猪UCP3基因多态性与生长性状相关性的研究

论文摘要

本研究以UCP3基因作为控制猪生长性状的候选基因,在5个品种(宁乡猪、大围子猪、杜洛克、长白、大白猪)中,采用错配PCR和聚合酶链式反应—限制性片段长度多态性(PCR—RFLP)对UCP3基因3′端非翻译区四个不同变异位点进行了基因分型,分析了各位点的基因频率与基因型频率,分析了各基因型对杜洛克、长白、大白猪生长性状的影响,并研究了错配PCR检测SNP的准确性问题,得出如下结论: 1 23bp处的SNP在宁乡猪、大围子猪中只有CC型一种基因型;在长白猪中只有AA型一种基因型:在杜洛克、大白猪中,有AA、AC、CC三种基因型,等位基因A的频率分别为0.7011、0.8349,等位基因A是优势基因。该位点的变异对UCP3基因的功能不产生显著影响,对杜洛克和大白猪的生长性状不产生显著影响。 2 207bp处Tag Ⅰ酶切位点的变异在杜洛克猪中只有TT型一种基因型;在宁乡猪、大围子猪、长白猪、大白猪中有TT、Tt、tt三种基因型;在长白猪和杜洛克猪中,等位基因T为优势基因,其基因频率分别为0.795和1,而在宁乡猪、大围子猪和大白猪中,等位基因T和t的频率比较接近。该酶切位点的变异对长白和大白猪的生长性状不产生显著影响。 3 428bp处Ec088 Ⅰ酶切位点的变异在宁乡猪、大围子猪、长白、杜洛克、大白猪中都有EE、Ee、ee三种基因型分布;宁乡猪、大围子猪和杜洛克猪三品种间的基因型分布差异不显著(p>0.05),但它们的基因型分布与长白猪的基因型分布差异极为显著(p<0.01);只有杜洛克猪的等位基因E的频率略小于等位基因e的频率,在其余四品种中,都是等位基因E的频率大于等位基因e的频率。在外来品种中EE基因型个体的背膘厚显著低于ee型个体的背膘厚;EE基因型个体的生长性能指数显著高于ee型个体的生长性能指数,选择EE型能降低背膘厚,提高生长性能指数。 4 430bp处Bsh1236 Ⅰ酶切位点的变异在宁乡猪、大围子猪、长白、杜洛克、大白猪中,都有BB、Bb、b6三种基因型分布。在各品种中等位基因b都是优势基因。bb基因型的背膘厚显著低于BB型的背膘厚;bb基因型的生长性能指数

论文目录

• 第一部分 前言
• 1 猪线粒体解耦联蛋白基因研究进展
• 1.1 UCP家族的蛋白质结构和基因结构
• 1.2 UCP基因的生物学功能
• 1.2.1 介导适应性产热
• 1.2.2 调节脂肪酸的氧化分解
• 1.2.3UCP控制ROS的产生
• 1.2.4 UCP基因与肥胖
• 1.3 UCP基因多态性研究
• 1.3.1 UCP1基因多态性研究
• 1.3.2 UCP2基因多态性研究
• 1.3.3 UCP3基因多态性研究
• 2 研究目的和意义
• 第二部分 技术路线和实验方法优化
• 1 目标DNA片段的序列情况介绍
• 2 进行SNP基因分型的限制性内切酶的查找
• 3 引物设计方式
• 4 各位点基因型命名
• 4.1 23bp处SNP的错配PCR分型
• 4.2 207bp处Taq Ⅰ酶切基因型
• 4.3 428bp处Eco88 Ⅰ酶切基因型
• 4.4 430bp处Bsh1236 Ⅰ酶切基因型
• 5 提高错配PCR对SNP基因分型准确性的方法探索
• 6 技术路线
• 第三部分 材料与方法
• 1 材料
• 1.1 试验用猪及耳样
• 1.2 主要仪器和设备
• 1.3 主要药品和试剂
• 1.4 试剂配制
• 1.5 PCR扩增引物
• 2 实验方法
• 2.1 猪基因组DNA的提取
• 2.2 基因组DNA的浓度测定和质量检测
• 2.3 错配PCR扩增
• A和R扩增'>2.4 引物F_A和R扩增
• 2.5 PCR产物检测
• 2.6 扩增产物的酶切
• 2.7 琼脂糖凝胶凝胶电泳
• 2.8 基因型分析
• 2.9 统计分析方法
• 第四部分 结果与分析
• 1 基因多态性及基因型频率与基因频率
• 1.1 23bp处SNP基因多态性及基因型频率与基因频率
• 1.1.1 错配PCR对23bp处SNP基因型的检测
• 1.1.2 各群体基因型分布与基因频率
• 1.2 207bp处Taq Ⅰ酶切多态性及基因型频率与基因频率
• 1.2.1 Taq Ⅰ的酶切结果
• 1.2.2 各群体基因型分布与基因频率
• 1.3 428bp处Eco88 Ⅰ酶切多态性及基因型频率与基因频率
• 1.3.1 Eco88 Ⅰ的酶切结果
• 1.3.2 各群体基因型分布与基因频率
• 1.4 430bp处Bsh1236 Ⅰ酶切多态性及基因型频率与基因频率
• 1.4.1 Bsh1236 Ⅰ的酶切结果
• 1.4.2 各群体基因型分布与基因频率
• 2 各基因型对杜洛克、长白、大白猪生长性状的影响
• 2.1 23bp处SNP的各基因型对杜洛克、大白猪生长性状的影响
• 2.2 Taq Ⅰ酶切多态性对长白和大白猪生长性状的影响
• 2.3 Eco88 Ⅰ酶切多态性对杜洛克、长白、大白猪生长性状的影响
• 2.4 Bsh1236 Ⅰ酶切多态性对长白、杜洛克、大白猪生长性状的影响
• 2.5 Eco88 Ⅰ和Bsh1236 Ⅰ合并基因型对杜洛克、大白猪生长性状的影响
• 第五部分 讨论
• 1 关于错配PCR方法的改进及技术路线的优化
• 1.1 关于错配PCR方法的改进
• 1.2 关于技术路线的优化
• 2 关于各变异位点基因型频率与基因频率
• 3 关于UCP3基因各变异位点与经济性状的关系
• 3.1 23bp处SNP和Taq Ⅰ酶切多态性与经济性状的关系
• 3.2 Eco88 Ⅰ和Bsh1236 Ⅰ酶切多态性与经济性状的关系
• 3.3 Eco88 Ⅰ和Bsh1236 Ⅰ合并基因型与经济性状的关系
• 4 关于UCP3基因用于标记辅助选择的可行性
• 参考文献
• 致谢
• 作者简历