论文题目: 鳅超科鱼类分子系统发育研究
论文类型: 博士论文
论文专业: 水产养殖
作者: 唐琼英
导师: 熊邦喜,刘焕章,杨秀平
关键词: 鳅超科,鳅类,线粒体细胞色素基因,控制区,分子系统发育,生物地理,分支事件,特征分化
文献来源: 华中农业大学
发表年度: 2005
论文摘要: 鳅超科(Cobitoidea)是鲤形目(Cypriniformes)鱼类的重要组成部分。鳅超科中的鳅科(Cobitidae)和平鳍鳅科(Balitoridae)鱼类统称鳅类(Loach),二者间以及二者和鲤科(Cyprinidae)鱼类间的系统发育关系至今仍存在较大争议。中国是鳅类种类最为丰富的国家,有很多属、种为我国特有。鳅类是较为复杂的类群。目前,有关鳅类系统发育关系的报道较少,这就使鳅类的生物地理学过程研究变得较为困难。鳅类的分类及系统发育研究也直接影响到鲤形目鱼类的分类和系统发育研究。有关鳅超科鱼类系统发育的报道也较少,尤其从分子水平上来研究鳅超科鱼类系统发育关系目前还未见报道。因此,本研究采用鳅超科鱼类的线粒体细胞色素b基因(cyt b)和控制区(d-loop)序列作为分子标记,对鳅超科鱼类的分子系统发育关系进行研究,并依据得到的系统发育关系,推测鳅超科鱼类主要分支事件的发生和部分形态特征的演化。本研究得到如下主要结果: 1.选择了鳅超科鱼类共93尾标本,代表67个种,并以鲤科鱼类的鲤鱼(Cyprinus carpio)和斑马鱼(Danio rerio)作为外类群,测定了线粒体cyt b基因和控制区序列,比较了这两个序列在碱基组成和进化速率上的差异情况。结果表明,所有个体的cytb基因全长为1140bp,平均核苷酸组成为:A=28.1%,T=28.7%,C=28.2%,G=15.0%。转换数(Ti)明显大于颠换数(Tv),其平均Ti/Tv的值为2.093。控制区序列长度变异为834 bp到944 bp,有许多插入缺失存在于序列中。序列的平均碱基组成为:A=34.5%,T=31.9%,C=19.8%,G=13.8%。与cyt b基因的平均碱基组成相比,控制区表现出了强烈的A和T含量的偏倚。其平均Ti/Tv的值为1.096。进化速率的比较结果显示,总体上控制区的变异大于cyt b基因的变异(d-loop/cytb=1.83)。但是,若只考虑亲缘关系较近的类元之间的变异,即当cyt b的变异小于0.10的情况下,则控制区的变异小于cyt b基因的变异(d-loop/cyt b=0.78)。部分同质性检验显示研究中所用的两个序列片段间不存在显著差异(P=0.07>0.01),因此采用这两个片段的组合数据,通过最大简约法(MP)、邻接法(NJ)和贝叶斯法(BI)来重建鳅超科鱼类的分子系统发育关系。三种方法分析得到的系统树拓扑结构基本一致。鳅超科鱼类的
论文目录:
摘要
Abstract
第一章 文献综述
1 系统发育系统学
1．1 系统发育系统学的概念和基本原理
1．2 与系统发育系统学相关的概念
1．3 系统发育系统学的发展
1．4 系统发育系统学中性状的选取和极化
1．4．1 性状的选取
1．4．2 性状的极化
2 分子进化
2．1 分子进化的研究领域及分子进化的动力
2．2 分子数据对系统发育研究的影响
3 分子系统学
3．1 分子标记的选择
3．2 分子系统发育的推断方法
3．3 系统树的统计检验
3．4 分子系统发育的分析软件
4 鳅超科鱼类的分类及系统发育研究进展
4．1 鳅超科的系统位置及类群划分的研究
4．2 鳅超科中鳅科和平鳍鳅科的研究历史
4．3 鳅科及平鳍鳅科亚群的系统学研究
4．3．1 沙鳅亚科
4．3．2 花鳅亚科
4．3．3 条鳅亚科及平鳍鳅科
5 本研究的目的意义
第二章 鳅超科鱼类线粒体细胞色素b基因和控制区序列进化研究及其系统发育意义
1 材料与方法
1．1 实验所用标本
1．2 实验器材
1．3 研究方法
1．3．1 基因组 DNA的提取
1．3．2 PCR扩增
1．3．3 PCR产物回收
1．3．4 基因测序
1．4 数据分析方法
2 结果
2．1 序列变异情况
2．2 序列变异与目前鳅超科鱼类分类之间的关系
2．3 鳅超科鱼类系统发育关系的分析
3 讨论
3．1 控制区序列的进化机制
3．2 线粒体 DNA cyt b基因和控制区序列的系统发育意义
3．3 鳅超科的系统分类
3．4 鳅类各类群内部的系统发育关系
第三章 基于线粒体cyt b基因的沙鳅科鱼类系统发育关系分析
1 材料和方法
1．1 研究材料
1．2 基因组 DNA的提取、PCR扩增
1．3 PCR产物的纯化和测序
1．4 数据处理及分析
2 结果
2．1 沙鳅科cyt b基因序列的变异
2．2 系统发育分析
3 讨论
3．1 沙鳅鱼类的单系性
3．2 沙鳅科内属的有效性
3．3 沙鳅科内属间系统发育关系
3．4 下一步的研究
第四章 沙鳅科鱼类控制区序列结构分析及其系统发育意义
1 材料和方法
1．1 研究材料
1．2 基因组 DNA的提取、PCR扩增
1．3 PCR产物的纯化和测序
1．4 数据处理及分析
2 结果
2．1 沙鳅科鱼类线粒体DNA控制区序列及变异
2．2 终止序列区(ETAS)
2．3 中央保守区(CD)
2．4 保守序列区(CSB)
2．5 系统发育关系分析
3 讨论
3．1 沙鳅科控制区特点及用于系统发育研究的可行性
3．2 沙鳅科的系统发育关系
第五章 花鳅科鱼类系统发育研究及花鳅属生物地理学初探
1 材料和方法
1．1 研究材料
1．2 基因组 DNA的提取、PCR扩增
1．3 PCR产物的纯化和测序
1．4 数据处理及分析
2 结果
2．1 花鳅科鱼类cyt b基因序列的变异
2．2 分子系统发育关系
3 讨论
3．1 花鳅属的单系性及类群划分
3．2 花鳅科的系统发育关系
3．3 花鳅属鱼类的生物地理学过程
第六章 鳅超科鱼类主要类群的演化过程及形态特征的分化
1 材料与方法
2 结果与讨论
2．1 鳅超科鱼类主要类群的分化时间
2．2 鳅超科鱼类形态特征的分化及生态适应
参考文献
致谢
附录
发布时间: 2005-12-05
参考文献
- [1].鱊亚科鱼类分类整理及分子系统发育研究[D]. 杨晴.华中农业大学2010
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- [4].青海湖及其邻近水系特有裂腹鱼类的分子系统发育及系统地理学[D]. 赵凯.西北农林科技大学2005
- [5].长江流域几种重要鱼类的分子标记筛选开发及群体遗传分析[D]. 廖小林.中国科学院研究生院（水生生物研究所）2006
- [6].中国鲚鱼的形态变异、遗传多样性及系统发育研究[D]. 程起群.复旦大学2005
- [7].我国鳅属及其邻近属鱼类的分类学整理和分子进化[D]. 陈咏霞.中国科学院研究生院（水生生物研究所）2007
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