基于MBD2b蛋白的甲基化DNA检测技术研究

论文摘要

本研究建立了一套甲基化结合蛋白富集甲基化DNA的方法,是通过构建MBD2b蛋白表达系统,表达MBD2b蛋白,制作了GST-MBD2b蛋白层析柱,用于蛋白结合甲基化的DNA。同时根据UCSC人类基因组CpG岛序列,设计了全基因组CpG岛甲基化检测芯片,该芯片覆盖了28000多个CpG岛。构建了基于免疫共沉淀的ChIP on chip方法的全基因组甲基化分析方法,主要利用上述特异性亲合甲基化DNA的MBD2b蛋白富集甲基化DNA,再利用全基因组CpG岛芯片对富集后样本进行分析。本研究同时探讨了另外一种全基因组甲基化DNA的检测方法,即通过MBD2b蛋白富集甲基化DNA后,直接利用二代测序技术分析,即ChIP-Seq的方法。本次研究并利用此方法展开了对肝癌组织甲基化异化谱的研究,通过MBD2b蛋白富集系统联合第二代测序技术检测了1对样本（肝癌及癌旁）的甲基化异化谱。并选取部分基因位点进行了验证。证明这种方法是可行的。

论文目录

• 摘要
• Abstract
• 目录
• 第一章 绪论
• 第一节 DNA 甲基化的相关概念
• 1.1.1. DNA 的甲基化修饰
• 1.1.2. DNA 甲基化与基因表达
• 第二节 DNA 甲基化的研究方法
• 第三节 甲基化结合蛋白
• 第四节 基因芯片－高通量差异筛选的利器
• 1.4.1. 基因芯片的概念
• 1.4.2. 基因芯片在甲基化DNA 检测中的应用
• 第五节 高通量测序
• 第二章 高通量甲基化位点筛选的具体实施
• 第一节 本研究的主要思路
• 第二节 MBD2b 蛋白的表达及纯化
• 2.2.1. 蛋白的表达及纯化
• 2.2.1.1. 材料
• 2.2.1.2. 实验方法
• 2.2.1.3. 实验结果
• 2.2.1.4. 讨论
• 第三节 甲基化DNA 富集方法及其质控体系的建立
• 2.3.1. 甲基化 DNA 富集方法的建立?
• 2.3.1.1. 实验材料
• 2.3.1.2. 实验方法
• 2.3.1.3. 实验结果
• 2.3.1.4. 讨论
• 第四节 全基因组CpG 岛芯片检测方法的建立
• 2.4.1. 实验方法
• 2.4.2. 实验结果
• 2.4.3. 讨论
• 第五节 MBD2b 蛋白富集甲基化DNA 并测序的方法建立
• 5.1. 实验材料
• 5.2. 实验方法
• 5.3. 实验结果
• 5.3.1. 富集的质控
• 5.3.1.1 文库构建的质控
• 5.3.2. 验证
• 5.3.3. 结果讨论
• 第三章 关于技术平台的讨论和展望
• 参考文献
• 附录
• 感谢
• 攻读硕士学位期间已发表或录用的论文