中国东南沿海日本囊对虾群体遗传学的研究

中国东南沿海日本囊对虾群体遗传学的研究

论文摘要

日本囊对虾遗传多样性水平及群体的遗传分化的评估对于日本囊对虾的种质资源保护或良种选育具有重要意义。目前我国对日本囊对虾的研究仍然以渔业生物学、养殖生物学及放流增殖方面为主,极少甚至没有有关种质资源方面的研究。因此本研究采用等位酶技术和AFLP技术对中国东南沿海的日本囊对虾野生群体进行遗传多样性分析。等位酶技术研究我国东南沿海日本囊对虾9个群体10种等位酶共获得22个等位酶位点和31个等位基因,其中有17个单态位点(Adh-1、Adh-2、Aat-1、Aat-2、Mdh-2、Me-1、Me-2、Me-3、Ldh-1、Per-1、Amy-1、Amy-2、Amy-4、Sod-2、Sod-3、Sod-4、Sdh-1)和5个多态位点(Sod-1、Est-1、Est-2、Amy-3、Mdh-1),多态位点百分比为22.73%。汕头群体的Est-2,北海群体的Mdh-1、Sod-1,湄洲群体的Mdh-1,连江群体的Sod-1和漳浦群体的Mdh-1位点符合H-W平衡标准(P>0.05);其余的多态位点均显著(0.01<P<0.05)或极其显著(P<0.01)的偏离H-W平衡标准。此外,日本囊对虾9个群体的Est-2位点均表现出杂合子缺失(F>0);Amy-3、Est-1(除泉州群体的Est-1位点以外)位点均表现出杂合子过量(F<0)。等位酶技术获得的我国东南沿海日本囊对虾9个群体的遗传多样性和遗传分化结果如下:有效等位基因数为1.1137~1.2012,平均有效等位基因数为1.1463;多态位点百分比(P)为13.64~22.73%,平均多态位点百分比为18.18%;观察杂合度为0.0742~0.1121,平均观察杂合度为0.0907;期望杂合度(He)为0.0573~0.0930,平均期望杂合度为0.0714;群体间的遗传距离(D)为0.0002~0.0123;群体间的遗传相似度为0.9878~0.9998;群体间的遗传分化系数(FST)为0.0432;基因流为5.5406。AFLP技术对我国东南沿海日本囊对虾10个群体进行遗传多样性和遗传分化的分析。8对选择性引物对组合在300个个体中共扩增出678个位点;多态位点百分比为67.55~80.68%,平均多态位点百分比为75.958%;Shannon氏指数(I)的为0.2523~0.3322,平均Shannon氏指数为0.29353;有效等位基因数(Ae)为1.2514~1.3456,平均有效等位基因数为1.29567;Nei’s基因多样性(H)为0.1581~0.2136,平均Nei’s基因多样性为0.1852;群体间的遗传距离(D)为0.0225~0.1427,平均遗传距离为0.0918;群体间的遗传相似度为0.8670~0.9452,平均遗传相似度为0.9125;群体间的遗传分化系数(FST)为0.2577;基因流(Nm)为1.4400。以上结果表明所研究的日本囊对虾的遗传多样性较丰富,群体间发生了较小分化。

论文目录

  • 摘要
  • Abstract
  • 第一章 引言
  • 1.1 群体遗传学的定义及研究方法
  • 1.1.1 几种常见的分子标记技术简介
  • 1.1.1.1 蛋白质变异分析
  • 1.1.1.2 限制性片段长度多态性分析(RFLP)
  • 1.1.1.3 随机扩增多态DNA 分析(RAPD)
  • 1.1.1.4 扩增片段长度多态性分析(AFLP)
  • 1.1.1.5 DNA 指纹分析(VNTRs)
  • 1.1.1.6 单链构型多态性分析(SSCP)
  • 1.1.1.7 单核苷酸多态性(SNP)和DNA 序列分析
  • 1.2 日本囊对虾概况
  • 1.2.1 日本囊对虾的分类地位及生物学特征
  • 1.2.2 日本囊对虾的研究概况
  • 1.3 分子标记在对虾研究中的应用
  • 1.3.1 系统进化
  • 1.3.2 遗传多样性与分化
  • 1.3.2.1 遗传多样性
  • 1.3.2.2 遗传分化
  • 1.3.3 遗传育种
  • 1.3.4 连锁图构建
  • 1.3.5 疾病诊断
  • 1.4 中国东南沿海日本囊对虾群体遗传学的研究的目的与意义
  • 第二章 中国东南沿海日本囊对虾群体遗传学的等位酶研究
  • 2.1 材料
  • 2.1.1 试验材料
  • 2.1.2 试验仪器
  • 2.1.3 主要试剂
  • 2.2 方法
  • 2.2.1 样品处理
  • 2.2.2 电泳方法
  • 2.2.3 数据统计
  • 2.3 结果
  • 2.3.1 日本囊对虾等位酶的表达
  • 2.3.2 日本囊对虾不同群体的杂合性
  • 2.3.3 日本囊对虾遗传多样性
  • 2.3.4 日本囊对虾群体间遗传分化
  • 2.4 讨论
  • 2.4.1 日本囊对虾不同群体的杂合性
  • 2.4.2 日本囊对虾遗传多样性
  • 2.4.3 日本囊对虾群体间遗传分化
  • 2.5 结论
  • 第三章 中国东南沿海日本囊对虾群体遗传学的AFLP 研究
  • 3.1 材料
  • 3.1.1 试验材料
  • 3.1.2 试验仪器
  • 3.1.3 主要试剂
  • 3.2 方法
  • 3.2.1 模板的制备
  • 3.2.1.1 DNA 提取和检测
  • 3.2.1.2 酶切与连接
  • 3.2.2 扩增
  • 3.2.2.1 预扩增
  • 3.2.2.2 选择性扩增
  • 3.2.3 变性聚丙烯酰胺凝胶电泳
  • 3.2.3.1 胶的制备及电泳
  • 3.2.3.2 银染
  • 3.2.4 数据统计
  • 3.3 结果
  • 3.3.1 日本囊对虾AFLP 扩增
  • 3.3.2 日本囊对虾遗传多样性
  • 3.3.3 日本囊对虾群体间遗传分化
  • 3.4 讨论
  • 3.4.1 日本囊对虾AFLP 扩增
  • 3.4.2 日本囊对虾遗传多样性
  • 3.4.3 日本囊对虾群体间遗传分化
  • 3.5 结论
  • 致谢
  • 参考文献
  • 在学期间发表的学术论文
  • 相关论文文献

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