位点分别命名为ADSLI、ADSLZ、ADSL3、ADSL4、ADSLS;(2)ADSL4位点的C~A突变为错义突变,导致对应的氨基酸序列的第273位氨基酸发生变异:脯氨酸(Pro)一苏氨酸(Thr),尽管该位点的基因型分布在不同鸡种间存在显著差异,但进一步的方差分析结果表明,该位点与胸肌肌昔酸含量之间并不存在关联;(3)其它4个SNP位点在5个鸡种中的基因型分布也存在显著差异,但仅ADSLI位点显示出与胸肌肌营酸含量之间存在着显著相关,其TT型(突变型)个体的肌普酸含量极显著地高于另外CT型与CC型个体(P<0.01),初步认为该位点可以作为肌肉IMP含量的辅助选择标记。3.以鸡IMP合成代谢过程中的甘氨酞胺核昔酸合成酶(GARS)一5一氨基咪吟核普酸合成酶(AIRS)一甘氨酞胺核昔酸转甲基酶(GART)基因为候选基因,采用PCR一SSCP结合序列测定的方法在泰和乌骨鸡、萧山鸡、白耳鸡、藏鸡等4个地方鸡种以及1个外来鸡种一隐性白羽肉鸡对该基因的5’侧翼序列的263bP的片段、所包含的21个外显子以及外显子/内含子的结合区域进行SNP扫描:(l)共检测出多态位点10个,分别为5’侧翼序列中的一179处的c/T,外显子3中的5669处的A/G,外显子4中6545处的C/A,内含子4中7777处的A/G,内含子6中10854处的G/T、10867处的e/T、10898处的G/A,内含子11中16297处的A/G,内含子14中21228处的C/T,外显子21中29686处的c/T。其中外显子4中的6545处的c~A突变导致对应的氨基酸序列中的第173位氨基酸发生变异:天冬氨酸( Asp)一谷氨酸(Glu);10个SNP位点依次命名为:GARSI、GARSZ、GARS3、GARS4、GARSS、GARS6、GARS7、GARSS、GARSg、GARS 10;(2)10个SN’P位点在不同的鸡种中的基因型分布差异显著(P<0.05),进一步的方差分析显示,GASRI位点以及GARS3位点与肌肉肌昔酸含量之间存在着显著的关联;(3)在所检测的5个群体中GARsl位
论文目录:
中文摘要
ABSTRACT
第一章 文献综述
1 风味物质
2 肌苷酸作为风味物质研究进展
2．1 肌苷酸的风味特性
2．2 影响肌肉肌苷酸含量的因素
2．3 鸡肌肉肌苷酸含量的遗传力
2．4 肌苷酸的合成代谢
2．5 肌苷酸合成酶系基因的研究概况
3候选基因法在畜禽遗传育种中的应用
3．1 候选基因与表型性状间的连锁分析
3．2 连锁关系的验证
3．3 候选基因法用于鸡肉品质性状的研究
4 利用分子标记评估群体遗传结构及遗传分化
4．1 线粒体DNA
4．2 基因组DNA
5 本研究目的意义
第二章 不同鸡种肌肉肌苷酸含量的比较研究
1 引言
2 材料与方法
2．1 实验动物
2．2 实验方法
2．3 统计分析
3 结果与分析
3．1 不同鸡种母鸡胸肌肌苷酸含量的比较
3．2 地方鸡种肌肉肌苷酸含量与体重的相关性
4 讨论
4．1 不同鸡种胸肌肌苷酸含量的比较
4．2 肌肉肌苷酸含量与体重相关性分析
第三章 鸡ADSL基因的单核苷酸多态性及其与肌肉IMP含量的关联分析
1 引言
2 材料与方法
2．1 实验动物
2．2 主要溶液的配制
2．3 引物设计合成
2．4 主要实验步骤
3 相关软件与统计方法
3．1 相关软件
3．2 统计方法
4 结果与分析
4．1 ADSL基因SNP筛查结果
4．2 ADSL基因各SNP位点在5个鸡群体中的基因频率和基因型分布
4．3 ADSL基因与12周龄母鸡胸肌肌苷酸含量的关联分析
5 讨论
5．1 鸡肉IMP含量相关候选基因的研究
5．2 ADSL基因外显子9的C9839A突变
5．3 鸡ADSL基因的ADSL1位点与肌肉肌苷酸含量的关系
5．4 关于ADSL基因5’侧翼序列的研究
第四章 鸡GARS-AIRS-GART基因的单核苷酸多态性及其与肌肉IMP含量的关联分析
1 引言
2 材料与方法
3 结果与分析
3．1 GARS-AIRS-GART基因SNP筛查结果
3．2 GARS-AIRS-GART基因各SNP位点在五个鸡群体中的基因频率和基因型分布
3．3 GARS-AIRS-GART基因与12周龄鸡胸肌肌苷酸含量的关联分析
4 讨论
4．1 鸡GARS-AIRS-GART基因单核苷酸多态性
4．2 鸡GARS-AIRS-GART基因的单核苷酸多态性与肌肉肌苷酸含量的关系
第五章 利用SNP标记、微卫星标记分析4个地方鸡种群体遗传结构及遗传分化
1 前言
2 资料来源
3 统计分析
3．1 四个群体15个SNP位点基因频率的抽样估计
3．2 群体间的遗传分化及遗传距离
3．3 品种聚类
4 结果与分析
4．1 各SNP位点基因频率估计值的方差及可靠性
4．2 群体间的遗传分化
4．3 四个鸡种群体间的亲缘关系
5 讨论
5．1 由微卫星数据推断的4个地方鸡种群体遗传分化与遗传结构
5．2 由SNP数据推断的推断的4个地方鸡种群体遗传结构
5．3 两类型标记用于群体遗传结构分析之比较
全文结论
参考文献
缩略词表
致谢
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发布时间: 2005-07-15
参考文献
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