川西高海拔地区黄芪（Astragalus.spp）根瘤菌多样性研究

论文摘要

从位于甘孜州两个不同海拔地区的黄花黄芪（dstragalus gilviflorus）和梭果黄芪（Astragalus stii comb）根瘤中分离得到33株根瘤菌，在对其进行回接实验后，采用数值分类和不同的分子生物学方法对这些菌株进行了表型和遗传多样性的研究，结果表明：根据数值分类的结果，这33株黄芪根瘤菌株的表型多样性明显，均属于快生型根瘤菌。在65％的相似水平上被分为两个大群。与参比菌株比较，黄芪根瘤菌株的抗逆性不好，主要表现为对抗生素的耐性和对不同极端PH条件的生长活力。根据AFLP和BOX-PCR技术分析所得到的聚类图，分别将所有供试菌株在70％和68％的相似水平上分为9个群和5个群，黄芪根瘤菌株遗传多样性丰富并属于Rhizobiaceae科分支，但是均不同于Rhizobiaceae科中的已知种，102F28，USDA1002，USDA1037，USDA205，166，NZP2234，IAM13129。与数值分类结果一致的是AFLP和BOX-PCR技术分析所得到的聚类图并未将采自于两个不同海拔地区的黄芪根瘤菌株区分开。16SrDNA-RFLP酶切图谱的不同组合表明：黄芪根瘤菌株酶切图谱包含了9种不同的基因型，与Rhizobiaceae科下三个属Rhizobium，Sinorhizobium，Agrobacterium的基因型较为接近。其中参比菌株USDA2370和USDA1002，102F28，USDA4102的基因型与部分黄芪根瘤菌株完全一致。表明：从系统发育关系的角度上来说，该地区黄芪根瘤菌与快生型根瘤菌非常接近。然而，由于16SrDNA在同一个根瘤菌基因组中存在着不同的16SrDNA拷贝；转化和重组的现象，所以还应对该地区黄芪根瘤菌中心菌株的垂直同源基因进行分析并最终确定其系统发育地位。

论文目录

• 摘要
• Abstract
• 1.文献综述
• 1.1 前言
• 1.2 根瘤菌多样性研究进展
• 1.2.1 表型多样性研究
• 1.2.2 遗传多样性
• 1.3 根瘤菌的最新分类系统
• 1.3.1 Rhizobium
• 1.3.2 Sinorhizobium
• 1.3.3 Mesorhizobium
• 1.3.4 Azorhizobium
• 1.3.5 Allorhizobium
• 1.3.6 Bradyrhizobium
• 1.3.7 Methylobacterium
• 1.3.8 Burkholderia
• 1.3.9 Rolstonia
• 1.3.10 Devosia
• 2.本研究的目的与意义
• 3.实验材料与方法
• 3.1 样品采集、分离纯化、回接
• 3.2 数值分类
• 3.2.1 唯一碳源利用
• 3.2.2 唯一氮源的利用
• 3.2.3 耐盐性测定
• 3.2.4 耐酸碱测定
• 3.2.5 生长温度范围测定
• 3.2.6 过氧化氢酶试验
• 3.2.7 脲酶测定
• 3.2.8 L-苯丙氨酸脱氨酶测定
• 3.2.9 氧化酶测定
• 3.2.10 BTB产酸产碱反应
• 3.2.11 肉汤生长试验
• 3.2.12 对抗生素的抗性测定
• 3.3 BOX-PCR
• 3.3.1 DNA的提取
• 3.3.2 引物
• 3.3.3 BOXAIR反应体系
• 3.3.4 BOX-PCR扩增程序:
• 3.3.5 BOXAIR-PCR扩增产物的电泳分析
• 3.4 AFLP指纹图谱分析
• 3.4.1 引物和接头
• 3.4.2 PCR模板DNA的制备
• 3.4.3 选择性扩增
• 3.4.4 聚丙烯酰胺凝胶电泳
• 3.5 16SrDNA PCR-RFLP酶切图谱分析
• 3.5.1 PCR扩增引物
• 3.5.2 PCR反应体系组成
• 3.5.3 PCR扩增
• 3.5.4 RFLP分析
• 4.实验结果处理
• 4.1 数值分类
• 4.1.1 性状编码
• 4.1.2 相似性计算
• 4.1.3 聚类方法
• 4.2 BOXAIR-PCR,AFLP指纹分析和16S rDNA PCR-RFLP酶切图谱分析
• 5.结果与分析
• 5.1 数值分类
• 5.2 遗传多样性分析
• 5.2.1 AFLP分析
• 5.2.2 BOX-PCR
• 5.2.3 16SrDNA PCR-RFLP酶切图谱分析
• 6.讨论与结论
• 6.1 川西高海拔地区黄芪根瘤菌的表型多样性
• 6.2 川西高海拔地区黄芪根瘤菌的遗传多样性
• 6.3 结论
• 6.4 对于进一步研究的建议
• 参考文献
• 致谢
• 论文发表