座壳孢属分子系统学及DNA条形码研究

论文摘要

座壳孢属（Aschersonia）主要寄生于昆虫粉虱和介壳虫上,对其物种鉴定及其亲缘关系的研究意义重大。本研究选择合适基因作为分子标记并结合形态学特征揭示座壳孢属分子系统发育关系,重建该属分类系统。同时研究了该属真菌DNA条形码,有助于加速新种和隐存种的发现、物种的鉴定。（1）借助形态学特征,对2010年-2012年所采集的菌株进行了初步鉴定,其中座壳孢属物种12个,形态学新种7个。（2）基于单基因和多基因系统发育分析,用RPB1+EF-1α联合基因和LSU+RPB1+EF-1α联合基因构建的系统发育树效果最好,研究中所采用的物种都各自聚拢,可以明显区分开。表明RPB1+EF-1α联合基因适合作为座壳孢属的分子标记,可以用于座壳孢分子系统发育的研究。（3）利用分子系统学研究并结合形态学特征,鉴定MDYS2010-35和HNXL2012-03为同一个新种,WYFC2010-01和ZJJ2010-08为不同新种。（4）以外群菌株为基准,用Nei氏公式对座壳孢属各物种的分化时间进行计算,座壳孢属各物种与外群菌株的分化时间相隔约850000-1045000年。（5）通过对座壳孢属DNA条形码的初步研究,得出LSU、RPB1、EF-1α及其基因联合都不适合作为座壳孢属的DNA条形码。但是RPB1和EF-1α联合基因对座壳孢属的分辨率较高,适合作为DNA条形码的补充码。座壳孢属DNA条形码的核心码有待于进一步研究。

论文目录

• 中文摘要
• Abstract
• 第一章 文献综述
• 1 真菌
• 1.1 真菌的分类
• 1.2 真菌分子系统学研究
• 1.3 真菌物种的分化
• 2 虫生真菌
• 3 座壳孢属
• 3.1 座壳孢属形态特征描述
• 3.2 座壳孢属分子系统学研究现状
• 4 DNA条形码技术
• 4.1 动植物DNA条形码研究
• 4.2 真菌DNA条形码研究
• 4.3 真菌DNA条形码技术的前景
• 5 本研究的内容和意义
• 第二章 座壳孢属的种类形态描述
• 1 材料与方法
• 1.1 试验材料
• 1.2 试剂及主要工具
• 1.3 试验方法
• 2 结果与分析
• 2.1 座壳孢属种类记录
• 2.2 座壳孢属种的描述
• 第三章 座壳孢属的分子系统学研究
• 1 材料与方法
• 1.1 样品来源
• 1.2 试验用品及试剂
• 1.3 菌株分离纯化及保种
• 1.4 总DNA的提取方法
• 1.5 三基因的PCR扩增方法
• 2 数据处理
• 2.1 座壳孢属物种分子鉴定的基因选择
• 2.2 座壳孢属部分物种的分子鉴定
• 2.3 座壳孢属物种分化时间推算
• 3 结论与分析
• 3.1 座壳孢属物种分子鉴定的基因选择
• 3.2 座壳孢属部分物种的分子鉴定
• 3.3 座壳孢属各物种的分化时间
• 4 讨论
• 4.1 实验方法的改进
• 4.2 座壳孢属物种鉴定
• 4.3 座壳孢属物种的分化
• 第四章 座壳孢属DNA Barcode初步研究
• 1 材料与方法
• 2 数据处理
• 2.1 单基因作为候选基因的处理方法
• 2.2 多基因作为候选基因的处理方法
• 2.3 用TaxonDNA 1.6.3- dev4软件进行聚类分析
• 3 结果与分析
• 3.1 单基因作为候选DNA Barcode分析
• 3.2 多基因作为候选DNA Barcode分析
• 3.3 聚类分析结果
• 4 讨论
• 第五章 结论
• 参考文献
• 附录
• 致谢